Nasceu em 1510, em Gand, Espanha, filho de João, terceiro duque de Gand e Joana de Aragão. Foi educado na fé cristã. Sabendo que a educação e a base para uma vida toda, seus pais escolheram os melhores mestres para ensina-lo.

Aos 10 anos, sua mãe ficou muito doente, ele fechou-se no quarto, chorando muito, pediu a Deus por sua mãe, mas ela faleceu. Com 17 anos, foi a corte do Imperador Carlos V, lugar de seduções, mas conservou-se na Pureza. Ele, era Devoto da Santíssima Virgem, visitava frequentemente ao Santíssimo Sacramento. O imperador e sua esposa simpatizavam-se com ele, tanto que ela intermediou o casamento de Francisco com uma moça de grande Virtudes. O imperador, o proclamou Marechal, e com o título de Conde de Lombay. Em seu casamento reinava a Paz, Oração, trabalho e Harmonia. Lia somente bons livros e na maioria Religiosos, de preferência. "A leitura de livros Piedosos é o primeiro passo para uma vida mais santa". Seu divertimento eram a música e a caça. Ficou doente seguidas vezes.

Quando a Imperatriz Isabela morreu. O imperador pediu a Francisco para levar o corpo da imperatriz ao mausoléu, em Granada. Ao chegar ao local, se abriu o caixão pela última vez. O cadáver estava em estado avançado de decomposição, o odor era insuportável. Da beleza da imperatriz nada ficara. Isto impressionou profundamente o santo homem. Chegando em casa postou-se diante do crucifixo e disse: "Não, não, meu Deus ! Não mais servirei a uma criatura até que a morte me possa arrebatar". Nesta ocasião fez voto para entrar em uma Ordem Religiosa, caso sua esposa morresse antes dele. Assim disse: "A morte da imperatriz ressuscitou-me da morte".

Francisco foi nomeado vice-rei da Catalunha. Como vice-rei levou uma vida mais de monge, que secular. Era como um pai para os súditos, estes entravam livremente no palácio. Era justo e leal. Punia os ladrões e salteadores, com muito rigor. Os podres, ele lhes dava atenção. Tirava horas do dia para oração. Fazia jejum e mortificação. Comungava de 8 em 8 dias. Soube da autorização da Comunhão diária, foi até Santo Inácio, em Roma, para saber a respeito. Santo Inácio confirmou a Comunhão diária, então passou a Comungar diariamente.

Seu pai veio a falecer, com o dinheiro que recebeu, passou a administrar o condado. Mas, isto não mudou seu modo de viver. Sua esposa religiosa e santa ficou doente. Como fizera na ocasião em que pediu sua mão, pediu a Deus pela vida da esposa. Mas esta faleceu. Lembrou-se do voto que fizera, de se tornar religioso, assim o fez.

Aconselhado pelo seu confessor, entra para a Companhia de Jesus, recém fundada por Santo Inácio. Com a permissão do imperador, entregou o condado o filho mais velho, e foi para Roma, para a Companhia de Jesus, recebido por São Inácio de Loyola. Quatro meses depois, o papa lhe ordena Sacerdote.

Voltando para a Espanha, rezou a primeira Missa, na Capela do Castelo de Loyola.

Inúmeras pessoas foram convertidas por São Francisco Borja, tinha este dom especialmente de converter os pecadores de coração duro. Visitou o Imperador Carlos V, várias vezes. Foi ele que fez as exéquias do imperador.

Chamado de volta a Roma, foi eleito Superior da Companhia de Jesus. Que para o Jesuítas, foi um dos melhores períodos. Fundou colégios em vários países. Quando a Companhia foi perseguida, demostrou muita confiança em Deus. Dizia: "A companhia é Protegida por Deus. Quatro espécies de inimigos ela tem: os hereges, os infiéis, os ímpios e aqueles que desconhecem os verdadeiros fins da Companhia". De suas Virtudes a maior delas era a Humildade. Isto fez crescer por ele, o amor das pessoas. Se mortificava, não gostava de  elogios, preferia a humilhação e o desprezo. De sua baca não saia palavras para elogios próprios, em suas cartas assinava: "Francisco o pecador". 

Quando viajava e a hospedagem era péssima, não se queixava; pelo contrário se achava merecedor. Como membro Geral da Companhia de Jesus, fazia os trabalhos mais humildes da casa. Ajudava os cozinheiro, distribuía esmolas, ou comidas para os pobres, levava remédio e mantimentos à casa dos doentes. Recebeu muitas injúrias, calúnia e perseguições, tinha dores no corpo, tudo aceitava, com Paciência, mais ainda com prazer, sabendo que isto ajudaria a pagar seus pegados. Isto se explica suas obras de Penitência.

 Em 1570 acompanhou o Cardeal Alexandrino numa viagem à Espanha, Portugal e á França, por ordem do Papa Pio V. na volta ficou doente, e ao chegar em Roma, faleceu.

Morreu em 10 de outubro de 1572, com 62 anos. O Cardeal de Serma, seu neto, pediu que o corpo fosse enterrado na Igreja dos Jesuítas, em Madri. Muito fieis, foram visitar seu túmulo, e muitos Milagres aconteceram por sua intercessão. Foi Beatificado, pelo Papa Urbano VIII, em 1624. Foi Canonizado pelo Papa Clemente IX, em 20 de junho de 1671.

São Francisco Borja, rogai por nós.