Nasceu em 8 de março de 1495, em Montemor-o-Novo, Portugal. Nome de batismo, João Cidade Duarte. Filho de André Cidade e Tereza Duarte. Seu pai vendia frutas na rua. Com 8 anos fingiu de casa, levando apenas, um cobertorzinho que dormia. Foi para a cidade Oropesa, na Espanha. Ficou na casa de Francisco Maioral, ficou como pastor, cuidando do rebanho. Francisco cuidava de João, como se fosse um filho, juntamente com sua filha.

Com 22 anos alista-se como soldado e vai combater em Fuente, contra os Franceses. Quando volta a Orepesa, para a casa de Francisco Maioral, volta a trabalhar no rebanho e na agrícola. Mas Francisco queria que João casasse com sua filha. João não querendo, saiu e foi alistar-se para batalha contra os Turcos em Viena de Áustria.

Terminada a guerra, João decide ir ate sua cidade natal, Montemor-o-Novo, para se encontrar com seus familiares. Quando chegou lá, só um tio o reconheceu, e lhe contou, que sua mãe tinha morrido pouco tempo depois que ele saiu de casa, e que seu pai, entrara para o Convento de São Francisco em Xabregas em Lisboa, onde também veio a falecer.

Então, voltou para a Espanha, onde trabalhou de pedreiro e livreiro. Estava com a vida tranquila quando, em 20 de janeiro de 1537, vai a festa de São Sebastião, e na Santa Missa celebrada por São João de Ávila, no sermão ele fala sobre a penitência, o heroísmos do martírio, da entrega total a Deus e da imolação do próprio corpo. São João de Deus, percebeu então que tinha um vazio em sua vida. Terminada a Eucaristia, começou a gritar pedindo perdão de seus pecados, golpeando-se e rasgando suas veste em sinal de arrependimento. Então alguém o levou ate o São João de Ávila, para se confessar. Saiu dali confortado. Mas no dia seguinte começou a se penitenciar publicamente. Foram vários dias seguidos, a população, começou a insulta-lo, maltrata-lo e trata-lo como louco. Quando o maltratava, pesava no sofrimento de Jesus na Paixão. Desfez-se de seus livros, suas vestes e seus moveis, ficava na rua, pedindo perdão e beijando o chão. Por vários dias repetia a mesma cena, a população, o achando louco, lhe internou no Hospital Real, onde viviam doentes mentais, mendigos e doentes desamparados.

O tratamento para doente mental era chicotadas, e a pessoa permanecia algemadas. O Santo sofria a todo com resignação, só se revoltava, quando os enfermeiro chicoteava os outros. Depois de alguns dias ali, resolveu que tinha chegado a hora de sair dali, mudou seu comportamentos e todos percebem que nada tinha de louco, nele. Tiraram-lhe as algemas, e passou a circulava livremente. Passou a cuidar dos enfermos com carinho. Não só foi considerado curado, mas todos o admiravam. Ao sair começou a pensar em como construir um hospital.

A conselho de São João de Ávila, foi em peregrinação até o Santuário Mariano de Guadalupe (Obs..: Guadalupe da Espanha, não do México), para pedir a proteção de Nossa Senhora. Percorreu 400 km a pé. Ao lá chegar, o sacristão achou se tratar de um ladrão, e foi expulsa-lo a pancada, mas ao dar o primeiro golpe, ficou com a perna paralisada. O Santo rezou pedindo a Nossa Senhora e imediatamente se curou. Ficou umas semanas lá em recolhimento, retornando a Granada, chegando no final do anos de 1539.

São João de Deus, começou a vender lenha, para pegar o dinheiro e dar comida e agasalho, as pessoas de rua, às noite. Mesmo não querendo chamar a atenção, passou a ser notado pelas pessoas que começaram a lhe ajudar com donativos. Assim aluga uma pequena casa, onde se instalou o seu pequeno hospital, que tinha 46 esteiras velhas, e cobertores velhos, que conseguira. Assim passou a recolher pessoas doentes pela rua e levar para lá. De dia, cuidava dos doentes e catava lenha para vendar, à noite, saia pela cidade, pedindo esmola. João Cidade, passou a ser conhecido como João de Deus. O número de doentes aumentava em proporção maior que os recursos, e se agravou ainda mais quando o Hospital Real pegou fogo. O Arcebispo de Granada, notando a situação de São João de Deus, doou a ele uma grande quantia, e também recorreu, a outra pessoas, assim São João comprou um antigo convento abandonado e lá abriu 200 leitos para enfermos, além de um grande albergue noturno. Juntou-se a ele, dois homens que eram seu inimigo, que ele convertera, e agora eram seus discípulos, Antônio Martins e Pedro Velasco. Assim começou uma Ordem Religiosa. Que ele chamou de Ordem dos Irmãos Hospitaleiros. Apesar de nunca ter estudado medicina, São João de Deus, conseguia curar vários doentes, em especial os doentes mentais. Tinha como princípio, se a alma for curada , meio caminha estava feito para curar o corpo. Assim dizia: "fazei o bem, irmãos, para o bem de vós mesmo".

Morreu em 8 de março de 1550, com 55 anos, em Granada, Espanha. Foi Beatificado pelo Papa urbano VIII, em 21 de setembro de 1630. foi canonizado pelo Papa Alexandre VIII, em 16 de outubro de 1690. é padroeiro dos Enfermeiros e dos doente mentais. A Ordem Hospitalar de São João de Deus, tem sua sede em Roma, es esta presente em mais de 45 países.

São João de Deus, rogai por nós !