כַּאֲשֶׁר הֲרָגָם יַנַּאי הַמֶּלֶךְ אֶת הַחֲכָמִים, בָּרַח יְהוֹשֻׁעַ בֶּן פְּרַחְיָה וְיֵשׁוּ תַּלְמִידוֹ לַאֲלַכְסַנְדְּרִיָא שַׁל מִצְרַיִם. כַּאֲשֶׁר נַעֲשָׂה שָׁלוֹם בֵּין הַמֶּלֶךְ יַנַּאי וַחֲכָמִים, שָׁלַח לוֹ שִׁמְעוֹן בֶּן שֶׁטַח אִגֶּרֶת זוֹ: מִמֶּנִּי, יְרוּשָׁלַיִם עִיר הַקֹּדֶשׁ, לָךְ, אָלֶכְּסַנְדְּרִיָּה שֶׁל מִצְרַיִם: אֲחוֹתִי, בַּעֲלִי שָׁרוּי בְּתוֹכֵךְ, וְאָנֹכִי יוֹשֶׁבֶת שׁוֹמֵמָה, כְּלוֹמַר, רֹאשׁ חַכְמֵי יִשְׂרָאֵל מָצוּי בְּנֵכָר, וְאִלּוּ יְרוּשָׁלַיִם זְקוּקָה לוֹ. הֵבִין יְהוֹשֻׁעַ בֶּן פְּרַחְיָה. עָמַד וּבָא, וְנִזְדַּמְּנָה לוֹ אַכְסַנְיָא אֶחָת. עָשׂוּ לוֹ בָּהּ כָּבוֹד מְרֻבֶּה. אָמַר יְהוֹשֻׁעַ בֶּן פְּרַחְיָה: כַּמָּה יָפָה אַכְסַנְיָא זוֹ! אָמַר לוֹ יֵשׁוּ: רַבִּי, אֵינָהּ יָפָה כָּל כָּךְ, כִּי עֵינֶיהָ שֶׁל בַּעֲלַת הַבַּיִת טְרוּטוֹת (סְגַלְגַּלּוֹת). אָמַר לוֹ יְהוֹשֻׁעַ בֶּן פְּרַחְיָה: רָשָׁע! בְּכָךְ אַתָּה עוֹסֵק?! בְּהִתְבּוֹנְנוּת בְּעֵינֶיהָ שֶׁל אֵשֶׁת אִישׁ? הוֹצִיא אַרְבַּע מֵאוֹת שׁוֹפָרוֹת וְהֶחֱרִימוֹ. בָּא יֵשׁוּ לְפָנָיו כַּמָּה פְּעָמִים, אָמַר לוֹ: קַבְּלֵנִי בִּתְשׁוּבָה! לֹא הָיָה יְהוֹשֻׁעַ בֶּן פְּרַחְיָה מַשְׁגִּיחַ בּוֹ לְקַבְּלוֹ. יוֹם אֶחָד הָיָה יְהוֹשֻׁעַ בֶּן פְּרַחְיָה קוֹרֵא קְרִיאַת שְׁמַע. בָּא לְפָנָיו יֵשׁוּ בְּאוֹתָהּ בַּקָּשָׁה. חָשַׁב לְקַבְּלוֹ בְּפַעַם זוֹ, וְהֶרְאָה לוֹ בְּיָדוֹ, שֶׁיַּמְתִּין עַד שֶׁיִּגְמֹר לְהִתְפַּלֵּל. וְהוּא, יֵשׁוּ, סָבַר: דּוֹחֶה הוּא אוֹתִי שׁוּב, שֶׁלֹּא הֵבִין אֶת הַסִּימָן שֶׁעָשָׂה לוֹ. הָלַךְ וְהֶעֱמִיד לְבֵנָה כְּסֶמֶל עֲבוֹדָה זָרָה, וְהִשְׁתַּחֲוָה לָהּ. אָמַר לוֹ לְאַחַר מִכֵּן יְהוֹשֻׁעַ בֶּן פְּרַחְיָה לְיֵשׁוּ: חֲזֹר בְּךָ! אָמַר לוֹ יֵשׁוּ: כָּךְ מְקֻבָּלֵנִי מִמְּךָ: כֹּל הַחוֹטֵא וּמַחֲטִיא אֶת הָרַבִּים, אֵין מַסְפִּיקִין בְּיָדוֹ לַעֲשׂוֹת תְּשׁוּבָה. וְאָמַר הֶחָכָם: יֵשׁוּ כִּשֵּׁף וְהֵסִית וְהֵדִיחַ אֶת יִשְׂרָאֵל, וְכֵיוָן שֶׁהֶחֱטִיא אֶת הָרַבִּים, אֵין לוֹ דֶּרֶךְ תְּשׁוּבָה, וְנִמְצָא שֶׁאִלּוּלֵא הִרְחִיקוֹ יְהוֹשֻׁעַ בֶּן פְּרַחְיָה כָּל כָּךְ מִתְּחִלָּה, לֹא הָיָה יוֹצֵא לְתַרְבּוּת רָעָה.
בבלי סנהדרין
הרג החכמים ע"י המלך ינאי נזכר בכתבים היסטוריים כמו כתבי יוסף בן מתתיהו ומגילות קומראן. הנה תיאור האירועים ההיסטוריים מהערך 'ינאי' בוויקיפדיה:
"בשל ריחוקו מהפרושים ובשל ניסיונו לבסס עצמו כמלך שהוא "החוק החי", לא היה ינאי אהוד על העם, והוא נרגם באתרוגים, כשהחליט לקחת כנגד ההלכה את עבודת הכוהן הגדול במקדש. המרירות כלפיו הלכה והצטברה. אחרי כישלונו הצבאי מול הנבטים, בעקבות מארב שנעשה לחילותיו במעבר נקיקים צר, הבשילו התנאים למרד, והחלה מלחמת אזרחים ארוכה. לשם דיכויה נעזר ינאי בשכירי חרב נוכריים. בעקבות מחשבתו כי לבם של תלמידי החכמים אינו נוח מעובדת היותו כהן גדול (מאחר שהשמועה טענה כי אימו הייתה שבויה, ולכן היה פסול לכהונה כלשהי, ובפרט לכהן גדול, שאין בסמכות אדם לקחת תפקיד זה לעצמו) הוציא אותם ינאי להורג. שמעון בן שטח ניצל על ידי אחותו (שלומציון אשת ינאי) שהחביאה אותו, ואחרים כמו יהושע בן פרחיה, ברחו למצרים, ושבו רק אחרי ששמעון בן שטח הוחזר למעמדו, ומונה כראש הסנהדרין בזכות אחותו המלכה".
הסיפור ממסכת סנהדרין מנסה לומר לנו משהו על הטרגדיה של קריעת הנוצרים מהעם היהודי. בניגוד למסופר בברית החדשה, ישוע מוצג כאן כחוטא, שנגרר מחטא קטן לחטא גדול יותר, וכל זאת בעקבות קצרים בתקשורת בינו לבין מורהו, ר' יהושע בן פרחיה.
החטא הקטן לכאורה, בו חטא ישוע, היה ההסתכלות בעיניה של בעלת האכסניא בה השתכן ר' יהושע עם תלמידיו. ר' יהושע, שעשו לו כבוד גדול באותה אכסניא, לאחר חזרתו ממצרים, כעס מאד על ישוע, שמשהו בעיניה של בעלת הבית לא מצא חן בעיניו. נו, טוב, ועל זה מוציאים תזמורת של ארבע מאות שופרות ועורכים טקס נידוי? ישוע, שממש לא חיפש הזדמנות להתכסח עם המורה שלו, חזר כמה פעמים לבקש את מחילתו של ר' יהושע, וזה הבין מאוחר מדי, שהוא עבר את הגבול בחומרה של פסילתו את התלמיד. גם כאשר עמד על טעותו, וחשב לחזור בו ולקבל את ישוע, לא העריך נכונה את סערת נפשו של ישוע הבא להתנצל, והיות שעמד בתפילת שמע, נופף לו בידו במחווה עמומה, שנועדה לומר לו, לישוע, להמתין לסוף התפילה. ישוע כבר היה 'על הקצה', ועל סמך האירועים הקודמים פירש, פירש את תנועת ידיו של המורה כדחייה הבאה מתוך שאט נפש. כאן עשה ישוע את השגיאה השניה, והתחיל בפרובוקציה נגד ר' יהושע. הוא העמיד לבנה במקום, והשתחווה לה. היתכן כי רצה ישוע לרמוז לו, לר' יהושע, כי התעקשותו לסיים את התפילה אינה רחוקה בעצמה מעבודה זרה? ניסיונו של ר' יהושע להחזיר את הגלגל לאחור ולבקש מישוע שיחזור בו העלה חרס. ישוע שפט עצמו בחומרה, שכן עשה את המעשה האסור בפומבי, ובכך החטיא רבים. המדרש אינו עושה הנחות לר' יהושע, והוא מאשים אותו, שהחומרה הקיצונית שלו כלפי ישוע, הא שגרמה לתלמיד לחטוא ולהחטיא רבים.
בלב הסיפור מאבקי אגו וחולשות אנוש, קצרים בתקשורת ושרשרת של שגיאות משני הצדדים, שהביאה לסוף האומלל, מעט בדומה למה שמספרים חז"ל על העקשנות ההדדית של יפתח הגלעדי ושל פנחס הכוהן, שהביאה לתוצאה האומללה והמיותרת של מות בתו של יפתח. דומה במסריו גם המדרש על קין והבל, שניסו לחלק ביניהם את העולם בדרך חסרת היגיון.