Je pa Udin boršt nekaj posebnega tudi v naravoslovnem pogledu. Pravzaprav je to dobrih 100 m visoka konglomeratna planota, nagnjena od severa proti jugu bolj, kot če bi šlo samo za rečni vršaj, z dokaj razgibanim reliefom. Apnenčast drobir so na teraso Udin boršta pred nekaj sto tisoč leti nanašale reke (intenzivneje v več obdobjih ledenih dob), nato pa se je pod vplivom kalcitnega veziva čvrsto sprijel, severni del pa se je pod vplivom tektonike nekoliko dvignil. Kalcitno vezivo in pretežno karbonatni prodniki so občutljivi na delovanje vode. Te v višjih predelih gozda skoraj ni, saj ponikne v številnih vrtačah in udornicah. Ko naleti na neprepustno plast sivice (laporja), ki je podlaga celotnemu območju, voda začne teči vodoravno, ob robu gozda pa na zahodu in jugu na dan privrejo številni izviri, za katerimi so razsežne, v glavnem vodoravne kraške jame. Na vzhodu potoki tečejo v glavnem po površju.