การบัพติสมาในน้ำ ชาวยิวใช้เพื่อรับบัพติสมาให้คนต่างชาติที่อยากมาเชื่อพระเจ้าของคนยิว แต่ท่านยอห์นได้นำพิธีบัพติสมาเพื่อแสดงถึงการกลับใจใหม่ออกจากระบบเดิมสู่ระบบใหม่
- ระบบเดิม คือการอยู่ภายใต้พันธสัญญาเดิมและพระบัญญัติเดิม
- ส่วนการอยู่ใต้ระบบใหม่ คือการอยู่ภายใต้พันธสัญญาใหม่และพระบัญญัติใหม่ การอยู่ใต้ระบบใหม่ก็คือการอยู่ใต้พระคุณนั่นเอง
การบัพติสมาในน้ำยังหมายถึงการยอมรับความจริงว่าเราได้ตายและเป็นขึ้นมากับพระเยซูแล้ว เราจำเป็นที่จะต้องรับบัพติสมาในน้ำ เพราะว่าพระเยซูได้สั่งไว้ใน (ยน 3:3-5) พระองค์ได้กล่าวว่าถ้าหากว่าท่านไม่ได้บังเกิดใหม่ในน้ำและในพระวิญญาณท่านจะเห็นและเข้าในอาณาจักรของพระเจ้าไม่ได้เป็นอันขาดและสาวกของพระเยซูก็ได้บัพติสมาให้ผู้เชื่อในหนังสือกิจการ การบัพติสมาเป็นจุดเริ่มต้นของการแสวงหาอาณาจักร เพื่อจะได้เห็นและเข้าไปในอาณาจักรนั้น
การบัพติสมาที่ถูกวิธี คือต้องจุ่มน้ำให้หมดทั้งตัว ไม่ให้เหลือแม้แต่เส้นผม เราจะพรมน้ำไม่ได้เป็นอันขาด การบัพติสมาที่จุ่มแต่น้ำ แต่ไม่รับในนามพระบิดา พระบุตรและพระวิญญาณบริสุทธิ์ ก็เป็นการบัพติสมาของท่านยอห์นนั่นเอง การรับบัพติสมาในพระนามของพระเจ้าสามพระภาคและการรับบัพติสมาในพระนามของพระเยซูคริสต์เป็นอันเดียวกัน