Nasceu no dia 30 de julho de 1869, em Totatiche, Jalisco, México. São Crisóbal Magalhães Jara, filho de Rafael Magalhães e Clara Jara, fazendeiros.

Entrou para o seminário em Guadalajara.

Com 30 anos de idade, São Cristóvão foi ordenado sacerdote em Guadalajara e capelão na escola do Espírito Santo. Alguns anos depois foi nomeado Pároco da sua cidade natal, onde ajudou a fundar escolas, carpintarias, um orfanado, um asilo, criou várias capelas e pequenas Igrejas nas fazendas de sua paróquia.

Em 1916, fundou o Seminário Auxiliar de Nossa Senhora de Guadalupe.

Foi assassinado quando celebrava a Santa Missa, durante a Guerra dos Cristeiros, em 25 de maio de 1927. Apesar de pregar contra rebelião armada, foi falsamente acusado e promover a rebelião. Preso em 21 de maio de 1927, quando se dirigia para celebrar a Missa em uma fazenda. Sem julgamento, foi condenado e martirizado, juntamente com outros católicos.

São Cristóvão Magalhães dizia em voz alta: "Sou e morro inocente; perdoo de coração os autores da minha morte e peço a Deus que meu sangue sirva para a paz dos mexicanos desunidos".

Vendo que os outros padres, que estavam ali para ser executado, com medo, lhes disse: "Padres, em alguns momentos estaremos no Céu". Foram suas últimas palavras.

Em 21 de maio de 2000, foi canonizado pelo Papa João Paulo II.

São Cristóvão Magalhães, rogai por nós!