שְׁלוּחֵי בֵּית דִּין יוֹצְאִים מֵעֶרֶב יוֹם טוֹב וְעוֹשִׂין אוֹתוֹ כְּרִיכוֹת בִּמְחֻבָּר לַקַּרְקַע (את אגודות העומר כורכים, קושרים, עוד בהיותו מחובר לקרקע), כְּדֵי שֶׁיְּהֵא נוֹחַ לִקָּצֵר, וְכָל הָעֲיָרוֹת הַסְּמוּכוֹת לְשָׁם מִתְכַּנְּסוֹת לְשָׁם, כְּדֵי שֶׁיְּהֵא נִקְצָר בְּעֵסֶק גָּדוֹל (ברוב עם ובחגיגיות). כֵּוָן שֶׁחָשְׁכָה (שקעה השמש) אוֹמֵר לָהֶם )ראש הטקס) :בָּא הַשֶּׁמֶשׁ (שקעה השמש)? אוֹמְרִין: הֵן. בָּא הַשֶּׁמֶשׁ? אוֹמְרִין: הֵן. מַגָּל זֶה? אוֹמְרִין: הֵן. מַגָּל זֶה? אוֹמְרִין: הֵן. קֻפָּה זוֹ (סל זה)? אוֹמְרִין: הֵן. קֻפָּה זוֹ? אוֹמְרִין: הֵן. בְּשַׁבָּת אוֹמֵר לָהֶם : שַׁבָּת זוֹ ?(אף על פי ששבת היום?) אוֹמְרִין: הֵן. שַׁבָּת זוֹ? אוֹמְרִין: הֵן. אֶקְצֹר? וְהֵם אוֹמְרִים לוֹ: קְצֹר. שָׁלוֹש פְּעָמִים עַל כָּל דָּבָר וְדָבָר, וְהֵם אוֹמְרִים לוֹ: הֵן, הֵן, הֵן. כָּל כָּךְ לָמָּה? מִפְּנֵי הַבַּיְתוֹסִים, שֶׁהָיוּ אוֹמְרִים: אֵין קְצִירַת הָעֹמֶר בְּמוֹצָאֵי יוֹם טוֹב.
קְצָרוּהוּ וּנְתָנוּהוּ בְּקֻפּוֹת, הֱבִיאוּהוּ לָעֲזָרָה, הָיוּ מְהַבְהֲבִין אוֹתוֹ בְּאוּר (קולים אותו באש), נְתָנוּהוּ לְאַבּוּב, וְאַבּוּב הָיָה מְנֻקָּב (צינור מתכת מנוקב), כְּדֵי שֶׁיְּהֵא הָאוּר שׁוֹלֵט בְּכֻלּוֹ. שְׁטָחוּהוּ בָּעֲזָרָה וְהָרוּחַ מְנַשֶּׁבֶת בּוֹ. נְתָנוּהוּ בְּרֵחַיִם שֶׁל גָּרוֹסוֹת (אבני רחיים לגריסה גסה) וְהוֹצִיאוּ מִמֶּנּוּ עִשָּׂרוֹן (עשירית האיפה), שֶׁהוּא מְנֻפֶּה בִּשְׁלֹש עֶשְׂרֵה נָפָה (מנופה שלוש עשרה פעמים בנפות).
מִשֶּׁקָּרֵב הָעֹמֶר (משהוקרב עומר זה) – יוֹצְאִין וּמוֹצְאִין שׁוּקֵי יְרוּשָׁלַיִם שֶׁהֵם מְלֵאִים קֶמַח וְקָלִי.
(בבלי, מנחות; בבלי, פסחים)
מצוות הבאת העומר מצויה בויקרא פרק כ"ג:
וַיְדַבֵּר יְהוָה אֶל מֹשֶׁה לֵּאמֹר: דַּבֵּר אֶל בְּנֵי יִשְׂרָאֵל, וְאָמַרְתָּ אֲלֵהֶם: כִּי תָבֹאוּ אֶל הָאָרֶץ אֲשֶׁר אֲנִי נֹתֵן לָכֶם, וּקְצַרְתֶּם אֶת קְצִירָהּ, וַהֲבֵאתֶם אֶת עֹמֶר רֵאשִׁית קְצִירְכֶם אֶל הַכֹּהֵן. וְהֵנִיף אֶת הָעֹמֶר לִפְנֵי יְהוָה לִרְצֹנְכֶם. מִמָּחֳרַת הַשַּׁבָּת יְנִיפֶנּוּ הַכֹּהֵן... וּסְפַרְתֶּם לָכֶם מִמָּחֳרַת הַשַּׁבָּת, מִיּוֹם הֲבִיאֲכֶם אֶת עֹמֶר הַתְּנוּפָה, שֶׁבַע שַׁבָּתוֹת תְּמִימֹת תִּהְיֶינָה. טז עַד מִמָּחֳרַת הַשַּׁבָּת הַשְּׁבִיעִת תִּסְפְּרוּ חֲמִשִּׁים יוֹם, וְהִקְרַבְתֶּם מִנְחָה חֲדָשָׁה לַיהוָה.
הטקס המתואר בתלמוד הוא תולדה של ויכוח גדול בין זרמים שונים ביהדות בית שני. הפרושים, הזרם המוביל, פרשו את 'מִמָּחֳרַת הַשַּׁבָּת' כיום שאחרי השבתון של פסח (החג הראשון), ואילו הביתוסים, שאולי היו שם אחר לצדוקים, או אולי היו זרם כוהני אריסטוקראטי שמרני אחר, פרשו ביטוי מקראי זה כהנחיה להביא את העומר ביום א' שאחרי החג הראשון. ויכוחים אודות מועדים בלוח השנה היו תמיד סוערים, כי בעניין זה לא יכולות להתקיים במקביל שתי שיטות.
הטקס המתואר בתלמוד מנציח את התקופה, שבה זיכרון הויכוח היה עדיין טרי. הטקס מתקיים בשדה, ממש ליד שדה הדגן האמור להיקצר ראשון. ראש הטקס משתף את הקהל באחריות להחלטה על התחלת קציר העומר, והוא מבקש אישור כפול ומשולש לכל מרכיב בטקס – רגע שקיעת השמש, המגל בו ייקצר העומר, הסל אליו יוכנס העומר הנקצר, ואם זה יום השבת השבועי – הקהל יאשר לקצור בכל זאת.
העומר המובא לעזרה בבית המקדש בסלים מוכנס לאבובי ברזל לקליה באש, נגרס ברחיים מתאימים, ונמסר לכוהנים כמנחה. רק אז, משהוקרב העומר, יכולים השווקים בירושלים להתחיל במכירה של קמח או של קלי ביבול שנה זו. מהערה אחרונה זו ניתן ללמוד, כי יתכן ושדות דגן אחדים כבר נקצרו ויבולם נטחן ונקלה, אך חל איסור על מכירתם עד שלא יובא העומר לבית המקדש.
טקס קציר העומר חודש כאחד ממנהגי חג הפסח בהתיישבות העובדת. ממחדשי הטקס – מתתיהו שלם ולאה ברגשטיין מקבוץ רמת יוחנן. השנה הראשונה בה התקיים טקס מחודש זה היתה 1946, וברמת יוחנן ממשיכים לקיימו מדי שנה, כשלחניו של מתתיהו שלם ומחולותיה של לאה ברגשטיין הם עדיין מרכיביו העיקריים של הטקס. הטקסט של הטקס הוא, כמובן, זה המופיע כאן, הטקסט התלמודי.