וּבְפֵרוּשׁ הַגְּאוֹנִים מָצָאתִי, שֶׁעוֹשִׂין חוֹתָלוֹת מִכַּפּוֹת תְּמָרִים (עָצִיץ) וּמְמַלְּאִים אוֹתָם עָפָר וְזֶבֶל בְּהֵמָה. וּבְעֶשְׂרִים אוֹ חֲמִשָּׁה עָשָׂר יוֹם לִפְנֵי רֹאשׁ הַשָּׁנָה כָּל אֶחָד וְאֶחָד עוֹשִׂים לְשֵׁם כֹּל קָטָן וּקְטַנָּה שֶׁבַּבַּיִת וְזוֹרְעִים לְתוֹכוֹ פּוֹל הַמִּצְרִי אוֹ קִטְנִית וְקוֹרְאִים לוֹ "פַּרְפִּיסָא" וְצוֹמֵחַ, וּבְעֶרֶב רֹאשׁ הַשָּׁנָה נוֹטֵל כָּל אֶחָד אֶת שֶׁלּוֹ וּמַחֲזִירוֹ (מְסוֹבְבוֹ) סְבִיבוֹת רֹאשׁוֹ שֶׁבַע פְּעָמִים וְאוֹמֵר: זֶה תַּחְתַּי וְזֶה חֲלִיפָתִי וְזֶה תְּמוּרָתִי וּמַשְׁלִיכוֹ לַנָּהָר.
רש"י מסכת שבת
מנהג תרנגול כפרות אינו מדאורייתא, ואפילו לא מהמשנה. אם מחפשים את המקור, אפשר להצביע על מנהג שילוח השעיר לעזאזל, המפורט בתורה ותיאורו מורחב במשנה. השעיר ששולח לעזאזל קיבל עליו את החטאים הקולקטיביים של העם. התרנגול הוא אינדיבידואלי...
רש"י מוצא בפירושי הגאונים את המנהג, שהצמחונים יאהבו לבטח. במקום תרנגול – עציץ העשוי מכפות תמרים, שבו מגדלים פול מצרי או קטנית אחרת, וכל עציץ נוצר עבור אדם אחד. בערב ראש השנה מקיימים בעזרת העציץ הזה את מנהג הכפרות, ומשליכים את העציצים לנהר.
הרא"ש, מגאוני סורא שבבבל במאה השביעית, מסתמך על רב שושנא גאון, המזכיר את מנהג הכפרות בתרנגולים:
וְשֶׁשְּׁאַלְתֶּם שֶׁאָנוּ רְגִילִים לִשְׁחֹט עֶרֶב יוהכ"פ תַּרְנְגוֹלִים, וְאֵין אָנוּ יוֹדְעִים מִנְהָג זֶה לָמָּה, אִי מִשּׁוּם תְּמוּרָה מַאי שְׁנָא תַּרְנְגוֹל מִבְּהֵמָה וְחַיָּה? וְהֵשִׁיב רַב שׁוּשַׁנָא גָּאוֹן: הָא וַדַּאי קוּשְׁיָא הִיא וְיֵשׁ לוֹמַר בָּהּ שְׁנֵי טְעָמִים. אֶחָד שֶׁתַּרְנְגוֹל מָצוּי בְּבֵיתוֹ שֶׁל אָדָם מִבְּהֵמָה וְחַיָּה, וְעוֹד יֵשׁ בִּמְקוֹמֵנוּ עֲשִׁירִים שֶׁעוֹשִׂים תְּמוּרָה אֵילִים, עִקָּר מִבַּעְלֵי קַרְנַיִם דּוֹמוֹת שֶׁל יִצְחָק אָבִינוּ, לְפִיכָךְ לֹא דָּבָר קָבוּעַ הוּא. וְעוֹד שָׁמַעְנוּ מֵחֲכָמִים הַקַּדְמוֹנִים שֶׁאַף עַל פִּי שֶׁיֵּשׁ מִי שֶׁעוֹשֶׂה תְּמוּרָה בִּבְהֵמָה שֶׁדָּמֶיהָ יְקָרִים, תַּרְנְגוֹל מֻבְחָר לְפִי שֶׁשְּׁמוֹ גֶּבֶר...
על פי רב שושנא גאון הבחירה בתרנגול דווקא יש לה שני טעמים. האחד – תרנגולים מצויים בכל בית, והם שווים לכל נפש, אם כי ישנם עשירים, המעדיפים לקיים את המנהג באֵילִים, המזכירים את האיל מהר המוריה, ששימש תחליף כפרות ליצחק אבינו. הטעם השני בבחירת התרנגול דווקא היא משום שתרנגול נקרא גם 'גבר'. מחאות מוצדקות תגענה מהאגף הפמיניסטי, אבל מנהג מגונה זה ראוי היה שיתבטל, הן עבור גברים, הן עבור נשים. ההתנגדות למנהג הכפרות אינה מודרנית, ואפילו רמב"ן אמר שמנהג זה הוא 'מדרכי האמורי'.