Nasceu em 26 de junho de 1580, em Verdú, Catalunha, Espanha. Filho de camponeses. Sua mãe morreu quando tinha 12 anos. Com 15 recebeu a tonsura eclesial (corte de cabelo em forma arredondado), do bispo da sua cidade natal, enviando-o para Barcelona, estudar gramática (retórica), no Estudo Geral da Universidade. Em 1600, foi para o Colégio dos Jesuítas de Belém para estudar filosofia. Entra para a Congregação Mariana. Em 07 de agosto de 1602, entra para o noviciado na Companhia de Jesus de Tarragona. 

Ao completar os estudos de Filosofia, foi enviado por seus superiores ao Colégio, na ilha de Maiorca. Lá, São Pedro Claver, conheceu o porteiro da casa, futuramente fora, declarado santo Alonso Rodriguez. Este que se tornou seu guia espiritual.

No dia 23 de janeiro de 1610, o superior provincial, atendendo a seus pedidos, enviou-o como missionário à  América do Sul. Foi para a  cidade de Cartagena.

Termina sua formação teológica na casa de formação dos Jesuítas na província da Nova Granada, recebeu finalmente o Sacramento da Ordem no dia 19 de março de 1616 em Bogotá, Colômbia,  onde celebrou sua primeira Missa diante da imagem da Virgem dos Milagres de quem era devoto.

Volta para a  cidade de Cartagena, um dos pontos principais de comércio entre a Europa e o novo continente, era um dos  portos que recebiam escravos africanos na América. Eram trazidos da costas da África, vinham no fundo dos porões dos navios para serem vendidos como simples objetos e destinados ao trabalho escravo, depois de haver vivido sem esperança, morriam miseravelmente.

Em seus votos solenes, de obediência, castidade e pobre pobreza, acrescentou "Pedro Claver, escravo dos escravos para sempre".  Tinha 42 anos de idade.

Ao chegar um navio carregado de escravos, São Pedro Claver, corria ao seu encontro, levando consigo uma grande provisão de biscoitos, frutas, doces. Algo que aliviassem um pouco o sofrimento e a fome daqueles que fizeram uma longa viagem tratados desumanamente. O escravos olhavam com medo e desconfiados. O Santo, os saudava com alegria e com a ajuda de intérpretes negros, dizia frases consoladoras. Mas, seus gestos falavam mais que as palavras.

Os escravos eram trazidos da costa da África, lá muitas vezes vendidos pela sua própria gente, outros eram prisioneiros de guerra. Foi para eles que São Pedro Claves, dedicou seu apostolado, inicialmente auxiliando o padre Sandoval, em seu trabalho. São Pedro Claves, se tornou: pai, enfermeiro, consolador, evangelizador, e amigo, destes que não tinham nenhuma esperança. Que chegavam, após meses de viagem, em condições sub-humanas, alguns muito doente, machucados. O Santo lhe ajudava, no que podia, com amor e paciência. Pois, chegavam revoltados, o que é natural.

Carregando em sua mão direita um bastão com uma cruz e com um crucifixo de bronze pendurado no pescoço, saía São  Pedro Claver todos os dias para catequizar os escravos. E também, pedindo na cidade, comida, roupas, doces, dinheiro,  algo que pudesse ajudar ao escravos. Muito eram os que colaboravam.

 Ia nos grandes armazém, que os escravos ficavam até serem vendidos. Entrando nesses lugares, seu primeiro cuidado dirigia-se sempre aos doentes. Levava-lhes o rosto, curava suas feridas e chagas e repartia comida aos mais necessitados. Reunia então a todos em torno de um improvisado altar, os homens de um lado e as mulheres de outro, e iniciava a catequese, que ele sabia colocar maravilhosamente ao alcance dos escravos. Pendurava à vista de todos uma tela pintada com a figura de Nosso Senhor crucificado, com uma grande fonte de sangue correndo de seu lado ferido; aos pés da Cruz, um sacerdote batizava com o Sangue Divino vários negros, os quais apareciam belos e brilhantes; mais abaixo, um demônio tentava devorar alguns negros que ainda não haviam sido batizados.

Dizia-lhes, então, que deveriam esquecer todas as superstições e ritos que praticavam antes.Depois lhes ensinava a fazer o sinal da- cruz e lhes explicava os principais mistérios da nossa Fé: Unidade e Trindade de Deus, Encarnação do Verbo, Paixão de Jesus, mediação de Maria, Céu e inferno. São Pedro Claver, para facilitar na evangelização usava muitas imagens e pinturas. Calcula-se que tenha batizado mais de 300 mil escravos.

 Dormia pouco, passava parte da noite rezando, ou de joelhos diante do Santíssimo.  Grande adorador de Jesus-Hóstia, preparava-se todos os dias durante uma hora antes de celebrar o Sacrifício do Altar, e permanecia em ação de graças meia hora após a Missa, não permitindo que ninguém o interrompesse nesses períodos. Grande devoto de  Nossa Senhora. Rezava o Rosário diariamente, ajoelhado ou andando pelas ruas da cidade. Fazia celebrações solenes em toda festa de Nossa Senhora.

Durante a peste, em 1650, ajudou a tratar dos doente, tambem pegou a epidemia, que o deixou paralítico depois de 4 anos de sofrimento, morreu. 

 Aos idosos costumava dizer: “Pensa, meu amigo, que a casa já está velha e que ameaça arruinar-se. Confessa-te enquanto tens tempo e facilidade”.

São Pedro Claver, ao se tornar, "o escravo dos escravos" em seus votos de profissão. Era todo deles. Por isso seu confessionário estava a eles reservado. Quando, devido à  sua virtude, nobres espanhóis conseguiam de seu superior uma ordem para que os ouvisse em confissão, ele os fazia esperar até terminar de atender a todos os escravos.

Certo dia chega a uma casa onde uma negra acabava de morrer sem o batismo. O Santo se ajoelha junto dela e começa a rezar, dirigindo suas lágrimas ao Céu. De repente, a negra volta à vida durante o tempo suficiente receber o batismo, tornando a falecer.

Certa vez, porém, ele chegou tarde e a pessoa já havia falecido. Entristecido, começou a rezar fervorosamente junto ao cadáver. Instantes depois seu olhar ilumina-se, e ele diz aos presentes: “Uma tal morte é mais digna de nossa inveja do que de nossas lágrimas. Essa alma foi condenada a apenas vinte e quatro horas de Purgatório; procuremos abreviar sua pena pelo ardor de nossas preces”

Não eram só os negros que mereciam sua atenção, mas  a todos. Muitos condenados a morte, lá ia o Santo conversar com eles e dizer-lhes as últimas palavras de conforto e tentativa, para que se arrependesse de seus pecados.

 Morreu em 8 de setembro de 1654, com 73 anos, em Cartagena,  Colômbia. A cidade amanheceu com uma grande gritaria: "Morreu o Santo". Uma multidão dirigiu-se ao Colégio onde morrerá. Todos querendo vê-lo pela última vez. Foi beatificado em 16 de julho de 1850, em Roma pelo Papa Pio IX. Foi canonizado em 15 de janeiro de 1888, em Roma pelo Papa Leão XIII, disse o Papa: "Pedro Claver é o santo que mais me impressionou depois da vida de Cristo".

São Pedro Claver, rogai por nós !