Nasceu em 07 de abril de 1506, No castelo da família em Xavier, Reino de Navarra. Filho mais novo  de, Juan de Jasso, conselheiro do rei, e Maria de Azpilicueta. 

Em 1512, o reino de navarra foi atacado, mas resistiu. Em 1515, navarra foi novamente invadida, seus irmãos foram presos e condenados a morte, passariam um tempo na masmorra, depois, acabaram sendo soltos. Ele tinha 9 anos, quando os irmão foram presos, também neste ano seu pai morreu. 

Com 14 anos São Francisco, foi enviado para o colégio de Santa Bárbara, em Paris. Depois para a faculdade. Se formou em literatura, humanidades e filosofia. Aprendeu francês, italiano e alemão. Foi dar aula de filosofia no colégio de Beauvais. Quando estudante foi campeão em salto em altura.

São Francisco Xavier, dividia o quarto com o francês Le Fèvre e o espanhol Santo Inácio de Loyola, fundador da Ordem dos Jesuítas.

Eles criaram um grupo com o nome Sociedade de Jesus. Mais trade, com mais quatro jovens, fundaram a companhia de Jesus, (os Jesuítas). Em 24 de junho de 1537, são Francisco é Ordenado Sacerdote. Em 1541 a Ordem foi reconhecida pelo Papa, eles já haviam feito votos de pobreza.

Em 20 de setembro de 1543, são Francisco Xavier parte para a sua primeira missão, foi para Costa de Pescaria, sul da Índia. Por ter convertido aquele povo, passou a ser chamado Apóstolo das Índias.

Depois foi como missionário para o Japão, chegando lá 1549. ficou na ilha de Kiushu. Depois foi para Quioto. Mas só foi autorizado a pregar em 1551. Não falava o japonês, lia o catecismo, e seu amigo Angiró traduzia. Foi paciente e perseverante. Logo sua missão no Japão começou a dar frutos. Conseguiu firmar congregação religiosa em 3 cidade. Ficou lá por mais de dois anos. Conseguiu aprender a língua japonesa, e escreveu um livro falando da Criação do mundo e sobre a Vida de Jesus. Foi substituído por outros padres jesuítas, que os supervisionou por uns tempos. Retornou à Índia, e lá fez muitos outros trabalhos de evangelização.

Morreu em 3 de dezembro de 1552, deitado em uma esteira, com crucifixo, que havia ganhado de seu amigo São Inácio de Loyola. Foi sepultado em Sanchoão. Seu restos mortais permanecem incorruptos. Inicialmente estavam na Igreja de São Paulo em Malaca, em 1553. Depois foram levados para a Basílica do Bom Jesus de Goa, onde esta exposto numa caixa de vidro e prata. As peregrinações lá começaram em 1637. O osso do braço direito de São Francisco Xavier, está na igreja de São José, em Macau, na China. Foi Beatificado pelo Papa Paulo V em 25 de outubro de 1619. Foi canonizado pelo Papa Gregório XV em 1622.

São Francisco Xavier, rogai por nós !