Šestnajst jezer dobiva vodo iz več pritokov in podzemnih virov. Ločena so s pregradami travertina, kamna, ki ga ob pomoči mahov, alg in bakterij skozi stoletja gradi iz vode odlagajoči se apnenec. Iz spodnjega jezera nato izteka reka z imenom Korana. Za park sta značilni tudi specifična flora in favna. Dolomitna in apnenčasta kamnina pogojuje razgibanost terana. Ob jezerih so tudi številne jame, globoke več deset metrov. Nekatere med njimi je na pohodu skozi park tudi mogoče obiskati. Podzemlje gorskega območja nad jezeri, torej svet, ki napaja Plitvička jezera, pa je še zelo slabo raziskano.