Madalena nasceu entre 1611, em Nagasaki, no Japão. Filha de família rica e cristã, teve vários irmãos. Foi uma jovem graciosa, delicada e bela. Aprendeu a ler em japonês, latim, espanhol e português. Sua infância foi um período de cruéis perseguições aos cristãos, pelos ditadores budista, estas perseguições quase extinguiu os cristãos do Japão. O número de cristão no Japão era de mais de 500 mil pessoas.

Seus pais e irmãos foram martirizados quando ela ainda era pequena, ficou então em um orfanato, mantido por missionários. Ela testemunhou a morte de vários cristãos. Leu o livro "Exortação ao Martírio", que era lido escondido pelos católicos. Neste livro falava dos exemplos de crianças, jovens, homem e mulheres, que sofreram e foram martirizados, mas não deixaram a fé em Jesus Cristo. Este exemplo, suas orações e a leitura de livro sagrados, vez crescer nela o desejo de se consagrar totalmente a Deus.

Em 1624, chegaram a Nagasaki, Frei Francisco de Jesus e Frei Vicente de Santo Antônio, da Ordem Terceira dos Agostinianos Recoletos (hoje Ordem Fraternidade Secular), este missionários ficaram encarregados da catequese, ela servia de intérprete dos missionários.

Santa Madalena, foi a primeira pessoa no Japão a entrar para a Ordem. Realizando seu sonho de se consagrar a Deus. Fazia tudo, com tanto, carinho, amor alegria e dedicação, que foram inumerável os pagãos a se converterem ao Cristianismo. Ela consolava os aflitos, animava os fracos, fortalecia a fé dos perseguidos, apoiava os corajosos e esforçados, dava catecismo para as crianças, arrecadava esmolas para os pobres, junto aos comerciantes. Fazia tudo com amor é fé. Tinha várias amigas entre as filhas dos ocidentais que morava em Nagasaki.

Em 1628 a perseguição ficou ainda mais violenta. Quase todos os católicos de Nagasaki, assim como Santa Madalena, Fugiram para as montanhas, vivendo nas cavernas e grutas e se alimentando de ervas silvestres. A Santa era querida e amada por todos, ate mesmo pelos pagãos.

Os santos, Frei Francisco e Frei Vicente, que também estavam vivendo nas montanhas, e dava aos cristão os Sacramentos. Foram presos, passaram dias na prisão, depois foram queimados vivos, no dia 3 de setembro de 1632. Chegaram dois outros, no dia seguinte, Frei Melquior e Frei Martinho, que também foram presos em 1 de novembro e foram também queimados vivo em 11 de dezembro de 1632.

Santa Madalena continuou nas montanhas, pregando, batizando, consolando, evangelizando. Mas 2 anos depois viu que muitos preferiam negar a Cristo que morrer por Ele. Triste com a perca de fé de muitos, vestiu o seu hábito e levando consigo uns livros, se apresentou aos guardas dizendo-se católica e religiosa. Estes, vendo sua beleza, sua fragilidade, sua juventude, e sabendo das horríveis torturas a que eram submetidos os cristãos, a mandaram embora.

Mas ela não se calou e começou a pregar abertamente, então no dia seguinte foi presa. Os juízes, sabendo o como a Santa era amada pelo povo e tudo que fazia para eles, tentaram convencê-la a renegar a fé, mesmo que secretamente, mas ela se manteve firme, pois queria ser exemplo para aqueles que estavam abandonando a Fé.

Sofreu então vários tipos de torturas, mas não renegou a sua Fé em Cristo. No início de outubro de 1634, foi levada para o lugar do martírio. Foi executada por meio do tormento recém inventado chamado de caverna ou o poço também chamado de cova . Ficou assim por 12 dias, a única coisa que fazia e invocar o nome de Jesus e Maria, e cantava hinos ao Senhor, quando veio uma tempestade enchendo o poço e a Santa Madalena morreu afogada. Depois de morta seu corpo foi queimado, e as cinzas espalhadas nas águas do mar, para que nada dela caíssem nas mãos dos fiei. Morreu provavelmente em 20 de outubro de 1634, quando tinha 23 anos. Em Nagasaki, Japão. Foi Beatificada pelo Papa João Paulo II, em 1981. Foi Canonizada pelo Papa João Paulo II, em 18 de outubro de 1987.

Santa Madalena de Nagasaki, rogai por nós !