Nasceu em 12 de março de 1599, na Belgica. Seu pai o sapateiro e curtidor de peles Carlos Berchmans, sua mãe Isabel. Casal católico. Foi o primogênito de 5 filhos. João desde cedo gostava de estudar. Fez a primeira Eucaristia com 11 anos.

Quando tinha 14 anos, seu pai disse. Não somos ricos, você terá que desistir dos estudos. João respondeu: "Por favor, pai, deixe-me estudar. Viverei a pão e água, mas deixe-me ser padre". Suas tias tentavam ajuda-lo, mas, foi o Cônego Jan de Froymont, da catedral de Malines, que o levou  para ficar em sua casa,  trabalhando de camareiro, e instrutor de outros jovens, assim podia estudar.

Em agosto de 1616, escreveu aos pais: “respeitado pai e querida mãe, há quatro meses que Nosso Senhor bate á porta do meu coração. Até agora não o abri, mas pouco a pouco percebi que mesmo que eu estudasse, caminhasse, brincasse ou fizesse outra coisa, um único pensamento me persegue: escolher um certo estado de vida. Por isso, decidi me oferecer inteiramente a Cristo e, lutar em seus combates na Companhia de Seu Nome. Só espero que vocês não oponham seus planos ao Dele. Filho obediente de Cristo e de vocês, João Berchmans”.

Seu pai disse que o deixava livre para escolher o que queria fazer, mas não esperasse nenhuma ajuda dele.  São João lhe respondeu: "Pai, se a roupa que visto me impedisse, eu imediatamente a tiraria e entraria para a Companhia de Jesus com mangas de camisa".

Em 24 de setembro de 1618, fez a primeira profissão religiosa, tornando-se noviço Jesuíta. Em 1619, foi para Roma, completar os estudos de Filosofia no Colégio Romano (atual Pontifícia Universidade Gregoriana). 

 Tentaram desqualifica-lo. O sr Berchmans é aplicado, mas não estou convencido de suas qualidades. Chamaram um sacerdote e lhe fizeram várias perguntas, mas para cada uma tinha a resposta certa. Seu guardião lhe disse: "Não desista meu jovem. Deus o chama, procure ser um bom Jesuíta".

No seminário Padre Camilo Gori, encarregado dos jovens, o colocara no mesmo quarto que ficará São Luís Gonzaga, trinta anos antes. E dizia: "Ele é muito, muito, muito, bom".

São João Berchmans teria sido um santo padre. Mas morreu por provavelmente uma pneumonia com septicemia, pela rapidez que aconteceu, quando estudava filosofia no seminário. No dia 7 sábado, sentia-se tão fraco que não conseguiu escrever as suas breves notas que fazia todos os dias após a meditação matinal. Às 15 horas, foi se arrastando até a sala do Reitor e informou-o que estava doente. Ficou acamado na enfermaria. Dia 8 domingo, comungou. O médico o achava um pouco melhor. Dia 9 os sintomas da pneumonia apareceram. Um enfermeiro que cuidava dele disse: "Não sei se estou cuidando de um homem ou de um santo".

Morreu na madrugada do dia 13 de agosto de 1621, com 21 anos, em Roma. São João pegou o crucifixos, o terço e o livro de regras e pediu que recitassem a Ladainha de Nossa Senhora. Deu o último suspiro na invocação: "Santa Virgem das Virgens, Mãe Castíssima". Seu processo de beatificação se iniciou, imediatamente após sua morte, mas demorou pelas perseguições que os Jesuítas estavam sofrendo na Europa. O seu corpo esta na Igreja de Santo Inácio de Loyola, em Roma, Itália. Mas suas relíquias estão na Igreja dos Jesuítas em Louvi, Bélgica. Foi Venerável em 1773, pelo Papa Clemente XIV. Foi beatificado pelo Papa Pio IX, em 9 de maio de 1865. Foi canonizado pelo Papa Leão XIII, em 15 de janeiro de 1888. Foi declarado Padroeiro do Estudantes.

Alguns de seus pensamento que escrevia após a meditação:

"Cada sábado colocarei em minhas conversas alguma coisa referente à Santíssima Virgem e em cada domingo colocarei o Santíssimo Sacramento".

"O que eu puder fazer agora, neste momento, não o deixarei para fazer em outro".

"Antes morrer que violar uma só regra".

"Darei muito mais importância às coisas espirituais e às virtudes, que à ciência e outros dons naturais e humanos".

Ele via nas pessoa, sempre a rosa e não os espinhos. 

São João Berchmans,  rogai por nós !