בפרקי דרבי אליעזר (בקיצור פדר"א), המיוחסים לרבי אליעזר בן הורקנוס (רוב החוקרים מאחרים את הטקסט למאה השמינית לספ'), יש קטע, המתייחס לספר יונה. התוספות המדרשיות לכתוב בתנ"ך הן יפות מאד. נביא כמה דוגמאות:
מקרא: וַיהוָה הֵטִיל רוּחַ גְּדוֹלָה אֶל הַיָּם, וַיְהִי סַעַר גָּדוֹל בַּיָּם, וְהָאֳנִיָּה חִשְּׁבָה לְהִשָּׁבֵר.
פדר"א: פֵּרְשׁוּ מַהֲלַךְ יוֹם אֶחָד, וְעָמַד עֲלֵיהֶם רוּחַ סְעָרָה בַּיָּם מִימִינָם וּמִשְּׂמֹאלָם, וְדֶרֶךְ כָּל הָאֳנִיּוֹת עוֹבְרוֹת וְשָׁבוֹת בְּשָׁלוֹם בִּשְׁתִיקוֹת הַיָּם, וְהָאֳנִיָּה שֶׁיָּרַד בָּהּ יוֹנָה הָיְתָה בְּצָרָה גְּדוֹלָה, שֶׁנֶּאֱמַר: "וְהָאֳנִיָּה חִשְּׁבָה לְהִשָּׁבֵר".
כדי להדגיש את ניהול העניינים מלמעלה, מספר המדרש, שזו לא היתה סערה רגילה. מימין ומשמאל היה ים שקט, והאוניות היו שטות בו ללא פגע, ורק אונייתו של יונה היתה בעין הסערה. מזכיר את המעשיה החסידית על הצדיק שנתקע בערב שבת בין השמשות עם עגלתו על הדרך, והיה בחשש של חילול שבת. נעשה לו נס – מימין ומשמאל לדרך נכנסה השבת, ועל הדרך נשאר יום שישי...
מקרא: וַיִּירְאוּ הַמַּלָּחִים, וַיִּזְעֲקוּ אִישׁ אֶל אֱלֹהָיו, וַיָּטִלוּ אֶת הַכֵּלִים אֲשֶׁר בָּאֳנִיָּה אֶל הַיָּם לְהָקֵל מֵעֲלֵיהֶם... וַיֹּאמְרוּ אֵלָיו: מַה נַּעֲשֶׂה לָּךְ, וְיִשְׁתֹּק הַיָּם מֵעָלֵינוּ, כִּי הַיָּם הוֹלֵךְ וְסֹעֵר? וַיֹּאמֶר אֲלֵיהֶם: שָׂאוּנִי וַהֲטִילֻנִי אֶל הַיָּם, וְיִשְׁתֹּק הַיָּם מֵעֲלֵיכֶם, כִּי יוֹדֵעַ אָנִי, כִּי בְשֶׁלִּי הַסַּעַר הַגָּדוֹל הַזֶּה עֲלֵיכֶם. וַיַּחְתְּרוּ הָאֲנָשִׁים לְהָשִׁיב אֶל הַיַּבָּשָׁה, וְלֹא יָכֹלוּ, כִּי הַיָּם הוֹלֵךְ וְסֹעֵר עֲלֵיהֶם. וַיִּקְרְאוּ אֶל יְהוָה, וַיֹּאמְרוּ: אָנָּה, יְהוָה, אַל נָא נֹאבְדָה בְּנֶפֶשׁ הָאִישׁ הַזֶּה, וְאַל תִּתֵּן עָלֵינוּ דָּם נָקִיא, כִּי אַתָּה, יְהוָה, כַּאֲשֶׁר חָפַצְתָּ עָשִׂיתָ! וַיִּשְׂאוּ אֶת יוֹנָה, וַיְטִלֻהוּ אֶל הַיָּם, וַיַּעֲמֹד הַיָּם מִזַּעְפּוֹ.
פדר"א: רַבִּי שִׁמְעוֹן אוֹמֵר: לֹא קִבְּלוּ הָאֲנָשִׁים לְהַפִּיל אֶת יוֹנָה אֶל הַיָּם, וְהִפִּילוּ גּוֹרָלוֹת עֲלֵיהֶם, וַיִּפֹּל הַגּוֹרָל עַל יוֹנָה, שֶׁנֶּאֱמַר (יוֹנָה א, ז): "וְיִפְּלוּ גּוֹרָלוֹת" וְגוֹ'. מֶה עָשׂוּ? נָטְלוּ אֶת הַכֵּלִים שֶׁבָּאֳנִיָּה, וְהִשְׁלִיכוּ אוֹתָם אֶל הַיָּם לְהָקֵל מֵעֲלֵיהֶם וְלֹא הוֹעִיל מְאוּמָה; רָצוּ לַחְתֹּר בַּיַּבָּשָׁה וְלֹא יָכְלוּ; מֶה עָשׂוּ? נָטְלוּ אֶת יוֹנָה, וְעָמְדוּ עַל יַרְכְּתֵי הַסְּפִינָה, וְאָמְרוּ: אֱלֹהֵי עוֹלָם ה', אַל תִּתֵּן עָלֵינוּ דָּם נָקִי, שֶׁאֵין אָנוּ יוֹדְעִין מַה טִּיבוֹ שֶׁל הָאִישׁ הַזֶּה! אָמַר לָהֶם (יונה): בִּשְׁבִילִי הַצָּרָה הַזֹּאת עֲלֵיכֶם, שָׂאוּנִי וַהֲטִילֻנִי אֶל הַיָּם! מִיָּד נְטָלוּהוּ, וֶהֱטִילוּהוּ עַד אַרְכוּבוֹתָיו וְעָמַד הַיָּם מִזַּעְפּוֹ; לָקְחוּ אוֹתוֹ אֶצְלָם, וְהַיָּם סוֹעֵר עֲלֵיהֶם; הִטִּילוּהוּ עַד צַוָּארוֹ, וְהֶעֱמִיד הַיָּם מִזַּעְפּוֹ; וְעוֹד הֶעֱלוּ אוֹתוֹ אֶצְלָן, וְהַיָּם הוֹלֵךְ וְסוֹעֵר עֲלֵיהֶם; הִטִּילוּהוּ כֻּלּוֹ, וּמִיַּד עָמַד הַיָּם מִזַּעְפּוֹ.
המדרש מוסיף לדרמה בדבר מצוקתם הגדולה של הנוסעים בספינה, שגם התנ"ך מזכיר, שהם לא רצו להטיל את יונה לים, עד שאמר להם יונה לעשות זאת. על פי המדרש, גם לאחר שיונה הורה להם להטילו לים, עדיין התלבטו, וניסו כל דרך אפשרית למנוע את החטא הזה.
מקרא: וַיְמַן יְהוָה דָּג גָּדוֹל לִבְלֹעַ אֶת יוֹנָה, וַיְהִי יוֹנָה בִּמְעֵי הַדָּג שְׁלֹשָׁה יָמִים וּשְׁלֹשָׁה לֵילוֹת.
פדר"א: רַבִּי טַרְפוֹן אוֹמֵר: מְמֻנֶּה הָיָה אוֹתוֹ הַדָּג לִבְלֹעַ אֶת יוֹנָה מִשֵּׁשֶׁת יְמֵי בְּרֵאשִׁית, שֶׁנֶּאֱמַר (יוֹנָה ב, א): "וַיְמַן ה' דָּג גָּדוֹל לִבְלֹעַ אֶת יוֹנָה", (ויונה) נִכְנָס בְּפִיו כְּאָדָם שֶׁהוּא נִכְנָס בְּבֵית הַכְּנֶסֶת הַגְּדוֹלָה, וְעָמַד, וְהָיוּ שְׁתֵּי עֵינָיו שֶׁל דָּג כַּחַלּוֹנוֹת אַפּוּמִיּוֹת מְאִירוֹת לְיוֹנָה. ר' מֵאִיר אוֹמֵר: מַרְגָּלִית אַחַת הָיְתָה תְּלוּיָה בְּמֵעָיו שֶׁל דָּג, מְאִירָה לְיוֹנָה כַּשֶּׁמֶשׁ הַזֶּה, שֶׁהוּא מֵאִיר בַּצָּהֳרַיִם, וּמַרְאֶה לוֹ כָּל מַה שֶׁבַּיָּם וּבַתְּהוֹמוֹת, וְעָלָיו הַכָּתוּב אוֹמֵר (תְּהִלִּים צז, יא): "אוֹר זָרוּעַ לַצַּדִּיק".
המילה המיוחדת 'וַיְּמַן' קוראת לפלפול מדרשי. אלוהים מינה את הדג הגדול למשימה הפנטסטית של איחסון יונה לשלושה ימים במעמקי הים, והקאתו אל היבשה חי, בריא ושלם. אם כן, זה מינוי מיוחד, וחז"ל מצרפים את הדג הגדול הזה לקבוצת הישויות הניסיות, שנבראו ביום השישי של בריאת העולם, בין השמשות, כמו השמיר, פי האתון ומטה אהרון. כל אלה נבראו עבור נס חד פעמי, שיתרחש בעתיד.
המדרש ממשיך ומסביר לנו כיצד יכול היה יונה לראות את כל הניסים והנפלאות שחווה במעמקי הים, והוא מתחיל בענייני תאורה.
מקרא: וַיִּתְפַּלֵּל יוֹנָה אֶל יְהוָה אֱלֹהָיו מִמְּעֵי הַדָּגָה. וַיֹּאמֶר: קָרָאתִי מִצָּרָה לִי אֶל יְהוָה, וַיַּעֲנֵנִי מִבֶּטֶן שְׁאוֹל. שִׁוַּעְתִּי - שָׁמַעְתָּ קוֹלִי. וַתַּשְׁלִיכֵנִי מְצוּלָה בִּלְבַב יַמִּים, וְנָהָר יְסֹבְבֵנִי. כָּל מִשְׁבָּרֶיךָ וְגַלֶּיךָ עָלַי עָבָרוּ. וַאֲנִי אָמַרְתִּי: נִגְרַשְׁתִּי מִנֶּגֶד עֵינֶיךָ, אַךְ אוֹסִיף לְהַבִּיט אֶל הֵיכַל קָדְשֶׁךָ. אֲפָפוּנִי מַיִם עַד נֶפֶשׁ, תְּהוֹם יְסֹבְבֵנִי, סוּף חָבוּשׁ לְרֹאשִׁי. לְקִצְבֵי הָרִים יָרַדְתִּי, הָאָרֶץ בְּרִחֶיהָ בַעֲדִי לְעוֹלָם, וַתַּעַל מִשַּׁחַת חַיַּי, יְהוָה אֱלֹהָי. בְּהִתְעַטֵּף עָלַי נַפְשִׁי אֶת יְהוָה זָכָרְתִּי, וַתָּבוֹא אֵלֶיךָ תְּפִלָּתִי, אֶל הֵיכַל קָדְשֶׁךָ. מְשַׁמְּרִים הַבְלֵי שָׁוְא, חַסְדָּם יַעֲזֹבוּ. וַאֲנִי בְּקוֹל תּוֹדָה אֶזְבְּחָה לָּךְ, אֲשֶׁר נָדַרְתִּי אֲשַׁלֵּמָה, יְשׁוּעָתָה לַיהוָה. וַיֹּאמֶר יְהוָה לַדָּג, וַיָּקֵא אֶת יוֹנָה אֶל הַיַּבָּשָׁה.
פדר"א: אָמַר לוֹ הַדָּג לְיוֹנָה: אֵין אַתָּה יוֹדֵעַ שֶׁבָּא יוֹמִי לְהֵאָכֵל בְּפִיו שֶׁל לִוְיָתָן? אָמַר לוֹ יוֹנָה: הוֹלִיכֵנִי אֶצְלוֹ! אָמַר יוֹנָה לְלִוְיָתָן: בִּשְׁבִילְךָ יָרַדְתִּי לִרְאוֹת מְקוֹם מְדוֹרְךָ, שֶׁאֲנִי עָתִיד לִתֵּן חֶבֶל בִּלְשׁוֹנְךָ, וּלְהַעֲלוֹתְךָ וְלִזְבֹּחַ אוֹתְךָ לַסְּעוּדָה הַגְּדוֹלָה שֶׁל צַדִּיקִים, הֶרְאָהוּ חוֹתָמוֹ שֶׁל אַבְרָהָם. אָמַר: הַבֵּט לַבְּרִית! וְרָאָה לִוְיָתָן, וּבָרַח מִפְּנֵי יוֹנָה מַהֲלַךְ שְׁנֵי יָמִים. אָמַר לוֹ (יונה לדג): הֲרֵי הִצַּלְתִּיךָ מִפִּיו שֶׁל לִוְיָתָן. הַרְאֵנִי כֹּל מָה שֶׁבַּיָּם וּבַתְּהוֹמוֹת, וְהֶרְאָהוּ נָהָר גָּדוֹל שֶׁל מֵימֵי אוֹקְיָינוֹס, שֶׁנֶּאֱמַר (יוֹנָה ב, ו): "תְּהוֹם יְסֹבְבֵנִי", וְהֶרְאָהוּ יַם סוּף, שֶׁעָבְרוּ בְּתוֹכוֹ יִשְׂרָאֵל, שֶׁנֶּאֱמַר (יוֹנָה ב, ו): "סוֹף חָבוּשׁ לְרֹאשִׁי"; וְהֶרְאָהוּ מָקוֹם מִשְׁבְּרֵי יָם, וְגַלָּיו יוֹצְאִים מִמֶּנּוּ, שֶׁנֶּאֱמַר (יוֹנָה ב, ד): "כָּל מִשְׁבָּרֶיךָ וְגַלֶּיךָ עָלַי עָבָרוּ"; וְהֶרְאָהוּ עַמּוּדֵי אֶרֶץ וּמְכוֹנֶיהָ, שֶׁנֶּאֱמַר (יוֹנָה ב, ז): "הָאָרֶץ בְּרִחֶיהָ בַעֲדִי לְעוֹלָם"; וְהֶרְאָהוּ גֵּיהִנָּם, שֶׁנֶּאֱמַר (יוֹנָה ב, ז): "וַתַּעַל מִשַּׁחַת חַיַּי ה' אֱלֹהָי"; וְהֶרְאָהוּ שְׁאוֹל תַּחְתִּית, שֶׁנֶּאֱמַר (יוֹנָה ב, ב): "מִבֶּטֶן שְׁאוֹל שִׁוַּעְתִּי, שָׁמַעְתָּ קוֹלִי"; וְהֶרְאָהוּ הֵיכַל ה', שֶׁנֶּאֱמַר (יוֹנָה ב, ז): "לְקִצְבֵּי הָרִים יָרַדְתִּי". מִכָּאן אָנוּ לְמֵדִין שֶׁיְּרוּשָׁלַיִם עַל שִׁבְעָה הָרִים הִיא עוֹמֶדֶת. הֶרְאָהוּ אֶבֶן שְׁתִיָּה קְבוּעָה בִּתְהוֹמוֹת תַּחַת הֵיכַל ה', וּבְנֵי קֹרַח עוֹמְדִים וּמִתְפַּלְּלִין עָלֶיהָ. אָמַר לוֹ הַדָּג: יוֹנָה, הֲרֵי אַתָּה עוֹמֵד תַּחַת הֵיכַל ה'. הִתְפַּלֵּל, וְאַתָּה נַעֲנֶה! אָמַר יוֹנָה לַדָּג: עֲמוֹד בִּמְקוֹם עָמְדְךָ, שֶׁאֲנִי מְבַקֵּשׁ לְהִתְפַּלֵּל. עָמַד הַדָּג, וְהִתְחִיל יוֹנָה לְהִתְפַּלֵּל לִפְנֵי הקב"ה, וְאָמַר לְפָנָיו: רבש"ע, נִקְרֵאתָ מוֹרִיד וּמַעֲלֶה. יָרַדְתִּי – הַעֲלֵנִי; נִקְרֵאתָ מֵמִית וּמְחַיֶּה. הֲרֵי נַפְשִׁי הִגִּיעָה לָמוּת – הַחְיֵנִי. וְלֹא נַעֲנָה, עַד שֶׁיָּצָא מִפִּיו דָּבָר זֶה וְאָמַר: אֲשֶׁר נָדַרְתִּי אֲשַׁלְּמָה, אֲשֶׁר נָדַרְתִּי לְהַעֲלוֹת אֶת לִוְיָתָן, וְלִזְבֹּחַ אוֹתוֹ לְפָנֶיךָ, אֲשַׁלֵּם בְּיוֹם יְשׁוּעַת יִשְׂרָאֵל. מִיַּד רָמַז הקב"ה, וְהִשְׁלִיךְ (הדג) אֶת יוֹנָה, שֶׁנֶּאֱמַר (יוֹנָה ב, יא): "וַיֹּאמֶר ה' לַדָּג, וַיָּקֵא אֶת יוֹנָה אֶל הַיַּבָּשָׁה".
המקרא אינו מרבה לספר מה קרה ליונה באותם שלושה ימים ששהה בבטן הדג במעמקי הים, אבל חז"ל חושפים את פרטי ההרפתקה מתוך תפילתו של יונה, המזכירה מאד פרק תהלים, אבל לחז"ל היא אוסף של רמזים על קורות יונה באותם שלושה ימים מופלאים. בנוסף לביקור בכל פלאי תבל שמתחת למים, שטים הדג ויונה אל הלוויתן, אותו מפלץ מיתולוגי, שחז"ל כל כך אוהבים. הדג חרד מפני הלוויתן, שכן שמע שהוא עתיד להיבלע בפיו. יונה, אסיר תודה על האכסניה התת-מימית שלו, מציל את הדג בדרך מיוחדת. הוא מראה ללוויתן את הברית, וזה נכנס לפאניקה ובורח. כאות תודה מסיע הדג את יונה אל מתחת להר הבית, ושם, במרתפים המימיים של המקדש, מתפלל יונה לאלוהים, ומבקש הצלה. הוא נענה לאחר שהוא נודר ללכוד את הלוויתן באחרית הימים, ולהגישו כארוחה לצדיקים בגן-עדן. הבטחה זו משכנעת את הבורא, והוא מנחה את הדג להקיא את יונה אל היבשה. סוף טוב - הכל טוב!