al-Habib Ja'far bin Syaikhon Assegaf ( Pasuruan )

Beberapa tahun kemudian, berangkatlah beliau ke kota Makkah untuk menunaikan ibadah haji. Semangat beliau untuk menuntut ilmu seakan tak pernah pupus. Kesempatan beliau berada di kota Makkah tak beliau sia-siakan. Kesempatan itu beliau pergunakan untuk menuntut ilmu dari para ulama yang ada disana, diantaranya :

Al-Habib Husin bin Muhammad Al-Habsyi (Mufti Syafi`i Haramain)

Al-Habib Muhammad bin Salim As-Sirry 

Al-Habib Muhammad bin Ahmad al-Mukhdor

Setelah dari kota Makkah Al-Mukarramah, kembalilah beliau ke kota kelahirannya, Ghurfah. Disana beliau kemudian diangkat menjadi imam masjid jami Ghurfah. Beliau tinggal di kota tersebut selama 8 tahun. Setelah itu beliau pindah ke kota Tarim. Disana beliau dipercaya mengajar di Rubath Tarim, sebuah sekolah yang banyak sekali mencetak ulama-ulama besar. Di kota Tarim beliau tinggal selama 2 tahun. Kemudian setelah itu, Dalam usia 40 tahun iaitu tahun 1338H, beliau berhijrah ke Indonesia. Mulanya beliau menetap di Surabaya, tinggal di kota Bondowoso, sebelum berpindah ke kota santri Pasuruan, dan menetap disana.

Di kota Pasuruan, beliau berdakwah mengibarkan bendera Laa ilaaha illallah. Beliau membuka majlis taklim dan mengajak masyarakat kepada agama Allah. Pribadinya yang arif menyebabkan beliau menjadi tempat bermusyawarah, mencari perlindungan dan pengayom masyarakat. Beliau selalu memberikan nasihat-nasihat agama dan petunjuk ke arah yang benar. Akhlak beliau mencontoh para pendahulunya yang penuh dengan sifat tawadhu, sabar, dan ramah. Tidaklah itu semua kecuali mengambil daripada akhlak-akhlak Rasulullah SAW.

Habib Ja'far menghabiskan usianya untuk ibadah dan dakwah dengan bijaksana dan akhlak yang mulia. Beliau terkenal sebagai hafiz dan mufassir al-Quran yang hebat sehingga guru beliau, Habib Muhammad bin Ahmad al-Muhdhor memberikan gelar "al-Quran berjalan" bagi beliau, di mana sering tatkala bertemu dengan Habib Ja'far, gurunya tersebut akan berkata: "Ahlan bil Quran wa ahlan bi ahlil Quran". Bahkan gurunya tersebut sering menyerahkan tugas menjadi imam kepada beliau kerana dalam bacaannya amat elok menurut hukum tajwid serta penuh kekhusyukan. Kekhusyukan dan kehadiran hati beliau ini meliputi para makmum sehingga mereka turut merasa kenikmatan khusyuk dan hudhur. Habib 'Alwi bin 'Ali al-Habsyi pernah berkata: "Ketika mendengar bacaan Habib Ja'far, aku mengikuti pendapat yang mengatakan bahwa membaca al-Fatihah di belakang imam dalam shalat jahriyyah tidak wajib kerana hudhur yang kurasakan dari bacaannya." Sehingga dikatakan juga oleh yang lain bahwa: "Kalau Habib Ja'far membaca al-Quran, maka setiap huruf yang beliau ucapkan itu seakan-akan berbentuk."

Selain dakwah keliling, beliau membuka majlis ta'lim dan majlis rohah di Pasuruan dengan dihadiri oleh ramai santri yang terdiri dari kalangan para ulama. Antara ulama yang melazimi majlisnya ialah Kiyai Haji Abdul Hamid bin 'Abdullah bin 'Umar BaSyaiban dan Kiyai Mas Imam bin Thohir.

Habib Ja'far sangat teguh menjaga ajaran leluhurnya para salafush sholeh Bani 'Alawi yang mulia. Beliau beramal sesuai amal mereka dan berakhlak persis akhlak mereka. Beliau juga setekun para leluhurnya dalam melaksanakan amal-ibadah, selalu bertaqarrub kepada Allah dengan melakukan berbagai kesholehan. Antara wiridannya setiap hari ialah mengkhatamkan kitab suci al-Quran dan memperbanyakkan sholawat atas Junjungan s.a.w. Malamnya indah dihiasi qiyamul lail dan menyendiri di tempat khusus untuk bermunajat dan bertaqarrub.

Memuliakan Para Tetamunya

Beliau juga terkenal amat memuliakan para tetamunya, sehingga urusan melayani para tetamunya dijalankan sendiri oleh beliau. Beliau sendirilah yang menuangkan minuman buat si tamu dan beliau menolak jika ada orang lain yang hendak menggantikannya. Pernah satu ketika salah seorang tetamunya menyarankan agar beliau membiarkan orang lain untuk menuangkan minuman kepada para tetamunya dengan katanya: "Jangan engkau sendiri yang melakukannya." Beliau spontan menjawab: "Apakah di hari kiamat kelak, ketika Rasulullah s.a.w. memberi manusia minum dari telaga Kautsar dengan tangan baginda sendiri, kau akan berkata kepada beliau:"Jangan engkau sendiri yang melakukannya." .... Allahu ... Allah, mudah-mudahan kita dapat meneguk minuman telaga Kautsar dari tangan baginda yang mulia. Sungguh memuliakan tetamu itu sebahagian daripada keimanan, dan berhati-hatilah kita tatkala melayani para tetamu kita, jangan sampai kita menjadikan tetamu kita tersebut sebagai pelayan kita. Ingat sabdaan Junjungan Nabi s.a.w. yang diriwayatkan oleh Imam ad-Dailami:

"Bodohlah orang yang menjadikan tetamunya sebagai khadam (yakni tetamu pula yang jadi sibuk melayan tuan rumah dan bukan sebaliknya)".

Kehidupan berputar terus dan Habib Ja'far selalu mengisinya dengan kebaikan dan kebajikan. Sampai pada suatu saat dimana Allah hendak memanggilnya, maka berpulanglah beliau menuju mardhotillah pada hari Isnin, tanggal 14 Jumadil Akhir 1374 H dalam usia 76 tahun. Berita kewafatannya tersebar ke seluruh pelusuk dan penziarah tidak putus-putus berdatangan sehingga pemakaman beliau terpaksa diakhirkan sehingga ke petang Selasa. Jasad beliau lalu disemayamkan di tepi Masjid Jami` al-Anwar, Pasuruan, berdampingan dengan maqam Habib Hadi bin Shodiq Bin Syaikh Abu Bakar. Mudah-mudahan Allah meredhai beliau dan mengumpulkan beliau bersama para leluhurnya yang sholeh.