東晉的偏安、北伐與內亂
《晉書・元帝紀》：
元皇帝諱睿，字景文，宣帝曾孫，琅邪恭王覲之子也......永嘉初，用王導計，始鎮建鄴，以顧榮為軍司馬，賀循為參佐，王敦、王導、周顗、刁協並為腹心股肱，賓禮名賢，存問風俗，江東歸心焉......及懷帝蒙塵於平陽，司空荀籓等移檄天下，推帝為盟主......及西都不守，帝出師露次，躬擐甲胄，移檄四方，徵天下之兵，剋日進討。於時有玉册見於臨安，白玉麒麟神璽出於江寧，其文曰「長壽萬年」，日有重暈，皆以為中興之象焉。
由此可見東晉政權建立，王導出力最大。
王導，字茂弘，琅邪臨沂人。琅邪王氏在當時是北方士族大姓。《晉書・王導傳》：
王導，字茂弘，光祿大夫覽之孫也。父裁，鎮軍司馬。導少有風鑒，識量清遠。年十四，陳留高士張公見而奇之，謂其從兄敦曰：「此兒容貌志氣，將相之器也。」初襲祖爵即丘子。司空劉實尋引為東閣祭酒，遷秘書郎、太子舍人、尚書郎，並不行。後參東海王越軍事。
時元帝為琅邪王，與導素相親善。導知天下已亂，遂傾心推奉，潛有興復之志。帝亦雅相器重，契同友執。帝之在洛陽也，導每勸令之國。會帝出鎮下邳，請導為安東司馬，軍謀密策，知無不為。及徙鎮建康，吳人不附，居月餘，士庶莫有至者，導患之。會敦來朝，導謂之曰：「琅邪王仁德雖厚，而名論猶輕。兄威風已振，宜有以匡濟者。」會三月上巳，帝親觀禊，乘肩輿，具威儀，敦、導及諸名勝皆騎從。吳人紀瞻、顧榮，皆江南之望，竊覘之，見其如此，咸驚懼，乃相率拜於道左。導因進計曰：「古之王者，莫不賓禮故老，存問風俗，虛己傾心，以招俊乂。況天下喪亂，九州分裂，大業草創，急於得人者乎！顧榮、賀循，此土之望，未若引之以結人心。二子既至，則無不來矣。」帝乃使導躬造循、榮，二人皆應命而至，由是吳會風靡，百姓歸心焉。自此之後，漸相崇奉，君臣之禮始定。
王導發揮的作用有三：
a. 勸司馬睿離開亂事風眼 (洛陽)，另起爐灶，移鎮建康；
b. 獻計以鎮懾江東士族大姓，並拉攏顧榮、賀循以爭取江東士族大姓之支持；
c. 邀請堂兄王敦協助，鎮守荊襄上游，以保長江天險，維持偏安局面。
另外，王導又勸司馬睿安撫北方士族，「收其賢人君子，與之圖事」。《晉書・王導傳》：
俄而洛京傾覆，中州士女避亂江左者十六七，導勸帝收其賢人君子，與之圖事。
南方戶口殷實，應避免驕奢淫逸，揮霍成風。《晉書・王導傳》：
時荊揚晏安，戸口殷實，導為政務在清靜，每勸帝克己勵節，匡主寧邦。
王導的貢獻，司馬睿看得很清楚，十分感激。他因此尊王導為「仲父」。《晉書・王導傳》：
於是尤見委杖，情好日隆，朝野傾心，號為「仲父」。帝嘗從容謂導曰：「卿，吾之蕭何也。」
繼而有「王與馬，共天下」的佳話。《晉書・王導傳》：
及帝登尊號，百官陪列，命導升御床共坐。導固辭，至於三四，曰：「若太陽下同萬物，蒼生何由仰照！」帝乃止。
東晉偏安初期，君臣之間是怎樣一種心理狀態？《世說新語・言語》：
元帝始過江，謂顧驃騎曰：「寄人國土，心常懷慚。」榮跪對曰：「臣聞王者以天下為家，是以耿、亳無定處，九鼎遷洛邑。願陛下勿以遷都為念。」
《晉書・王導傳》：
晉國既建，以導為丞相軍諮祭酒。桓彝初過江，見朝廷微弱，謂周顗曰：「我以中州多故，來此欲求全活，而寡弱如此，將何以濟！」憂懼不樂。往見導，極談世事，還，謂顗曰：「向見管夷吾，無復憂矣。」過江人士，每至暇日，相要出新亭飲宴。周顗中坐而歎曰：「風景不殊，舉目有江河之異。」皆相視流涕。惟導愀然變色曰：「當共戮力王室，克復神州，何至作楚囚相對泣邪！」眾收淚而謝之。
從「寄人國土，心常懷慚」到「新亭對泣」，君臣顯然以滯留江東為不幸。滯留為臨時計，長遠目標仍是收復故土，北返中原，所謂「共戮力王室，克復神州」。偏安自保乃後來隨形勢轉變、北伐無望而生出。
在圖謀北伐的呼聲中，有祖逖登上歷史舞台，《晉書・祖逖傳》：
祖逖，字士稚，范陽遒人也。世吏二千石，為北州舊姓。父武，晉王掾上谷太守。逖少孤，兄弟六人。兄該、納等並開爽有才幹。逖性豁蕩，不修儀檢，年十四五猶未知書，諸兄每憂之。然輕財好俠，慷慨有節尚，每至田舍，輒稱兄意，散穀帛以周貧乏，鄉黨宗族以是重之。後乃博覽書記，該涉古今，往來京師，見者謂逖有贊世才具。僑居陽平。年二十四，陽平辟察孝廉，司隸再辟舉秀才，皆不行。與司空劉琨俱為司州主簿，情好綢繆，共被同寢。中夜聞荒雞鳴，蹴琨覺曰：「此非惡聲也。」因起舞。逖、琨並有英氣，每語世事，或中宵起坐，相謂曰：「若四海鼎沸，豪傑並起，吾與足下當相避於中原耳。」
......逖以社稷傾覆，常懷振復之志。賓客義徒皆暴傑勇士，逖遇之如子弟。時揚土大饑，此輩多為盜竊，攻剽富室，逖撫慰問之曰：「比復南塘一出不？」或為吏所繩，逖輒擁護救解之。談者以此少逖，然自若也。時帝方拓定江南，未遑北伐，逖進説曰：「晉室之亂，非上無道而下怨叛也。由藩王爭權，自相誅滅，遂使戎狄乘隙，毒流中原。今遺黎既被殘酷，人有奮擊之志。大王誠能發威命將，使若逖等為之統主，則郡國豪傑必因風向赴，沈弱之士欣於來蘇，庶幾國恥可雪，願大王圖之。」帝乃以逖為奮威將軍、豫州刺史，給千人稟，布三千匹，不給鎧仗，使自招募。仍將本流徙部曲百餘家渡江，中流擊楫而誓曰：「祖逖不能清中原而復濟者，有如大江！」辭色壯烈，眾皆慨歎。屯於江陰，起冶鑄兵器，得二千餘人而後進。
......石勒不敢窺兵河南，使成皋縣修逖母墓，因與逖書，求通使交市，逖不報書，而聽互市，收利十倍，於是公私豐贍，士馬日滋。方當推鋒越河，掃清冀朔，會朝廷將遣戴若思為都督，逖以若思是吳人，雖有才望，無弘致遠識，且已翦荊棘，收河南地，而若思雍容，一旦來統之，意甚怏怏。且聞王敦與劉隗等構隙，慮有內難，大功不遂。感激發病，乃致妻孥汝南大木山下。時中原士庶咸謂逖當進據武牢，而反置家險厄，或諫之，不納。逖雖內懷憂憤，而圖進取不輟，營繕武牢城，城北臨黃河，西接成皋，四望甚遠。逖恐南無堅壘，必為賊所襲，乃使從子汝南太守濟率汝陽太守張敞、新蔡內史周閎率眾築壘。未成，而逖病甚......俄卒於雍丘，時年五十六......王敦久懷逆亂，畏逖不敢發，至是始得肆意焉。
「聞雞起舞」、「中流擊楫」的典故，都來自祖逖。
不過，有幾點尤其值得注意：
「帝乃以逖為奮威將軍、豫州刺史，給千人稟，布三千匹，不給鎧仗，使自招募。仍將本流徙部曲百餘家渡江」- 北伐軍基本上是地方豪族私人部隊的雜湊，非接受官方正式訓練的正規軍。武器裝備、物資供應亦不足。
「石勒不敢窺兵河南，使成皋縣修逖母墓」- 祖逖率領一支雜牌軍，竟可令「石勒不敢窺兵河南」，可見其驍勇善戰，北伐是有成效的。
「因與逖書，求通使交市，逖不報書，而聽互市，收利十倍，於是公私豐贍，士馬日滋」- 北伐成功又間接增強北伐軍的實力，以戰養戰。
「朝廷將遣戴若思為都督，逖以若思是吳人，雖有才望，無弘致遠識，且已翦荊棘，收河南地，而若思雍容，一旦來統之，意甚怏怏」- 此見北伐功敗垂成，問題出於東晉政權內部。元帝不信在外將領，予以牽制，致使在外將領洩氣。
「且聞王敦與劉隗等構隙，慮有內難，大功不遂」- 北伐失敗另一個原因，是東晉易生內亂，祖逖北伐時，王敦已蠢蠢欲動。
祖逖終於病逝，沒多久，王敦起兵作亂。這是東晉成立以來一個大危機。
《晉書・王敦傳》：
帝初鎮江東，威名未著，敦與從弟導等同心翼戴，以隆中興，時人為之語曰：「王與馬，共天下。」尋與甘卓等討江州刺史華軼，斬之。
蜀賊杜弢作亂，荊州刺史周顗退走，敦遣武昌太守陶侃、豫章太守周訪等討韜，而敦進住豫章，為諸軍繼援。及侃破弢，敦上侃為荊州刺史。既而侃為弢將杜曾所敗，敦以處分失所，自貶為廣武將軍，帝不許。侃之滅弢也，敦以元帥進鎮東大將軍、開府儀同三司，加都督江揚荊湘交廣六州諸軍事、江州刺史，封漢安侯。敦始自選置，兼統州郡焉。頃之，杜弢將杜弘南走廣州，求討桂林賊自效，敦許之。陶侃距弘不得進，乃詣零陵太守尹奉降，奉送弘與敦，敦以為將，遂見寵待。南康人何欽所居險固，聚黨數千人，敦就加四品將軍，於是專擅之跡漸彰矣。
......時劉隗用事，頗疏間王氏......初，敦務自矯厲，雅尚清談，口不言財色。既素有重名，又立大功於江左，專任閫外，手控強兵，群從貴顯，威權莫貳，遂欲專制朝廷，有問鼎之心。帝畏而惡之，遂引劉隗、刁協等以為心膂。敦益不能平，於是嫌隙始構矣。每酒後輒詠魏武帝樂府歌曰：「老驥伏櫪，志在千里。烈士暮年，壯心不已。」以如意打唾壺為節，壺邊盡缺。及湘州刺史甘卓遷梁州，敦欲以從事中郎陳頒代卓，帝不從，更以譙王承鎮湘州。敦復上表陳古今忠臣見疑於君，而蒼蠅之人交構其間，欲以感動天子。帝愈忌憚之。俄加敦羽葆鼓吹，增從事中郎、掾屬、舍人各二人。帝以劉隗為鎮北將軍，戴若思為征西將軍，悉發揚州奴為兵，外以討胡，實禦敦也。永昌元年，敦率眾內向，以誅隗為名......
「敦以元帥進鎮東大將軍、開府儀同三司，加都督江揚荊湘交廣六州諸軍事、江州刺史，封漢安侯。敦始自選置，兼統州郡焉。」這個問題很大，長江上游、荊襄一帶地區乃江左政權的死穴。王敦握此死穴，且手持重兵，焉能不反？
劉隗、刁協的牽制是無力的，反而影響到祖逖。北伐卒之失敗，王敦亦率兵沿江東下，幸賴蘇峻、祖約等出兵討伐，亂事才平定。
然而，蘇峻、祖約未幾作亂。《晉書・蘇峻傳》：
蘇峻，字子高，長廣掖人也......王敦作逆，詔峻討敦。卜之不吉，遲回不進......王敦復肆逆，尚書令郗鑒議召峻及劉遐援京都，敦遣峻兄說峻曰：「富貴可坐取，何為自來送死？」峻不從，遂率眾赴京師，頓於司徒故府。道遠行速，軍人疲睏。沈充、錢鳳謀曰：「北軍新到，未堪攻戰，擊之必克。若復猶豫，後難犯也。」賊於其夜度竹格渚，拔柵將戰，峻率其將韓晃於南塘橫截，大破之。又隨庾亮追破沈充。進使持節、冠軍將軍、曆陽內史，加散騎常侍，封邵陵公，食邑一千八百戶。
峻本以單家聚眾於擾攘之際，歸順之後，志在立功，既有功於國，威望漸著。至是有銳卒萬人，器械甚精，朝廷以江外寄之。而峻頗懷驕溢，自負其眾，潛有異志，撫納亡命，得罪之家有逃死者，峻輒蔽匿之。眾力日多，皆仰食縣官，運漕者相屬，稍有不如意，便肆忿言。
時明帝初崩，委政宰輔，護軍庾亮欲征之......於是遣參軍徐會結祖約，謀為亂，而以討亮為名。
《晉書・祖約傳》：
祖約，字士少，豫州刺史逖之弟也......及王敦舉兵，約歸衛京都，率眾次壽陽，逐敦所署淮南太守任台，以功封五等侯，進號鎮西將軍，使屯壽陽，為北境籓捍。自以名輩不後郗、卞，而不豫明帝顧命，又望開府，及諸所表請多不見許，遂懷怨望......及蘇峻舉兵，遂推崇約而罪執政，約聞而大喜。從子智及衍並傾險好亂，又贊成其事，於是命逖子沛內史渙，女婿淮南太守許柳以兵會峻。逖妻，柳之姊也，固諫不從。及峻克京都，矯詔以約為侍中、太尉、尚書令。
溫嶠、陶侃等會師討伐蘇峻，亂事方告一段落。田園詩人陶淵明是陶侃的曾孫。
《晉書・桓溫傳》：
桓溫，字元子，宣城太守彝之子也......溫時年十五，枕戈泣血，志在復仇......
及石季龍死，溫欲率眾北征，先上疏求朝廷議水陸之宜，久不報。時知朝廷杖殷浩等以抗己，溫甚忿之，然素知浩，弗之憚也......
時殷浩至洛陽修復園陵，經涉數年，屢戰屢敗，器械都盡。溫復進督司州，因朝野之怨，乃奏廢浩，自此內外大權一歸溫矣......
溫既負其才力，久懷異志，欲先立功河朔，還受九錫。既逢覆敗，名實頓減，於是參軍郗超進廢立之計，溫乃廢帝而立簡文帝。詔溫依諸葛亮故事，甲仗百人入殿，賜錢五千萬，絹二萬匹，布十萬匹。溫多所廢徒，誅庾倩、殷涓、曹秀等。是時溫威勢翕赫，侍中謝安見而遙拜，溫驚曰：「安石，卿何事乃爾！」安曰：「未有君拜於前，臣揖於後。」時溫有腳疾，詔乘輿入朝，既見，欲陳廢立本意，帝便泣下數十行，溫兢懼，不得一言而出。
及帝不豫，詔溫曰：「吾遂委篤，足下便入，冀得相見。便來，便來！」於是一日一夜頻有四詔。溫上疏曰：「聖體不和，以經積日，愚心惶恐，無所寄情。夫盛衰常理，過備無害，故漢高枕疾，呂後問相，孝武不豫，霍光啟嗣。嗚噎以問身後，蓋所存者大也。今皇子幼稚，而朝賢時譽惟謝安、王坦之才識智皆簡在聖鑒。內輔幼君，外禦強寇，實群情之大懼，然理盡於此。陛下便宜崇授，使群下知所寄，而安等奉命陳力，公私為宜。至如臣溫位兼將相，加陛下垂布衣之顧，但朽邁疾病，懼不支久，無所復堪托以後事。」疏未及奏而帝崩，遺詔家國事一稟之於公，如諸葛武侯、王丞相故事。溫初望簡文臨終禪位於己，不爾便為周公居攝。事既不副所望，故甚憤怨，與弟沖書曰：「遺詔使吾依武侯、王公故事耳。」王、謝處大事之際，日憤憤少懷。
桓溫是繼祖逖後另一北伐大將。
有別於祖逖，他懷有異心。三次北伐失敗後，桓溫本來打算先立簡文帝，再「望簡文臨終禪位於己」。可惜事與願違。
到了他的兒子桓玄，卒之篡奪東晉帝位，建立桓楚政權，此為東晉另一場大規模亂事。
淝水戰東晉全國能團結一致，有賴桓沖、謝安之將相和。《晉書・桓沖傳》：
沖字幼子，溫諸弟中最淹識，有武幹，溫甚器之......頃之，進監江荊豫三州之六郡軍事、南中郎將、假節，州郡如故。在江州凡十三年而溫薨。孝武帝詔沖為中軍將軍、都督揚江豫三州軍事、揚豫二州刺史、假節......沖既代溫居任，盡忠王室。或勸沖誅除時望，專執權衡，沖不從。謝安以時望輔政，為群情所歸，沖懼逼，甯康三年，乃解揚州，自求外出。桓氏黨與以為非計，莫不扼腕苦諫，郗超亦深止之。沖皆不納，處之澹然，不以為恨，忠言嘉謀，每盡心力。於是改授都督徐兗豫青揚五州之六郡軍事、車騎將軍、徐州刺史，以北中郎府並中軍，鎮京口，假節。又詔沖及謝安並加侍中，以甲杖五十人入殿。時丹陽尹王蘊以後父之重昵於安，安意欲出蘊為方伯，乃復解沖徐州，直以車騎將軍都督豫江二州之六郡軍事，自京口遷鎮姑熟......會張天錫陷沒，於是罷兵。俄而豁卒，遷都督江荊梁益寧交廣七州揚州之義成雍州之京兆司州之河東軍事、領護南蠻校尉、荊州刺史、持節，將軍、侍中如故。又以其子嗣為江州刺史。沖將之鎮，帝餞於西堂，賜錢五十萬。又以酒三百四十石、牛五十頭犒賜文武。謝安送至溧洲。
可是，這種情況畢竟很罕見。
孫恩盧循之亂令北府兵將領劉裕迅速崛起，《晉書・恭帝紀》：
二年夏六月壬戌，劉裕至於京師。傅亮承裕密旨，諷帝禪位，草詔，請帝書之。帝欣然謂左右曰：「晉氏久已失之，今復何恨。」乃書赤紙為詔。甲子，遂遜於琅邪第。
東晉過渡至南朝，竟全無血腥反抗，這在歷史上亦甚奇異。