Este municipio, no muy extenso, está situado en el norte de la isla entre La Guancha y Los Realejos. Es una franja estrecha de terreno que va de la costa hasta las alturas del Parque Nacional del Teide. El gran paredón de La Fortaleza, en el Parque Nacional, pertenece a San Juan. Esta gran pared es una parte muy antigua del circo que rodea el gran llano (atrio) del parque del Teide. Sus paredes son de color rojizo y forman columnas y se llenan de tajinastes rojos en flor entre mayo y julio. Entre La Fortaleza y los 1000 metros de altitud aproximadamente se extiende un gran pinar (Parque Natural Corona Forestal). Por debajo del pinar hay una extensa zona agrícola de laderas de pendiente suave donde se plantan papas. En la parte cercana a la costa y otros núcleos urbanos como Los Quevedos, La Vera, Las Rosas y San José hay zonas residenciales. El cauce del barranco de Ruiz marca su límite con Los Realejos. Y comparte dos Espacios Naturales Protegidos más con el municipio de Los Realejos: el Paisaje Protegido de Campeches, Tigaiga y Ruiz y el Sitio de Interés Científico del Barranco de Ruiz. San Juan tiene una zona agrícola fértil y en producción entorno a la carretera TF-5. En la costa, pero sobre un acantilado, está San Juan y en la costa también sobre otro un pequeño acantilado, muy bravo, está el barrio de Las Aguas. Otro caserío en la costa es El Rosario donde se cultiva el plátano.
E-227 San Juan - Mirador Masape (5,8k - 1h 30m)
E-614 El Rosario - Barranco de Ruiz (3,6k - 2h 26m)
E-618 Barranco de Ruiz - La Vera - San Juan (10,6k - 4h)
E-654 Entre huertas desde El Rosario a Las Aguas (4k - 2h 25m)
E-674 Barranco del Poncio - San Juan (4,8k - 2h 16m)
E-702 Las Aguas - San Juan (5,2k - 2h 42m)
E-753 Los Quevedos - Las Rosas - La Guancha (6,6k - 2h 51m)
E-755 Las Rosas - La Tahona (13,2k - 5h 49m)
E-769 Pino Molino de Viento - Barranco de Poncio - San Juan (6,1k - 2h 21m)
E-827 Barranco La Rambla - Fuente del Bardo (10,4k - 4h 17m)
E-1230 La Fortaleza - Cho Loreto - Tierras de Mesa (25,8k - 8h 28m)