Čeprav je tudi v dolini Lot več najdb iz pradavnine, se je tudi Lapopie razvila šele v srednjem veku. Pisani zgodovini lahko sledimo od 13. st., vezana pa je na reko in plovbo po njej, na tovorjenje in na obrambo posesti. Zaradi slednjega so vas utrdili. V srednjeveških vojnah so bili člani družine Cardillac, ki je imela vas in okoliška posestva v lasti včasih tudi na različnih straneh, kar je prineslo precej nesreče. Kasneje se je vas razvijala tudi zaradi številnih romarjev v Santiago de Compostella. V novejšem času pa so jo odkrili umetniki, med katerimi je najbolj znan André Breton. Danes vas, ki je seveda tudi na seznamu najlepših vasi Francije, na leto obišče čez 400.000 turistov