Nel fianco del palazzo, prima del giardino Arcivescovile, e precisamente dov'è un risalto di fabbrica, vi era la chiesa parrocchiale dei SS. Sinesio e Teopompo, sulla quale si hanno le seguenti notizie.
Nel 1256 si pubblicavano i bandi davanti la cappella di S. Sinesio, e cosi praticavasi ancora nel 1289. Il Sigonio, dopo Alberto, mette Clemente Vescovo di Bologna in luogo di Giovanni, lo che ha suscitato divergenze fra gli storici. L'atto dell'Imperatore Enrico del 1014 portato dal Sigonio sotto Clemente, si conserva nell' Archivio dei Canonici di S. Pietro, ma nell' atto non è espresso il nome del Vescovo, e manca di data. Nell'Archivio della Badia di S. Stefano vi sono atti del 997 che annunciano un Vescovo di Bologna, Iohannes, e successivamente se ne trovano nell' Archivio medesimo altri che lo danno per Vescovo sino al 1012, onde da quanto ne dice in proposito l' Alidosi, si verifica l' errore in cui era incorso il Sigonio.
Fu dunque Giovanni III che nel 1006, in causa di pestilenza, ottenne che per alcuni giorni fossero trasportati da Nonantola a Bologna i corpi dei SS. martiri Sinesio e Teopompo, per intercessione dei quali diminuito il morbo, fu nel 1011 eretta a loro onore una chiesa presso l' Episcopio, con giurisdizione parrocchiale, che cessò per decreto del cardinal Gabrielle Paleotti, stantechè mancava di canonica, di sagristia, e di cimitero, avente una rendita di L. 37 annue e sole 14 case sotto la sua giurisdizione. Quindi la cura d'anime fu applicata alla vicina chiesa di S. Nicolò degli Albari, essendo Rettore D. Leonardo Turchi genovese, come da rogito di Cesare Belliossi delli 17 settembre 1566. Il suolo della soppressa chiesa fu unito all' Episcopio, e sopra il medesimo fu fatta l'Arcivescovile cappella.