יוֹנָה שֶׁיָּרַד לַסְּפִינָה, זוֹהִי נִשְׁמַת הָאָדָם שֶׁיּוֹרֶדֶת לָעוֹלָם הַזֶּה לִהְיוֹת בְּגוּף הָאָדָם. לָמָּה נִקְרֵאת יוֹנָה? מִשּׁוּם שֶׁכֵּיוָן שֶׁמִּשְׁתַּתֶּפֶת בַּגּוּף, אֲזַי הִיא יוֹנָה בָּעוֹלָם הַזֶּה, כְּמוֹ שֶׁנֶּאֱמַר (ויקרא כה( "וְלֹא תוֹנוּ אִישׁ אֶת עֲמִיתוֹ". וְאָז הָאָדָם הוֹלֵךְ בָּעוֹלָם הַזֶּה כְּמוֹ סְפִינָה בְּתוֹךְ הַיָּם הַגָּדוֹל, שֶׁמְּחַשֶּׁבֶת לְהִשָּׁבֵר, כְּמוֹ שֶׁנֶּאֱמַר "וְהָאֳנִיָּה חִשְּׁבָה לְהִשָּׁבֵר". וְאָדָם, כְּשֶׁהוּא חוֹטֵא בָּעוֹלָם הַזֶּה, וְחוֹשֵׁב שֶׁבּוֹרֵחַ מִלִּפְנֵי אֲדוֹנוֹ, וְלֹא שָׂם לֵב לְאוֹתוֹ הָעוֹלָם, וְאָז מַטִּיל הַקָּדוֹשׁ בָּרוּךְ הוּא רוּחַ סְעָרָה חֲזָקָה - זוֹהִי גְּזֵרַת הַדִּין, שֶׁעוֹמֶדֶת תָּמִיד לִפְנֵי הַקָּדוֹשׁ בָּרוּךְ הוּא, וּמְבַקֶּשֶׁת אֶת דִּין הָאָדָם מִלְּפָנָיו, וְזוֹהִי שֶׁמַּטָּה אֶת הַסְּפִינָה, וּמַזְכִּירָה אֶת חֶטְאֵי הָאָדָם לִתְפֹּס אוֹתוֹ. כֵּיוָן שֶׁנִּתְפָּס אָדָם עַל יְדֵי אוֹתָהּ סְעָרָה בְּבֵית חָלְיוֹ, מַה כָּתוּב? "וְיוֹנָה יָרַד אֶל יַרְכְּתֵי הַסְּפִינָה, וַיִּשְׁכַּב וַיֵּרָדַם". אַף עַל גַּב שֶׁאָדָם בְּבֵית חָלְיוֹ, הַנְּשָׁמָה לֹא מִתְעוֹרֶרֶת לָשׁוּב לִפְנֵי אֲדוֹנָהּ וְלִפְדּוֹת אֶת חֲטָאָיו. מַה כָּתוּב? "וַיִּקְרַב אֵלָיו רַב הַחֹבֵל". מִי זֶה רַב הַחוֹבֵל? זֶה יֵצֶר טוֹב, שֶׁמַּנְהִיג אֶת הַכֹּל. "וַיֹּאמֶר לוֹ: מַה לְּךְ נִרְדָּם? קוּם, קְרָא אֶל אֱלֹהֶיךְ" וְגוֹ'. אֵין הַשָּׁעָה לִישֹׁן, שֶׁהֲרֵי מַעֲלִים אוֹתְךְ לַדִּין עַל כָּל מַה שֶּׁעָשִׂיתָ בָּעוֹלָם הַזֶּה. שׁוּב מֵחֶטְאֲךָ, הִתְבּוֹנֵן בַּדְּבָרִים הַלָּלוּ, וְשׁוּב לַאֲדוֹנְךְ. "מַה מְּלַאכְתְּךְ" - שֶׁאַתָּה עָסַקְתָּ בָּהּ בָּעוֹלָם הַזֶּה, וְהוֹדֶה עָלֶיהָ לִפְנֵי רִבּוֹנְךְ. "וּמֵאַיִן תָּבוֹא" - הִסְתַּכֵּל מֵאַיִן בָּאתָ, מִטִּפָּה סְרוּחָה, וְאַל תִּתְגָּאֶה לְפָנָיו. "מָה אַרְצֶךְ" – הִסְתַּכֵּל, שֶׁהֲרֵי מֵהָאָרֶץ נִבְרֵאתָ, וְלָאָרֶץ תָּשׁוּב. "וְאֵי מִזֶּה עַם אָתָּה" - הִסְתַּכֵּל אִם יֵשׁ לְךְ זְכוּת אָבוֹת שֶׁתָּגֵן עָלֶיךְ. כֵּיוָן שֶׁמַּעֲלִים אוֹתוֹ לְדִין בְּבֵית דִּין שֶׁל מַעְלָה, אוֹתָהּ סְעָרָה, שֶׁהִיא גְּזֵרַת הַדִּין שֶׁסּוֹעֶרֶת עַל הָאָדָם, מְבַקֶּשֶׁת מֵהַמֶּלֶךְ לָדוּן אוֹתָם הַתְּפוּסִים שֶׁל הַמֶּלֶךְ, וְכֻלָּם בָּאִים אֶחָד אֶחָד לְפָנָיו. בְּאוֹתָהּ שָׁעָה מִתְקָרְבִים בֵּית הַדִּין. יֵשׁ מֵהֶם שֶׁפּוֹתְחִים בִּזְכוּת, וְיֵשׁ מֵהֶם שֶׁפּוֹתְחִים בְּחוֹבָה, וּגְזֵרַת הַדִּין תּוֹבַעַת דִּין. וְאִם אוֹתוֹ אָדָם לֹא זוֹכֶה בַדִּין, מַה כָּתוּב? "וַיַּחְתְּרוּ הָאֲנָשִׁים לְהָשִׁיב אֶל הַיַּבָּשָׁה, וְלֹא יָכֹלוּ". הֵם מִשְׁתַּדְּלִים, אוֹתָם שֶׁמּוֹרִים זְכוּתוֹ, לַהֲשִׁיבוֹ אֶל הָעוֹלָם הַזֶּה, וְלֹא יָכֹלוּ. מָה הַטַּעַם? "כִּי הַיָּם הוֹלֵךְ וְסֹעֵר עֲלֵיהֶם". גְּזֵרַת הַדִּין הוֹלֶכֶת וְסוֹעֶרֶת בַּחֲטָאֵי הָאָדָם, וּמִתְגַּבֶּרֶת עֲלֵיהֶם. אֶחָד שֶׁכּוֹתֵב כָּל הַזְּכֻיּוֹת וְכָל הַחֲטָאִים שֶׁעָשָׂה הָאָדָם בָּעוֹלָם הַזֶּה, וְאֶחָד שֶׁעוֹשֶׂה חֶשְׁבּוֹן יָמָיו. וְאֶחָד שֶׁהָיָה הוֹלֵךְ עִמּוֹ כְּשֶׁהָיָה בִּמְעֵי אִמּוֹ, וַהֲרֵי בֵּאַרְנוּ שֶׁגְּזֵרַת הַדִּין לֹא שׁוֹכֶכֶת עַד לְאוֹתוֹ זְמַן, שֶׁכָּתוּב "וַיִּשְׂאוּ אֶת יוֹנָה". וַיִּשְׂאוּ, כְּשֶׁנּוֹטְלִים אוֹתוֹ מִבֵּיתוֹ לְבֵית הַקְּבָרוֹת.
ספר הזוהר לפרשת ויקהל
המנהג לקרוא בספר יונה ביום הכיפורים מיוסד על סיפור הַמִּשְׁנֶה בספר יונה על אנשי העיר נינוה, החוזרים בתשובה, ומצליחים להעביר את רוע הגזרה של 'עוד ארבעים יום ונינוה נהפכת'. כותבי הזוהר מוצאים סיבה נוספת לקשר את סיפור יונה עם עניין חטאי האדם ועם אפשרות חזרתו בתשובה לקראת משפטו לפני האלוהים. הם אומרים כי סיפור יונה הוא אלגוריה, וכך הם מפרשים אותו:
יונה הוא משל לנשמת האדם, שכל עוד חי האדם, היא משתתפת בגוף, השטוף ביצרים ומוּעָד לחטוא. 'יונה' מלשון הונאה, המייצגת את חטאי האדם. את העולם הזה מייצג הים הגדול והסוער, הרוחש סכנות לאדם המנווט דרכו בספינת החיים, המחשבת להישבר. הסערה בים היא משל לדין שמים, המבקש לדון את האדם לכף חובה על חטאיו בעולם הזה. במקום להגן על עצמו, בוחר יונה לרדת אל ירכתי הספינה ולהירדם. כך גם הנשמה, שאינה מתעוררת ללמד סנגוריה על האדם בעת חוליו, הנמשל לסערה בים. אבל יש בו, באדם, גם היצר הטוב, המשול לרב החובל של הספינה. הוא מנהיג את האדם, וקורא לו לעמוד על שלו בבית הדין השמימי, ולהגן על עצמו בפני האל. הוא קורא לאדם לחזור בתשובה, כדי שיוכל להינצל מהדין הקשה על חטאיו. שאלות האנשים, הנוסעים עמו בספינה, הן הקריאות לחשבון נפש: 'מה מלאכתך' – מה עשית בחייך? 'מאין תבוא' היא תזכורת למוצאנו הנחות (על פי חז"ל), הלא היא הטיפה הסרוחה המפורסמת. 'מה ארצך' רומזת גם היא לידיעה שאדם יסודו בעפר וסופו בעפר. 'ואי-מזה עם אתה' – האם זכות אבות תוכל להגן עליך? אלו, כאמור, שאלות חשבון הנפש של החוטא, העומד להידון על ידי שמיים. אם גזרת הדין מכריעה לחובת הנאשם – אין יכולת לאדם להחזיר את נשמתו לגופו, כשם שהספנים אינם יכולים להחזיר את הספינה אל החוף. מותו של האדם שהפסיד בדין ונשיאת גוויתו אל הקבר משולים לגופו של יונה, שהאנשים נשאו בידיהם והטילו אותו אל הים.
כך מקבלים אנו מחז"ל פירוש אלגורי מעניין לחלקו הראשון של סיפור יונה. לדג שבלע את יונה, ואחר הטילו על החוף, אין מקום במשל הזה.