Nasceu em 1542, em Fontiveros, Ávila, Espanha. Nome de batismo Juan de Yepes. Filho de Gonzalo de Yepes e Catarina Alvarez. Seu pai era de família rica, mas ao se casar com um jovem de família humilde perdeu todos seus direito de herança. Seu pai morreu quando São João da Cruz tinha 7 anos. Sua mãe não era aceita pela família da marido, vivia em extrema pobreza, tanto que perdeu um de seus filhos mais velhos, por desnutrição. Então mudou-se para Medina, com seus dois filhos, João e Francisco, ela passou a trabalhar como Tecelã,  para sustentar a família. Lá, São João entrou para escola para crianças pobres e principalmente órfão. Além da estudos e doutrina cristã, recebia roupa, comida e lugar para dormir. Foi escolhido para ser Acólito, no Mosteiro da Irmã Agostinianas, que ficava ao lado da escola.

São João da Cruz, começou a trabalhar jovem, como ajudante no hospital da cidade. À noite estudava gramática no colégio dos Jesuítas. Com 21 anos entrou para a Ordem Carmelita. Após noviciado, São João da Cruz, foi transferido para a Universidade de Salamanca, para estudar filosofia e teologia. Mesmo  na faculdade, Ele ajudava as pessoas como enfermeiro, seja no hospital e nas suas residências.

Em 1567, com 25 anos, foi ordenado sacerdote. Foi quando escolheu o nome de João da Cruz. Pensou em trocar de Ordem, para uma mais severa. Foi quando conheceu a madre Tereza de Ávila. Ela tinha autorização de fundar conventos. Também tinha autorização para intervir nos conventos masculinos. Isto incentivou o padre João da Cruz e ele começou a trabalhar na reforma da Ordem Carmelita, procurando reviver os carismas da Ordem e ajustando a disciplina. Assim a Ordem Carmelita, o encarregou na formação de noviços. Passou a ser reitor de um convento de formação e estudos dos novos carmelitas. Trouce um novo animo aos carmelita. Com um aumento no números de Carmelitas, com sito, reformou vários conventos.

Por impor disciplina, passou a enfrentar dificuldade dentro da Ordem. Muito superiores se opuseram ás reformas, quando esta começaram a ser aplicadas. Por isto passou por muitos sofrimentos, que só aguentou pela fé. Ficou preso em um convento por nove meses, que recusavam as reformas. Era perseguido por todos os lados. Assim fez valer o nome que escolheu, João da Cruz, suportando os sofrimentos e perseguições com louvor  a Deus e alegria. Esta foi sua marca de vida, além de seus escritos.

O espírito de sacrifício, o fugir das glórias humanas, a busca da humilhação, a oração profunda e o conhecimento da Palavra de Deus, com isto fez várias obras escritas de teologia e sabedoria divina. Algumas delas: os livros, "Cânticos Espiritual", "Subida do Carmelo", "Noite Escura". Suas obras escrita, são lidas e estudadas por leigos e religiosos, até os dias de hoje.

São João da Cruz pedia três coisas a Deus: Primeiro que ele tivesse forças para sofrer e trabalhar muito. Segundo, que ele não saísse deste mundo estando no cargo de nenhuma Ordem, ou Mosteiro. Terceiro, que ele tivesse a graça de morrer humilhado e desprezado por todos, como aconteceu com Jesus.

Pouco antes de morrer, passou por grandes sofrimentos, por calúnias e incompreensões. Foi destituído de todos os cargos, e passou os últimos meses de sua vida abandonado e na solidão. Antes de morrer, teve dores forte, por uma doença, mas louvava e agradecia a Deus por tudo.

Morreu em 14 de dezembro de 1591, com 49 anos, no Convento de Úbeda, Espanha. Foi Beatificado pelo Papa Clemente X, em 25 de janeiro de 1675. Foi Canonizado pelo Papa Bento XIII, em 27 de dezembro de 1726. Foi Declarado Doutor da Igreja, pelo Papa Pio XI, em 1926. As reformas da Ordem Carmelita Descalça, proposta por ele, aconteceram pouco tempo após sua morte. Passou a ser venerado e seguido pelos seus confrades. Em 1952 foi aclamado o Padroeiro dos poetas da Espanha.

São João da Cruz, rogai por nós !