Al-Habib Muhammad Lutfi bin Ali bin Hasyim bin Yahya dalam kesempatan pesantren Ramadhan di kediaman beliau Jl. DR Wahidn Noyonta’an Gg. 7 Pekalongan mengatakan betapa pentignya rasa nasionalisme yang dirasa dewasa ini mulai luntur. Hal ini menurut beliau sangat riskan untuk keutuhan Negara Kesatuan Republik Indonesia dan menurutnya faktor inilah yang menjadi sebab yang paling vital dalam keutuhan NKRI tersebut.
Adanya pemisahan secara kesukuan atau ras, kedaerahan, keagamaan, mengindikasikan lemahnya rasa Nasionailsme yang semestinya harus dijunjung tinggi. Adanya pengelompokan dan pengkotak-kotakan seperti ini sebetulnya sudah terjadi sebelum Indonesia merdeka. Hal semacam itu adalah salah satu cara Belanda untuk memandulkan kekuatan besar Nusantara yang jika bersatu dapat dengan mudah mengusir penjajah. Belanda memisah-misahkan antara kampung Pechinan, yang dihuni orang Cina, kampung Arab yang dihuni oleh orang Arab, Keputran yang dihuni para Raden, Pekojan orang-orang India, Sampangan oleh orang-orang Madura, merupakan bukti pemisahan tersbut.
Dengan dipisah-pisahkan semacam itu akhirnya bangsa yang secara turun temurun hidup dan lahir di Indonesia tidak dapat berkomunikasi satu sama lain sebagai bangsa yang satu, tetapi intimasi mereka lebih ke nenek moyangnya masing-masing padahal secara lintas generasi mereka sudah hidup di Indonesia. Ini kenyataan sampai sekrang. Mereka (Belanda) tidak menginginkan bersatunya ras yang ada di Indonesia sehingga disetting sedemikan rupa untuk memisahkan mereka dari ras asli (Jawa, Sunda dll). Bersatunya antar ras China, Arab dan Jawa akan menjadi kekuatan luar biasa yang bisa mengancam Belanda yang pada waktu itu masih menguasai Indonesia. Semua bangsa yang lahir di bumi pertiwi harus menanamkan kesadaran bahwa mereka adalah bagian dari satu komunitas besar yang menamakan diri mereka dengan Indonesia, bukan Arab, Cina atau apapun.
Sebagai warga negara Indonesia yang plural, terdiri dari berbagai ras, suku bangsa, budaya, pulau, daerah dan agama tentunya harus sadar dan membuka pikiran selebar-lebarnya bahwa sesungguhnya semua yang disebutkan tadi itu merupakan produk Belanda asli yang diciptakan untuk menguasai Indonesia dan hal ini bukan hanya berhenti sampai Indonesia merdeka. Artinya upaya mengkotak-kotakan sampai sekarang pun masih berlangsung namun dengan atas nama dan pemeran lain.
Dalam diskusi yang digelar usai pengajian al-Habib Luthfi, Danki 407 Wonopringgo, Bayu Panji Bangsawan yang selalu aktif dalam pesantren Ramadhan mengatakn bahwa di setiap titik-titik konflik di Indonesia (NAD, Maluku, Sulawesi, Papua dll) itu terdapat pangkalan militer Amerika dan sekutu, besar kemungkinan faktor terjadinya konflik tersebut tidak terlepas dari adanya pangkalan militer sekutu itu tadi. Walaupun ini masih sebatas hypotesa namun ini juga harus diwaspadai. Indonesia yang kaya dengan pertambangan, minyak bahkan di Papua itu ada satu bukit yang seluruh isinya adalah zat yang mengandung uranium. Dan masih banyak kekayaan yang lain menjadikan mereka ingin menguasai Indonesia dengan secara perlahan-lahan memisah-misah wilayah-wilayah kecil atau pulau-pulaunya sehingga nanti apabila wilayah-wilayah ini sudah tercerai berai, sangat mudah dikuasai, sangat mudah sekali untuk menguasai Indonesia.
Yang menarik pada pengajian itu adalah setelah al-Habib Luthfi bin Yaya menerangkan tentang betapa pentingnya rasa nasionalisme tanpa memandang China, Arab, Jawa, dalam forum pengajian itu tiba-tiba ada seorang murid al-Habib Luthfi China keturunan yang mengikuti pengajian dan di akhir pengajian orang tadi mendekati al-Habib Luthfi seraya berbisik-bisik dan setelah agak lama mereka berbincang-bincang dengan lirih. Lalu al-Habib Luthfi membalikkan badan dan beliau berkata: “Al-Fatihah...”
Semua santri dengan kompak membaca surat al-Fatihah tersebut. Setelah itu sambil menjabat tangan, al-Habib Luthfi membimbing pak Herlambang membaca dua kalimah syahadat dan masuk Islam.
Di lain kesempatan al-Habib Luthfi berkata pada penulis, sebagai komentar mengenai kejadian itu: “Ini bukti kesungguhan saya dalam mencintai semua komponen bangsa dan usaha saya menanamkan nasionalisme.”