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羅整菴生平略述
明代朱子學始於崇仁學派之吳康齋，及後於北方又有薛瑄文清續言此學。不過，不論是崇仁還是河東學派，其多本於朱子以述朱子之學，未能於朱子之義理間架中多所創發，其批評朱子之語更是少之又少。一直至明中葉，羅欽順出，明代朱子學才為之一變，創發及批評改進之見迭出，大別於初期明代之朱子學。
有關欽順對朱子學之修正及意見，後文續有詳細論述，暫且不說。本文且先交代一下羅欽順之生平，以約略窺見其為人。羅欽順之生平，《明史．儒林傳》曾有以下一段敘述：
羅欽順，字允升，泰和人。弘治六年進士及第，授編修。遷南京國子監司業，與祭酒章懋以實行教士。未幾，奉親歸，因乞終養。劉瑾怒，奪職為民。瑾誅，復官，遷南京太常少卿，再遷南京吏部右侍郎，入為吏部左侍郎。世宗即位，命攝尚書事。上疏言久任、超遷，法當疏通，不報。大禮議起，欽順請慎大禮以全聖孝，不報。遷南京吏部尚書，省親乞歸。改禮部尚書，會居憂未及拜。再起禮部尚書，辭。又改吏部尚書，下詔敦促，再辭。許致仕，有司給祿米。時張總、桂萼以議禮驟貴，秉政樹黨，屏逐正人。欽順恥與同列，故屢詔不起。裏居二十餘年，足不入城市，潛心格物致知之學。王守仁以心學立教，才知之士翕然師之。欽順致書守仁，略曰：「聖門設教，文行兼資，博學於文，厥有明訓。如謂學不資於外求，但當反觀內省，則『正心誠意』四字亦何所不盡，必於入門之際，加以格物工夫哉？」守仁得書，亦以書報，大略謂：「理無內外，性無內外，故學無內外。講習討論，未嘗非內也。反觀內省，未嘗遺外也。」反復二千餘言。欽順再以書辨曰：「執事云：『格物者，格其心之物也，格其意之物也，格其知之物也。正心者，正其物之心也。誠意者，誠其物之意也。致知者，致其物之知也。』自有《大學》以來，未有此論。夫謂格其心之物，格其意之物，格其知之物，凡為物也三。謂正其物之心，誠其物之意，致其物之知，其為物也，一而已矣。就三而論，以程子格物之訓推之，猶可通也。以執事格物之訓推之，不可通也。就一物而論，則所謂物，果何物耶？如必以為意之用，雖極安排之巧，終無可通之日也。又執事論學書有云：『吾心之良知，即所謂天理。致吾心良知之天理於事物，則事事物物皆得其理矣。致吾心之良知者，致知也。事事物物各得其理者，格物也。』審如所言，則《大學》當云『格物在致知』，不當云『致知在格物』，與『物格而後知至』矣。」書未及達，守仁已歿。
欽順為學，專力於窮理、存心、知性。初由釋氏入，既悟其非，乃力排之，謂：「釋氏之明心見性，與吾儒之盡心知性，相似而實不同。釋氏之學，大抵有見於心，無見於性。今人明心之說，混於禪學，而不知有千裏毫釐之謬。道之不明，將由於此，欽順有憂焉。」為著《困知記》，自號整庵（案：或作菴）。年八十三卒，贈太子太保，諡文莊。
黃梨洲《明儒學案》又說：
羅欽順，字允升，號整菴，吉之泰和人。弘治壬子鄉試第一，明年進士及第。授翰林編修，擢南京國子司業，時章楓山先生為祭酒，皆正己率物，太學一時之盛。奉親歸家，因疏乞終養。逆瑾怒，奪職為民。瑾誅，復職。由南京太常少卿，陞南京禮部右侍郎，改吏部右侍郎。嘉靖初，轉左侍郎，拜南京吏部尚書，改入禮部。丁父憂，服闋，起原官。未至，改吏部。具疏固辭，於是得旨致仕。丁未四月二十四日卒，年八十有三。詔賜祭葬，贈太子太保，諡文莊。
先生家居，每平旦正衣冠升學古樓，群從入，敘揖畢，危坐觀書，雖獨處無惰容。食恆二簋，居無臺榭，燕集無聲樂。林希元曰：「先生自發身詞林以至八座，其行己居官如精金美玉，無得致疵。」
合二條而觀，我們大致可知羅欽順（1465-1547），字允升，號整菴，江西泰和人。弘治六年（1493）進士，授翰林編修，又任南京國子司業。劉瑾當政，因其不附和劉瑾，被奪職為民。瑾死，欽順任南京太常寺少卿，後陞南京禮部右侍郎，改吏部右侍郎。世宗初年，轉為吏部左侍郎，後任南京吏部尚書、禮部尚書。父死，欽順因不願和朝中之張總、桂萼同列，故屢詔不起。自此致仕居家二十餘年，潛心學問之道，其主要著作為《困知記》。
整菴（因欽順號整菴，故後文一律以整菴指欽順）約和王陽明、湛甘泉同時，其曾致書與二人討論學術異同；然就為學方向上，其卻異於王、湛。其以程朱為宗，嚴分心、性，反對以心為性、心即理之說。此又和他早年一段為學經歷有關。整菴自敘為學云：
昔官京師，逢一老僧，問：「何由成佛？」渠漫舉禪語：「佛在庭前柏樹子。」意其必有所謂，為之精思達旦。攬衣將起，則恍然而悟，不覺流汗通體。既而得《證道歌》讀之，若合符節。自以為至奇至妙，天下之理莫或加焉。後官南雍，聖賢之書未嘗一日去手，潛玩久之，漸覺就實。始知前所見者，乃此心虛靈之妙，而非性之理也。自此研磨體認，積數十年，用心甚苦。年垂六十，始了然有見乎心性之真，而確乎有以自信。（依錢穆《宋明理學概述》校改《明儒學案》文字）
由於整菴早年曾習禪學，後轉治儒學而始知心、性為二（嚴格言之是心性不一不二），故其認為凡以心為性之說皆有誤、不見道，近於禪學，當被反對。其一生終不契王、湛二人之學，也由於此（朱子早年亦曾醉心禪學，後大斥陸象山「心即理」之說為禪，此近於整菴之經歷）。
《困知記》為整菴一生最主要的學術著作，凡四續，分卷上及下、續卷上及下、三續、四續，另有論學書。由《困知記序》，我們也可窺見整菴生平之一斑。他說：
余才微而質魯，志復凡近。早嘗從事章句，不過為利祿謀爾。年幾四十，始慨然有志於道。雖已晚，然自謂苟能粗見大意，亦庶幾無負此生。而官守拘牽，加之多病，工夫難得專一。間嘗若有所見矣，既旬月，或踰時，又疑而未定。如此者蓋二十餘年，其於鑽研體究之功，亦可謂盡心焉耳矣。
近年以來，乃為有以自信。所以自信者何？蓋此理之在心目間，由本而之末，萬象紛紜而不亂，自末而歸本，一真湛然而無餘。惟其無餘，是以自約。乃知聖經所謂「道心惟微」者，其本體誠如是也。故人心道心之辨明，然後大本可得而立。大本誠立，醻酢固當沛然，是之謂「易簡而天下之理得」。
山林暮景，獨學無朋，雖自信則爾，非有異同之論，何由究極其歸趣乎？每遇病體稍適，有所尋繹，輒書而記之。少或數十言，多或數百言，既無倫序，且乏文采，間有常談俗語，亦不復刊削，蓋初非有意於為文也。積久成帙，置之座間，時一披閱，以求其所未至。同志之士有過我者，則出而講之，不有益於彼，未必無益於我也。雖然，《書》不云乎，「非知之艱，行之惟艱」，三復斯言，愧懼交集。《記》分為上下兩卷，通百有五十六章，名以「困知」，著其實爾。
因整菴四十以後始精研儒學，加上獨學無朋，故其學在明代流傳不廣，為獨得之學。錢穆說：「羅欽順則學無師承，生前既少朋徒之講習，卒後亦無從學之傳述。困心衡慮，為獨得之學，而剖析發明，堪與王、湛相鼎足。」，此似最能客觀衡評整菴在中期明學中之地位。
整菴論理氣
整菴思想最特出之地方在其理氣論。有謂整菴之「理氣一物」說欲糾正程朱之理氣論以返歸明道之理氣圓融一致；亦有謂整菴之理氣論乃是唯氣論、鼓吹「凡存在即合理」之說、有墮入「自然主義」之嫌。要分判這些說法是對是錯，我們應首先了解清楚整菴如何論理氣。
不過，在了解整菴理氣論之內容前，基於行文之方便，宜先了解一下宋儒程明道及伊川、朱子如何論理氣。大抵言之，明道之理氣論為一獨立之系統，上承周濂溪、張橫渠；伊川、朱子則別於明道而對理氣另建一理論。明道對理氣之看法可見於下列文字：
《繫辭》曰：「形而上者謂之道，形而下者謂之器」。又曰：「立天之道曰陰與陽，立地之道曰柔與剛，立人之道曰仁與義」。又曰：「一陰一陽之謂道」。陰陽亦形而下者也。而曰道者，惟此語截得上下最分明。元來只此是道，要在人默而識之也。」（二程全書、遺書第十一）
「生生之謂易」。生生之用則神也。（二程全書、遺書第十一）
冬夏寒暑陰陽也。所以運動變化者神也。神無方故易無體。若如或者別立一天，謂人不可以包天，則有方矣，是二本矣。（同上）
「寂然不動感而遂通者」，天理俱備，元無欠少，不為堯存，不為桀亡。父子君臣常理不易，何曾動來？因不動，故言寂然。雖不動，感便通。感非自外也。（宋元學案．明道學案）
由第一條，可見道和陰陽是一，而又有形上、形下之區分。道即理，陰陽即氣，則理氣在明道眼中是一（牟宗三稱之為圓融地一），但又不失形上、形下之分別。我們又可稱「一陰一陽之謂道」是對理氣動態的描述，理氣圓融而為一。由第二條，可見易體之發用為神，此頗近伊川、朱子之說法，但試把此和第三條合看，明道云：「神無方故易無體」，易無體，乃因其以用為體，如是，易體即易之用即神，易體又為理之別稱，則明道把神放在理上說。明道於第三條也曰：「所以運動變化者神也」，「所以運動變化者」即理、為形而上者，於此，亦見明道就理上言神。由第四條，可見明道就理上言感通，理為即存有即活動者。合四條而並觀，可見明道把理視為創生實體（生生之謂易）、即存有即活動者，其和氣圓融地一，神、寂感皆落於理（即形而上）說，不落於氣說。至於伊川、朱子對理氣之看法，可見於以下文字：
一陰一陽之謂道。道非陰陽也，所以一陰一陽者道也。如一闔一闢之謂變。（二程全書、遺書第三）
離了陰陽更無道。所以陰陽者是道也，陰陽氣也。氣是形而下者，道是形而上者。形而上者則是密也。（二程全書、遺書第十五）
一陰一陽之謂道。此理固深，說則無可說。所以陰陽者道也。既曰氣，則便是二。言開闔，已是感。既二，則便有感。所以開闔者道也，開闔便是陰陽。（同上）
若論道，則萬理皆具，更不說感與未感。（同上）
氣則能凝結造作，理卻無情意，無計度，無造作，只此氣凝聚處，理便在其中。（朱子語類卷一）
理只是個淨潔空闊底世界，無形跡，他卻不曾造作。氣則能醞釀凝生物也。（同上）
理未嘗離乎氣。然理，形而上者；氣，形而下者。自形而上下言，豈得無先後？（同上）
氣雖是理之所生；然既生出，則理管他不得。如這理寓於氣了，日用間運用都由這個氣。只是氣強理弱。（朱子語類卷四）
形質也是重；被此生壞了後，理終是拗不轉來。（同上）
由第一條，可見伊川把道和陰陽二分，即理不同一於氣。由第二條，「離了陰陽更無道」，可見理氣雖在存有論上為二，但運行時理卻不離氣，理氣於此不離。理氣之不能同一又在於理為形而上者，氣為形而下者。由第三條，感應落於開闔及陰陽說，可見伊川把感歸於氣而不歸於理。第四條更明顯標示伊川不就理上言感。至於第五、六條，主要反映朱子視理為只存有而不活動者；理也不能創生，創生由氣負責。第七條見朱子理氣論之不離不雜，同於伊川。第八、九條則指出理善而氣可善可惡，理拗不轉氣。合九條而並觀，可見伊川、朱子把理視為形而上者，不同於形而下之氣，理先氣後（亦可說理具有超越性，伊川、朱子對理氣之描述實為靜態之分析）；又理運行時必依於氣，理氣不離；感應、神（此主要為朱子所說）皆落在氣上說，不落在理上說；理也不能創生，且不能直接驅動氣，使之變化（只能間接及消極地規範著氣），為只存有而不活動之靜理，非即存有即活動之理；理亦是全善，而氣則有善有惡，理不能管氣之惡處。
以上為明道、伊川及朱子之理氣論之略述。他們的理氣論之所以如此的不同又源於他們對心性有不同的看法。明道以為心性是一，為道德行為得以可能的根據。心能感通萬物而和萬物渾然同體，性亦為即存有即活動者，明道一律以「仁」稱之。由於心（即性）能創生（生就道德行為），能感通，且和理是實體的自一，基於「天人無二理」，天心仁體亦為一能活動、感通、創生的實體，其本身則即是理。明道之理氣論實本乎其心性論，於此可見。至於伊川及朱子，因其視心為形而下之經驗心、氣之靈之心、可善可惡之心，性則為形而上之理、不活動之理、全善之理；心、性不即亦不離；心可感而性不可感；心必須經格物窮理之工夫以令其自身和性理關聯地為一，心、性非實體的自一；變化氣質也由心依著理而進行，非由理直接驅動，其遂視理為形而上，氣為形而下、理不活動而氣可感等。不過，明道、伊川及朱子之理氣論雖異，其理氣論乃本於其心性論而建立，又三者之理氣論同為「道德的形上學」，非西方式的有獨立意義之形上學，此點讀者當知（事實上，宋明儒學之主流多是本乎心性以建立道德形上學，西方形式之形上學在宋明儒中甚少見）。
整菴既承宋明儒學之大傳統而來，其遂不能不談及理氣。整菴論理氣，首倡所謂「理氣一物」說，用現代哲學術語說，即理和氣不具有同等的存有論地位，理不具有自存之地位，而只為氣之理，非能外於氣以自立。整菴曰：
自夫子贊《易》，始以窮理為言，理果何物也哉？蓋通天地，互古今，無非一氣而已。氣本一也，而一動一靜，一往一來，一闔一闢，一升一降，循環無已，積微而著，由著復微，為四時之溫涼寒暑，為萬物之生長收藏，為斯民之日用彝倫，為人事之成敗得失，千條萬緒，紛紛膠輵，而卒不克亂，有莫知其所以然而然，是即所謂理也。初非別有一物，依於氣而立，附於氣以行也。
由其以氣之「一動一靜，一往一來，一闔一闢，一升一降」言理，可見理為氣化流行之理。又其說「初非別有一物，依於氣而立，附於氣以行」，此更明白表示整菴「理氣一物」之立場。蓋整菴認為理只為氣之理，無獨立之存有地位，故其謂理氣非二物，乃一物。
不過，整菴雖主「理氣一物」說，其對「理之內容」的理解實尚未越出伊川、朱子之門庭。整菴曰：
盈天地之間者惟萬物，人固萬物中一物耳。乾道變化，各正性命，人猶物也，我猶人也，其理容有二哉？
夫《易》乃兩儀四象八卦之總名，太極則眾理之總名也。云《易》有太極，明萬殊之原於一本也。因而推其生生之序，明一本之散為萬殊也。斯固自然之機，不宰之宰，夫豈可以形跡求哉？
不說個形而上下，則此理無自而明，非溺於空虛，則膠於形器。
由第一、三條，可見整菴以「乾道變化，各正性命」言天人同一之理，又把理視為「形而上」者。此整菴所言之理顯然仍為一生生不已之「存在之理」，其並未向下拋落而成為純粹的實然之氣之條理（又稱「形構之理」），同於伊川、朱子。而第二條中「太極則眾理之總名也。云《易》有太極，明萬殊之原於一本也。因而推其生生之序，明一本之散為萬殊也。」，此更明顯展示太極不是眾多的氣之條理之總和，而是以氣之不同的條理作為自身之「多相」，如此觀看下之太極亦必不可能為一實然之氣之條理，而必須為一「存在之理」（近人有以整菴之理氣觀同於清代之戴東原，此實尚未了解清楚整菴對「理之內容」的理解）。
只是，整菴極力於主張「理氣一物」，此看法卒令他不滿伊川、朱子一系之對理氣作靜態之分析，而對之多所批評；其也反對朱子所謂「氣強理弱」、「理管氣不得」，而對明道之圓融的理氣觀多所讚賞。他說：
斯義也，惟程伯子言之最精，叔子與朱子似乎小有未合。今其說具在，必求所以歸於至一，斯可矣！程伯子嘗歷舉《繫辭》「形而上者謂之道，形而下者謂之器」，「立天之道曰陰與陽，立地之道曰柔與剛，立人之道曰仁與義」，「一陰一陽之謂道」數語，乃從而申之曰：「陰陽亦形而下者也，而曰道者，惟此語截得上下最分明，元來只此是道，要在人默而識之也。」學者誠以此言精思潛玩，久久自當有見。所謂叔子小有未合者，劉元成記其語有云：「所以陰陽者道。」又云：「所以闔闢者道。」竊詳「所以」二字，固指言形而上者，然未免微有二物之嫌。以伯子「元來只此是道」觀之，自見渾然之妙，似不須更著「所以」字也。所謂朱子小有未合者，蓋其言有云「理與氣決是二物」，又云「氣強理弱」，又云「若無此氣，則此理如何頓放」，似此類頗多。惟答柯國材一書，有云「一陰一陽，往來不息，即是道之全體」，此語最為截直，深有合於程伯子之言，然不多見，不知究以何者為定論也？
因對理氣作靜態之分解者多易把理氣視為二物，唯明道之圓融之理氣論可保理氣之為一物，故整菴批評伊川、朱子而讚賞明道。他又說：
《太極圖說》「無極之真，二五之精，妙合而凝」三語，愚不能無疑。凡物必有兩而後可以言合，太極與陰陽，果二物乎？其為物也果二，則方其未合之先，各安在耶？朱子終身認理氣為二物，其源蓋出於此。愚也積數十年潛玩之功，至今未敢以為然也。嘗考朱子之言有云「氣強理弱」、「理管攝他不得」。若然，則所謂太極者，又安能為造化之樞紐，品物之根柢耶？惜乎，當時未有以此說叩之者。姑記於此，以俟後世之朱子云。
此條更清楚顯示整菴主「理氣一物」（由其說「太極與陰陽果二物乎？」可推知）。因主「理氣一物」，且理（太極）為萬物化生之源、基礎（所謂「造化之樞紐、品物之根柢」），故整菴反對「氣強理弱」、「理管氣不得」。易言之，則在整菴之理氣論中，實無朱子「氣強理弱」之問題，理氣之間當渾無縫隙。整菴藉此，遂進而批評薛瑄曰：
薛文清《讀書錄》，甚有體認工夫，然亦有未合處。所云「理氣無縫隙，故曰器亦道，道亦器」，其言當矣。至於反復證明氣有聚散，理無聚散之說，愚則不能無疑。夫一有一無，其為縫隙也大矣，安得謂之「器亦道，道亦器」耶？蓋文清之於理氣，亦始終認為二物，故其言未免時有窒礙也。竊嘗以為氣之聚，便是聚之理，氣之散，便是散之理，惟其有聚有散，是乃所謂理也。推之造化之消長，事物之始終，莫不皆然。
薛瑄之想法本和朱子主理氣不離不雜相同，其也認為在存有論上，理、氣為二；在運行上，理必依附氣以行。可是，由於整菴汲汲於主張「理氣一物」，理只為氣之理，其於是不解薛瑄在存有論上對理氣的說法，因而予以批評（嚴格言之，整菴當亦反對薛瑄理依氣以行之說，唯薛氏以「器亦道，道亦器」說理氣之運行層面，近似明道之圓頓說法，整菴既許明道，因而遂不批評薛瑄言理氣之運行）。
然而，述說至此，有人或問：「整菴不是自認宗守伊川及朱子嗎？何以其在理氣論上大力批評伊川、朱子之說而對明道的大加讚揚？其對理氣之看法又是否同於明道而別於伊川、朱子？」這些問題其實是可在整菴的文字中得到回答的。整菴曰：
理一也，必因感而後形；感則兩也；不有兩即無一。然天地間無適而非感應，是故無適而非理。
理即是氣之理，當於氣之轉折處觀之，往而來，來而往，便是轉折處也。夫往而不能不來，來而不能不往，有莫知其所以然而然，若有一物主宰乎其間而使之然者，此理之所以名也。《易》有太極，此之謂也。若於轉折處看得分明，自然頭頭皆合。程子（案：指伊川）嘗言：「天地間只有一個感應而已，更有甚事？」夫往者感則來者應，來者感則往者應，一感一應，迴圈無已，理無往而不存焉，在天在人一也。天道惟是至公，丈感應有常而不忒，人情不能無私慾之累，故感應易忒而靡常。夫感應者氣也，如是而感，則如是而應，有不容以毫髮差者理也，適當其可則吉，反而去之則凶，或過焉或不及焉，則悔且吝。故理無往而不定也。然此多是就感通處說，須知此心雖寂然不動，其中和之氣，自為感應者，未始有一息之停。故所誦亭亭當當，直上直下之正理，自不容有須臾之間，此則天之所命，而人物之所以為性者也。愚故嘗曰：「理須就氣上認取，然認氣為理便不是。」此言殆不可易哉！
單看第一條之「理一也，必因感而後形」，吾人或會以為整菴就理上言感。然而，試把此條和第二條合看，第二條明顯說：「夫感應者氣也，如是而感，則如是而應，有不容以毫髮差者理也」，又說：「其中和之氣，自為感應者，未始有一息之停」，則整菴實不就理上言感，乃就氣上言感。感也是氣之感與應，不是寂感、神感。整菴又引伊川之話「天地間只是一個感應而已，更有甚事？」說感應，第一條之說法也近似伊川「一陰一陽之謂道。此理固深，說則無可說。所以陰陽者道也。既曰氣，則便是二。言開闔，已是感。既二，則便有感。所以開闔者道也，開闔便是陰陽」，則此二證亦可見整菴就氣上言感應。整菴以氣說感，其自和明道之理氣圓融說不同，而近於伊川、朱子。整菴又曰：
上天之載，無聲無臭，又安有形體可覓耶！然自知道者觀之，即事即物之理，便昭昭然在心目之間，非自外來，非由內出，自然一定而不可易，所謂「如有所立卓爾」，非想像之辭也。佛氏以寂滅為極致，與聖門卓爾之見，絕不相同。彼曠而虛，此約而實也。以覺言仁固非，以覺言智亦非也。蓋仁智皆吾心之定理，而覺乃其妙用，如以妙用為定理，則《大傳》所謂「一陰一陽之謂道」，「陰陽不測之謂神」，果何別耶？朱子嘗言「神亦形而下者」，又云「神乃氣之精英，須曾實下工夫體究來」，方信此言確乎其不可易，不然，則誤以神為形而上者有之矣。黃直卿嘗疑《中庸》論鬼神，有「誠之不可掩」一語，則是形而上者，朱子答以只是實理處發見，其義愈明。
此條整菴完全同意朱子所說「神亦形而下者」。神是形而下，則整菴不同意就理、太極處言神，而改就氣上言神。此安和明道之以理言神說相合？合上述談感應並觀，由整菴說感說神皆落在氣上說，非落在理上說，可見其理氣論仍同於伊川、朱子，不同於明道。惟其主「理氣一物」，和明道之理氣之圓融表述較接近（只是接近，非完全相同），而和伊川、朱子之理氣之靜態分解方式相距較遠，其遂多欣賞明道而批評伊川、朱子。然吾人若以其多讚賞明道，遂謂其主明道之理氣圓融論，背離了伊川、朱子，此則不盡合理。
再者，就義理上言，明道之理（又稱仁體）本可直接驅動氣質，使之變化；但整菴之理卻只是氣之理，不可直接變化氣質，變化氣質之工作由氣自身負責。由此，我們也可見明道之理氣論不同於整菴之理氣論，凡謂整菴之理氣論是由程朱回歸到明道之說法，這些說法皆不盡準確。
有人或問：伊川、朱子論理氣，曾有「理先氣後」、「理全善而氣可善可惡」之說。整菴又如何處理這些說法呢？整菴曰：
《正蒙》云：「聚亦吾體，散亦吾體，知死之不亡者，可與言性矣。」又云：「游氣紛擾，合而成質者，生人物之萬殊。其陰陽兩端，循環不已者，立天地之大義。」夫人物則有生有死，天地則萬古如一，氣聚而生，形而為有，有此物即有此理；氣散而死，終歸於無，無此物即無此理，安得所謂死而不亡者耶？若夫天地之運，萬古如一，又何死生存亡之有？譬之一樹，人物乃其花葉，天地其根幹也。花謝葉枯，則脫落而飄零矣，其根幹之生意，固自若也。而飄零者復何交涉，謂之不亡可乎？故朱子謂張子此言，其流乃是個大輪迴，由其迫切以求之，是以不覺其誤如此。」
朱子嘗言：「山河大地都陷了，理畢竟卻在」（朱子語類卷一），以此證明「理先氣後」。可是，整菴卻說人物沒了而此理仍在，因天地仍存在，理氣仍是一物，未分先後。又若我們問整菴：「天地也未存在時是否仍有理？」，整菴此處尚未回答，其似預設天地一直存在，從未生，也從未滅（當然，把天地理解為恆久常存，此和佛教視一切皆幻有之立場正相對反，整菴於此，可說是同時捍衛了儒家之立場，提起了儒釋之分界處）。至於「理全善而氣可善可惡」之說，整菴本「理氣一物」之立場，自不贊同，其曰：
天之道莫非自然，人之道皆是當然。凡其所當然者，皆其自然之不可違者也。何以見其不可違？順之則吉，違之則凶，是之謂天人一理。
人之認為善的標準、規範即是氣化流行之本然、自然之理（即道德秩序等同於宇宙秩序），所謂「凡其所當然者，皆其自然之不可違者」，如是，在整菴學中，理固全善，氣亦全善，氣不再是可善可惡（又由於整菴主氣是全善，變化氣質當不在整菴理氣論中出現。上文謂其言變化氣質也指落在氣上說，此只是假設其若要說變化氣質，其將如何說；實則在整菴之理氣論中，此假設未必需要，因整菴根本不承認有變化氣質之需要也）。整菴又以此批評佛老曰：
吾儒只是順天理之自然。佛老二氏，皆逆天背理者也，然彼亦未嘗不以自然藉口。邵子有言「佛氏棄君臣父子夫婦之道，豈自然之理哉！」片言可以折斯獄矣。顧彼猶善為遁辭，以謂佛氏門中不舍一法。夫既舉五倫而盡棄之矣，為何法之不舍耶！
人之善的標準、規範本是氣化流行之自然之理，其中一種人視為善之規範即五倫。佛老既要盡棄五倫，此即違逆自然之理，然佛老仍以此為自然，整菴遂於此作出批評。
至此，我們可概括整菴論理氣之要點有五。首先，理氣一物，理為氣之理，非能外於氣而自立。其次，整菴之理之具體內容仍為生生不已之「存在之理」，其仍為一「形而上」者，別於「形而下」之氣，而為異質之兩層。其三，整菴基於「理氣一物」說，遂反對伊川、朱子對理氣所作之靜態的分解（因易令人視理氣為二物），而讚揚明道之理氣圓融說；其也不滿於朱子「氣強理弱」、「理管氣不得」之說法。其四，神為形而下者，感指氣之感與應，神、感皆不落在理上說，同於伊川、朱子而和明道迥異。其五，理氣之間不再有先後之分，氣之流行亦完全合理，全善而無惡，氣質變化在整菴學中不佔重要地位。不過，除此五點外，整菴對理氣還有四個重要看法。首先，整菴主張「就氣認理」，而不主張「認氣為理」。他說：
理須就氣上認取，然認氣為理便不是。此處間不容髮，最為難言，要在人善觀而默識之。「只就氣認理」與「認氣為理」，兩言明有分別，若於此看不透，多說亦無用也。
因理、氣乃屬於異質之兩層，理為「形而上」者，氣為「形而下」者，吾人自不可「認氣為理」，而只可「就氣認理」。
其次，他指太極為體，神為用，但太極非神，只是神得以可能的根據。陰陽也是體，化為用，但陰陽非化，只是化得以可能之根據。又神在化中，化在神中；陰陽在太極中，太極也在陰陽中。此思想見於下列文字：
神化者，天地之妙用也。天地間非陰陽不化，非太極不神，然遂以太極為神，以陰陽為化則不可。蓋化乃陰陽之所為，而陰陽非化也；神乃太極之所為，而太極非神也。為之為言，所謂莫之為而為者也。張子云：「一故神，兩故化。」蓋化言其運行者也，神言其存主者也。化雖兩，而其行也常一；神本一，而兩之中無弗在焉。合而言之則為神，分而言之則為化，故言化則神在其中矣，言神則化在其中矣，言陰陽則太極在其中矣，言太極則陰陽在其中矣，一而二，二而一者也。學者於此，須認教體用分明，其或差之毫釐，鮮不流於釋氏之歸矣。
其三，他以陰陽二氣之良能論鬼神。他說：
鬼神乃二氣之良能，莫非正也，其或有不正者，如淫昏之鬼與夫妖孽之類，亦未始非二氣所為。但陽氣盛，則陽為之主，陰為之輔，而為正直之鬼神。陰氣盛則陰為之主，微陽反為之役，而為不正之妖孽。妖孽雖是戾氣，無陽亦不能成，此理至深，要在精思而自得之，非言說所能盡也。凡妖孽之興，皆由政教不明，陽日消而莫之扶，陰日長而莫之抑，此感彼應，猶影之於形，自有不期然而然者。然則消異致祥，其道亦豈遠乎哉！
此和朱子落於氣上論鬼神極接近。又其說陰陽二氣「此感彼應」，可見整菴把感應歸於氣。
其四，他認為理在一切人、物之中，非獨人才有理。其曰：
未發之中，非惟人人有之，乃至物物有之。蓋中為天下之大本，人與物不容有二。顧大本之立，非聖人不能。在學者，則不可不勉。若夫百姓，則日用而不知。孟子所謂「異於禽獸者幾希」，正指此爾。先儒或以為「常人更無未發之中」，此言恐誤。若有無不一，安得為「物物各具一太極」乎？此義理至精微處，斷不容二三其說也。
何以人、物皆有理呢？因人、物皆由氣所形成，依「理氣一物」，故人、物皆有理了。整菴又進而以外物和人皆是一氣之流行，言天人本無二，天人一理。他說：
人呼吸之氣，即天地之氣，自形體而觀，若有內外之分，其實一氣之往來耳。程子云：「天人本無二，不必言合。」即氣即理皆然。
程明道本是就超越而內在的仁體言「天人本無二」，但整菴此處卻以其「天人一氣」和「理氣一物」說言「天人本無二」。整菴雖借用明道之語句，但其思想實大別於明道，此條即為一顯例。
整菴對於理氣之種種看法大致如上。最後，且再引兩條，隨文析述：
氣質之兩名，粲然其如視諸掌矣，但伊川既有此言，又以為「才稟於氣」，豈其所謂分之殊者，專指氣而言之乎？朱子嘗因學者問理與氣，亦稱伊川此語說得好，卻終以理氣為二物。愚所疑未定於一者，正指此也。
案：由於整菴把理氣視為一物，當其解釋萬物之分殊時，其自不接受萬物之理同而萬物所稟之氣異之說，而認為分殊乃萬物稟氣不同，其流行之理不同（因理氣一物）所致。整菴之所以批評伊川、朱子，理由正在此。
楊方震復余子積書有云：「若論一，則不徒理一，而氣亦一也。若論萬，則不徒氣萬，而理亦萬也。」此言甚當，但「亦」字稍覺未安。
案：理氣本來一物，氣若是萬，理同時也是萬，故「亦」字稍覺未安。
總括而言，整菴之理氣論大抵仍是以伊川、朱子之理氣立場為骨幹，而進一步把理之自存地位消去，使之從屬於氣，成為氣之理。其主「理氣一物」，雖極近明道「器亦道，道亦器」之理氣圓融說，但仔細觀之，整菴皆落在氣上言神、感應，迥異於明道。又明道也不把氣視為全善，理為可活動之理，變化氣質因而得以可能，整菴卻把理視為氣之理，氣為全善，變化氣質似不需要（即使需要，也落於氣上負責）。由於明道和整菴之理氣思想如此之不同，故凡謂整菴之理氣論為欲糾正程朱之理氣論以返歸明道理氣之圓融一致之說法，實皆不盡準確。至於謂整菴之理氣論近於鼓吹「凡存在即合理」之說，此亦有其道理。蓋「凡存在即合理」之說乃是把世間一切之實然現象視為合理，整菴之理氣論亦是把世間出現之一切現象皆視為氣之自然流行，而氣之每步流行皆合於自然不容已之理，簡言之，世間一切現象皆是善的，其條理乃「天理」不同面向之體現。如此，整菴之理氣論和「凡存在即合理」之說實頗為相近。當然，有人或說：「但此世間確有不少人視為『自然之惡』的東西(natural evil)，生生不息之另一面即滅絕不已，整菴如何可認為世間一切實然現象皆是善？」，此確是整菴理氣論之大困難。此困難若質之明道、伊川及朱子，明道、伊川、朱子或可用氣有善惡以解釋，因而避開此困難；然而，就整菴之「理氣一物」說，其似不好講「惡」之由來。這亦可說是整菴理氣論獨有之理論困難（整菴之理氣論不如伊川、朱子的地方亦在此）。
至於說整菴之理氣論有墮入「自然主義」之「唯氣論」之嫌，倘若我們將焦點放於其主張「理氣一物」上，此誠無容致疑。事實上，明中葉以降之王浚川、黃梨洲，下迄清代之顏習齋、戴東原，可說是承「理氣一物」的立場而作進一步的發展，終演成「自然主義」的「唯氣論」。究其源頭，此不能不歸罪於整菴。可是，從另一方面看，從整菴對「太極」、「理」之內容的理解看，其似仍未放棄理作為「形而上」者、「存在之理」，其理和氣仍為異質之兩層。倘我們由此處看，則整菴亦不致徹底的成為一「自然主義」之「唯氣論」者，而只是有墮入「自然主義」之「唯氣論」之嫌而已（我們可用「理氣內在一元論」以指稱整菴之理氣論，此或更為合適）。
又在宋明儒之傳統中，形上學之建立多依於對心、性之理解，明道、伊川及朱子之理氣論皆依於其自身對心、性之獨特看法而建立，此在上文中已述及。然而，試觀整菴，整菴一方面主「理氣一物」，理只為氣之理，但另一方面，其又判心、性為二，性為心之體，情為心之用，心統性情，其心性論似和其理氣論不一致。黃梨洲曾憑此批評整菴曰：
先生之論心性，頗與其論理氣自相矛盾。夫在天為氣者，在人為心。在天為理者，在人為性。理氣如是，則心性亦如是，決無異也。人受天之氣以生，只有一心而已。而一動一靜，喜怒哀樂，循環無已。當惻隱處自惻隱，當羞惡處自羞惡，當恭敬處自恭敬，當是非處自是非。千條萬緒，轇轕紛紜，歷然不能昧者，是即所謂性也。初非別有一物，立於心之先，附於心之中也。先生以謂天性正於受生之初，明覺發於既生之後，明覺是心而非性。信如斯言，則性體也，心用也。性自人生以上，靜也。心是感物而動，動也。性是天地萬物之理，公也。心是一己所有，私也。明明先立一性以為此心之主，與理能生氣之說無異。於先生理氣之論，無乃大悖乎？
梨洲認為整菴主性體心用（此處之心當指人心，非指兼性情之心），理氣論上又主理氣一物，此乃自相矛盾之論。此確甚是的評。而由於整菴之心性論不相應於其理氣論，其理氣論實只成為一「觀解的形上學」，此形上學實際上已和明道、伊川、朱子之理氣論具有不同的意義了（我們亦可謂整菴先設置一理氣論，再以此作為人之道德實踐奮鬥之目標，為人道德實踐之理想）。
整菴論心
整菴對於心之了解，既有承接程朱的地方，也有其獨到之見解。整菴對於心之第一個見解為判心、性為二，心不同於性。其曰：
孔子教人，莫非存心養性之事，然未嘗明言之也。孟子則明言之矣。夫心者，人之神明，性者，人之生理。理之所在謂之心，心之所有謂之性，不可混而為一也。《虞書》曰：「人心惟危，道心惟微。」《論語》曰：「從心所欲，不踰矩。」又曰：「其心三月不違仁。」《孟子》曰：「君子所性，仁義禮智根於心。」此心性之辨也。二者初不相離，而實不容相混。精之又精，乃見其真。其或認心以為性，真所謂差毫釐而謬千里矣。
不過，心雖不同於性，其終究和性是「一物」。我們可說，就狹義之心言，其和性相對；但就廣義之心言，其即和性相兼而為廣義之心所統。狹義之心，整菴有時稱之為人心、情，性即稱為道心；至於廣義之心，則兼道心、人心而言之，所謂「心統性情」。整菴曰：
《繫辭》曰：「無有遠近幽深，遂知來物，非天下之至精，其孰能與於此？......通其變，遂成天下之文；極其數，遂定天下之象。非天下之至變，其孰能與於此？......寂然不動，感而遂通天下之故，非天下之至神，其孰能與於此？夫《易》，聖人之所以極深而研幾也。」《易》道則然，即天道也，其在人也，容有二乎？是故至精者性也，至變者情也，至神者心也。所貴乎存心者，固將極其深，研其幾，以無失乎性情之正也。若徒有見乎至神者，遂以為道在是矣，而深之不能極，幾之不能研，顧欲通天下之志，成天下之務，有是理哉？
又曰：
道心，寂然不動者也，至精之體不可見，故微。人心，感而遂通者也，至變之用不可測，故危。
道心，性也；人心，情也。心一也，而兩言之者，動靜之分，體用之別也。
合三條而觀之，可見道心為性、至精者、寂然不動者；人心為情、至變者、感而遂通者。心則兼道心、人心而一之。此整菴所說的心明顯為一廣義之心，不同於心、性二分之狹義之心。心、道心、人心之關係又可用動靜、體用之分以解釋，道心為心之體、心靜時其沖和之氣之本然之理；人心則為心之用，為心動時所發出的種種情感與欲望。「心統性情」之主張，可說是貫穿整菴之心性論，此亦為整菴對心之獨特體會之一。
當然，其主性為心之體，為心未發時之氣之理，情為心之用，為心已發後所表現之情感，此和朱子之「心統性情」接近。朱子曰：
心主於身，其所以為體者，性也；所以為用者，情也，是以貫乎動靜而無不在焉。（《朱文公文集》卷四十，《答何叔京二十九》）
性是體，情是用，性情皆出於心，故心能統之。（《朱子語類》卷九十八）
這些皆和整菴之說類似。然而，仔細觀之，羅、朱二人之說實有別。朱子對心統性情之理解，我們當解釋如下：心為氣之靈之心，其有未發（靜）、已發（動）之時。當心「思慮未萌，事物未至」，即心未發時，性體則渾然的（即未分仁義禮智），和未發之心平行呈現，所謂「一性渾然，道義全具」。當心已發，情即隨心之發而顯現，又因心為可善可惡之氣心（形而下之經驗心），故情也是可善可惡。可是，試觀整菴，其雖仍主心為氣心（由整菴言天人皆一氣之流行，惻隱之心，無所不通可見），心有動（已發）靜（未發），但他卻不再說未發時心和性平行呈現，已發時心和情平行呈現。整菴本乎其「理氣一物」之主張，提出性只是心未發時其氣之自然不容已之理，情則是心已發時所流露之情感，性、未發時心及情、已發時心在他手中不再是平行出現的關係，而是性為未發之心之理，情為已發之心之情感，性、情再不和心具有同等的自存的地位，獨立的實體在人生界只有一心，如是，其說雖看似近朱子之思路，實則不然。
不過，整菴仍以仁義禮智為性，性為全善，此點又和朱子之性接近。
心、性為二、心統性情，皆是整菴論心的重要看法。至於他對心的第三個看法，則是心（此處之心為人心、已發之心）為虛明靈覺之心，神也落在心上說。整菴曾批評釋氏只見心而不見性：
釋氏之明心見性，與吾儒之盡心知性，相似而實不同。蓋虛靈知覺，心之妙也；精微純一，性之真也。釋氏之學，大抵有見於心，無見於性。故其為教，始則欲人盡離諸象，而求其所謂空，空即虛也；既則欲其即相即空，而契其所謂覺，即覺知也。覺性既得，則空相洞徹，神用無方，神即靈也。凡釋氏之言性，窮其本末，要不出此三者。然此三者，皆心之妙，而豈性之謂哉？使據其所見之及，復能向上尋之帝降之衷，亦庶乎其可識矣。
此條雖是斥佛教，但由其以「虛靈知覺」言心，又說釋氏只見虛、覺、神，則可見其主心為虛靈明覺之心，神也在心上展現。
有人或問：「虛靈知覺之覺同於道德的覺情、感通否？」對於此問題，由整菴之文字中可找出答案。整菴曰：
人之知識，不容有二。孟子但以不慮而知者名之曰良，非謂別有一知也。今以知惻隱、知羞惡、知恭敬、知是非為良知，知視、知聽、知言、知動為知覺，是果有二知乎？夫人之視聽言動，不待思慮而知者亦多矣，感通之妙，捷於桴鼓，何以異於惻隱、羞惡、恭敬、是非之發乎？且四端之發，未有不關於視聽言動者，是非必自其口出，恭敬必形於容貌，惡惡臭輒掩其鼻，見孺子將入於井，輒匍匐而往救之，果何從而見其異乎？知惟一耳，而強生分別，吾聖賢之書未嘗有也。惟楞伽經有所謂真識、現識及分別事識三種之別，必如高論，則良知乃真識，而知覺當為分別事識無疑矣。（答歐陽少司成崇一）
此條論孟子之良知為知覺，同於視、聽、言、動。可是，熟識孟子之學者當知，孟子之良知乃指道德本心之自覺，用勞思光語即價值意識之自覺，此自覺同時伴隨著道德的情感，故此知又有被稱為「道德的覺情」。此覺、此知實異於知視、聽、言、動之知覺，後者乃屬perception。何以整菴會錯解孟子之心之知（即良知）？理由只一，蓋其根本不承認人心有道德的覺情，心所有者，只是perception，於是，孟子之良知，在此視角下，自變成知覺，他主之心之虛明靈覺是何種意義之覺亦明矣。
心只有perception而無道德的覺情，則心不是價值意識，心不即是理。事實上，整菴有不少反對心即理的說法，可見其於此方面的立場。整菴曰：
程子言「性即理也」。象山言「心即理也」。至當歸一，精義無二，此是則彼非，彼是則此非，安可不明辨之？吾夫子贊《易》，言性屢矣，曰：「乾道變化，各正性命」，曰：「成之者性」，曰：「聖人作《易》，以順性命之理」，曰：「窮理盡性，以至於命」，但詳味此數言，「性即理也」明矣。於心亦屢言之，曰：「聖人以此洗心」，曰：「易其心而後語」，曰：「能說諸心」。夫心而曰洗，曰易，曰說，洗心而曰「以此」，試詳味此語，謂「心即理也」，其可通乎？且孟子嘗言，「理義悅我心，猶芻豢之悅我口」，尤為明白可見。故學而不取證經書，一切師心自用，未有不自誤者也。
此條明顯見出整菴反對「心即理」，而主程朱之「性即理」，其甚至把孟子也解成主「性即理」。
又人心非理，而只是虛明靈覺的氣心，其本身即可善可惡而非全善，心與理一只有透過擴充心知之明以把捉外理而使二者關聯地為一。關於這方面的看法，可參考以下數條：
情是不待主張而自然發動者，意是主張如此發動者。不待主張者，須是與他做主張，方能中節。由此心主張而發者，便有公私義利兩途，須要詳審，二者皆是慎獨工夫。
寂然不動，感而遂通，高見謂非聖人不能，是以不能無疑於鄙說。愚以為常人之心，亦有時而寂，但茫無主宰，而大本有所不立。常人之心，亦無時不感，但應物多謬，而達道有所不行。此其所以善惡雜出而常危也。既是人心，動靜如此，即不容獨歸之聖人矣。
若此心粗立，猶未及於知止，感應之際，乃一切任其自然，遂以為即此是道，其不至於倡狂妄行者幾希！（答允恕弟）
余所云「物格則無物」者，誠以其功深力到，而豁然貫通，則凡屈伸消長之變，始終聚散之狀，哀樂好惡之情，雖千緒萬端，而卓然心目間者，無非此理，一切形器之粗迹，舉不能礙吾廓然之本體，夫是之謂無物。孟子所謂：「盡心知性而知天」，即斯義也。（答黃筠溪）
第一條指心之所發有公私義利之途，可見心發用時可善可惡。第二條言常人之心應物多謬，善惡雜出，第三條指心被一任自然將發為倡狂妄行，兩條也見心非全善。心既不是理，不是全善，心如何才能全善，和理合一呢？此則涉及格物。透過格物，心之虛明靈覺得以擴充，其即可把理納入，而和理關聯為一，所謂「凡屈伸消長之變，始終聚散之狀，哀樂好惡之情，雖千緒萬端，而卓然心目間者，無非此理」，此時心得以盡，知亦至，心之所發才可全善而無惡，心和理一。心與理關聯為一，此同時又是聖人才可達至之進境，整菴曰：
動亦定，靜亦定，性之本體然也。動靜之不常者，心也。聖人性之，心即理，理即心，本體常自湛然，了無動靜之別。常人所以膠膠擾擾，曾無須臾之定貼者，心役於物而迷其性也。夫事物雖多，皆性分中所有。苟能順其理而應之，亦自無事。然而明有未燭，誠有弗存，平時既無所主，則臨事之際，又惡知理之所在而順之乎！故必誠明兩進，工夫純熟，然後定性可得而言，此學者之所當勉也。
誠指敬、存養工夫，明則指格物致知，誠明兩進，性才可定，心才是即理，聖人之境才達。由此可見整菴主心即理為聖人之境界，非指常人之心言。
整菴論心又有三個重要看法，第一個為心可感應，第二個是道心專指未發之心之理，不包括已發之心，第三個是心不能創生、造化萬物。
關於心可感應，整菴曰：
然此多是就感通處說，須知此心雖寂然不動，其中和之氣，自為感應者，未始有一息之停。
此條合上引「寂然不動，感而遂通」條和《答允恕弟》條並觀，可見心於動靜時皆能感應。心靜時，即心未發時，其中和之氣固時刻感應，其中和之氣之流行之理即是性。心動時，即心已發時，其心之感應則可善可惡，其流行之理可以是性，也可以不是性，關鍵繫於知之至還是不至上。就常人言，知多未至，故其心之發之感應多誤，所謂「應物多謬」；就聖人言，知多能至，故其已發之心之感應多合宜，所謂「心即理，理即心」。
關於道心專指未發之心之理，不包括已發之心，整菴曰：
《書》之所謂「道心」，即《樂記》所謂「人生而靜，天之性也」，即《中庸》所謂「未發之中，天下之大本也」，決不可作已發看。若認道心為已發，則將何者以為大本乎？愚於此不能無少異於朱子者。
「凡言心者皆是已發」，程子嘗有是言，既自以為未當而改之矣。朱子文字，猶有用程子舊說未及改正處，如《書傳》釋人心道心，皆指為已發，《中庸序》中「所以為知覺者不同」一語，亦皆已發之意。愚所謂「未定於一」者，此其一也。
前一條明說道心為未發之中、天下之大本，不認道心為已發。後一條反對程、朱言「凡有心者皆是已發」，此亦因整菴主心有未發、心有道心之一面所致。於此，或可對朱說作一澄清。朱子言「心為已發」實屬中和舊說之內容，至中和新說，朱子已主心有已發、未發，心統性情。整菴評朱子之心無未發，此只可用於朱子之舊說，新說則不適用矣。然朱子之未發之心乃和渾然而獨立之性平行呈現，整菴之性卻無自存的性格，只是未發之心之中和之氣之理，二說之差異在此。又朱子之道心可兼已發而整菴則不可，此也是二人之差異之所在。
關於心不能創生、為萬物之造化，主要見於整菴以下一段文字：
愚嘗謂人心之體，即天之體，本來一物，但其主於我者謂之心。若謂其心通者，洞見天地人物，皆在吾性量之中，而此心可以範圍天地，則是心大而天地小矣，是以天地為有限量矣。本欲其一，反成二物，謂之知道可乎？《易》有太極，是生兩儀，乃統體之太極；乾道變化，各正性命，則物物各具一太極矣。其所為太極則一，而分則殊；惟其分殊，故其用亦別。若謂天地人物之變化皆吾心之變化，而以發育萬物歸之吾心，是不知有分之殊矣。既不知分之殊，又惡可語夫理之一哉！蓋發育萬物自是造化之功用，人何與焉？雖非人所能與，其理即吾心之理，故《中庸》贊「大哉聖人之道」而首以是為言，明天人之無二也。此豈蔽於異說者之所能識哉？況天地之變化，萬古自如，人心之變化，與生俱生，則亦與生俱盡，謂其常住不滅，無是理也。慈湖誤矣，藐焉數尺之軀，乃欲私造化以為己物，何其不知量邪？
此條主要批評楊簡（陸象山之弟子）言心能創生。就心學的立場看，心乃可活動之道德本心，其同時又是超越的能起創生之大用的天心之內在於人的表現。明道云：「天人無二理，不必言合」，明道實以人心和天心同具有創生功能（即以創生為內容）而言天人一理。人心既同時又是創生之天心之內在之表現，謂人心即天地萬物之創生者、造化者，此本未嘗不可說（是故楊慈湖言心能創生、發育萬物，陽明也言良知為造化之精靈、生天生地、成鬼成帝）。可是，整菴卻反對此種說法。蓋在整菴之立場下，天地萬物乃一氣之流行（即一氣之不同分殊之表現），心只是氣之其中一種分殊的表現，心既只是其中一種氣之分殊表現，其自不能為／創造氣之其他分殊的表現，故心實不能創生、發育萬物。我們或可就心為氣之其中一種分殊的表現而言其和天地萬物（氣之其他分殊之表現）之理同一，但謂心能創造天地萬物則不可。由整菴此種立場，即可見其主心不能創生、為萬物之造化。
整菴論心之要義大致如上，現在且再鈔其論心之其他文字於下，隨文析述。
整菴曰：
人心道心之辨，只在毫釐之間。道心，此心也，人心，亦此心也。一心而二名，非聖人強分別也，體之靜正有常，而用之變化不測也，須兩下見得分明方是。盡心之學，佛氏之於吾儒，所以似是而實非者，有見於人心，無見於道心耳。
案：此條言心統性情，心兼道心人心。道心為心之體，心之靜正有常；人心為心之用，心之變化不測。佛氏只以虛、覺、神言心，實只見心之用，無見心之體，故整菴曰：「有見於人心，無見於道心耳」。
其又曰：
《易大傳》曰：「一陰一陽之謂道。」又曰：「陰陽不測之謂神。」道為實體，神為妙用，雖非判然二物，而實不容於相混，聖人所以兩言之也。道之在人，則道心是也，神之在人，則人心是也。若此處錯認，焉往而不錯乎？或疑所通之理為道，則道乃在乎事物，而不在吾心。殊不知事物之理與吾心之理，一而已矣。不然，何謂「一以貫之」，何謂「合內外之道」？
案：上文言心與理一只有透過擴充心知之明以把捉外理而使二者關聯地合一，此似將理判於外，理在外物而不在心。然而，此只是把心理解為人心時才如此。若把心視為兼道心、人心之心，道心（即心靜時其氣之理）本和外物之理為同一之理，人心之格物窮理實不可算是把捉外理，理實本在心（不指人心，而指心兼性情之心），不只在外物。明乎此節，即知此條和上文所說不相違背。又此條明顯見整菴把神放在人心上說，道心（性）即不能以神言之也。
整菴再有一條：
「思慮未萌，而知覺不昧。」朱子嘗有是言。余嘗疑其欠一理字。精思默究蓋有年矣，輒敢忘其僭越，擬用「所」字易「知」字，覺得意義都完。然非敢臆決也，《書》曰「顧諟天之所命」，《論語》曰「立則見其參於前也，在輿則見其倚於衡也」，非「所覺不昧」而何？此實平日存養工夫，不容有須臾之間者也。
案：若如朱子原文所說，此在整菴心性論之框架下，其心仍是人心，未是道心（心之知覺仍為心之用）。只有改「知」為「所」，心才是道心。
總括而言，整菴論心強調心、性為二、心統性情（即心統道心、人心）、心（此專指人心）為虛明靈覺之具神用之心。他反對心即理，而主張知未至時人心可善可惡，知至時人心才可和理關聯而合一（非本來之自一）。他又認為心可感應（人心未發時其氣感應無差，人心則感應多謬，待知至才可改正）、道心專指未發之心之理、心不可為萬物之創生及化育者。
整菴論性情
整菴對性有一套獨特的見解，但大抵仍不離伊川、朱子系統的框架。約言之，整菴對性的看法有六。
首先，整菴主張性即理。他說：
性者，人之生理。
《論語》曰：「從心所欲不踰矩。」又曰：「其心三月不違仁。」《孟子》曰：「君子所性仁義禮智根於心。」此心性之辨也。二者初不相離，而實不容相混。
是故至精者性也，至變者情也，至神者心也。
道心，寂然不動者也，至精之體不可見，故微。
道心，性也。
「人心，人欲。道心，天理」。程子此言本之《樂記》，自是分明。
由第一條，可見性即理。第三條言至精者為性，第四條指至精者為道心，第五條指道心即性，第六條指道心為天理，合四條並觀，也可見他主性即理。
其次，他以仁義禮智、至精之體、寂然不動者言性。由上引第二條，可見整菴以仁義禮智言性，同於朱子。朱子曰：
性非有物，只是一個道理之在我者耳。故性之所以為體，只是仁、義、禮、智、信五字。（玉山講義）
頭二句可見朱子主性即理，後二句則見朱子性之內容和整菴相同。又第三、四條則反映性是寂然不動的、為至精之體，這些也是性之內容。
其三，性是人生而靜，未發之中，一性之真，湛然而無餘。整菴曰：
此理之在心目間，由本而之末，萬象紛紜而不亂，自末而歸本，一真湛然而無餘。惟其無餘，是以至約。乃知聖經所謂「道心惟微」者，其本體誠如是也。
由此條可見整菴之性為一性之真，湛寂無餘。其又曰：
至理之源，不出乎動靜兩端而已。靜則一，動則萬殊，，在天在人一也。《樂記》曰：「人生而靜，天之性也，感於物而動，性之欲也。」《中庸》曰：「喜怒哀樂之未發，謂之中；發而皆中節，謂之和。」此理之在人也，不於動靜求之，將何從而有見哉？......夫未發之中，即「帝降之衷」，即「所受天地之中以生」者，夫安有不善哉！
此條整菴言「人生而靜，天之性也」，又言「夫未發之中，即『帝降之衷』，即『所受天地之中以生』者，夫安有不善哉」，則其主性為喜怒哀樂未發之中，為人生而靜，為全善，為一。
其四，性不同於心，天性為體，明覺為用，有體必有用，但體不等於用。此看法見於下列兩條文字：
蓋心性至為難明，是以多誤。謂之兩物又非兩物，謂之一物又非一物。除卻心即無性，除卻性即無心，惟就一物中分剖得兩物出來，方可謂之知性。
天性之真，明覺自然，隨感而通，自有條理，是以謂之良知，亦謂之天理。賢契所得，在此數語。夫謂良知即天理，則天性明覺只是一事，區區之見，要不免於二之。蓋天性之真，乃其本體，明覺自然，乃其妙用，天性正於受生之初，明覺發於既生之後，有體必有用，而用不可以為體也。《樂記》所謂「人生而靜天之性」，即天性之真也；「感物而動性之欲」，即明覺之自然也。《大傳》所謂天下之至精，即天性之真也；天下之至神，即明覺之自然也。《大雅》所謂「有物有則」，即天性之真也，「好是懿德」，即明覺之自然也。諸如此類，其證甚明。孔子嘗言知道知德，曾子嘗言知止，子思嘗言知天知人，孟子嘗言知性知天，凡知字皆虛，下一字皆實，虛實既判，體用自明，以用為體，未之前聞也。
若單看第一條，我們似難知整菴是否視心、性為二。可是，試和第二條合觀，則我們知整菴之性不同於心。性為本體、為人生而靜、受生之初、至精至真者；心（明覺指心）為妙用、發於既生之後、感物而動、天下之至神者。又整菴言「有體必有用，而用不可以為體也。」，則心、性為二、為不同判矣（案：心不同於性在整菴思想中本可有兩種可能解釋：第一種解釋是把心定為人心，以和道心不同，此即上段所見之意。第二種解釋是指心視為統道心人心而為一之心，此心貫已發未發，其自不只是未發，故不同於道心（即性），詳見《論心篇》）。
其五，整菴反對北宋以來諸儒之說法，意圖把天地之性（即義理之性）和氣質之性之分隔打破。整菴曰：
請以從古以來凡言性者明之。若有恆性，理之一也；克緩厥猷，則分之殊者隱然寓乎其間。成之者性，理之一也；仁者、知者，百姓也，分之殊也。天命之謂性，理之一也；率性之謂道，分之殊也。性善，理之一也，而其言未及乎分殊。有性善，有性不善，分之殊也，而其言未及乎理一。程、張本思、孟以言性，既專主乎理，後推氣質之說，則分之殊者，誠亦盡之。但曰天命之性，固已就氣質而言之矣，曰氣質之性，性非天命之謂乎？一性而兩名，且以氣質與天命對言，語終未瑩，朱子猶恐人之視為二物也，乃曰氣質之性，即太極全體墮在氣質之中。夫既以墮言，理氣不容無罅縫矣。惟以「理一分殊」蔽之，自無往而不通，所以天下無性外之物，豈不亶其然乎？
氣質之性之提出，始於北宋張橫渠。橫渠曰：
形而後有氣質之性，善反之則天地之性存焉。故氣質之性，君子有弗性者焉。（正蒙．誠明篇）
橫渠何以要提出「氣質之性」一概念呢？因其要解釋人生界中人為的惡事。又因其以氣質之性解釋惡之由來，氣質之性自不是義理之性，故橫渠曰：「氣質之性，君子有弗性者焉。」朱子曾對橫渠之氣質之性大加讚揚，自以為大有功於聖門，其曰：
氣質之說起於張、程，極有功於聖門，有補於後學，前此未曾說到。（朱子語類．卷四）
然而，整菴卻不滿於氣質之性之說，其立場主要是依據其「理氣一物」及「理一分殊」之理論。於此，或宜先略述「理氣一物」及「理一分殊」之要旨，以助進一步之理解。所謂「理氣一物」，其實是指宇宙界之一切皆為一氣之流行，理只是氣化流行之理，理、氣之間並不具有同等的存有論的地位，換言之，氣才是宇宙得以生成之唯一實體，理只是氣之理，無獨立的地位（即不可不依氣而存在）。此種理氣論之立場，近於鼓吹「凡存在即合理」之說（即把一切實然現象視為合理），亦有墮入「自然主義」之嫌。其主張的氣實是向著其最理想、至善之方式流行，而當中沒有另外之一理以管制之（不論此理是動或靜）。我們亦可說，氣之每步流行皆是理之表現，沒有一步是非理的。整菴本乎「理氣一物」的觀點，故其特別欣賞明道之對道之圓融的表述，如「一陰一陽之謂道。陰陽亦形而下者也，而曰道者，惟此語截得上下最分明」、「器亦道，道亦器」。其理氣論也可被表述成「理亦氣，氣亦理」（當然，仔細言之，明道之理氣論實別於整菴，見《理氣篇》）。此理氣立場之驅使下，落至人生界，其自不能接受天地之性和氣質之性之分隔（因此乃建基於理氣在存有論上獨立為二而設），而主張把二者打併歸一（因如此才合符「理亦氣，氣亦理」的存有論立場）。整菴不滿二性之分說，其理由即在此，以上也是「理氣一物」之要旨。至於「理一分殊」，則因天地萬物皆為一氣之流行，理為氣之理，則天地萬物本來一理，所謂「理一」。然而，天地萬物既為天地萬物，其自不是一氣，而為氣之不同的表現。此氣之不同的表現又令理所展示之面向有不同，此稱為「分殊」。「理一分殊」何以令整菴反對氣質之性呢？因「理一分殊」可解決惡之由來，氣質之性之設立實屬多餘。整菴認為，所有人本和天地萬物一樣，是一氣之流行，故也是一理之流行。可是，人既成人，且為不同的個人，其即不再是本來的氣，個人於是為氣之「分殊」，又「分殊」令人「有我之私」，因而不復見「理一」，人生界之種種惡事於是出現。單靠「理一分殊」本就可解釋惡之由來，此也令整菴不滿氣質之性之另立，主張氣質之性當和天地之性混一。
以上已略述「理氣一物」、「理一分殊」之要旨及整菴反對氣質之性之理由。回到上述所引文字中，其前半言「若有恆性，理之一也......有性不善，分之殊也」，此其實只是整菴用「理一分殊」之眼光重新指涉原本為天命之性及氣質之性所指涉之事實。至於後半，則為其表達反對另立氣質之性之意見，其理由即「理氣一物」。
最後，整菴強調對未發之中之體認，且要窮理以盡性。整菴曰：
「喜怒哀樂之未發謂之中」，子思此言，所以開示後學，最為深切。蓋天命之性，無形象可睹，無方體可求，學者猝難理會，故即喜怒哀樂以明之。夫喜怒哀樂，人人所有而易見者，但不知其所謂中，不知其為天下之大本，故特指以示人，使知性命即此而在也。上文「戒慎恐懼」，即所以存養乎此。然知之未至，則所養不能無差，或陷於釋氏之空寂矣。故李延平教人，須於靜中體認大本，未發時氣象高明，即處事應物自然中節。李之此指，蓋得之羅豫章，羅得之楊龜山，楊乃程門高弟，其傳固有自來矣。程伯子嘗言：「學者須先識仁，識得此理，以誠敬存之而已。」叔子亦言：「勿忘勿助長，即是養氣之法，如不識怎生養，有物始言養，無物又養個甚？」由是觀之，則未發之中，安可無體認工夫？雖叔子嘗言「存養於未發之時則可，求中於未發之前則不可」，此殆一時答問之語，未必其終身之定論也。且以為既思即是已發，語亦傷重。思乃動靜之交，與發於外者不同，推尋體認，要不出方寸間爾。伯子嘗言：「天理二字，是自家體貼出來。」又云：「中者，天下之大本，天地之間停停當當，直上直下之正理，出則不是。」若非其潛心體貼，何以見得如此分明？學者於未發之中，誠有體認工夫，灼見其直上直下，真如一物之在吾目，斯可謂之知性也矣。亹亹焉戒懼以終之，庶無負子思子所以垂教之深意乎？
此條強調體認未發之中，吾人當要令此未發之中「直上直下，真如一物之在吾目」，此便是知性。惟其以自身之體認未發之工夫比擬延平之體認未發之工夫，此似微有不當。整菴所言之未發之中乃心之中和之氣之本然流行之理，延平之未發之中乃即存有即活動之道德本心。整菴又曰：
「窮理盡性以至於命」，二程所言，乃大賢以上事，張子所言，乃學者事。然物格知至，則性命無不了然，更無漸次，若行到盡處，則有未易言者爾。
性命必須透過格物致知以了解，可見他主窮理以盡性。
有關整菴對性的看法，上文已作闡述。現且再就其對情之看法作一論述。整菴曰：
人心，感而遂通者也，至變之用不可測，故危。
人心，情也。
兩條合看，可見整菴之情為人心、至變者、感而遂通者。其又曰：
惟是喜怒哀樂之發，未必皆中乎節，此善惡之所以分也。節也者，理一之在分殊中也。中節即無失乎天命之本然，何善如之？或過焉，或不及焉，猶有所謂善者存焉，未可遽謂之惡也。必反之，然後為惡。
由此可見整菴之情為可善可惡。情發而中節，其固無失天命之本然（即沒違心氣之本然之流行），故為善。情發而不中節，若只是過或不及，此仍是可以有善存於其中。只有當其「反之」，此情才是惡。何謂「反之」？整菴解釋：
「反之」云者，好人之所惡，惡人之所好也。
如是，則只有當情發而令人好其所惡／惡其所好，此情才是惡。我們實不能一開始即言情本身是惡。另外，整菴又論情、欲之關係曰：
《樂記》所言「欲與好惡」，與《中庸》「喜怒哀樂」，同謂之七情，其理皆根於性者也。七情之中，欲較重，蓋惟天生民有欲，順之則喜，逆之則怒，得之則樂，失之則哀，故《樂記》獨以「性之欲」為言，欲未可謂之惡，其為善為惡，係於有節與無節爾。
欲實被包含在情之中，而一律根於性。因其根於性，故不可去。又情之善惡依於情發時中節與否，於是，欲本身也不是必然為惡，其善惡依於欲發時之中節與否。整菴曰：
夫性必有欲，非人也，天也。既曰天矣，其可去乎！欲之有節無節，非天也，人也。既曰人矣，其可縱乎！
此條更明顯地指出欲為性之所有，為天所予人，不可去，但其卻可被人所節，且應被人所節。整菴依據其對情欲之特別看法，遂進而批評象山曰：
《樂記》「人生而靜，而之性也。感於物而動，性之欲也」一段，義理精粹，要非聖人不能言。象山從而疑之，過矣，彼蓋專以欲為惡也。夫人之有欲固出於天，蓋有必然而不容已，且有當然而不可易者。於其所不容已者，而皆合乎當然之則，夫安往而非善乎？惟其恣情縱欲而不知反，斯為惡耳。先儒多以去人欲、遏人欲為言，蓋所以防其流者不得不嚴，但語意似乎偏重。夫欲與喜怒哀樂，皆性之所有者，喜怒哀樂又可去乎？象山又言「天亦有善有惡，如日月蝕惡星之類」，是固然矣，然日月之蝕，彗孛之變，未有不復其常者，茲不謂之天理而何？故人道所貴，在乎不遠而復，奈何滔滔者天下皆是也！是則循其本而言之，天人曷常不一？究其末也，亦安得而不二哉？
整菴認為「必然而不容已」之欲只要「合乎當然之則」，欲仍可以為善，象山卻說凡欲皆為惡，整菴因此不滿於象山也。可是，有人或問：「情發而為惡，性是否也為情所累而為惡？」，於此，整菴曰：
然欲動情勝，雖或流而忘反，而中之本體，固自若也，初未始須臾離也。不明乎此，而曰我知性，非妄歟！
由其言「中之本體，固自若也，初未始須臾離也」，可見性一直為全善，並不因情之惡而令其為惡。
整菴論情大約如此。最後，且鈔其論性情之其他文字，隨文析述，以結束此篇。
整菴曰：
「天命之謂性」，自其受氣之初言也。
案：「天命之謂性」即是「理一分殊」中「理一」之境界，性即理也。
又曰：
程叔子答蘇季明之問，有云：「中有甚形體？」然既謂之中，也須有箇形象。伯子嘗云：「中者，天下之大本。天地間，亭亭當當，直上直下之正理。」茲非形象而何？凡有象皆可求，然則求中於未發之前，何為不可？固知叔子此言，非其終身之定論也。
案：此條言未發之中也有形象，也可求，則可見整菴強調對未發之中，即性之體認。
又曰：
程伯子論「生之謂性」一章，反覆推明，無非理一分殊之義。朱子為學者條析，雖詞有詳略，而大旨不殊。然似乎小有未合，請試陳之。夫謂「人生氣稟，理有善惡」，以其分之殊者言之。「然不是性中元有此兩物相對而生」，以其理之一者言也。謂「人生而靜以上不容說」，蓋人生而靜，即未發之中，一性之真，湛然而已，更著言語形容不得，故曰：「不容說」。「繼之者善」，即所謂「感於物而動」也，動則萬殊，剛柔善惡於是乎始分矣。然其分雖殊，莫非自然之理，故曰「惡亦不可不謂之性。」既以剛柔善惡名性，則非復其本體之精純矣，故曰「纔說性時，便已不是性也。」下文又以水之清濁為喻，蓋清其至靜之本體，而濁其感動之物欲也。本體誠至清，然未出山以前無由見也，亦須流行處方見，若夫不能無濁，安可無修治之功哉！修治之功既至，則濁者以之澄定，而本體當湛然矣。然非能有所增損於其間也，故以「舜有天下而不與」終之。
案：此條論性，其大意有四。首先，「人生氣稟，理有善惡」、剛柔善惡之性非由氣質之性形成，乃由於「分殊」而形成。其次，人只有一性（本乎理一），此性為人生而靜時之未發之中，一性之真，湛然而不可用言語說明。其三，「分殊」由性「感於物而動」引致，則剛柔善惡皆本於性而有（所謂根於性），和性同質，但剛柔善惡本身卻不是未發之中之性本身（猶如水之濁和水之清之質同，但水既濁，即不能是清）。其四，必須經過修治之功（即誠明兩進），濁者（專指不中節之情及惡的欲）才得被澄清，本體才可回復（心之動靜皆是理之落實）。
整菴又有一條：
竊以性命之妙，無出「理一分殊」四字。蓋一物之生，受氣之初，其理唯一；成形之後，其分則殊。其分之殊，莫非自然之理，其理之一，常在分殊之中，此所以為性命之妙也。語其一，故人皆可以為堯舜；語其殊，故上智與下愚不移。聖人復起，其必有取於吾言矣。
案：宋儒言人因同有義理之性，故人皆可以為堯舜；但人因有氣質之性，故上智與下愚不移。整菴欲把二性合而為一，一律以「理一分殊」統之，其遂有如此之說法。
又曰：
情是不待主張而自然發動者，意是主張如此發動者。不待主張者，須是與他做主張，方能中節。由此心主張而發者，便有公私義利兩途，須要詳審，二者皆是慎獨工夫。
案：情發可以不經心之主張，因其感物而動故。但要令其發而中節，此則需心為他做主張，即心要窮理、思考以令情能合宜地流露。
整菴論敬（兼及存養、省察）
敬自程伊川開始，早已成為一個重要的工夫概念。伊川有以下一句著名的說話：
涵養須用敬，進學則在致知。（遺書卷十八）
此句可說是程朱理學之工夫綱領。敬即涵養，至於致知，即是格物窮理，又稱集義。伊川又曰：
敬只是涵養一事，必有事焉，須當集義。只知用敬，不知集義，卻是都無事也。（遺書卷十八）
此條更明白指出敬即涵養，致知即集義（合前引一條並觀）。又由「只知用敬，不知集義，卻是都無事也。」可見伊川主張涵養、致知當交相發明，不可偏廢其一。朱子後來承接伊川之思路，仍以涵養、致知為主要的修養工夫。其論主敬曰：
敬有甚物，只如「畏」字相似，不是塊然兀坐，耳無聞、目無見、全不省事之謂，只收斂身心、整齊、純一，不恁地放縱，便是敬。（朱子語類．卷十二）
敬不是萬事休置之謂，只是隨事專一謹畏，不放逸耳。（朱子語類．卷十二）
敬只是常惺惺法，所謂靜中有個覺處。（朱子語類．卷十二）
陳來《宋明理學》藉上述三條說朱子之敬有五種意義。
第一，敬是收斂，把身心收向內，不要使身心放縱散逸或四處走作，這也叫收拾精神。
第二，敬是謹畏，使內心常處於一種敬畏的狀態，這種畏並不是對某一具體對象的恐懼。
第三，敬是惺惺，就是使內心總處於一種警覺的、警省的狀態，惺惺又稱提撕，表示和昏倦相對的警覺狀態。
第四，敬是主一，主一即專一、純一、無適。
第五，敬是整齊嚴肅。
前四點是內之敬，第五點是外之敬。陳來又認為朱子之敬及涵養為一事，而有廣狹義之分。狹義的主敬涵養專指未發功夫而言，與窮理致知相對，為窮理致知準備充分的主體條件。廣義的主敬涵養則貫通已發未發，貫通動靜內外的全過程，它除了使心維持一種特殊的寧靜狀態外，也包括已發時對已知義理之涵養。朱子之說，陳來頗盡其意，朱子當亦如此言之也。然而，有人或問：「朱子主先涵養後致知，還是先致知後涵養？」於此，朱子的回答是：就未發涵養言，則先涵養而後致知；就兼未發已發之涵養言，則先致知而後涵養。朱子曾有以下的說法：
心體通有無，該動靜，故工夫亦通有無，該動靜，方無滲漏。若必待其發而後察，察而後存，則工夫之所不至者多矣。惟涵養於未發之前，則其發處自然中節者多，不中節者少，體察之際，亦甚明審，易為著力，與異時無本可據之說，大不同矣。（朱子文集卷四十三答林擇之書之二十二）
問致知涵養先後，曰：「須先致知而後涵養。」（朱子語類．卷九）
痛理會一番，如血戰相似，然後涵養將去。因自云：某如今雖便靜坐，道理自見得。未能識得，涵養箇甚。（朱子語類．卷九）
第一條中之「涵養」即為未發之主敬涵養。至於第二、三條的「涵養」，則指已發。不過，朱子雖有涵養、致知孰先孰後的看法，其卻多主張涵養、致知交相發明，所謂「誠明兩進」。朱子曰：
程夫子之言曰：「涵養須用敬，進學則在致知」。此二言者，實學者立身進步之要。而二者之功，蓋未嘗不交相發也。（朱子文集卷五十六答陳師德二書之第一書）
敬義只是一事。如兩腳立定是敬，不行是義。合目是敬，開眼見目便是義。（朱子語類．卷十二）
涵養、致知如「車兩輪，烏兩翼」，故廢一不可，敬義實是一事，而無須分先後。
羅整菴既認為自己宗守程朱，其思想自和程朱有相承處。而在工夫論上，整菴論主敬存養，其內容基本上是和程朱所說無異。現在我們且看看整菴對敬究竟持何種想法。
整菴論敬，首先即指出敬為修道所必要之工夫。其曰：
天命之謂性，自其受氣之初言也；率性之謂道，自其成形之後言也。蓋形質既成，人則率其人之性而為人之道，物則率其物之性而為物之道。鈞是人也，而道又不盡同，仁者見之則謂之仁，知者見之則謂之知，百姓日用而不知，分之殊也。於此可見所云君子之道鮮者，蓋君子之道乃中節之和，天下之達道也，必從事於修道之教，然後君子之道可得，而性以全。戒懼慎獨，所以修道也。
敬以「戒懼慎獨」為其特色，整菴曰：「戒懼慎獨，所以修道也」，由此可見整菴以敬為修道之工夫。其次，他認為敬是對未發之中的存養、體認，和格物致知交相發明。整菴曰：
「喜怒哀樂之未發謂之中」，子思此言，所以開示後學，最為深切。蓋天命之性，無形象可睹，無方體可求，學者猝難理會，故即喜怒哀樂以明之。夫喜怒哀樂，人人所有而易見者，但不知其所謂中，不知其為天下之大本，故特指以示人，使知性命即此而在也。上文「戒慎恐懼」，即所以存養乎此。然知之未至，則所養不能無差，或陷於釋氏之空寂矣。故李延平教人，須於靜中體認大本，未發時氣象高明，即處事應物自然中節。李之此指，蓋得之羅豫章，羅得之楊龜山，楊乃程門高弟，其傳固有自來矣。程伯子嘗言：「學者須先識仁，識得此理，以誠敬存之而已。」叔子亦言：「勿忘勿助長，即是養氣之法，如不識怎生養，有物始言養，無物又養個甚？」由是觀之，則未發之中，安可無體認工夫？雖叔子嘗言「存養於未發之時則可，求中於未發之前則不可」，此殆一時答問之語，未必其終身之定論也。且以為既思即是已發，語亦傷重。思乃動靜之交，與發於外者不同，推尋體認，要不出方寸間爾。伯子嘗言：「天理二字，是自家體貼出來。」又云：「中者，天下之大本，天地之間停停當當，直上直下之正理，出則不是。」若非其潛心體貼，何以見得如此分明？學者於未發之中，誠有體認工夫，灼見其直上直下，真如一物之在吾目，斯可謂之知性也矣。亹亹焉戒懼以終之，庶無負子思子所以垂教之深意乎？
「戒慎恐懼」是為了存養未發之中，但必須知至，否則即墮入空寂，此可見整菴主敬是對未發之中之體認，敬義須合用。又對未發之中之體認當為如何之一種境界？整菴說：「灼見其直上直下，真如一物之在吾目」。惟其以延平之體認未發、明道之以誠敬存仁和其自身之敬同一，此似有弊，蓋延平、明道所體所存乃一可活動、可變化氣質之心與理一之道德本心，整菴所體所存則為未發之心之中和之氣之理（雖此時心之氣和理圓融為一，以此謂心即理未嘗不可；但嚴格言之，此時之心實不是心，而只是一表現理之一氣，整菴之敬之嚴格意義，實即盡使心不成一個體義、有我之私之心而只感受心原本作為一氣時之本然之流行，此流行同時即理。此和心學之體認、存養工夫不同）。
除了以上的說法外，整菴對於主敬存養（存養和敬在整菴學中實相互聯繫，故本人於論敬中也兼及存養）又有以下的講法，其曰：
存養是學者終身事，但知既至與知未至時，意味迥然不同。知未至時，存養非十分用意不可，安排把捉，靜定為難，往往久而易厭。知既至時，存養即不須大段著力，從容涵泳之中，生意油然，自有不可遏者，其味深且長矣。然為學之初，非有平日存養之功，心官不曠，則知亦無由而至。朱子所謂誠明兩進者，以此省察，是將動時更加之意，即《大學》所謂「安而慮」者。然安而能慮，乃知止後事，故所得者深。若尋常致察，其所得者，終未可同日而語。大抵存養是思主，省察乃輔佐也。
此條之大意有六。首先，存養有未發存養、已發存養之分。未發存養為窮理致知準備充分的主體條件，使心官開曠，知得以至。已發存養則為已發時對已知義理之涵泳。其次，未發存養（即窮理前的涵養）較難，所得效果也少，所謂「安排把捉，靜定為難，往往久而生厭」；已發存養（即窮理後之存養）較易，所得效果亦多，所謂「不須大段著力，從容涵泳其中，生意油然，自有不可遏者，其味深且長矣。」。由此亦可引申見出整菴工夫論之主力不在未發存養，而在致知窮理。其三，存養、致知當交相發明，不能因未致知而廢棄未發存養。其四，省察並不包括在存養中，其發用乃致知窮理後之事。雖省察嚴格上也有「知未至」及「知既至」之分別，但「知未至」的省察所得之效果實少於「知既至」的省察，近似存養。又整菴言：「大抵存養是思主，省察乃輔佐也。」，可見省察別於存養，省察之功用也遜於存養。其五，敬貫已發未發、敬貫動靜。蓋存養即敬，而存養又有已發未發之分，由此可見敬貫動靜。其六，由「存養是學者終身事」，可見存養是徹上徹下之工夫。
另外，整菴以為敬貫已發省察。整菴曰：
情是不待主張而自然發動者，意是主張如此發動者。不待主張者，須是與他做主張，方能中節。由此心主張而發者，便有公私義利兩途，須要詳審，二者皆是慎獨工夫。
詳審心之所發之意是公還是私，是義還是利，此即檢點念頭、已發省察之工夫。又慎獨則敬。由此可見敬寓於省察工夫中。整菴又細緻地分析敬之內容曰：
操舍之為言，猶俗云提起放下。但常常提掇此心無令放失，即此是操，操即敬也。孔子嘗言：「敬以直內」，蓋此心常操而存，則私曲更無所容，不期其直而自直矣。先儒有以主敬，拎敬為言者，似乎欲密反踈，後學或從而疑之，又不知其實用工果何如也。
此條論敬之內容為操存此心，常常提掇此心無令放失，以使「有我之私」不復出現。此亦為整菴對敬之看法。
整菴論敬大致如上。現在且再鈔三條相關文字於下：
孟子以「勿忘勿助長」為養氣之法，氣與性一物，但有形而上下之分爾，養怛性即養氣，養氣即養性，顧所從言之不同，然更無別法。子思所謂「戒慎恐懼」，似乎勿忘之意多，孟子語意較完也。
案：存養未發之中是什麼意思？由此條可見其存養的是性，又性即理，理氣又為一物，故養性即養氣。
心與理，初未嘗不一也，有以問之則二矣。然則何修何為而能復其本體之一邪？曰敬。
案：此見敬可體認未發之中。
理之所在謂之心，故非存心則無以窮理。
案：此處之存心指未發之存養，其功用是為窮理致知準備可能條件。理之認識以心之清明平和為先決條件，而存養可令心平和清明，故整菴曰：「非存心則無以窮理」。
總括而言，整菴之敬為修道必要工夫。它是對未發之中的存養、體認。它又貫動靜，且寓於已發省察中，以操存此心為其內容。敬也多和存養相連，存養有未發、已發之分，未發存養較難，僅有助窮理致知；已發存養則相反，使人涵泳於已知義理中。省察則外於存養而為存養之輔助。存養、致知當兩頭並進，而一律以「敬」貫之。這一切想法，吾人試細想，不就是伊川、朱子論敬、論涵養之摹本嗎？
整菴論格物
在修養工夫上，整菴除了主張存養、敬外，尚主張格物。格物窮理，更可說是整菴工夫論之主力，蓋未致知之存養「安排把捉，靜定為難，往往久而生厭」，效果不大，只有在格物致知後，存養之味才「深且長」，由此可見整菴把工夫修養的重心放在格物，一切積極工夫皆由格物窮理處開展，存養（知未至之存養）只是消極工夫。
何以我們要進行格物窮理的工夫？整菴有如下的解釋：
盈天地之間者惟萬物，人固萬物中一物耳。乾道變化，各正性命，人猶物也，我猶人也，其理容有二哉？然形質既具，則其分不能不殊。分殊，故各私其身。理一，故皆備於我。夫人心虛靈之體，本無不該，惟其蔽於有我之私，是以明於近而暗於遠，見其小而遺其大。凡其所遺所暗，皆不誠之本也。然則知有未至，欲意之誠，其可得乎？故《大學》之教，必始於格物，所以開其蔽也。格物之訓，如《程子》九條，往往互相發明，譬如千蹊萬徑，皆可以適國，但得一道而入，則可以推類而通其餘。而今之學者，動以不能盡格天下之物為疑，是豈嘗一日實用其功？徒自誣耳！
整菴認為，人因為氣之分殊的表現，因而「有我之私」，使人心有所偏蔽（此偏蔽為認知上之偏蔽，以不見其自身和天地萬物同具一理為蔽），意有所不誠。一切人生界之惡於是由此而出。人要不為惡而全為善，其即必須令自身之意誠，而意能誠則依於人解除認知上之偏蔽，重新復見理一，解蔽之法即在格物窮理。基於人要成為一具道德的人，社會不會再有惡行出現，整菴遂主張人要進行格物窮理的工夫。
整菴又論格物云：
「格物，莫若察之於身，其得之尤切。」程子有是言矣。至其答門人之問，則又以為「求之情性固切於身，然一草一木亦皆有理，不可不察。」蓋方是時，禪學盛行，學者往往溺於明心見性之說，其於天地萬物之理，不復置思，故常陷於一偏，蔽於一已，而終不可與入堯舜之道。二程切有憂之，於是表章《大學》之書，發明格物之旨，欲令學者物我兼照，內外俱融，彼此交盡，正所以深救其失，而納之於大中。良工苦心，知之者誠亦鮮矣。
夫此理之在天下，由一以之萬，初非安排之力，會萬而歸一，豈容牽合之私？是故察之於身，宜莫先於性情，即有見焉，推之於物而不通，非至理也。察之於物，固無分於鳥獸草木，即有見焉，反之於心而不合，非至理也。必灼然有見乎一致之妙，了無彼此之殊，而其分之殊者，自森然其不可亂，斯為格致之極功。然非真積力久，何以及此？
格物窮理當貫內外，能察乎性情和鳥獸草木之理有一致之地方，此為格物之極至。又格物當透過不斷積累而得，所謂「真積力久」；且不可只重察性情而不理外物／只重察外物而不反之於性情。
整菴對於格物的仔細條目亦作過一番析述，反對陸王以來心學所主張的易簡工夫。其曰：
此理誠至易，誠至簡。然「易簡而天下之理得」，乃成德之事。若夫學者之事，則博學審問慎思明辨篤行，廢一不可。循此五者以進，所以求至於易簡也。茍厭夫問學之煩，而欲徑達於易簡之域，是豈所謂易簡者哉！大抵好高欲速，學者之通患，為此說者，適有以投其所好，中其所欲。人之靡然從之，無怪乎其然也。然其為斯道之害，甚矣，可懼也夫！
陸王強調心即理，人一旦能對道德本心加以肯認，其即可處事接物時莫不中節，讀書窮理只是助緣，非主要、必要的工夫。自識本心之工夫，陸王又稱之為「易簡」。然而，對整菴而言，心學之工夫實不是「易簡」，而是「好高欲速」。整菴指出，就聖人境界觀之，此理固是「易簡」；但就一般未至聖域之學者之眼光看，其必須透過博學、審問、慎思、明辨、篤行等工夫才可明白理。假若一學者不經博學之工夫以慕求「易簡而天下之理得」，此只是「欲速」之表現，易簡之理終也不可得。由此條，我們可見整菴反對陸王之工夫論，又博學、審問、慎思、明辨、篤行五項亦可說是格物窮理的具體條目。另外，整菴論格物之格曰：
格字，古註或訓為至，如「格於上下」之類；或訓為正，如「格其非心」之類。格物之格，二程皆以至字訓之，因文生義，惟其當而已矣。呂東萊釋「天壽平格」之格，又以為「通徹三極而無間」。愚按，通徹無間，亦至字之義，然比之至字，其意味尤為明白而深長。試以訓「格於上下」，曰「通徹上下而無間」，其孰曰不然？格物之格，正是「通徹無間」之意，蓋工夫至到，則通徹無間，物即我，我即物，渾然一致，雖合字亦不必用矣。
整菴斟酌二程、呂東萊之解，而以為格字當訓為「通徹無間」。又格物當以通徹上下而無間，物我渾然一致為極至（惟其乃藉知解上之知理而破我私而使人物一體，不同於程明道以仁之感通覺潤而言物我一體）。順便一提，整菴斟酌古註及宋儒之說以定格字之義，此亦是承朱子求立定本、不以私意比附之精神而來。，其本程朱之學有如此。
除了上述所說之內容及意義外，整菴還強調格物窮理乃為了明未發之中。其曰：
《樂記》曰：「人生而靜，天之性也，感於物而動，性之欲也。」《中庸》曰：「喜怒哀樂之未發，謂之中，發而皆中節，謂之和。」此理之在人也，不於動靜求之，將何從而有見哉？然靜無形而動有象，有象者易識，無形者難明，所貴乎窮理者，正欲明其所難明爾。
人生而靜，即未發之中，即性，因其無形象，是故難明。整菴指透過窮理可令人明其所難明，則格物可令人明性（當然，此處之明性是明人心和理關聯地為一、合一，非心性之自一）。
整菴又主致知、存養並重，誠明兩進，道問學和尊德性並立，近似朱子。他說：
動亦定，靜亦定，性之本體然也。動靜之不常者，心也。聖人性之，心即理，理即心，本體常自湛然，了無動靜之別。常人所以膠膠擾擾，曾無須臾之定貼者，心役於物而迷其性也。夫事物雖多，皆性分中所有。苟能順其理而應之，亦自無事。然而明有未燭，誠有弗存，平時既無所主，則臨事之際，又惡知理之所在而順之乎！故必誠明兩進，工夫純熟，然後定性可得而言，此學者之所當勉也。
又說：
「既不知尊德性，焉有所謂道問學。」此言未為不是，但恐差認卻德性，則問學直差到底。原所以差認之故，亦只是欠卻問學工夫。要必如孟子所言「博學詳說」「以反說約」，方為善學。茍學之不博，說之不詳，而蔽其見於方寸之間，雖欲不差，弗可得已！
由第一條，可見整菴主存養、格物交相發明以定性，和朱子同。由第二條，可見整菴反對只重尊德性，而強調尊德性和道問學（即格物窮理）並重（亦可說整菴以道問學為達至尊德性之唯一方法、手段）。
再者，整菴以未發存養為格物窮理的先決條件，以格物窮理為盡心的工夫。其曰：
然為學之初，非有平日存養之功，心官不曠，則知亦無由而至。
理之所在謂之心，故非存心則無以窮理。心之所有謂之性，故非知性則無以盡心。孟子言心言性非不分明，學者往往至於錯認，何也！求放心只是初下手工夫，盡心乃其極致，中間緊要便是窮理。窮理須有漸次，至於盡心知性，則一時俱了，更無先後可言。如理有未窮，此心雖立，終不能盡。吾人之有事於心地者，其盡與不盡，反觀內省亦必自知。不盡而自以為盡，是甘於自欺而已矣，非誠有志於道者。
謝上蔡有言：「心之窮物有盡，而天者無盡，如之何包之？」此言不知為何而發？夫人心之體，即天之體，本來一物，無所包也，但其主於我者謂之心耳。心之窮物有盡，由窮之而未至爾，物格則無盡矣。無盡即無不盡，夫是之謂盡心，心盡則與天為一矣。如其為物果二，又豈人之智力之所能包哉？
第一條文字反映整菴以未發存養作為格物致知的預備條件，未發存養為窮理致知準備充分的主體條件。又因存養後格物才可以進行，於是，整菴在第二條文字中說「非存心即無以窮理」。然而，只存養而不格物，此心仍不能盡，只有通過格物窮理，心才得以盡（此處之盡心為令人心之虛明靈覺盡量擴充而和天地萬物之理關聯地、認知地合一），天才得以知，如是，則整菴以格物窮理為盡心知性知天之工夫（上引第二條之文字即說明格物以盡心，第三條則說明格物可知天）。
論格物不能不談及致知和力行的先後問題，整菴於此也有說法：
「乾以易知，坤以簡能」，此人之良知良能所自來也。然乾始物，坤成物，固自有先後之序矣。其在學者，則致知力行工夫，要當並進，固無必待所知既徹而後力行之理，亦未有所知未徹，而能不疑其所行者也。然此只在自勉，若將來商量議擬，第成一場閒說話耳，果何益哉！
一般學者或認為知得透徹後才可去力行，但整菴則強調致知、力行當並進，非知得透徹後才行。然整菴於某些地方又不完全反對朱子之「知先行後」，其曰：
格物致知，學之始也。克己復禮，學之終也。
大抵整菴仍守著程朱「知先行後」的大宗旨，而更強調知、行之交相並進、發明。當工夫初開展時，知固是先，行則屬後；但當工夫日趨完熟，則知、行已混而為一，不用再分先後。
整菴對格物的看法又可見於下列的文字：
吾之有此身，與萬物之為物，孰非出於乾坤？其理固皆乾坤之理也。自我而觀，物固物也；以理觀之，我亦物也。渾然一致而已，夫何分於內外乎？所貴乎格物者，正欲即其分之殊，而有以見乎理之一。無彼無此，無欠無餘，而實有所統會，夫然後謂之知至，亦即所謂知止，而大本於是乎可立，達道於是乎可行，自誠正以至於治平，庶乎可一以貫之無遺矣。（與王陽明）
案：此條論格物之內容。格物旨在令人在不離分之殊的情況下復見出理一（即天地萬物本來一理），知我亦是一物，因而打破有我之私，繼而達至知至、立大本。
格物致知，學之始也。克已復禮，學之終也。道本人所固有，而人不能體之為一者，蓋物我相形，則惟知有我而已。有我之私日勝，於是乎違道日遠。物格則無物，惟理之是見。己克則無我，惟理之是由。沛然天理之流行，此其所以為仁也。始終條理，自不容紊。故曰「知至，至之。知終，終之。」知及之而行不逮，蓋有之矣，茍未嘗真知禮之為禮，有能「不遠而復」者，不亦鮮乎！
案：此條也是論格物之內容，兼及原因。如上述，因人為氣之分殊的表現，人往往因此蔽於物我之區分，繼而生出「有我之私」，做出種種惡的行為，所謂「蓋物我相形，則惟知有我而已。有我之私日勝，於是乎違道日遠」。要使人為善而不為惡，即需令人解蔽，消去「有我之私」，而如何可去私呢？即須透過格物窮理以復見理一。人知萬物一理，自不以外物為物，自己則非物，私心因而可消，所謂「物格則無物，惟理之是見。己克則無我，惟理之是由。」。格物窮理，換句話說，即是令人去私而見理一之工夫。整菴工夫論著力之重心亦在此。
「當理而無私心則仁」，乃延平李先生之言，而朱子述之者也。此言須就人事上體認，內外兼盡，則仁之為義自明。或謂「當理即無私心，無私心即是當理」，而以析心與理為未善。是蓋知其一，而不知其二也。且如齊桓公攘夷狄以尊周，漢高祖為義帝發喪，孰不以為當理？謂無私心得乎？又如直躬之證攘羊，申生不忍傷父之志而自斃，其無私心不待言矣，謂之當理可乎？果如或者之言，則王伯將混為一途，而師心自用之害，有不可勝救者矣。
案：此條言無私心不表示當理，當理者也不必定是無私心。吾人或以為此條和格物無干，實則不然。蓋有謂：「既然格物是對氣之本然之理（即未發之中）之復見，且去『有我之私』，則『對理一之復見』和『去我之私』是否同一事？或只是同時出現的兩件事？」，格物工夫一被追問，必迫出以上之問題。而對此問題，整菴答以當理及無私心為二事，則我們可測定格物可令人見理一，也令人可去我之私，但見理一和去私乃二事，非一事（當然，去私可以是由見理而生，但即使如此，一來，去私仍可並非見理一之另一面向，故非和見理一同為一事；二來，去私和見理可只是具理論上之先後，即理論上知理較去私重要，而不具時間上之先後）。
余所云「物格則無物」者，誠以其功深力到，而豁然貫通，則凡屈伸消長之變，始終聚散之狀，哀樂好惡之情，雖千緒萬端，而卓然心目間者，無非此理，一切形器之粗跡，舉不能礙吾廓然之本體，夫是之謂無物。孟子所謂「盡心知性而知天」，即斯義也。（《答黃筠溪》）
案：此條見整菴以格物窮理為盡心之手段。
概括而言，整菴論格物之要點有七。首先，格物是使人復見理一及去私之工夫。其次，格物當貫內外，透過不斷的積累，能察乎性情和鳥獸草木之理有一致之地方。其三，格物以博學、審問、慎思、明辨、篤行為其具體條目。其四，格物乃為了明理，故又是為了明未發之中（因性即理）。其五，格物、存養當交相發明，未發存養為格物作預備，格物則為盡心之工夫。其六，格物致知先而力行為後，但工夫至到，二者則渾不可分。其七，格物令人見理一及去有我之私不是同一事之不同面向，有此必然有彼；乃是不同之二事，有前者或可引致後者，或可不引致，當中無必然性，二事只有理論上之先後，無時間上之先後。
整菴本於他自己對格物之理解，遂起而評擊他人之論格物。其中被他攻擊最力者為王陽明及其以良知學為基礎建立的格物說。整菴批評陽明曰：
「物者意之用也，格者正也。正其不正，以歸於正也。」此執事格物之訓也。來教云：「格物者，格其心之物也，格其意之物也，格其知之物也；正心者，正其物之心也；誠意者，誠其物之意也；致知者，致其物之知也。」夫謂格其心之物，格其意之物，格其知之物，凡其為物也三；謂正其物之心，誠其物之意，致其物之知，其為物也一而已矣。就三物而論，以程子格物之訓推之，猶可通也；以執事格物之訓推之，不可通也。就一物而論，則所謂物者，果何物耶？如必以為意之用，雖極安排之巧，終無可通之日，不能無疑者一也。執事謂意在於事親，即事親是一物，意在於事君，即事君是一物，諸如此類，不妨說得行矣。有如川上之歎，鳶飛魚躍之旨，試以吾意著於川之流，鳶之飛，魚之躍，若之何正其不正以歸於正邪？不能無疑者二也。執事又云：「吾心之良知，即所謂天理也。致吾心良知之天理於事事物物，則事事物物皆得其理矣。致吾心之良知者，致知也，事事物物各得其理者，格物也。」審如所言，則《大學》當云格物在致知，知至而後物格矣。且既言精察此心之天理，以致其本然之良知，又言正惟致其良知，以精察此心之天理。然則天理也，良知也，果一乎？果非一乎？察也，致也，果孰先乎？孰後乎？不能無疑者三也。（與王陽明）
此條的文字雖多，但歸納其要點，不外有三。首先，格物不是格心、正心。其次，陽明以致知釋格物，和《大學》說格物先於致知，言「致知在格物」不同。其三，精察此心之天理和致良知究竟是一事或二事？哪個孰先？要評論此三點是否合理，宜先了解一下陽明學之一些基本特色。在陽明學中，其基本上是認為心即理，心乃一具有應然價值意識，且充滿道德情感之本心（不同於整菴之氣心）。心又被稱為良知，故陽明又有「良知即天理」之語。然良知發用時或會被私欲（陽明稱此為在軀殼上起念）所蒙蔽，因而令人為惡，人於是遂要在事上磨鍊，以復其良知，所謂「致良知」也。陽明以事釋物，以格訓正，故陽明學中之格物實即正行為、事上磨鍊之意，當中不涉及外在世界之經驗物。又致良知上，良知即天理，則致良知之另一面即為對天理之精察，致良知和察天理只是一事之兩面，非有二事也。陸王心學且有一特色，為「我註六經」，「管歸一路」，陽明說《大學》格物，實只是借《大學》文字發揮其良知之教（牟宗三稱其說為孟子學），其說之異於《大學》原文，此乃意料中事，亦為陽明學本身特色所使然。
基此，我們試重看整菴之三個批評，其批評可說是完全不解陽明學而致。第一個批評乃因整菴不明陽明以「正行為」為格物所致。第二點為整菴不知陽明只是以《大學》文字借題發揮，以為陽明是在客觀闡釋《大學》所致。第三個批評是整菴不明陽明「良知即天理」之論學宗旨所致。整菴何以會如此誤評陽明？此自和其自身的治學立場有關。其治學立場足以令其不明陽明者有三：（１）將格物理解為窮格事理和物理之工夫（２）凡治經典必盡量對經中之原文作客觀闡釋，不以私意比附（３）性即理而不是心即理。由於這些立場，整菴遂不能進入陽明的義理系統中，其對陽明格物的批評也多不合理（順便一提，整菴的治學立場幾乎全是本朱子而來，而王學則本象山而來，羅、王之針鋒相對實只是朱陸異同之延續）。換言之，整菴只本自己對格物之見否定陽明。
整菴又反對格物即格心曰：
人之有心，固然亦是一物，然專以格物為格此心，則不可。（答允恕弟）
對整菴來說，格物可包括格心（即察乎性情），但並不僅限於格心。此仍是針對陽明格物說而發。整菴回答歐陽少司成崇一時亦說：
來書格物工夫，惟是隨其位分，修其實履。雖云與佛氏異，然於天地萬物之理，一切置之度外，更不復講，則無以達夫一貫之妙，又安能盡己之性以盡人物之性，贊化育而參天地哉？此無他，只緣誤認良知為天理，於天地萬物上，「良知」二字，自是安著不得，不容不置之度外耳。聖人本天，釋氏本心，天地萬物之理，既皆置之度外，其所本從可知矣。若非隨其位分，修其實履，則自頂至踵，寧復少有分別乎？
良知學會遺物理於外，此評似合理，但自另一方面看，陽明學之理未嘗不變得精純，全為應然之理，更合乎純粹倫理道德學說的要求及規範。
總括而言，整菴論格物自有其一套之見地，和程朱極接近；惟其終身皆未契陽明之良知學，故其評陽明之格物多有所偏。
整菴論孟子
由於整菴堅守程朱之義理立場，其對陸王心學多不相契。陸象山又自敘其學云：「因讀《孟子》而自得之於心也」，可見陸王心學之遠源為孟子學。然而，在《困知記》中，整菴不但沒批評孟子，且處處以孟子文字印證己說，而指責象山之無得於孟子之學。本文且就相關文字加以選錄，以見整菴對孟子的一些看法。
整菴對孟子學之理解，兼及對陸象山之批評，可見於以下一段文字：
蓋嘗遍閱象山之書，大抵皆明心之說，其自謂所學，因讀《孟子》而自得之。時有議之者云：「除了『先立乎其大者』一句，全無伎倆。」某亦以為誠然。然愚觀孟子之言，與象山之學自別，於此而不能辨，非惟不識象山，亦不識孟子矣。孟子云：「耳目之官不思而蔽於物，物交物則引之而已矣。心之官則思，思則得之，不思則不得也。此天之所以與我者，先立乎其大者，則其小者不能奪也。」一段言語，甚是分明，所貴乎先立其大者，何以其能思也？能思者心，所思而得者性之理也。是則孟子喫緊為人處，不出乎思之一言。故他日又云：「仁義禮智，非由外鑠我也，我固有之也，弗思耳矣。」而象山之教學者，顧以為此心但存，則此理自明，當惻隱處自惻隱，當羞惡處自羞惡，當辭遜處自辭遜，是非在前，自能辨之。又云當寬裕溫柔自寬裕溫柔，當發強剛毅自發強剛毅。若然，則無所用乎思矣，非孟子先立乎其大者之本旨也。夫不思而得，乃聖人分上事，所謂生而知之者，豈學者之所及哉？苟學而不思，此理終無由而得。凡其當如此自如此者，雖有出於靈覺之妙，而輕重長短，類皆無所取中，非過焉斯不及矣，遂乃執靈覺以為至道，謂非禪學而何？蓋心性至為難明，象山之誤，正在於此。故其發明心要，動輒數十百言，而言及於性者絕少。間因學者有問，不得已而言之，只是枝梧籠罩過，並無實落，良由所見不的，是誠不得於言也。嘗考其言有云：「心即理也。」然則性果何物耶？又云：「在天者為性，在人者為心。」然則性果不在人耶？既不知性之為性，舍靈覺即無以為道矣，謂之禪學，復夫何疑？
此段文字之內容可分為「對孟子之詮釋」及「對象山之批評」兩部份。就「對孟子之詮釋」，整菴認為孟子以心為能思者，性為心之所思而得者，所謂「先立乎其大者」，是在人之思上說，心性之關係既不是二，又不是一。就「對象山之批評」，整菴提出了三點。第一，整菴認為象山教人「此心但存，則此理自明」，和孟子重思之看法不合，有違孟子「先立其大」之本旨。第二，象山主不思而得，只令人有見於心之靈覺之妙，無見於性。再者，不思而得只是聖人能為之事，非學者入門之途。第三，象山云：「心即理也」使性得不到著落，亦可說在象山學中性似無重要之理論地位，只有心為象山所重，因而極近禪學。
一般人不明孟子學及象山學，或以為整菴之詮釋及批評允當，實則不然。孟子曾言：「惻隱之心，仁也」，又言：「理義之悅我心，猶芻豢之悅我口」。若孟子之心不是理，即非道德本心，孟子之心當不會對理義感到悅樂，惻隱之心也不即是仁。只有當心和理同質，心才會悅理、為仁，如是，焉得拘於文義而指孟子之心不即是性、心性為二？又孟子之本心本可自我立法（法指道德法則），自我頒布，則理實由心自行建立，且為心自身所遵守，依此，心、理也不當為二而是一，心性也是同一。整菴強辯孟子視心性非同一，此乃因其未明上述之義理所致，稍知孟子學者當知此中之道理。至於其謂孟子重思，此在表面上看雖似恰當，但仔細言之，孟子之思乃「自反」、「求放心」，即反省、內省之意，整菴則以一般思慮解孟子之思，整菴此言仍有不確。
而有關對象山學的批評方面。象山說：「此心但存，則此理自明」，此乃是就本心發露後之工夫言，其並不是本心未發時之工夫；孟子言「自反」、「思」，卻專就本心未發時說，為令本心由隱蔽而得以呈現之工夫，非本心發用後之存養工夫。二人本對應著不同之心之狀態言心學工夫，整菴焉能以象山之「心存理明」而謂象山不重思，因而有違孟子原旨？再者，象山曾說：「不過切己自反，改過遷善」，則象山也有「反」的工夫，如是，其工夫何異於孟子之思？又孟子也言存心養性所以事天，此又何異於象山？觀此三點，可見整菴對象山之第一個批評不恰當。至於第二個批評，象山之心本不只是一虛明靈覺，而為一可自我立法，再而自我頒布，且悅於自己所立之法之道德本心，在象山學中，理為心所立，心、性是一，象山又怎會只見心之靈覺之妙而無見於性？（事實上，象山之見心即見性，二者不可能分開）整菴此說實反映其對象山學一無所知。第三個批評則如上述，象山視心性是一，既是一，說了心自不用說性，安可以此說性沒著落？又象山之心本不同於釋氏之心，即使象山重心，此也不代表象山近禪，整菴第三個批評亦無力。
當然，整菴之所以誤解孟子及錯評象山乃源於他所持的義理立場，約言之，其立場有三：（一）性即理，心為虛明靈覺之氣心，心、性為二；（二）以思慮窮理作為成德主要工夫；（三）重視對文本之客觀詮釋，不作超出文字外的可能的義理推想。此三個立場為整菴學之特色所在，但也正因這些特色，其終不解孟子、象山、陽明之學。
整菴又有論孟子之話語如下：
孔子教人，莫非存心養性之事，亦未嘗明言之也。孟子則明言之矣。夫心者，人之神明，性者，人之生理。理之所在謂之心，心之所有謂之性，不可混而為一也。《虞書》曰：「人心惟危，道心惟微。」《論語》曰：「從心所欲不踰矩。」又曰：「其心三月不違仁。」孟子曰：「君子所性仁義禮智根於心。」此心性之辨也。二者初不相離，而實不容相混，精之又精，乃見其真，其或認心以為性，差毫釐而謬千里矣。
......謂「心即理也」，其可通乎？且孟子嘗言「理義之悅我心，猶芻豢之悅我口」，尤為明白易見。
凡聖賢言語，須是看得浹洽，義理方盡。若執定一處將來硬說，其他說不通處更不管，只是成就得一箇偏見，何由得到盡心地位邪？近世學者因孟子有「仁，人心也」一語，便要硬說心即是仁，獨不思「以仁有心」，「仁義禮智根於心」，其言亦出於孟子，又將何說以通之耶？孔子之稱顏淵，亦曰「其心三月不違仁」。仁之與心，固當有辨。須於此見得端的，方可謂之識仁。
上述三條，一言以蔽之，全是主張孟子判心、性為二，心不即是理。
除把孟子之心、性二分外，其又本「先致知，後存養所知義理」的立場，解釋孟子之知言養氣。其曰：
孟子之學，亦自明而誠，知言養氣是也。自明而誠者，未必便造其極，理須善養，「盡心知性」一章即是此義。然其告公孫丑，不曰「善養吾『性』」，而曰「氣」者，因告子「勿求於氣」而言，以見其所以異也。程子嘗言「學者須先識仁」一段說話，皆與孟子相合，但以存字該養字爾。吾儒之學，舍此更無是處。然異學亦有假之以文其說者，不可不明辨之。
此條整菴把孟子之明解作致知，誠解作知至後之存養，養氣解成對已知義理之涵泳。可是，此本不合孟子之原意。在孟子學中，知言是指道德本心發用時，人依此以判別及提出理由以反對異端邪說，其根本不是向外的窮理；養氣則是人以本心以變化氣質上的渣滓，使之如理合心，其不是對已知義理之涵泳。養氣既為人憑自力以變化氣質，其自不是養性（即使是養，也是養心）。由此，可見整菴之不解孟子。又其引明道語，以為和孟子合，此未嘗錯，但明道、孟子皆以逆覺體證（牟宗三語）之方式識仁、求放心，此似和整菴之窮理致知不同。整菴又曰：
孟子以「勿忘勿助長」為養氣之法，氣與性一物，但有形而上下之分爾，養性即養氣，養氣即養性，顧所從言之不同，然更無別法。子思所謂“戒慎恐懼”，似乎勿忘之意多，孟子語意較完也。
整菴雖以「理氣一物」論說「性、氣一物」，再說孟子之養氣為養性，從而成就其欲把孟子之知言養氣解讀為「先致知後涵養」之意圖。然而，此明顯不是孟子之原意，而只是整菴之刻意安排。
整菴還把孟子之盡心理解為經格物窮理後而達至之境界，尊德性必不離開道問學。其曰：
余所云「物格則無物」者，誠以其功深力到，而豁然貫通，則凡屈伸消長之變，始終聚散之狀，哀樂好惡之情，雖千緒萬端，而卓然心目間者，無非此理，一切形器之粗跡，舉不能礙吾廓然之本體，夫是之謂無物。孟子所謂「盡心知性而知天」，即斯義也。（《答黃筠溪》）
又曰：
「既不知尊德性，焉有所謂道問學。」此言未為不是，但恐差認卻德性，則問學直差到底。原所以差認之故，亦只是欠卻問學工夫。要必如孟子所言「博學詳說」「以反說約」，方為善學。茍學之不博，說之不詳，而蔽其見於方寸之間，雖欲不差，弗可得已！
最後，整菴亦不明白孟子之知為道德的覺知，而把其視為perception；他又認為孟子之性說不及周張二程的完備。他說：
人之知識，不容有二，孟子但以不慮而知者，名之曰「良」，非謂別有一知也。今以知惻隱、知羞惡、知恭敬、知是非為良知，知視、知聽、知言、知動為知覺，是果有二知乎？（答歐陽少司成崇一）
此條知整菴全不明道德之覺知，其也自不以感通說萬物一體。他又說：
性善，理之一也，而其言未及乎分殊，有性善有性不善，分之殊也，而其言未及乎理一。程、張本思、孟以言性，既專主乎理；復推氣質之說，則分之殊者，誠亦盡之。
由此可見整菴認為孟子論性未盡於分殊，不及橫渠等人之說。
總括而言，孟子在整菴學中只是整菴之喉舌而已，整菴多用孟子之文字以表述自己之看法，其卻從未正視孟子學之真正意蘊。後人若要真研孟子，宜先讀孟子原書，再看整菴之文字，庶無失於二家之言說也。
整菴論象山及慈湖
在《孟子篇》中，我們已述及整菴對象山的一些批評。本文將續述整菴對象山的其他批評，兼子象山的弟子楊慈湖。
整菴對象山的批評，首先即反對陸氏立心、明心之說。其曰：
或者見象山所與王順伯書，未必不以為禪學非其所取，殊不知象山陽避其名，而陰用其實也。何以明之？蓋書中但言兩家之教所從起者不同，初未嘗顯言其道之有異，豈非以儒佛無二道，惟其主於經世，則遂為公為義為儒者之學乎？所謂陰用其實者此也。或者又見象山亦嘗言致思，亦嘗言格物，亦嘗言窮理，未必不以為無背於聖門之訓，殊不知言雖是而所指則非。如云格物致知者，格此物，致此知也；窮理者，窮此理也；思則得之，得此者也；先立乎其大者，立此者也，皆本之經傳，然以「立此者也」一語證之，則凡所謂此者，皆指心而言也。聖經之所謂格物窮理，果指心乎？故其廣引博證，無非以曲成其明心之說，求之聖賢本旨，竟乖戾而不合也。
整菴認為格物窮理不是格心窮心，「先立其大」也不是先立此心，象山卻用「管歸一路」之方法說格物、窮理、致思皆是格此心、窮此心、思此心，整菴因此不滿象山。
其次，整菴不滿於象山主「心即理」。他說：
程子言「性即理也」，象山言「心即理也」。至當歸一，精義無二，此是則彼非，彼是則此非，安可不明辨之？吾夫子贊《易》，言性屢矣，曰「乾道變化，各正性命」，曰「成之者性」，曰「聖人作《易》，以順性命之理」，曰「窮理盡性以至於命」，但詳味此數言，「性即理也」明矣。於心亦屢言之，曰「聖人以此洗心」，曰「易其心而後語」，曰「能說諸心」。夫心而曰「洗」、曰「易」、曰「說」，洗心而曰以此，試詳味此數語，謂「心即理也」，其可通乎？且孟子嘗言：「理義之悅我心，猶芻豢之悅我口。」，尤為明白易見。故學而不取證於經書，一切師心自用，未有不自誤者也。自誤已不可，況誤人乎！
整菴認為就孔孟之言分析，孔孟皆指有性即理之意，無心即理之意（當然，孟子學之義理底蘊本可由「理義之悅我心」進而說「心即理」，詳見《孟子篇》）。象山卻一主「心即理」為聖人之意，此明顯是象山「師心自用」，誤己誤人。
其三，整菴認為象山無「下學而上達」之工夫。其曰：
程子曰：「聖賢千言萬語，只是欲人將已放之心，約之使反，復入身來，自能尋向上去，下學而上達也。」嘗見席文同《鳴冤錄提綱》，有云：「孟子之言，程子得之。程子之後，陸子得之。」然所引程子之言，只到「復入身來」而止。最緊要是「自能尋向上去，下學而上達」二語，卻裁去不用，果何說耶？似此之見，非惟無以直象山之冤，正恐不免冤屈程子也。
此條雖是對席文同之批評，但由其內容看，可見整菴認為孟子、程子皆有「下學而上達」之工夫，象山則無之。因此，不可謂程子之看法為象山所得，蓋如此將令象山、程子之學兩相混淆，所謂「無以直象山之冤，正恐不免冤屈程子」。可是，值得注意的是，象山是否真無「下學而上達」之工夫？若「下學而上達」即朱子、整菴義之格物窮理，象山固無此類工夫（即使是孟子，其也沒這類順取式的工夫），但「下學而上達」是指道德本心之初發，繼而保存、擴充，象山焉無「下學而上達」之工夫？整菴於此全用格物窮理解下學上達，此似未必真能把握象山學之真義。
其四，整菴反對象山「但此心之存，則此理自明」之說法。他說：
象山言：「孔子十五而志於學，是已知道時矣。雖有所知，未免乍出乍入，乍明乍晦，或警或縱，或作或輟。至三十而立，則無出入、明晦、警縱、作輟之分矣。然於事物之間，未能灼然分明見得，至四十始不惑。」夫其初志於學也，即已名為「知道」，緣何既立之後，於事物之間，見得猶未分明？然則，所已知者果何道，所未見者果何物耶？豈非以知存此心即為知道耶？然象山固嘗有言，「但此心之存，則此理自明」，以聖人之資，猶待二十五年之久，方能灼然有見，則其言亦不副矣。且所知所見各為一物，吾聖人之學安有是哉！愚非敢輕議先儒，不直則道不見，有罪我者，固不得而辭也。
象山之心本為一心即理之道德本心，其以知存此心即為「知道」，何嘗不可？唯整菴把象山之心理解為虛靈明覺之氣心，心必待格物窮理後才可知道，其遂反對象山「但此心之存，則此理自明」，而此反對亦正反映整菴不悟象山學。
其五，整菴不滿象山以欲為惡。他說：
《樂記》「人生而靜，天之性也；感於物而動，性之欲也」一段，義理精粹，要非聖人不能言。象山從而疑之，過矣，彼蓋專以欲為惡也。夫人之有欲固出於天，蓋有必然而不容已，且有當然而不可易者。於其所不容已者，而皆合乎當然之則，夫安往而非善乎？惟其恣情縱欲而不知反，斯為惡耳。先儒多以去人欲、遏人欲為言，蓋所以防其流者不得不嚴，但語意似乎偏重。夫欲與喜怒哀樂，皆性之所有者，喜怒哀樂又可去乎？象山又言「天亦有善有惡，如日月蝕惡星之類」，是固然矣，然日月之蝕，彗孛之變，未有不復其常者，茲不謂之天理而何？故人道所貴，在乎不遠而復，奈何滔滔者天下皆是也！是則循其本而言之，天人曷常不一？究其末也，亦安得而不二哉？
總之，象山之心本為一可自我立法，再而自我頒布，且悅於自己所立之法之道德本心，其修養工夫實不需向外之格物窮理，而只需操存此心，存久自明。所謂格物、窮理、致思，若要在象山學中說，實只是格此心、窮此心、思此心，體認及印證我心之所同然，非窮格外物之理。然而，因整菴不解象山之心為本心義，而以心之虛明靈覺義解之，其終批評象山忽視性、無「下學上達」工夫、只重存心及立心等。這些批評，當吾人以象山之系統觀之，本不成批評，亦不合理。整菴批評雖烈，然這些批評亦正反映其終生未在象山學之眼光下看象山學之問題也。
整菴不但不了解象山學，且進而批評象山之弟子楊慈湖。在《困知記》續卷下中，凡三十三章，不少文字皆是對楊慈湖之批評。以下且鈔錄數條，以略見整菴對慈湖之看法。
整菴曰：
癸巳春，偶得《慈湖遺書》，閱之累日，有不勝其慨嘆者。痛哉！禪學之誤人也，一至此乎！慈湖頓悟之機，實自陸象山發之。其自言「忽省此心之清明，忽省此心之無始末，忽省此心之無所不通」，即釋迦所謂「自覺聖智境界」也。書中千言萬語，徹頭徹尾，無非此箇見解，而意氣之橫逸，辭說之猖狂，比之象山尤甚。象山平日據其偏見，橫說豎說，直是果敢。然於聖賢明訓有所未合，猶且支吾籠罩過，未敢公然叛之。慈湖上自《五經》，旁及諸子，皆有論說。但與其所見合者，則以為是；與其所見不合者，雖明出於孔子，輒以為非孔子之言。而《大學》一書，工夫節次，其詳如此，頓悟之說更無隙可投，故其詆之尤力。至凡孔子之微言大訓，又往往肆其邪說以亂之，刳實為虛，揉直作曲，多方牽合，一例安排，惟其偏見是就。務令學者改視易聽，貪新忘舊，日漸月漬，以深入乎其心。其敢於侮聖言，叛聖經，貽誤後學如此，不謂之聖門之罪人不可也。世之君子，曾未聞有能鳴鼓而攻之者，反從而為之役，果何見哉！
案：整菴對慈湖之批評，首先在反對慈湖之以頓悟為工夫，再則反對其以私意曲解聖經言說，惟其偏見是就。而此二弊，整菴認為源出於象山。
整菴又曰：
慈湖之志於道，不為不篤，然終蔽於所見，直以虛靈知覺為道心，夫安得不謬乎！集中《己易》一篇，乃其最所用意，以誘進學徒者，袞袞數千言，將斷而復續，左援右引，陽開陰闔，極其馳騁之力，茫茫乎，若無涯涘可窺。然徐究其指歸，不出乎虛靈知覺而已，於四聖之《易》絕不相干，參之佛氏之書，則真如符節之合。試舉一二以概其餘。其曰：「吾性澄然清明而非物，吾性洞然無際而非量。天者，吾性中之象，地者，吾性中之形。故曰『在天成象，在地成形』，皆我之所為。」《楞嚴經》所謂「山河大地，咸是妙明真心中物」，即其義也。其曰：「目能視，所以能視者何物？耳能聽，所以能聽者何物？口能噬，所以能噬者何物？鼻能嗅，所以能嗅者何物？手能運用屈伸，所以能運用屈伸者何物？足能步趨，所以能步趨者何物？血氣能周流，所以能周流者何物？心能思慮，所以能思慮者何物？」波羅提「作用是性」一偈，即其義也。其曰：「天地非大也，毫髮非小也，晝非明也，夜非晦也，往非古也，此非今也，它日非後也。『鳶飛戾天』，非鳶也。『魚躍於淵』，非魚也。」《金剛經》所謂「如來說世界，即非世界，是名世界。說三十二相，即是非相，是名三十二相」，即其義也。 凡篇中曰「己」，曰「吾」，曰「我」，義與「惟我獨尊」無異，其為襌學也，固昭昭矣。
案：整菴又認為慈湖以虛靈明覺言道心，以作用為性，同於釋氏，流入禪學去。
又曰：
「心之精神是謂聖」，此言出於《孔叢子》，初若可疑，及考其全文首尾，亦頗明白。聖字自不須看得重，而其意義亦非此句所能盡也。慈湖獨摘此一句，處處將來作弄，豈有他哉？盖此句實與佛家「即心是佛」之言相似，其悟處正在此，故欣然取以為證，使人無得而議焉，更不暇顧其上下文義何如也。請究言之。
案：整菴本於其反對對文本作私意比附之立場，批評慈湖之解「心之精神是謂聖」是不顧上文下理之錯解。其又指責慈湖之說近似佛家「即心是佛」之主張。
又曰：
慈湖所引《論語》「知及之」，以合佛氏之所謂「慧」也；「仁能守之」，以合佛氏之所謂「定」也。「定慧不二，謂之圓明」，慈湖蓋以此自處。其門人頗有覺者，則處之「日月至焉」之列，乃慧而不足於定者也。觀慈湖自處之意，豈但與「三月不違仁」者比肩而已哉？《大哉》一歌，無狀尤甚。凡為襌學者之不遜，每每類此。
案：此全是以為慈湖同於禪學。
又曰：
因閱《慈湖遺書》有感，偶賦小詩三章。
斜風細雨釀輕寒，掩卷長吁百慮攢。不是皇天分付定，中華那復有衣冠！
裝成戲劇逐番新，任逼真時總不真。何事貪看忘晝夜？只緣聲色解迷人。
鏡中萬象原非實，心上些兒卻是真。須就這些明一貫，莫將形影弄精神。
《書》曰：「道心惟微。」程子曰：「心，道之所在。微，道之體也。」解得極明。些兒二字乃俗語，邵康節詩中嘗用之，意與微字相類。天人物我所以通貫為一，只是此理而已，如一線之貫萬珠，提起便都在掌握。故盡己之性，便能盡人物之性，可以贊化育而參天地。慈湖謂：「其心通者，洞見天地人物，皆在吾性量之中」，是「將形影弄精神」也。殊不知鏡中之象與鏡原不相屬，提不起，按不下，收不攏，放不開，安得謂之一貫耶！
案：整菴認為天人物我通貫為一只能就理（即性）上說，不能在心上說，因心、性非一也。慈湖卻以心言天人物我一體，以性之用言天人之通貫為一，整菴遂認為其誤把「鏡中之象」（即心、性之用）視為鏡原（即性），以心為性。
又說：
慈湖有云：「近世學者，沉溺乎義理之意，說胸中常存一理，不能忘捨，捨是則豁然無所憑依，故必置理字於其中，不知聖人胸中，初無如許意度。」愚按聖人胸中，固自清明瑩澈，然於中則曰「允執」，於矩則曰「不踰」，豈是漠然蕩無主宰？凡視聽言動喜怒哀樂，一切任其自作自止，如水泡乎？若見得此理真切，自然通透灑落，又何有於安排布置之勞哉？
案：慈湖之心本為一道德本心、心即理之心，當此心呈現時，人自然能發而中節、自作主宰，其何需使胸中常存一理？又即使不存，何來就會沒有主宰？在慈湖眼中，首先重要者是令心之感通不為自身之私見所蔽，故其曰「不知聖人胸中，初無如許意度」，意即在令人盡去私見，以使本心本然地感通。然而，整菴全不解慈湖上述之義理，一以自己之理路解慈湖，認為慈湖之心為氣心，心之發用可以不中節，心必須時刻有敬，心才有主宰，如是，其眼中之慈湖自是弊端百出，但此焉是慈湖原來之意思？
其又曰：
愚嘗謂人心之體，即天之體，本來一物，但其主於我者謂之心。若謂其心通者，洞見天地人物，皆在吾性量之中，而此心可以範圍天地，則是心大而天地小矣，是以天地為有限量矣。本欲其一，反成二物，謂之知道可乎？《易》有太極，是生兩儀，乃統體之太極；乾道變化，各正性命，則物物各具一太極矣。其所為太極則一，而分則殊，惟其分殊，故其用亦別。若謂天地人物之變化皆吾心之變化，而以發育萬物歸之吾心，是不知有分之殊矣。既不知分之殊，又惡可語夫理之一哉！蓋發育萬物自是造化之功用，人何與焉？雖非人所能與，其理即吾心之理，故《中庸》贊「大哉聖人之道」，而首以是為言，明天人之無二也。此豈蔽於異說者之所能識哉？況天地之變化，萬古自如，人心之變化，與生俱生，則亦與生俱盡，謂其常住不滅，無是理也。慈湖誤矣，藐焉數尺之軀，乃欲私造化以為己物，何其不知量耶？
案：慈湖之心本就是化生萬物之超越而普遍之天道之在人之表現，其謂天地人物之變化皆吾心之變化有何問題？惟整菴徒以人稟氣而得之心為心，其遂謂慈湖私造化以為己物，但此又不是慈湖原來之說法明矣。
由此，我們可見整菴對慈湖之看法不外謂慈湖近禪、以己意解聖賢文字、以頓悟為工夫、以虛明靈覺之心為性。可是，誠如上文述象山學般，象山學本以道德本心（即為一可自我立法，再而自我頒布，且悅於自身所立之法之道德本心）為心，心即理，心性是一；心又在主觀道德實踐層面為創生道德行為之本心，在客觀超越層面即為化生萬物、使萬物各得其正及生生不息之天道實體，天人無二理，天道即人道；聖賢文字乃是為了印證吾本心之所同然（即理義），非得理之必然途徑；覓理之唯一工夫在透過內在的逆覺體證（指不離經驗以悟見本心），繼而以誠敬存之。慈湖學即象山學，若象山學可為儒學孟子之嫡傳，慈湖學焉能是禪？或謂陸象山已是禪，不同於孟子（朱子即如此說），但試比觀《孟子篇》，我們已頗見孟子學同於象山處，則象山何來是禪？或謂象山、慈湖重心、重頓悟，故是禪。可是，牟宗三已說言心、頓悟可以是儒、佛之共法，非佛家專利。再者，儒家心學之心是道德本心，佛家之心為真如空性；儒家之悟是悟本心，佛家之悟是悟此空性、空理。彼怎能見人一言心言頓悟即斥其為禪？整菴之批評，一方面見其死守程朱之門戶，不能客觀進入象山、慈湖之系統中作衡評，一方面也見其未分得清儒家心學和禪學之異同。
有關整菴對象山及慈湖之看法，論述至此結束。若欲進一步窮究象山及慈湖學之精義，以及了解整菴之批評確當與否，宜並觀陸、楊、羅三人之著作，不宜只執整菴之說以為定論。
整菴論時賢
整菴既為明代中期之大儒，其自不免對明初諸儒之看法多所閱覽，且多所批評。又對於和他同期之學者如王陽明、湛甘泉，整菴亦不乏評衡指點之語。本文且就其對時賢之看法作一析述，以見整菴論時賢之大略。
有明一代之學術，始於吳與弼康齋。整菴對康齋評價甚高，其曰：
吳康齋之志於道，可謂專且勤矣。其所得之淺深無所考見，觀其辭官後疏陳十事，皆組織聖賢成說，殊無統紀，求之孟子反約之旨，得無有未至乎？其辭官一節，真足以廉頑立懦。察其初意，亦非以不屈為高，蓋欲少需歲時，有所獻納，觀其合否，以為去就之決也。但當時事體殊常，形勢多阻，淺深之際，斟酌為難。諸老所以不復堅留，其或有見。而康齋之決去，所得亦已多矣。《謇齋瑣綴錄》記康齋晚年一二事，雖未必誣，然好學如康齋，節操如康齋，何可多得？取其大而略其細，固君子之道也。
康齋在義理立場及工夫實踐上皆宗守朱子學。其雖有為石亨所薦，後又輾轉辭官不仕一節，但後人多不據此以斥康齋，反認為康齋處事合宜。整菴此處之評價，一方讚揚康齋之節操品行，一方體恤康齋辭官之原由，確是對康齋恰當的評價。又其說：「取其大而略其小，固君子之道也」，由此也可見整菴觀人胸襟之開闊。
從學於康齋者又有胡居仁敬齋，亦為明初之大儒，著《居業錄》，極言程門工夫中之「敬」。整菴對敬齋也有評點之語，其曰：
胡敬齋大類尹和靖，皆是一「敬」字做成。《居業錄》中言敬最詳，蓋所謂身有之，故言之親切而有味也。然亦儘窮理，但似乎欠透。如云「氣乃理之所為」，又云「人之道乃仁義之所為」，又云「所以為是太和者道也」，又云「有理而後有氣」，又云「易即道之所為」。但熟讀《繫辭傳》，其說之合否自見。蓋朱子雖認理氣為二物，然其言極有開闔，有照應。後來承用者，思慮皆莫之及，是以失之。若余子積之《性書》，則其甚焉者也。《性書》有云：「氣嘗能輔理之美矣，理豈不救氣之衰乎！」余偶為著一語云：不謂「理氣交相為」，賜如此！
敬齋之「敬」，整菴頗為讚賞。惟敬齋仍本朱子之舊路，謂理氣在存有論上為具有同等地位之二者，此點整菴在「理氣一物」之眼光下似不能認同。整菴又依其「理氣一物」論，批評敬齋之同學余子積。除此之外，整菴也不滿胡氏之評禪，其曰：
胡敬齋力攻禪學，蓋有志於閑聖道者也，但於禪學本末似乎未嘗深究，動以想像二字斷之，安能得其心服耶！蓋吾儒之有得者，固是實見，禪學之有得者，亦是實見，但所見者不同，是非得失，遂於此乎判爾。彼之所見，乃虛靈知覺之妙，亦自分明脫洒，未可以想像疑之。然其一見之餘，萬事皆畢，卷舒作用，無不自由，是以猖狂妄行，而終不可與入堯舜之道也。愚所謂「有見於心，無見於性」，當為不易之論。使誠有見乎性命之理，自不至於猖狂妄行矣。蓋心性至為難明，是以多誤。謂之兩物又非兩物，謂之一物又非一物。除卻心即無性，除卻性即無心，惟就一物中分剖得兩物出來，方可謂之知性。學未至於知性，天下之言未易知也。
胡敬齋認為禪學乃言禪者想像而得，不是實見。整菴卻反對此說法。整菴認為儒、佛皆有實見，只是儒者所見為性命之理，佛家所見為虛靈知覺之心之妙。儒者明心性非一非二，禪學則「有見於心，無見於性」，此方為儒釋之大分界。整菴另外亦為婁一齋辯解道：
《居業錄》云：「婁克貞見搬木之人得法，便說他是道。此與『運水搬柴』相似，指知覺運動為性，故如此說。夫道固無所不在，必其合乎義理而無私，乃可為道，豈搬木者所能？設使能之，亦是儒者事矣。其心必以為無適而非道，然所搬之木茍不合義，亦可謂之道乎！」愚讀此條，不覺慨然興嘆，以為義理之未易窮也。夫法者道之別名，凡事莫不有法，茍得其法，即為合理，是即道也。搬木者固不知道為何物，但據此一事，自是暗合道妙，與「夫婦之愚不肖，與知能行」一也。道固無所不在，若搬木得法而不謂之道，得無有空缺處邪？木所從來或有非義，此其責在主者，夫豈搬者之過邪？若搬者即主，則其得法處自是道，得之非義自是非道，顧可舉一而廢百邪！禪家所言「運水搬柴，無非妙用」，蓋但以能搬能運者即為至道，初不問其得法與否，此其所以與吾儒異也。克貞雖是禪學，然此言卻不差，敬齋乃從而譏之，過矣。
敬齋認為婁一齋見搬木之人得法便說他是道，此乃近似禪宗「運水搬柴」之說。可是，整菴不同意這個說法。他認為一齋此句是以「搬木得法」為道，但禪宗「運水搬柴」說卻是以「能搬能運者」為道，不重「得法」與否。後者明是以作用為性，但婁諒似不如此。因此之故，整菴謂「克貞雖是禪學，然此言卻不差」。
明初朱子學除了崇仁學派（即指吳康齋、胡敬齋一脈）外，還有河東學派，以薛瑄文清為代表。整菴對薛文清之評價，一方面予以高度讚揚，一方面也予以嚴格批斥。他說：
薛文清學識純正，踐履篤實，出處進退，惟義之安。其言雖間有可疑，然察其所至，少見有能及之者，可謂君子儒矣！
又說：
《讀書錄》（案：薛文清之主要著作）有云：「韓魏公、范文正諸公，皆一片忠誠為國之心，故其事業顯著，而名望孚動於天下，後世之人，以私意小智自持其身，而欲事業名譽比擬前賢，難矣哉！」其言甚當。薛文清蓋有此心，非徒能為此言而已。大抵能主忠信以為學，則必有忠誠以事君。事君之忠，當素定於為學之日。
大抵整菴對文清之稱讚，集中在其行事踐履、出處進退上。而事實上，文清此一方面確有過人出色處。錢穆《宋明理學概述》記文清生平如下：
薛瑄，山西河津人，號敬軒......嘗手鈔《性理大全》，通宵不寐。人稱為薛夫子。時中官王振用事，瑄以鄉人召用，大臣欲瑄詣振謝，拒不可，曰：「拜爵公朝，謝恩私室，某所不能。」已遇振於東閣，百官皆跪，瑄長揖而已。振大恨，陷之罪，繫獄論死。瑄讀《易》不輟。覆奏將決，振有老僕，亦山西人，泣於竈下。振怪問，曰：「聞薛夫子將刑。」振問：「何以知其人？」曰：「鄉人也。」具言瑄生平。振惘然，立傳旨戍邊，尋放還。嗣復起用，為南京大理寺卿。中官金英奉使過南京，公卿餞之江上，瑄獨不往。英返，言於眾曰：「南京好官惟薛瑄。」英宗復辟，于謙將就刑，瑄謂同列曰：「此事人所共知，各有子孫。」石亨奮然曰：「事已定，不必多言。」召閣議，瑄又力言之，終不獲救。其後遂乞致仕。
其一生行事不屈服於權勢，惟義是尚如此，此怎能不令後人稱讚？不令整菴稱讚？然而，就義理立場、學術思想上說，整菴不能無少異於文清。他說：
薛文清《讀書錄》甚有體認工夫，見得到處儘到。區區所見，蓋有不期而合者矣。然亦有未能盡合處，信乎，歸一之難也！《錄》中有云：「理氣無縫隙，故曰器亦道，道亦器。」其言當矣。至於反覆證明「氣有聚散，理無聚散」之說，愚則不能無疑。夫一有一無，其為縫隙也大矣，安得謂之「器亦道，道亦器」耶？蓋文清之於理氣，亦始終認為二物，故其言未免時有窒礙也。夫理精深微妙，至為難言，茍毫髮失真，雖欲免於窒礙而不可得，故吾夫子有「精義入神」之訓，至於入神，則無往而不通矣。此非愚所能及，然心思則既竭焉。嘗竊以為，氣之聚便是聚之理，氣之散便是散之理，惟其有聚有散，是乃所謂理也。推之造化之消長，事物之終始，莫不皆然。如此言之，自是分明，並無窒礙，雖欲尋其縫隙，了不可得矣。不識知言之君子以為何如？
薛瑄對理氣之見解，可見於他下列的文字：
臨川吳氏曰：「太極無動靜，故朱子釋太極圖曰：『太極之有動靜，是天命之流行也』，此是為周子分解，太極不當言動靜，以天命有流行，故只得以動靜言。」竊謂天命即天道也，天道非太極乎？天命既有流行，太極豈無動靜乎？朱子曰：「太極本然之妙也，動靜所乘之機也。」，是則動靜雖屬陰陽，而所以能動靜者，實太極為之也。使太極無動靜，則為枯寂無用之物，又焉能為造化之樞紐、品匯之根柢乎？以是而觀之，則太極能為動靜也明矣。
理如日光，氣如飛鳥，理乘氣機而動，如日光載鳥背而飛。鳥飛而日光雖不離其背，實未嘗與之俱往而有間斷處。亦猶氣動而理未嘗與之暫離，實未嘗與之俱盡而有滅息之時。氣有聚散，理無聚散，於此可見。
理如日月之光，大小之物各得其光之一分，物在則光在物，物盡則光在光。
由第一條，文清似主張理有動靜（「太極能為動靜也明矣」可見），陳來即主此說。然而，試觀梨洲《明儒學案》錄《讀書錄》中數條，文清有云：「太極不可以動靜言」、「性體無為」之語，如是，文清似仍主張理為靜理、只存有而不活動，它是氣之動靜之所以然，其本身卻沒有動靜，同於朱子。又由第二及第三條，可見文清主張理氣不離不雜，在存有論上理氣為二（理無形而永恆長存，氣有形而可聚散），在運行上理不能離氣。合三條而觀，則我們可知文清論理氣無異於朱子。可是，整菴論理氣本不接受朱子視理氣為二之說，其不滿於朱子，遂連依朱子而直說之文清也加以反對、批評。整菴指文清言「器亦道，道亦器」本無問題，問題在視「氣有聚散，理無聚散」，此即同意文清說理氣之運行而不同意其說理氣之存有地位。在整菴看來，理本只是氣之理，非具有獨立的同於氣之存有地位，文清卻謂理無氣仍可常存，此自是大違整菴對理氣之見解，難怪整菴雖敬重文清為人，於此處卻不得不對之稍作批評（此處也正見傳統朱子學和整菴學之差異處）。
有關整菴對薛文清理氣論之批評，詳可參《理氣篇》，事實上，整菴雖許文清言理氣之運行，其實不同意文清理依附於氣以行之說，其許文清只因文清以圓頓表述說理氣之運行故。此中細節，《理氣篇》已述，不復申說。
整菴對薛文清之看法大致如上。而除崇仁、河東學派外，當時儒學尚有陳白沙、湛甘泉一支。此支就師承言乃是接崇仁吳康齋而來（白沙曾從學於康齋之門），就義理言則別於傳統朱子學而上接道南一派之「靜坐見體」。整菴對此支亦多加批評，且抨擊最烈。其論白沙有以下的文字：
近世道學之倡，陳白沙不為無力，而學術之誤，亦恐自白沙始。「至無而動，至近而神」，此白沙自得之妙也。愚前所謂「徒見夫至神者，遂以為道在是矣，而深之不能極，而幾之不能研」，雖不為白沙而發，而白沙之病正恐在此。章楓山嘗為余言其為學本末，固以禪學目之。胡敬齋攻之尤力，其言皆有所據。公論之在天下，有不可得而誣者矣。
此條即整菴批評白沙之學有見於心，無見於性，所謂「深之不能極，而幾之不能研」。他又說：
所謂理一者，須就分殊上見得來，方是真切。佛家所見亦成一片，緣始終不知有分殊，此其所以似是而非也。其亦嘗有言，「不可籠統真如，瞞盰佛性。」，大要以警夫頑空者爾，於分殊之義初無干涉也。其既以事為障，又以理為障，直欲掃除二障乃為至道，安得不為籠統、瞞盰乎？陳白沙謂林緝熙曰：「斯理無一處不到，無一息不運，得此把柄入手，更有何事！」其說甚詳。末乃云：「自茲以往，更有分殊處合要理會。」夫猶未嘗理會分殊，而先已「得此把柄」，愚恐其未免於籠統瞞盰也。況其理會分殊工夫，求之所以自學，所以教人，皆無實事可見，得非欲稍自別於禪學，而姑為是言邪？湛元明為作改葬墓碑，并「合要理會」一句亦不用，其平日之心傳口授，必有在矣。
整菴認為人必須透過格物窮理後才可見理一，白沙卻說先見理一才理會分殊，置格物窮理於無地，整菴因此予以批評。
又說：
《白沙詩教》開卷第一章，乃其病革時所作，以示元明者也。所舉經書曾不過一二語，而遂及於禪家之杖喝。何邪？殆熟處難忘也。所云「莫杖莫喝」，只是掀翻說，蓋一悟之後，則萬法皆空，有學無學，有覺無覺，其妙旨固如此。「金針」之譬亦出佛氏，以喻心法也。「誰掇」云者，殆以領悟者之鮮其人，而深屬意於元明耳。觀乎「莫道金針不傳與，江門風月釣臺深」之句，其意可見。註乃謂：「深明正學，以闢釋氏之非。」豈其然乎！「溥博淵泉而時出之」，道理自然，語意亦自然。曰「藏而後發」，便有作弄之意，未可同年而語也。四端在我，無時無處而不發見，知皆擴而充之，即是實地上工夫。今乃欲於「靜中養出端倪」，既一味靜坐，事物不交，善端何緣發見？遏伏之久，或者忽然有見，不過虛靈之光景耳。「朝聞夕死」之訓，吾夫子所以示人當汲汲於謀道，庶幾無負此生。故程子申其義云：「聞道，知所以為人也。夕死可矣，是不虛生也。」今顧以此言為處老處病處死之道，不幾於侮聖言者乎！道乃天地萬物公共之理，非有我之所得私。聖賢經書明若日星，何嘗有一言以道為吾，為我？惟佛氏妄誕，乃曰「天上天下，惟我獨尊。」今其詩有云「無窮吾亦在」，又云「玉臺形我我何形」？「吾」也，「我」也，註皆指為道也，是果安所本也邪？然則所謂「纔覺便我大而物小，物有盡而我無盡」，正是惟我獨尊之說。姑自成一家可矣，必欲強合於吾聖人之道，難矣哉。
此條整菴論白沙之重點有五。首先，其指白沙之學及用詞皆近禪。其次，他反對白沙「靜坐見體」之工夫，原因是「一味靜坐，事物不交，善端何緣發見？」。其三，他認為白沙靜坐所見乃是心而非性，所謂「不過虛靈之光景」。其四，其指「朝聞夕死」之訓不是處老處病處死之道，白沙有所不解。其五，他不滿白沙之學有佛氏「惟我獨尊」之傾向。
白沙之學本和陸王心學極接近，其心也為一道德本心，心即理，心性是一；心在主觀道德實踐層面為道德行為得以可能的根據，在客觀超越層面即為化生萬物、使萬物各得其正及生生不息之天道實體，天人無二理；讀書只是印證我心之所同然。其和陸王唯一之不同處在其不透過內在的逆覺體證（指不離經驗以悟見本心）以見本心，而採取道南一派（始於楊龜山，歷羅豫章、李延平，至朱子因不契而後失傳）之超越的逆覺體證（即暫離一切經驗以見本心）。整菴既不明陸王心學而有譏之為禪、錯解聖賢文字、私造化以為己物、見心而不見性等批評，白沙學近心學，這些批評自同時成為對白沙之批評，此不難理解。又白沙主先靜坐再應事，此也和整菴主以敬之心格物窮理不同（因敬乃貫動靜，不同於靜坐之偏於靜），整菴遂因此而批評白沙主靜之工夫（當然，和陸王心學一樣，在白沙眼中，這些批評本不成批評，只是不明白沙學精義之言辭，後人欲研治白沙之學，亦宜先觀白沙之著作，不宜以整菴所說為定論也。）
整菴不只批評白沙，且及於湛甘泉。其曰：
嘗得湛元明所著書數種，觀其詞氣格力，甚類楊子雲，蓋欲成一家言爾。然元明自處甚高，自負甚大，子雲豈其所屑為哉！區區之見多有未合，恨無由相與細講，以歸於至一。姑記其一二如左。
「一陰一陽之謂道」，吾夫子贊《易》語也。元明云：「自其一陰一陽之中者謂之道。」然則聖人之言，亦容有欠缺處邪？殆不然矣。！
《易》卦三百八十四爻，中正備者六十有四，中而不正者亦六十有四，正而不中者百二十有八，不中不正者亦百二十有八。元明云：「吾觀於大易，而知道器之不可以二也。爻之陰陽剛柔，器也。得其中正焉，道也。」其說器字甚明，然但以得其中正者為道，不過六十四爻而已，餘爻三百二十以為非道，則道器不容於不二矣。如以為道，則固未嘗得其中正也。不識元明果何以處之邪？
元明言：「犬牛之性，非天地之性。」即不知犬牛何從得此性來？天地間須是二本方可。
由第一條，可見整菴之見和元明的不同，整菴對元明亦甚不滿。由第二條，可見整菴不滿元明「自其一陰一陽之中者謂之道。」之說法。蓋「一陰一陽之謂道」對整菴來說近似其所主張之「理氣一物」說，「自其一陰一陽之中者謂之道」則似稍視理、氣為二物。此在第三、四條表述得更明顯。第三條中，依理氣一物，所有氣當得其中正，而無不中正之氣，元明在論《易》時卻說有三百二十爻為不得其中正者，此顯然視理氣為二，故整菴斥之。第四條中，犬牛之性非天地之性，此在「理一分殊」之前提下亦不可成立（依理一分殊，犬牛乃為天地之氣之分殊表現，其分雖殊，其同仍為一氣之流行則一，其氣流行之理即天地之氣流行之理，故犬牛之性同於天地之性），整菴因此斥其「二本」。合四條而觀，整菴攻擊湛甘泉，其主要地方在理氣論。整菴曾表示自己欲和甘泉面談，以令二說歸於至一，惜其甚少機會能見甘泉，其和甘泉之異，終未能完全磨合也。
湛甘泉已是和整菴同時期，另一個和整菴同期之學者，而又被整菴猛烈抨擊的為王陽明。有關整菴對王氏之批評，以及其如何不解王學，《格物篇》已述，以下且略引兩條，以見他如何論述陽明之良知教。其曰：
以良知為天理，則易簡在先，工夫居後，後則可緩。白沙所謂「得此把柄入手，更有何事？自茲以往，但有分殊處，合要理會」是也。謂天理非良知，則易簡居後，工夫在先。先則當急，所謂「果能此道矣，雖愚必明，雖柔必強」是也。（答歐陽少司成）（案：歐陽德為陽明之弟子）
單看此條，吾人或以為整菴是在客觀論述王學和整菴學為學工夫之差異。然而，整菴曾批白沙「得此把柄」為籠統瞞盰，未嘗理會分殊，則此條實乃批評王學不明分殊而提倡自身格物之學可見。其又曰：
以良知為天理，乃欲致吾心之良知於事事物物，則是道理全在人安排，出事物無復本然之則矣，無乃不得於言乎？（同上）
陽明所謂天理本只指價值／道德規範，不包括外在事物之物理，整菴此處之質疑及責難，似不會在陽明學中出現。
總括而言，整菴對其前輩及同期儒者皆有所評點，其評價雖未必全是客觀，當中也不脫門戶之見，但不啻為整菴獨特之見解。讀者於當中仔細斟酌，再而看各家文集及《明儒學案》，所得必不淺矣（又本文所引《困知記》原文，只是整菴評時賢語之一部份，其他未被收錄之文字，詳請參《困知記》原書）。
整菴論歷朝學者，兼及陽明、甘泉
在《時賢篇》中，我們已略述整菴對時賢之看法。本文且再就整菴對歷朝學者之看法作一論述，兼及其對同期學者王陽明、湛甘泉之批評，以補充《時賢篇》之不足。
有關整菴對歷朝學者之看法，首先，他指孟子「仁義內在」之言稍有未盡。他說：
告子以義為外，孟子非之，是矣。但詳味孟子之言，疑亦有所未盡，蓋仁義皆合內外之道也。《論語》曰：「義之與比。」就與字看，便見分曉。
由於整菴把仁和義視為合內外之道（即必須透過進行格物窮理之工夫才可使仁義之理在心上得以彰顯），告子以義為外，此固非是，孟子斥之亦合理；但孟子自身全以仁義為內在，此在整菴之視角下也不允許，故說其言「有所未盡」（當然，孟子之心為道德本心，其所發之四種端倪即仁、義、禮、智，孟子說「仁義內在」在孟子自身之理論中非不合理。只是整菴之心兼未發、已發。未發時心之中和之氣之理具有仁義禮智之質，但未表現為各別的仁義禮智；已發時心則或表現仁義之質而不為人所知，所謂百姓日用而不知，或因有我之私而表現為惡。在整菴之系統中，只有通過存養未發之中及向外格物窮理，仁義禮智才可被各別彰顯，且為人所知，故他說「仁義皆合內外之道也」。孟子言「仁義內在」，不重仁義「合內外」才得彰顯之特質，故整菴不許）。
其次，他稱讚東漢王充之《論衡》，且及於為其作序之安陽韓性。其曰：
《論衡》述太伯入吳采藥，及後來讓位事，本末頗詳，宜必有據。谓「太王薨而太伯還」，尤可見其哀慕之至情，不失送終之禮。果如是，毫髮無遺恨矣。
又曰：
吾家所藏王充《論衡》乃南監本，卷末有安陽韓性一序。非有本之學，不能為此文，其亦可謂知言矣。性所著書凡數種，意必多所發明，惜乎不可得而見也。
其三，對於荀子，他認為荀子大有罪於聖門。他說：
「擇焉而不精，語焉而不詳。」此言以議揚子雲可也。荀卿得罪於聖門多矣，「不精」惡足以蔽之！如蘇東坡所論「喜為異說而不讓，敢為高論而不顧」，乃為切中膏肓之病耳。且如《非十二子》及《性惡》等篇，類皆反覆其詞，不一而足，不可謂不詳矣，顛倒謬戾一至於此，尚何詳略之足議耶！韓昌黎之待荀卿，未免過於姑息矣。
在朱子以孔孟為儒學正統以前（即漢唐之時），荀子之地位本不甚低，其也不致被人指斥（故韓愈評荀子仍較客氣）。可是，自宋以後，特別是朱子以孔孟為儒學正傳後，荀子漸被視為儒學之歧出，因而被加以攻擊。整菴以朱子為宗，故其詆毀荀子尤力。此種輕視及斥責荀子的風氣至清代始有改變（清人王先謙曾著有《荀子集釋》，可見清代學者對荀子之重新重視）。
其四，他認為文中子未能辨儒佛，不見道之大本大原處。其曰：
文中子議論，先儒蓋多取之。至於大本大原，殊未有見。觀其稱佛為「西方之聖人」，可以知其學術矣。
文中子即隋代大儒王通也。隋唐本為佛教盛行的時代，那時之儒學也未如中唐韓愈以後特別標舉「闢佛老」，故王通仍稱佛為「西方之聖人」（此也見隋唐學術胸襟之廣闊，非宋以後之世代可比）。可是，整菴卻嚴守儒學之門戶，大辨儒佛之界線，故其終不滿於王通所說，而以為王通未明道之大本大原（整菴此評也見宋明儒別於漢唐儒學之處）。
其五，他又稱賞初唐陳子昂《感遇》詩有見於道。他說：
陳子昂《感遇》詩首章僅四十字，太極生生之妙，陰陽消長之機，隱然皆見於言外。非有所見，安能及此？然不知反求諸身，只將作外邊物事看了，故無益於修德之實。「知者見之謂之知」，其諸若人之類乎！
其六，對於宋代之學者，他批評歐陽修之《本論》未曾就君相之身，直推明大本所在。其曰：
歐陽子所著《本論》，蓋原於《孟子》「反經」之意，可謂正矣。惜其不曾就君相之身，直推明大本所在，猶落第二義也。夫教由身立，法不徒行。誠使君相交修，明善以誠其身，稽古以善其政，風行草偃乃其自然之理。邪慝之息，寧須久而後驗乎？
又指責蘇軾言性沒有獨到準確之見解。他說：
蘇東坡論子思、孟軻及揚雄，累千百言，於性實無所見。獨所謂「天下之言性者，皆雜乎才而言之」，此言卻偶中也。自揚雄而下，以及近世諸儒，誤處往往在此。有能洞明思、孟之本旨者，豈非後學之大幸歟！
對於曾著《三子口義》（三子指莊子、列子及老子）之林希逸，整菴指其書能得莊、列二子之本意之十之七八，然卻未得老子之要旨所在。其曰：
宋儒林希逸，嘗著《三子口義》。近有以刻本貺余者，因得而遍覽之。其於莊、列兩家，多用禪語以釋其義，往往皆合。余嘗謂：「莊子、列子，出入老佛之間。」乃知昔人固有先得我心者矣。希逸高才能文，學博而雜，亦是無奈胸中許多禪何，故假莊、列之書以發之。終於二子本意，十可得其七八，明白條暢，賢於郭、張之註遠矣。
至於《老子》，殊未見得，只是以己意湊合成文。蓋此書劈初便說「無名，天地之始；有名，萬物之母」兩句。至第二十章乃曰：「我獨異於人，而貴食母。」五十二章又曰：「天下有始，以為天下母。既得其母，以知其子。既知其子，復守其母，沒身不殆。」五十九章又曰：「重積德則無不克。無不克則莫知其極。莫知其極，可以有國。有國之母，可以長久。是謂深根、固柢、長生、久視之道。」五千言中，母字凡屢出，詞皆鄭重，則此一字當為一書之要領無疑。中間許多說話，皆是作用工夫。其言取天下，言治國，言用兵，諸如此類，皆是譬喻，其道不出乎深根固柢而已。希逸於譬喻之言亦看得出，但不知其要領之所在耳。三子者之言，皆非正當道理，本無足論。顧其言頗有切中事情者，至於造化之妙，亦時或窺見一二，要在明者擇之。
整菴又對陸象山大肆批評，其批評不外有二：一曰象山誤以心為性，二曰象山近禪。他說：
陸象山《與詹子南書》有云「日享事實之樂」，即《語錄》中所謂「此理已顯」者也。其與晦翁《辨無極太極書》所謂「言論未詳，事實先著」，余嘗意其指識此心為事實，今始驗得分明。
此條見整菴認為象山以心為性。又說：
包顯道所錄象山語有云：「仰首攀南斗，翻身倚北辰，舉頭天外望，無我這般人。」按《傳燈錄》智通禪師臨終有偈云：「舉手攀南斗，迴身倚北辰，出頭天外見，誰是我般人！」不知象山之言，其偶同邪，抑真有取於智通之說也？
此條整菴指象山有取於禪學（不過，象山縱有取於禪學，其也只是借禪語以表顯主體性而已，蓋禪學頗重主體性之彰顯之故。又象山和禪學雖同重主體性，但二者主體性之內容實大不同。象山之主體性乃自我立法、頒布之道德本心，禪學之主體性即為明緣起性空之真如佛性。整菴徒從文義上之相近謂象山有取於禪學，此固不明象山學，其不真知禪學亦明矣。有關整菴論象山及佛學，詳見《象山篇》及《佛學篇》）。
其七，對於元代儒者，整菴頗稱讚許衡、吳澄，而於許衡更加重視。其曰：
元之大儒，稱許魯齋、吳草廬二人。魯齋始終尊信朱子，其學行皆平正篤實。遭逢世祖，致位通顯，雖未得盡行其志，然當其時而儒者之道不廢，虞伯生謂「魯齋實啟之」，可謂有功於斯文矣。草廬初年篤信朱子，其進甚銳。晚年所見，乃與陸象山合。其出處一節，自難例之魯齋。若夫一生惓惓焉羽翼聖經，終老不倦，其志亦可尚矣。
許衡字仲平，河內人，學者稱魯齋先生。其一生以程朱為學。元世祖時，聞其名，召之。自此先後任中書執政及國子監。錢穆《宋明理學概述》說：「但當時北方儒學，終因趙復、姚樞及他（案：指許衡）三人之力而始廣其傳」，此評頗允當，足見許衡在儒學史中之地位。至於吳澄，其字幼清，撫洲崇仁人，學者稱草廬先生。年輕時曾應過南宋的鄉試，後入仕元。他當國子監司業時，告學者曰：「朱子於道問學之功居多，而陸子以尊德性為主。問學不本於德性，則其蔽必偏於語言訓釋之末。欲學必以德性為本，庶幾得之。」，自此朱派學者皆以為澄主陸學，群起而斥之。可是，誠如錢穆所言：「其實澄固主和會朱、陸之說者，其著書，則終近於朱。朱學後人，多僅習成說，能深通經術者甚少。澄之《五經纂言》，直可接步於熹，非熹門人後學所能逮。」，則澄仍以朱子為宗，非晚年歸宗陸象山。我們試據此，再重看整菴之批評語，其說許衡令儒學在元得以不被廢絕，此評固恰當，但他說「晚年所見，乃與陸象山合。其出處一節，自難例之魯齋」，此評恐仍不脫朱派門戶之偏見，未能真識草廬其人其學也（事實上，朱子學亦未嘗不以尊德性為目的，彼焉能據草廬如此之一言而謂草廬之學為陸學？）。他又評劉因曰：
劉靜修天分甚高，學博才雄，議論英發，當時推重，殆與許魯齋、吳草廬等。然以愚觀之，謂之有志於聖人之道則可，謂其有得乎聖人之道，恐未然也。姑舉所疑之一二，以俟知言者斷焉。《退齋記》有云：「凡事物之肖夫道之體者，皆洒然而無所累，變通不可窮也。」即如其言，則是所謂道體者，當別為一物，而立乎事物之外；而所謂事物者，不容不與道體為二，茍有肖焉，亦必有弗肖者矣。夫器外無道，道外無器。所謂「器亦道，道亦器」是也，而顧可二之乎！又《敘學》一篇，似乎枝葉盛於根本。其欲令學者「先《六經》而後《語》、《孟》」，與程朱之訓既不相合；又令「以《詩》、《書》、《禮》為學之體，《春秋》為學之用。一貫本末，具舉天下之理，理窮而性盡矣。窮理盡性以至於命，而後學夫《易》」。此言殊為可疑。夫《易》之為書，所以教人窮理盡性以至於命也。茍能窮理盡性以至於命，則學《易》之能事畢矣，而又何學焉？性命之理，他經固無不具，然未有專言之如《易》之明且盡者。《易》茍未明，他經雖有所得，其於盡性至命，竊恐未易言也，而靜修言之乃爾其易。語曰：「為之難，言之得無訒乎！」茍嘗實用其工，不應若是之易其言也。得非所取者博，而勇於自信之過歟？又嘗評宋諸儒，謂「邵至大，周至精，程至正，朱極其大，盡其精，而貫之以正。」初聞其言，殊若可喜。徐而繹之，未為當也。孰有精而不正，正而不大者乎？若夫出處之際，議者或以其不仕為高，亦未為知靜修者。嘗觀其《渡江》一賦，其心惟知有元而已。所以為元計者如是其悉，不仕果何義乎？其不赴集賢之召，實以病阻，蓋踰年而遂卒矣。使其尚在，固將相時而動，以行其所求之志，必不肯自安於隱逸之流也。然則靜修之所為可重者，豈非以其有志於聖人之道乎哉？
整菴此段之批評可分六點闡述。首先，他批評劉因以為道在事物之外，道體和事物為二（此乃整菴本理氣一物之立場而發）。其次，他認為《敘學》的枝節處尤盛於全篇之大旨。其三，靜修欲令學者「先《六經》而後《語》、《孟》」，和程朱之訓不合。其四，他指責靜修「窮理盡性以至於命，而後學夫《易》。」不當。因人若能窮理至命，其學《易》之事即畢，焉需待窮理至命後才可學《易》（此乃整菴本《易》之理乃散落於《詩》、《書》、《禮》、《春秋》而發）？其五，他不滿靜修評宋儒謂「邵至大，周至精，程至正，朱極其大，盡其精，而貫之以正。」，其理由是至精者必至正，至正者必至大，未有精而不正，正而不大者。其六，他指劉因雖未仕元，但只是為病所阻，其心志仍是只知有元而已。
劉因字夢吉，容城人，學者稱靜修先生。他和許衡為元初北方兩大儒。雖整菴頗對靜修有微辭，錢穆《宋明理學概述》卻說：「因高蹈不仕，在天地混濁中，保持一清潔的人格，論其對後世的影響，卻似轉優於衡了。」讀者宜合二說觀之，庶可知靜修之為人。整菴又曰：
劉靜修之譏許魯齋，頗傷於刻。茍能無失其正，雖進退無恆，未為過也。竊謂魯齋似曾子，靜修似子路，其氣象既別，所見容有不同。
此反映整菴不滿劉因譏許衡之仕元。何以他認為衡之仕元沒有問題？他說：
不仕固無義，然事之可否，身之去就，莫不有義存焉。先儒之論，可謂明且盡矣。矧求之聖門，具有成法，為其學者，或乃忽焉而不顧，將別有所見耶？
出仕只要合義，其出仕即沒問題，如此，衡之仕元又何必被譏？他又說：
劉靜修有詩云：「鳥聲似共花枝語，好箇羲皇向上人。」覺得頗露筋骨。楊月湖特稱賞之，人各有所見耳。
大抵元代三大儒中，整菴最稱賞許衡，吳澄次之，劉因則頗為整菴所不滿。
至於和他同期的明代儒者如王陽明、湛甘泉，整菴亦多所批評。對於王陽明，他曾說：
庚辰春，王伯安以《大學古本》見惠，其序乃戊寅七月所作。序云：
《大學》之要，誠意而已矣。誠意之功，格物而已矣。誠意之極，止至善而已矣。正心，復其體也。修身，著其用也。以言乎己，謂之明德。以言乎人，謂之親民。以言乎天地之間，則備矣。是故至善也者，心之本體也，動而後有不善。意者，其動也。物者，其事也。格物以誠意，復其不善之動而已矣。不善復而體正，體正而無不善之動矣，是之謂止至善。聖人懼人之求之於外也，而反覆其辭。舊本析，而聖人之意亡矣。是故，不本於誠意，而徒以格物者，謂之支，不事於格物，而徒以誠意者，謂之虛。支與虛，其於至善也遠矣。合之以敬而益綴，補之以《傳》而益離。吾懼學之日遠於至善也，去分章而復舊本，傍為之什以引其義，庶幾復見聖人之心，而求之者有其要。噫！罪我者，其亦以是矣。
夫此其全文也，首尾數百言，並無一言及於致知。近見《陽明文錄》，有《大學古本序》，始改用致知立說，於格物更不提起。其結語云：「乃若致知，則存乎心悟。致知焉，盡矣。」陽明學術，以良知為大頭腦，其初序《大學古本》，明斥朱子傳註為支離，何故卻將大頭腦遺下，豈其擬議之未定歟？合二序而觀之，安排布置，委曲遷就，不可謂不勞矣。然於《大學》本旨，惡能掩其陰離陽合之跡乎！
此條整菴斥陽明《大學古本》兩序內容不一致，一只言致知而未言格物，一只言格物而未言致知，格物、致知各自獨立之意義似未能在陽明學中安立。然而，在陽明系統中，格物、致知本為一事之兩面，致知即「徹根徹底不使一念不善潛伏胸中」（借錢穆《陽明學述要》語），格物即對意念內容加以純化，使「事事物物皆得其理」。陽明曾云「致吾心良知之天理於事事物物（此即致知之部份），則事事物物皆得其理矣（此即格物部份）」，此亦致知、格物連言。格物、致知既為一，陽明自可只言致知而不言格物，或言格物而不言致知（因一提格物／致知，另一面之致知／格物即同時出現）。整菴卻以為陽明言格物而不言致知為放棄良知大頭腦，言致知而不言格物為置格物於無地，此皆不明陽明把誠意、正心、格物、致知貫串為一所致，簡言之，其實未能進入陽明之系統中看陽明。他又說：
王伯安答蕭惠云：「所謂汝心，卻是那能視聽言動的。這箇便是性，便是天理。」又《答陸原靜書》有云：「佛氏『本來面目』，即吾聖門所謂良知。」渠初未嘗諱禪，為其徒者，必欲為之諱之，何也！
此條整菴指陽明以知覺作用為性，和禪學無異。可是，陽明之心本為一道德本心，非虛明靈覺，此怎同於釋氏？又其曰：「所謂汝心，卻是那能視聽言動的。這箇便是性，便是天理。」，其也只是強調心即理之本心「非由外爍我也，我固有之也」，焉是說其以知覺為性？或云佛氏在主體性之強調上同於陽明，但佛氏之主體性之內容為真如空理，陽明的則為仁義禮智之理，彼仍不可據二者同重主體性而謂陽明為禪。合上述三理由而作一綜合，整菴之批評實未擊中王學之中心，反揭示整菴之不解陽明。又說：
《大學》八條目，八箇字虛，八箇字實，須字字看得有下落。不相混淆，方是本旨。而先後兩字果見得親切，自然那動分毫不得。若可隨意那動，先者可後，後者可先，則非所以為聖人之訓矣。或謂，「物格知至，則意便誠，心便正，身便修，更不用做工夫。」此言尤錯。即如此，經文何須節節下而後兩字乎？姑無取證於經文，反求諸身，有以見其決不然者。
此仍是批評陽明語。陽明以格物、誠意、正心、修身通貫於致知上，故人一旦物格知至，正心、誠意、修身即同時完成，無復額外工夫。可是，整菴本於客觀分析《大學》文句之立場，認可格物、致知、正心、誠意、修身各自有其獨立的內容及意義，且有先後次第之別，其遂對陽明之說感到極不滿意，認為「此言尤錯」（此中對立又源於朱子重客觀了解文意和陸象山「六經皆我註腳」之分別）。另外，對陽明所編《朱子晚年定論》，整菴也認為當中所輯朱子文字有不當處。他說：
又詳《朱子定論》之編，蓋以其中歲以前所見未真，爰及晚年，始克有悟，乃於其論學書尺三數十卷內，摘此三十餘條，其意皆主於向裏者，以為得於既悟之餘，而斷其為定論。斯其所擇宜亦精矣，第不知所謂晚年者，斷以何年為定？羸軀病暑，未暇詳考，偶考得何叔京氏卒於淳熙乙未，時朱子年方四十有六，爾後四年丁酉，而《論孟集註》、《或問》始成。今有取於答何書者四通，以為晚年定論。至於《集註》、《或問》，則以為中年未定之說。竊恐考之欠詳，而立論之太果也。又所取《答黃直卿》一書，監本止云「此是向來差誤」，別無「定本」二字。今所編刻，增此二字，當別有據。而序中又變定字為舊字，卻未詳本字同所指否？朱子有《答呂東萊》一書，嘗及定本之說，然非指《集註》、《或問》也。凡此，愚皆不能無疑，顧猶未足深論。（與王陽明）
至今，整菴以上的考證結果仍極具參考價值，足證《朱子晚年定論》之誤。他又反對朱陸早異晚同，而認為朱子思理前後一貫。其曰：
竊以執事天資絕出，而日新不已，向來恍若有悟之後，自以為證諸《五經》、《四子》，沛然若決江河而放諸海，又以為精明的確，洞然無復可疑，某固信其非虛語也，然又以為獨於朱子之說有相牴牾，揆之於理，容有是耶？他說姑未敢請，嘗讀《朱子文集》，其第三十二卷皆與張南軒答問書。內第四書，亦自以為「其於實體似益精明，因復取凡聖賢之書，以及近世諸老先生之遺語，讀而驗之，則又無一不合。蓋平日所疑而未白者，今皆不待安排，往往自見灑落處」。與執事之所以自序者，無一語不相似也。書中發其所見，不為不明，而卷末一書，提綱振領，尤為詳盡。竊以為千聖相傳之心學，殆無以出此矣，不知何故，獨不為執事所取，無亦偶然也耶？若以此二書為然，則《論孟集註》、《學庸章句》、《或問》不容別有一般道理，雖或其間小有出入，自不妨隨處明辨也。如其以為未合，則是執事精明之見，決與朱子異矣。凡此三十餘條者，不過姑取之以證成其高論，而所謂「先得我心之所同然者」，安知不有毫釐之不同者，為祟於其間，以成牴牾之大隙哉！恐不可不詳推其所以然也。（同上）
整菴認為《朱子文集》第三十二卷中的第四書及卷末一書所闡述之義理同於《論孟集註》、《學庸章句》、《或問》所述之道理。陽明徒取朱子論學書中三十餘條，以為其中之義理別於《集註》等書所述，為朱子晚年同於陸氏之證，此乃陽明私心作祟，非朱子本來如此也（即整菴不認同陽明「朱陸早異晚同」之說）。
有關整菴論陽明大致如上。而對於湛甘泉，他曾說：
湛元明嘗輯《遵道錄》一編，而自為之序云：「遵道者何？遵明道也。明道兄弟之學，孔孟之正脈也。」夫既曰兄弟矣，而所遵者獨明道，何邪？「『上天之載，無聲無臭』其體則謂之易，其理則謂之道，其用則謂之神，其命於人則謂之性。」此明道之言也。「物所受為性，天所賦為命。」此伊川之言也。《中庸測》於「天命之謂性」旁註云：「命脈之命，難語。」又加一語曰：「命門之云。」《雍語》又曰：「『於穆不已』是天之命根。」凡此為遵明道耶，遵伊川耶？余不能無惑也。《定性書》有云：「聖人之喜，以物之當喜。聖人之怒，以物之當怒。是聖人之喜怒，不繫於心而繫於物也。」《雍語》乃云：「天理只是吾心本體，豈可於事物上尋討！」然則，明道之言，其又何足遵耶？名為遵道，而實則相戾，不知後學將安所取信也！
整菴認為明道並未說「物所受為性，天所賦為命」，其也未以天理為吾心之本體。湛甘泉一方面說遵明道，一方面又於「天命之謂性」旁註云：「命脈之門」、「命門之云」，說：「天理只是吾心本體，豈可於事物上尋討！」，甘泉實並非真能尊明道也。他又說：
《明論》、《新論》、《樵語》、《雍語》，吾閒中皆嘗披覽再三。中間以知覺為心之本體，凡數處；又以天理為心之本體，亦數處。不知所謂本體者，一耶二耶？謂心體有二，斷無此理。體既不容有二，則其所認以為天理者，非知覺而何！其教學者，每以「隨處體認天理」為言，此言如何破得？但以知覺為天理，则凡體認工夫，只是要悟此知覺而已。分明借天理二字，引人知覺上去。信乎，教之多術也！
既又得觀其《問辨錄》，乃有「知覺是心，必有所知覺之理」一言，似乎稍覺其誤。然《問辨續錄》又其後出，復有「光明洞燭便謂之知性」之語。又其門人因或者「墮於有物」之疑，而自為之說曰：「天理者，天之理也。天之理則有體而無物，變動不居，神妙不測，是故『知微知彰，知柔知剛』，『通乎晝夜之道而知』。何謂為有物也！」答詞明以「此說見得是」許之。據此二條，似其惑終未之解。夫「光明洞燭」，「神妙不測」，心之為物然爾，豈可認以為性與天理乎！且「知微」以下五知字，皆指人而言，經文甚明，不應彼此俱失照勘也。
此條可見整菴以為甘泉誤知覺為天理，誤心以為性（甘泉本亦主心與理一，同於心學，整菴既主心、性為二，其遂反對甘泉之說法）。又說：
《雍語》有云：「佛之廣大高明，吾聖人已有之。而聖人之中庸精微，佛又何嘗有邪！」又曰：「中庸精微，即是此心感應發用之妙，而廣大高明，則心體也。」據此言，則是佛氏心體與吾聖人無異矣。及答周衝問儒釋之辨，則曰：「聖人之學，至大至公。釋者之學，至私至小。大小，公私足以辨之矣。」夫既許之以「廣大高明」矣，何為又有「至私至小」之議哉？蓋佛氏之「廣大高明」，即本覺之境界也，此正是元明悟，其所謂「聰明聖知達天德」者即此，是以概之聖人而不疑。殊不知天德乃帝降之衷，非本覺也。本覺何有於中乎？不中故小，不中故私。狹小偏私，蓋先儒之所以議佛氏者，舍此則無以為儒釋之辨，故不得不援之耳。
由於整菴以為甘泉以知覺為天理，以心為性，其遂進一步認為甘泉之學和釋氏無異。換言之，甘泉實無法判出儒釋之異處（不過，若吾人明白甘泉之主體性內容別於佛氏，整菴之批評即不成立）。又說：
《新泉問辨錄》有云：「不若大其心，包天地萬物而與之一體，則夫一念之發，以至天下之物，無不在內。」此非余之所敢知也。夫程子所谓「仁者，渾然與物同体」，乃其理之自然。今欲大其心以包之，則是出於人為，非所以為自然之理矣。如此體認，其於道也不亦遠乎！中庸論至誠之德，到其極處惟曰「浩浩其天」，此其所以為實學也。
此條整菴辨甘泉大其心以包天地萬物乃出於人為。
綜合上述數條及《時賢篇》曾提及之論點，可見整菴認為甘泉視理氣為二，以知覺為性，跡近禪學。甘泉和整菴又曾互致書函討論。甘泉書函大意有二。首先，他認為白沙非禪（理由包括白沙不以理為障而以天理之學為是、白沙斥張東所為禪、斥白沙為禪者獨江右之學者）。其次，他重申自己「理氣合一」說存於古訓，其也非視理氣為二。整菴回函以答，其論點大約有四。首先，他認為白沙之學不合於明道之言（明道分「一陰一陽之謂道」及「陰陽不測之謂神」，白沙卻以道為神，此為一不合；又明道以敬立本，白沙則說「致虛所以立本」，此為二不合）。其次，他認為白沙好用禪語，如「無學無覺」、「莫杖莫喝」、「金針」、「衣砵」、「迸出面目來」，故近禪。其三，非只江右之學者斥白沙為禪，楚人李文正公、越人謝方石及章楓山亦以禪學稱白沙，可見白沙為禪。其四，「理氣合一」似多一「合」字。二人學術思想之異，終二人之一生而未有見能歸於至一，此不免為中國學術思想史上一大憾事（甘泉致整菴之書函為《寄羅整菴太宰書》，整菴致甘泉之書函則為《答湛甘泉大司馬》。礙於二文篇幅之長，故本文不作引錄，只略備其要點）。
最後，茲再錄整菴論陽明及王、湛二人之文字於下，以結束本文。其論陽明曰：
《傳習錄》有云：「吾心之良知，即所謂天理也。」又云：「道心者，良知之謂也。」又云：「良知即是未發之中。」《雍語》有云：「學、問、思、辨、篤行，所以存養其知覺。」又有「問：『仁者以天地萬物為一體。』答曰：『人能存得這一點生意，便是與天地萬物為一體。』又問：『所謂生者即活動之意否，即所謂虛靈知覺否？』曰：『然。』」又曰：「性即人之生意。」此皆以知覺為性之明驗也。
案：由此條，可見整菴斥陽明以知覺為性。可是，值得注意的是，陽明雖未曾否認心為虛明靈覺，但其心實不只為一虛明靈覺，而為一可自我立法、頒布且繼而悅於自己所立之道德法則之道德本心，由之以說心即理。整菴以陽明之心為虛明靈覺、陽明言「良知即天理」而說陽明以知覺為性，此實不透陽明良知教之深義（陽明乃以心之為本心一面言良知即天理，非以心之虛明靈覺言良知即天理）。其論王、湛二人曰：
王、湛二子，皆與余相知。於王，蓋嘗相與論文，而未及細，忽焉長逝，殊可惜也。湛則會晤絕少，音問亦稀。然兩家之書，余皆得而覽之，區區之見終未相合，因續記一二于冊。道無彼此，自不容有形跡之拘。後之君子，幸從而折其衷，斯道之明，庶乎其可望矣。
案：整菴頗以未能和王、湛二人之思想歸於至一以為憾，然而，若如整菴之堅守程朱之門戶，縱使令其可和王、湛二人詳細討論，三人之說也未必能歸於一是。
總括而言，整菴對歷朝學者之看法及批評頗具卓見，而由其對陽明、甘泉之攻擊及批評上看，也充分反映他宗守程朱之理學立場，為其學術思想一大特色之所在。
整菴論佛學
在《困知記》續卷上，整菴曾花了不少文字批評佛學，且大辨儒釋之分界處。以下且約略鈔錄其部份文字，以見整菴對佛學看法之大概。
整菴論佛學，首先即批評其以知覺為性。其曰：
《楞伽》大旨有四：曰五法，曰三自性，曰八識，曰二無我。一切佛法，悉入其中，經中明言之矣。五法者，名也，相也，妄想也，正智也，如如也。三自性者，妄想自性，緣起自性，成自性也。八識者，識藏也，意根，意識，眼識，耳識，鼻識，舌識，身識也。二無我者，人無我，法無我也。凡此諸法，不出迷悟兩途。蓋迷則為名，為相，為妄想，為妄想自性，緣起自性，為人法二執，而識藏轉為諸識。悟則為正智，為如如，為成自性，為人法無我，而諸識轉為真識。所為人法，則五陰、十二入，十八界是已。五陰者，色、受、想、行、識也。十二入者，眼、耳、鼻、舌、身、意六根，對色、聲、香、味、觸、法六塵也，加之六識，是謂十八界。合而言之人也，析而言之法也。有所覺之謂悟，無所覺之謂迷。佛者，覺也，而覺有二義：有始覺，有本覺。始覺者，目前悟入之覺，即所謂正智也，即人而言之也。本覺者，常住不動之覺，即所謂如如也，離人而言之也。因始覺而合本覺，所以成佛之道也。及其至也，始覺正智亦泯，而本覺朗然獨存，則佛果成矣。故佛有十號，其一曰等正覺，此之謂也。本覺乃見聞知覺之體，五陰之識屬焉。見聞知覺，乃本覺之用，十八界之識屬焉。非本覺，即無以為見聞知覺，舍見聞知覺，則亦無本覺矣。故曰如來於陰界入，非異非不異。其謂法離見聞知覺者何？懼其著也。佛以離情遣著，然後可以入道，故欲人於見聞知覺，一切離之。離之云者，非不見不聞，無知無覺也，不著於見聞知覺而已矣。《金剛經》所謂「心不住法而行布施，應無所住而生清淨心」，即其義也。然則佛氏之所謂性，不亦明甚矣乎？彼明以知覺為性，始終不知性之為理，乃欲強合於吾儒以為一道，如之何其可合也？昔達磨弟子婆羅提，嘗言作用是性，有偈云：「在胎為身，處世為人，在眼曰見，在耳曰聞，在鼻辨香，在口談論，在手執捉，在足運奔。徧現俱該沙界，收攝在一微塵。識者知是佛性，不識喚作精魂。」識與不識，即迷悟之謂也；知是佛性，即所謂正智、如如；喚作精魂，即所謂名相妄想。此偈自是真實語，後來桀黠者出，嫌其淺近，乃人人捏出一般鬼怪說話，直是玄妙奇特，以利心求者，安得不為其所動乎？張子所謂「詖淫邪遁之辭，翕然並興，一出於佛氏之門」，誠知言矣。然造妖捏怪，不止其徒，中其毒者，往往便能如此。
此條除了是批評佛氏以知覺／作用為性外，其析述佛學義理一節，也極為透闢。其又曰：
《楞伽》四卷，卷首皆云：「一切佛語心品，良以萬法惟識，諸識惟心，種種差別，不出心識而已。」故經中之言識也特詳。第一卷，首言諸識有二種生住滅，謂流注生住滅，相生住滅。次言諸識有三種相，謂轉相，業相，真相。又云：「界說有三種識，廣識有八相。何等為三？謂真識、現識及分別事識。」又云：「若復彼真識，種種不實諸虛妄滅，則一切根識滅，是名相滅。」又云：「轉識、藏識，真相若異者，藏識非因；若不異者，轉識滅，藏識亦應滅，而自真實相不滅。非自真實相滅，但業相滅。若自真實相滅者，藏識則滅；藏識滅者，不異外道，斷見議論。」又破外道斷見云：「若識流注滅者，無始流注應斷。」又云：「水流處，藏識、轉識浪生。」又云：「外境界風飄蕩，心海識浪不斷。」又偈云：「藏識海常住，境界風所動，種種諸識浪，騰躍而轉生。」又偈云：「凡夫無智慧，藏識如巨海。業相猶波浪，依彼譬類通。」第二卷有云：「一切自性習氣，藏意意識，習見轉變，名為涅槃。」注云：「自性習氣，謂眾生心識性執，熏習氣分。藏意意識者，即藏識與事識，由愛見妄想之所熏習。轉變者，謂轉藏識、事識，為自覺聖智境界也。」有云：「識者，因樂種種跡境界，故余趣相續。」有云：「外道四種涅槃，非我所說法。我所說者，妄想識滅，名為涅槃。」有云：「意識者，境界分段，計著生。習氣長養，藏識意俱。我、我所計著，思惟因緣生。不壞身相藏識，因攀緣自心現境界，計著心聚生，展轉相因，譬如海浪，自心現境界風吹，若生若滅，亦如是。是故意識滅，七識亦滅。」注云：「境界分段者，六識從六塵生也。習氣長養者，言六識不離七識八識也。我、我所計著者，言七識我執，從思惟彼因彼緣而生。不壞身相藏識，即第八識。謂此八識，因於六識，能緣還緣，自心所現境界，以計著故而生六識，能總諸心，故云心聚生也。展轉相因者，八識轉生諸識，六識起善起惡，七識則傳送其間。海喻八識，浪喻六識，以六塵為境界風。境界乃自心所現，還吹八識心海，轉生諸識，若生若滅，亦猶依海而有風，因風而鼓浪，風息則浪滅。故云意識滅，七識亦滅也。」又偈云：「心縛於境界，覺想智隨轉，無所有及勝，平等智慧生。」注云：「現在一念，為塵境所轉，故有業縛。而本有覺智，亦隨妄而轉，若了妄即真，離諸有相，及至佛地，則復平等大慧矣。」第三卷有云：「彼生滅者是識，不生不滅者是智。墮相無相，及墮有無種種相因是識。超有無相是智，長養相是識，非長養相是智。」又云：「無礙相是智，境界種種礙相是識。三事和合，生方便相是識，無事方便，自性相是智。得相是識，不得相是智。自得聖智境界，不出不入，如水中月。」注云：「根、塵及我，和合相因而生是識，此不知自性相故，若知性相，則一念靈知，不假緣生，故云無事方便自性相是智。相惟是一，而有離不離之異，故云得不得也。」又偈云：「心意及與識，遠離思惟想。得無思想法，佛子非聲聞。寂靜勝進忍，如來清淨智。生於善勝義，所行悉遠離。」注云：「得無思想法，則轉識為智，此是菩薩，而非聲聞，智之始也。寂靜勝進忍，即如來清淨忍智，智之終也。」第四卷有云：「如來之藏，是善不善因，能偏興造一切趣生。譬如伎兒變現諸趣離我，我所不覺。彼故三緣和合，方便而生。外道不覺計著，作者為無始虛偽惡習所薰，名為識藏。生無明住地，與七識俱，如海浪身，常生不斷，離無常過，離於我論，自性無垢，畢竟清淨。」註云：「此隨染緣從細至粗也。若能一念迴光，能隨淨緣，則離無常之過，二我之執，自性清淨，所謂性德如來，則究顯矣。」有云：「菩薩摩訶薩，欲求勝進者，當淨如來藏及識藏名，若無識藏名、如來藏者，則無生滅。」註云：「識藏以名言者，由迷如來藏轉成妄識，無以別體，故但有名。若無識藏之名，則轉妄識為如來藏也。」有云：「彼相者，眼識所照，名為色；耳鼻舌身意識所照，名為聲香味觸法，是名為相。妄想者，施設眾名，顯示諸相，如此不異象馬車步男女等名，是名妄想。正智者，彼名相不可得，猶如過客，諸識不生不斷，不常不墮，一切外道，聲聞緣覺之地，以此正智，不立名相。非不立名相，離二見建立，及誹謗知名相不生，是名如如。」有云：「善不善者，謂八識。何等謂八？謂如來藏、名識藏、心意意識及五識身，非外道所說五識身者，心意意識俱，善不善相展轉變壞，相續流注，不壞身生，亦生亦滅，不覺自心現，次第滅，餘識生，形相差別。攝受意識，五識俱，相應生，剎那時不住。」注云：「不壞者，不斷也。攝受意識者，以五根攪五塵，攝歸意識，起善起惡。」有云：「愚夫依七識身滅，起斷見，不覺識藏，故起常見。自妄想，故不知本際。自妄想慧滅，故解脫。」注云：「愚夫所知，極於七識，七識之外無所知，故因起斷見，而不覺識藏無盡，見其念念相續，故起常見。由其自妄想，內而不及外，故不能知本際。然妄不自滅，必由慧而滅也。」又偈云：「意識之所起，識宅意所在。意及眼識等，斷滅說無常。或作涅槃見，而為說常住。」注云：「意由八識而起，而八識意之所住，故謂之宅。以是言之，自不容以七識自滅而起斷見。彼又於意及眼識等斷滅處說無常，或作涅槃見者，此皆凡外自妄想見，故不知本際，如來為是說常住也。」經中言識，首尾具於此矣。間有牽涉他文者，不暇盡錄，然已不勝其多，亦無庸盡錄為也。其首之以諸識有二種，生住滅乃其所謂生死根也，終之以識宅常住，乃其所謂涅槃相也。然而生死即涅槃，涅槃即生死，初無二相，故諸識雖有種種名色，實無二體。但迷之則為妄，悟之則為真。苟能滅妄識而契真識，則有以超生死以證涅槃矣。真識即本覺也，涅槃即所覺之境界也，由此觀之，佛氏之所謂性，有出於知覺之外耶？雖其言反覆多端，窮其本末，不過如此。然驟而觀之者，或恐猶有所未達也。輒以藏識為主，而分為數類，以盡其義。藏，即所謂如來藏也，以其舍藏善惡種子，故謂之藏。其所以為善為惡，識而已矣，故曰藏識。藏識一耳，而有本有末。曰真相，曰真識，曰真實相，曰無始流注，曰藏識海，曰涅槃，曰平等智慧，曰不生不滅等是智，曰如來清淨智，曰自性無垢，畢竟清淨，曰識宅，曰常住，此為一類，皆言乎其本體也。曰流注生住滅，相生住滅，曰業相，曰分別事識，曰識浪，曰樂種種跡境界，曰意識，曰生滅等是識，曰識藏生住地，無明與七識「諸如海浪身，常生不斷，曰識藏名，曰心意意識，及五識身，曰意及眼識等，此為一類，皆言乎其末流也。曰轉相，曰現識，曰轉識，曰覺想智隨轉，此為一類，言乎本末之所由分也。其言及修行處，又當自為一類，如曰諸虛妄滅，則一切根識滅，曰習見轉變，名為涅槃，曰妄想識滅，名為涅槃，曰意識滅，七識亦滅，曰無所有及勝，曰遠慮思惟想，曰離無常過，離於我論，曰欲求勝進者，當淨如來藏及識藏名，若無識藏名如來藏者，則無生滅，曰自妄想慧滅，故解脫，凡此皆言其修行之法也。故欲窮其說者，合此數類而詳玩之，則知余所謂滅妄識而契真識，誠有以得其要領矣。夫識者，人心之神明耳，而可認為性乎？且其以本體為真，末流為妄，即分本末為兩截，謂迷則真成妄，悟則妄即真，又混真妄為一途。蓋所見既差，故其言七顛八倒，更無是處。吾黨之號為聰明特達者，顧不免為其所惑，豈不深可惜哉！
此仍是批評釋氏有見於心，無見於性，以作用為性。另外，整菴又批評佛氏「混真妄為一途」，言說「七顛八倒」（整菴摘錄佛家言識之字句，極為詳備；其自家所作之解釋也極透闢精彩，宜注意）。相關看法於以下一條更能清晰可見：
《金剛經》、《心經》可謂簡盡圓覺，詞意稍復。《法華》緊要指示處，纔十二三，餘皆閒言語耳，且多誕謾。達磨雖不立文字，直指人心，見性成佛，然後來說話，不勝其多。大概其教人發心之初，無真非妄，故曰：「若見諸相非相，即見如來。」。悟入之後，則無妄非真，故云「無明真如，無異境界」。雖頓漸各持一說，而首尾衝決，真妄不分，真詖淫邪遁之尤者。
謂「頓漸各持一說，而首尾衝決，真妄不分」，此明顯是指斥禪宗之不分真妄。何以佛氏不能分真妄呢？又儒、佛對真妄之看法為何？整菴論唯識時云：
夫以心識為本，六識為末，固其名之不可易者，然求其實，初非心識之外別有所謂六識也，又非以其本之一，分而為末之六也。蓋凡有所視，則全體在目；有所聽，則全體在耳；有所言，則全體在口；有所動，則全體在身。（只就此四件說，取簡而易見耳。）所謂感而遂通，便是此理。以此觀之，本末明是一物，豈可分而為二，而以其半為真，半為妄哉？若夫真妄之不可混，則又可得而言矣。夫目之視，耳之聽，口之言，身之動，物雖未交，而其理已具，是皆天命之自然，無假於安排造作，莫非真也。及乎感物而動，則有當視者，有不當視者，有當聽者，有不當聽者，有當言者，有不當言者，有當動者，有不當動者。凡其所當然者，即其自然之不可違者，故曰真也；所不當然者，則往往出於情欲之使然，故曰妄也。真者存之，妄者去之，以此治其身心，以此達諸家國天下，此吾儒所以立人極之道，而內外本末無非一貫也。若如佛氏之說，則方其未悟之先，凡視聽言動，不問其當然與不當然，一切皆謂之妄，及其既悟，又不問其當然與不當然，一切皆謂之真。吾不知何者在所當存乎，何者在所當去乎？當去者不去，當存者必不能存，人欲肆而天理滅矣。使其說肆行而莫之禁，中國之為中國，人類之為人類，將非幸歟！
整菴認為，佛氏只從覺之前後言真妄，儒家卻以當然不當然，即合理與否言真妄，而只有以合理與否為準言真妄者才真懂得真妄，繼而存真去妄，故佛氏「混真妄而為一」，不同於儒學（不過，此處又可為佛學稍作辯解：佛家言真妄本是為了破除執著而設。佛氏認為，人因沉溺於妄見中，即未能了悟世間一切事相皆因緣和合而生，其自身無實在性，故其多對世間各事有所執，繼而生出苦。可是，人一旦能了悟性空之理，其所處之環境雖沒變，其卻不再對各事相有所執，此時人所見之一切皆真，其真實意思是指他得了一新的看法，超越了對世事之執。真妄在佛學中本和空理之覺連說，此是很合理的，其也似沒必要理會應然之理。然而，因儒學要以真妄作為為善去惡，即成就道德所依之根據，其遂重以合乎應然之理與否說真妄。可是，此只是儒家之強調成德工夫使然，佛家何需如此？整菴不明儒佛言真妄所對應之問題之不同，全面肯定儒之真妄而斥佛不分真妄，此明顯是對佛學之精義未能全面了解。其批評建基於不解佛學，這些說法於佛學又何傷？）。
除上述批評佛氏有見於心，無見於性、真妄不分外，整菴又反對佛家以寂感為性，其曰：
達磨告梁武帝有云：「淨智妙圓，體自空寂。」，只此八字已盡佛性之形容矣。其後有神會者，嘗著《顯宗記》，反覆數百語，說得他家道理亦自分明，其中有云：「湛然常寂，應用無方，用而常空，空而常用，用而不有，即是真空。空而不無，便成妙有。」妙有即摩訶般若，真空即清淨涅槃，又足以發盡達摩妙圓空寂之旨。余嘗合而觀之，與《繫辭傳》所謂「寂然不動，感而遂通天下之故」，殆無異也。然孰知其所甚異者，正在於此乎？夫《易》之神，即人之心。程子嘗言：「心一也，有指體而言者，寂然不動是也；有指用而言者，感而遂通是也。」蓋吾儒以寂感言心，而佛氏以寂感為性，此其所為甚異也。良由彼不知性為至精之理，而以所謂神者當之，故其應用無方，雖亦識圓通之妙，而高下無所準，輕重無所權，卒歸於冥行妄作而已矣。
寂感本落在心上說，不能落在性上說，佛家卻以寂感言性，整菴遂本儒家之立場反對佛家，且指斥其不知性（當然，若以心學看儒家，儒家亦未嘗不可在性上言寂感，此處之儒家當為整菴眼光下之儒家，以伊川、朱子之義理間架為本）。
整菴亦指責佛家是主張二本，不同於儒家之主張一本。他說：
程子嘗言：「仁者，渾然與物同體。」佛家亦有「心佛眾生，渾然齊致」之語，何其相似也。究而言之，其相遠奚啻燕、越哉！唐相裴休，深於禪學者也，嘗序《圓覺經疏》，首兩句云：「夫血氣之屬必有知，凡有知者必同體。」此即「心佛眾生，渾然齊致」之謂也。蓋其所謂齊，固不出乎知覺而已矣。且天地之間，萬物之眾，有有知者，有無知者，謂有知者為同體，則無知者非異體乎？有同有異，是二本也。蓋以知覺為性，其窒礙必至於此。若吾儒所見，則凡賦形於兩間者，同一陰陽之氣以成形，同一陰陽之理以為性，有知無知，無非出於一本。故此身雖小，萬物雖多，其血氣之流通，脈絡之聯屬，元無絲毫空闕之處，無須臾間斷之時，此其所以為渾然也。
佛氏因以知覺為性，且以有知者為同體，無知者遂被排斥於外而為異，整菴因此斥佛氏「二本」。整菴認為，依儒家，有知、無知者皆稟同一陰陽之氣以成形，具有同一陰陽之理以為性，二者實同為一體而出於「一本」。
另外，整菴論佛學又有以下一段文字：
「有物先天地，無形本寂寥，能為萬象主，不逐四時凋。」此高禪所作也。自吾儒觀之，昭然太極之義，夫復何言？然彼初未嘗知有陰陽，安知有所謂太極哉？此其所以大亂真也。今先據其言語解釋一番，使彼意既明且盡，再以吾儒言語解釋一番，然後明知其異同之實，則似是之非，有不難見矣。以佛家之言為據，則無始菩提，所謂「有物先天地」也；湛然常寂，所謂「無形本寂寥」也；心生萬法，所謂「能為萬象主」也；常住不滅，所謂「不逐四時凋」也。作者之意，不亦明且盡乎？求之吾儒之書，太極生兩儀，是固先天地而立矣；無聲無臭，則無形不足言矣；富有之謂大業，萬象皆一體也；日新之謂盛德，萬古猶一時也。太極之義，不亦明且盡乎？詩凡二十字，其十七字，彼此意義，無甚異同，所當辨者三字爾，物也，萬象也。以物言之，菩提不可為太極明矣；以萬象言之，在彼經教中即萬法耳。以其皆生於心，故謂之能主，然所主者，實不過陰界入。自此之外，仰而日月星辰，俯而山河大地，近而君臣、父子、兄弟、夫婦、朋友，遠而飛潛動植、水火金石，一切視以為幻而空之矣。彼安得復有所謂萬象乎哉？為此詩者，蓋嘗窺見儒書，遂竊取而用之耳。余於前記嘗有一說，正為此等處，請復詳之。所謂天地間非太極不神，然遂以太極為神則不可，此言殊不敢易。誠以太極之本體，動亦定，靜亦定，神則動而靜，靜而能動者也，以此分明見得是兩物，不可混而為一。故《繫辭傳》既曰「一陰一陽之謂道」矣，而又曰「陰陽不測之謂神」。由其實不同，故其名不得不異。不然，聖人何用兩言之哉？然其體則同一陰陽，所以難於領會也。佛氏初不識陰陽為何物，固無由知所謂道，所謂神，但見得此心有一點之靈。求其體而不可得，則以為空寂，推其用而偏於陰界入，則以為神通。所謂有物者此耳。以此為性，萬無是處，而其言之亂真，乃有如此詩者，可無辨乎？然人心之神，即陰陽不測之神，初無二致，但神之在陰陽者，則萬古如一；在人心者，則與生死相為存亡，所謂理一而分殊也，佛氏不足以及此矣。
此條內容又可細析如下：首先，整菴分別用儒、佛之系統解讀「有物先天地」四句。其指就佛家看，先天地之物為無始菩提，「無形本寂寥」是形容菩提之湛然常寂，「能為萬物主」指心生萬法，「不逐四時凋」指菩提常住不滅。就儒家看，物指太極，第二句描述太極無聲無臭之特質，「能為萬物主」指太極生兩儀，繼而生出萬象，「不逐四時凋」指「萬古猶一時」。其次，整菴認為佛家之解讀有違四句字義，故不足取。他指出，佛氏以一切皆為虛幻，因而空之，其根本不能容許有萬象，又菩提也非一物，其雖可以萬象為萬法、物為菩提勉強牽合，但此解和儒家的相比，後者明顯較直接了解四句原意，少些曲折安排，故整菴認為佛家解此四句不佳。其三，整菴認為佛家不能作妥善解釋原於其不明道、神，只見得此心之靈。其四，整菴闡述道、神之內容：太極（道）為神得以可能之根據，但太極不是神；太極和陰陽乃一物，不懂陰陽無以見太極；神落於陰陽之氣言，能「萬古如一」，但落於心氣言，則隨心之生死而存亡。簡單來說，整菴此條是批評佛學有見於心，無見於性，於太極、神之種種內容及關係，全不了解。
整菴也似無法理解佛學中之詭譎語，而以為一切詭譎語皆是佛家用來作弄人。他說：
南陽慧忠破南方宗旨云：「若以見聞覺知是佛性者，《淨名》不應云『法離見聞覺知』，若行見聞覺知是，則見聞覺知非求法也。」南僧因問：「《法華了義》，開佛知見，此復何為？」忠曰：「他云開佛知見，尚不言菩薩二乘，豈以眾生癡倒，便成佛之知見邪？」汾州無業有云：「見聞覺知之性，與太虛齊壽，不生不滅，一切境界本自空寂，無一法可得迷者，不了即為境惑，一為境惑，流轉無窮。」此二人皆禪林之傑出，考其言，皆見於《傳燈錄》，何若是之不同耶？蓋無業是本分人，說本分話。慧忠則所謂神出鬼沒，以逞其伎倆者也。彼見南方以見聞覺知為性，便對其人捏出一般說話，務要高他一著，使之莫測。嘗見《金剛經》有「是法平等，無有高下」之語，眾生固然迷悟不同，其知見之體即是平等，豈容有二？又嘗見《楞嚴經》有兩段話：其一，佛告波斯匿王云：「顏貌有變，見精不變，變者受滅，不變者元無生滅。」其二，因與阿難論聲聞有云：「其形雖昧，聞性不昏，縱汝形銷，命光遷謝，此性云何為汝銷滅？」此皆明以見聞為性，與波羅提說相合。若《淨名》則緊要在一「離」字。先儒嘗言佛氏之辭善遁，便是此等處。《傳燈錄》中似此盡多，究其淵源，則固出於瞿曇也。蓋瞿曇說法，常欲離四句為一，非異非不異，非有非無，非常非無常，然而終有不能離者。如云：「非異非不異，非有非無，非常非無常。」即《楞伽》一經，累累見之，此便是遁辭之根。若將異處窮著他，他便有非異一說，將無常窮著他，他便有非無常一說，自非灼然看得他破，只得聽他愚弄耳。
佛家說「非異非不異，非有非無，非常非不常」本是為了使人破除對異、有、常或不異、無、無常任一邊之執著，使人不落兩邊，契入中道。整菴不明佛家破執之苦心，徒認為這些說法是遁辭、是愚弄人，此看法不免有失。
最後，整菴論佛學尚有以下的文字。他說：
僧問忠國師：「古德云：『青青翠竹，盡是法身，鬱鬱黃華，無非般若。』有人不許，云是邪說。亦有信者，云不思議。不知若為？」國師曰：「此是普賢、文殊境界，非諸凡小而能信受，皆與大乘《了義經》合。故《華嚴經》云：『佛自充滿於法界，普現一切群生前，隨緣赴感靡不周，而恆處此菩提座。』翠竹既不出於法界，豈非法身乎？又《般若經》云：『色無邊，故般若亦無邊。』黃華既不越於色，豈非般若乎？深遠之言，不省者難為措意。」又華嚴座主問大珠和尚云：「禪師何故不許『青青翠竹，儘是法身，鬱鬱黃華，無非般若』？」珠曰：「法身無像，應翠竹以成形；般若無知，對黃華而顯相。非彼黃華翠竹，而有般若法身。故經云： 『佛真法身猶若虛空，應物現形，如水中月。』黃華若是般若，般若即同無情，翠竹若是法身，翠竹還能應用。座主會麼？」曰：「不了此意。」珠曰：「若見性，人道是亦得，道不是亦得，隨用而設，不滯是非。若不見性，人說翠竹著翠竹，說黃華著黃華，說法身滯法身，說般若不識般若，所以皆成諍論。」宗杲云：「國師主張翠竹是法身，直主張到底；大珠破翠竹不是法身，直破到底。老漢將一個主張底破底，收作一處，更無拈提，不敢動著他一絲毫，要你學者具眼。」余於前記嘗舉翠竹黃華二語，以謂與鳶飛魚躍之言絕相似，只是不同。據慧忠分析語，與大珠成形顯相二言，便是古德立言本旨。大珠所以不許之意，但以黃華翠竹非有般若法身爾，其曰「道是亦得」即前「成形顯相」二言。曰「道不是亦得」，即後「非彼有般若法身」一言也。慧忠所引經語，與大珠所引經語皆合，直是明白，更無餘蘊。然則其與吾儒鳶飛魚躍之義所以不同者，果何在邪？誠以鳶魚雖微，其性同一天命也；飛躍雖殊，其道同一率性也。彼所謂般若法身，在華竹之身之外；吾所謂天命率性，在鳶魚之身之內，在內則是一物，在外便成二物。二則二本，一則一本，詎可同年而語哉？且天命之性，不獨鳶魚有，華竹亦有之。程子所謂「一草一木，亦皆有理，不可不察」者，正惟有見乎此也。佛氏祇緣認知覺為性，所以於花竹上便通不去，只得以為法界中所現之物爾。《楞伽》以四大種色為虛空所持，《楞嚴》以山河大地咸是妙明真心中物，其義亦猶是也。余也向雖引而不發，今則舍矢如破矣。吾黨之士夫，豈無具眼者乎？
案：整菴認為儒佛之分界在：儒家之性在鳶魚之身之內，佛家之性在華竹之身之外；儒家不主知覺為性，而認為一草一木皆有理，故重一本，佛家則以知覺為性，而把一草一木排斥於外，故主二本。
又說：
宗杲謂鄭尚明曰：「你只今這聽法說法一段，歷歷孤明底。未生已前，畢竟在恁麼處？」曰：「不知。」杲曰：「你若不知，便是生大。你百歲後，四大五蘊，一時解散，到這裏歷歷孤明底，卻向甚麼處去？」曰：「也不知。」杲曰：「你既不知，便是死大。」又嘗示呂機宜云：「現今歷歷孤明，與人分是非別好醜底，決定是有是無，是真是實，是虛妄。」臨濟亦嘗語其徒曰：「四大身不解說法聽法，虛空不解說法聽法。」觀此數節，則佛氏之所謂性，亦何難見之有？渠道理只是如此，本不須苦求解悟，然而必以悟為則者，只是要見得此歷歷孤明境界更親切爾。縱使見得親切，夫安知歷歷孤明者之非性，而性自有真邪？
案：此仍是批評佛學以知覺作用（歷歷孤明者）為性，認為釋氏不真懂得性。
又說：
杲答曾天游侍郎書曰：「尋常計較安排底是識情，隨生死遷流底亦是識情，怕怖慞惶底亦是識情。而今參學之人，不知是病，只管在裏許頭出頭沒，教中所謂隨識而不隨智，以故昧卻本地風光、本來面目。若或一時放下，百不思量計較，忽然失腳踏著鼻孔，即此識情，便是真空妙智，更無別智可得。若別有所得，有所證，則又卻不是也。如人迷時喚東作西，及至悟時，即西便是東，無別有東，此真空妙智，與太虛齊壽。只這太虛中，還有一物礙得他否？雖不受一物礙，而不妨諸物於空中往來，此真空妙智亦然。凡聖垢染著一點不得，雖著不得而不礙生死，凡聖於中往來，如此信得及，見得徹，方是個出生入死得大自在底漢。」細觀此書，佛氏之所謂性，無餘蘊矣。「忽然失腳踏著鼻孔」，便是頓悟之說。
案：此條整菴引杲書述佛氏之性及頓悟。
又說：
《頌》云：「斷除煩惱重增病，趨向真如亦是邪。隨順世緣無罣礙，涅槃生死是空華。」嘗見杲示人有「水上葫蘆」一言，此《頌》第三句，即「水上葫蘆」之謂也。佛家道理直是如此。《論語》「無適無莫」，若非義之與比，何以異於水上葫蘆哉？
案：整菴之前認為佛氏不以合理與否定真妄，故「混真妄而為一」，不同於儒學。而在此處，整菴指佛氏只重「隨順世緣無罜礙」之「水上葫蘆」般之自由無執，卻忽視了這些無執之是否合宜恰當（即所謂「義之與比」），此乃其另一異於儒學處（儒學既主「無適無莫」，也主「義之與比」）。
又說：
老子外仁義禮而言道德，徒言道德而不及性，與聖門絕不相似，自不足以亂真。所謂彌近理而大亂真，惟佛氏耳。
案：此條整菴認為佛氏之害大於老子，蓋老子不言性而佛氏言性也。可是，我們當知佛氏之性乃為空性、空理，對之了悟乃是為了破執解苦；儒家之性為義理之性、應然之理，對之認識乃是為了成就道德行為，不只為了解苦破執，二家之性之內容全不同，只要清晰了解，何以會造成彌近理而大亂真、造成大害？
總括而言，整菴論佛學之觀點有八。首先，他認為佛學以作用、知覺為性乃有見於心，無見於性。其次，他建基於真妄之分判當依合理與否決定，而指責佛氏「混真妄為一途」。其三，他反對佛家以寂感言性。其四，他斥佛家之說是二本而非一本。其五，他認為佛家不解太極、神。其六，他認為佛家使用詭譎語只是為了愚弄人，無任何意義。其七，他批評佛氏只令人成「水上葫蘆」，自由無執，卻不可令人重視執著之合宜性、恰當性。其八，他指斥佛家言性之害大於老子。這些觀點雖有不少其實是可被佛家反駁的，本文亦已約略指出。然而，整菴依然堅守儒學之門戶，此乃無可疑者，高景逸（即東林之高攀龍）先生曾評價整菴曰：
先生於禪學，尤極探討，發其所以不同之故。自唐以來，排斥佛氏，未有若是之明且悉者。
，此評確是恰當而合理的評價。
整菴論有明一代之時弊及可能之治道
整菴雖為一理學家，但他的學問並不只限於窮研理氣心性之妙，他對有明一代之時弊也有深刻的體會，且提出了不少方案以處理這些弊端。以下本文且就整菴對有明之時弊之看法及治道之建議作一簡單的論述。
整菴論明代之時弊，首先即批評當時之科舉制度使學者往往先重詞藻而後身心修養。其曰：
作養人才，必由於學校。今學校之教，純用經術，亦云善矣。但以科舉取士，學者往往先詞藻而後身心，此人才之所以不如古也。若因今之學校，取程子教養選舉之法，推而行之，人才事業遠追商周之盛，宜有可冀。所謂「堯舜之智，急先務」，其不在茲乎，其不在茲乎！
其次，他抨擊當時之政治只能足國，不能足民。而當時之為政者也不足以教化萬民。他說：
古之立政也，將以足民；今之立政也，惟以足國。古之為政者，將以化民；今之為政者，愚夫愚婦或從而議之，何民之能化！
其三，他指當時舉賢之路狹窄，國家中不少治國良才因而不能被提拔至朝中為官。他說：
為治者常患於乏才。才固未嘗乏也，顧求之未得其方爾。蓋必各舉所知，然後天下之才畢見於用。孔子告仲弓云：「舉爾所知，爾所不知，人其舍諸？」此各舉所知之義也。今舉賢之路殊狹，未仕者既莫得而舉，已仕者自藩臬以至郡邑，以一道計之，其人亦不少矣，而其賢否率取決於一二人之言，以此而欲求盡天下之才，其可得乎？非有以變而通之，乏才之嘆何能免也！
其四，他批評當時太倉之粟多入權門，皇室的開支用度，外朝官員多不復預聞，賦稅不足，公共開支之經費因而不夠，官員遂多橫斂亟行，民生困苦。其曰：
理財之道，《大學》四言盡之，而後世鮮不相戾，公私交病固其所也。今太倉之粟，化為月課以入權門者，不可勝計，內庫之出內，司國計者不復預聞，謂有政事可乎？經費不足，則橫歛亟行，奈之何民不窮且盜也！且唐之德宗猶能納楊炎之請，立移財賦於左藏，況乃英明之主，抑又何難？由此推類以盡其餘，財不可勝用矣。
其五，他指當時之官僚系統內貪污風氣盛行，官吏對人民大肆剝削，使老弱者無法衣帛食肉，少壯者也多饑寒困苦。他說：
文王之民，無凍餒之老，是五十者鮮不衣帛，七十者鮮不食肉也。今之槁項黃馘輩，歲得一布袍，朝夕得一盂蔬食，苟延殘喘，為幸已多，何衣帛食肉之敢望邪！少壯之民，窘於衣食者，十常八九，饑寒困苦之狀，殆不可勝述。中間一二，歲計粗給，或稍有贏餘，貪官汙吏又從而侵削之，受役公門不過一再，而衣食之資有不蕩然者，鮮矣。此皆有目者之所共見，誠可哀也。仁人君子，能不思所以拯之之策耶！
其六，就學風而言，整菴批評當時學者多陽儒陰釋，反不如唐宋學者之直以禪為學。他說：
唐宋諸名臣，多尚禪學。學之至者，亦儘得受用。蓋其生質既美，心地復緣此虛靜，兼有稽古之功，則其運用酬酢，雖不中，不遠矣。且凡為此學者，皆不隱其名，不諱其實，初無害其為忠信也；故其學雖誤，其人往往有足稱焉。後世乃有儒其名而禪其實，諱其實而侈其名者，吾不知其反之於心，果何如也？
合上述六點以觀，整菴對有明一代時弊之看法又可分政治、經濟、社會、學術、選士制度五方面闡述。政治方面，整菴指當時官僚貪污腐敗，為政者不足以教化人民。經濟方面，他批評當時太倉之粟多入權門，皇室之透明度不足，公共開支之經費不夠，致令地方官吏橫徵暴斂。社會方面，他指斥官吏之貪污苛索令老無所養，少壯無所依。學術方面，他說明代之學者多以弘揚儒學之名習禪。選士方面，他抨擊當時科舉重文辭而輕道德，且舉賢之路狹。這些看法皆切中明中葉之弊病，極富卓越之識見（明中葉時，朝中官僚多結黨營私，貪污腐敗；科舉以八股文取士亦令士子多斟字酌句，無復身心之修養研磨；魚鱗圖冊之無復整理及秀才、地方豪強兼并土地而不上報，使中央政府所徵得之賦稅大減，公共開支多依賦稅而來，稅收不足，政府又要應付種種公共開支，其遂只得令官僚橫徵暴斂以充數，民生因而困苦，皇室開支於此時也無節制；學術上王陽明心學之流行使人重心，近似禪學。這一切明中葉弊端之癥結，整菴皆一一道破，其有卓見如此）。
整菴既如此有力地批評明中葉之時弊，那麼他對可能之治道又有什麼看法呢？他說：
論治道，當以格君心為本。若伊尹之輔太甲，周公之輔成王，皆能使其君出昏即明，克終厥德。商周之業賴以永延，何其盛也！後世非無賢相，隨事正救亦多有可稱，考其全功，能庶幾乎伊、周者，殊未多見。蓋必有顏、孟之學術，然後伊、周之相業可希。然則，作養人才又誠為治之急務，欲本之正，而急務之不知，猶臨川而乏舟楫，吾未見其能濟也已。
為治之道在利用儒學以培養人才，人才優秀者則格君心，退而次之亦可隨事救正，如此，天下自然致治。他又說：
作養人才，必由於學校。今學校之教，純用經術，亦云善矣。但以科舉取士，學者往往先詞藻而後身心，此人才之所以不如古也。若因今之學校，取程子教養選舉之法，推而行之，人才事業遠追商周之盛，宜有可冀。所謂「堯舜之智，急先務」，其不在茲乎，其不在茲乎！
如何才可具體地培養出人才？整菴指出在透過學校。透過學校「取程子教養選舉之法，推而行之」，不純用詞藻取士，人才即可被栽培而出現（錢穆《國史大綱》曾說明中葉時朝廷漸只重科舉而輕學校教育，整菴此處所說正欲救明當時輕學校教育之弊）。
整菴對可能之治道也提出了下列八項的建議。首先，他認為為官者當知言、正心。他說：
知人之所以為難者，跡然而心或不然也。君子心乎為善，固無不善之跡。小人心乎為惡，然未嘗不假仁義以蓋其姦。其姦愈深，則其蓋之也愈密。幸而有所遇合，則其附會彌縫也愈巧。自非洞見其心術，有不信其為君子已乎？雖其終於必敗，然國家受其禍害，有不可勝救者矣！載稽前史，歷歷可徵。夫人固未易知，茍清明在躬，其誠偽亦何容隱？或乃蔽於私，累於欲，失其所以照臨之本，夫安得不謬乎？然則，知言之學，正心之功，是誠官人者之所當致力也。
其次，他也認為法可以變，但先決條件是「得人」，即使朝中「知道者多，尚德者眾」。他說：
法有當變者，不可不變，不變即無由致治。然欲變法，須是得人，誠使知道者多，尚德者眾，無彼無已，惟善是從，則於法之當變也，相與議之必精，既變也，相與守之必固，近則為數十年之利，遠則數百年之利亦可致也。以天下之大，知道者安敢以為無人？誠得其人以為之表率，薰陶鼓舞，自然月異而歲不同，近則五年，遠則十年，真才必當接踵而出矣。且談道與議法，兩不相悖而實相資，三五年間，亦何事之不可舉耶！
何以變法須先得人？因知道者能無私地以善為標準精細地議論及制訂各種為人民帶來長遠利益之法。又由其容許法可以變及謂「談道與議法，兩不相悖而實相資」，可見儒家重靈活變通，非頑固保守；儒家之政治領域也獨立於道德領域，前者非後者之延伸（後世有謂儒家思想重保守，政治領域乃道德領域之延伸，此乃大誤）。
其三，他主張從政之君、臣當由賢德者居之。其曰：
當自一邑觀之，為政者茍非其人，民輒生慢易之心，雖嚴刑峻法無益也。一旦得賢者而臨之，民心即翕然歸向。其賢不肖，亦不必久而後信，但一嚬笑、一舉措之間，民固已窺而得之。風聲之流不疾而速，其向背之情，自有不約而同者，乃感應之常理也。故君子之守，修其身而天下平，大臣之業，一正君而國定。「知遠之近，知風之自，知微之顯」，斯可以為政矣。政與德無二道也。
賢德者從政，民心必歸順而不反，天下因而致治，故整菴主之。又「政與德無二道」，此亦非謂政治領域乃道德領域之延伸，其只是以道德領域作為政治領域之基礎。
其四，他認為臣下當向君主進言，但切勿矯飾、激憤。他說：
「忠告善道」，非惟友道當然，人臣之進言於君，其道亦無以易此，故矯激二字，所宜深戒。夫矯則非忠，激則未善，欲求感格，難矣。然激出於忠誠猶可，如或出於計數，雖幸而有濟，其如「勿欺」之戒何哉！
朋友進言宜「忠告善道」，臣進言於君亦如是，由此也可見整菴把君臣一倫視為和朋友一倫相近之人際關係，君非絕對專制獨裁之君主也。
其五，朝廷應先建立制度，使「自衣服飲食、宮室輿馬，以至於冠婚喪祭，必須貴賤有等，上下有別」，又統治者為首之官僚應上行下效，不宜違法營私。其曰：
制度立，然後可以阜俗而豐財。今天下財用日窘，風俗日敝，皆由制度隳廢而然也。故自衣服飲食、宮室輿馬，以至於冠婚喪祭，必須貴賤有等，上下有別，則物無妄費而財可豐，人無妄取，而俗可阜。此理之不易者也。然法之不行，自上犯之。「君子之德風，小人之德草」，是在朝廷而已矣。
整菴認為，一良好而有效之制度若被建立，物價即可維持平穩，人民也不會有機會胡亂取利，風俗得以復返純樸而天下之財富也漸豐。若制度不立，則「天下財用日窘，風俗日敝」，天下致治無期（而此正是當時明中葉之況）。
其六，圖治要先立規模；又取士之法當變通，士人則應重視自身品德之修養。他說：
圖治當先定規模，乃有持循積累之地。規模大則大成，規模小則小成，未有規模不定，而能有成者也。然其間病源所在，不可不知。秉德二三，則規模不定；用人二三，則規模不定。茍無其病，於致治乎何有！
又說：
取士之法，宜有變通。士行修，然後民德歸厚。治安之本，無切於此。
其七，在選仕制度上，整菴主張恢復鄉舉里選之法，以得賢德之才，使民德歸厚。他說：
作人才，厚風俗，非復鄉舉里選之法不可。科舉取士，惟尚辭華，不復考其實行。其所得者，非無忠厚正直之士，任重致遠之才。然而頑囂鄙薄，蕩無繩檢者，由之而進，亦不少也。官使既多若人，風俗何由歸厚？治不古若，無足怪也。誠使鄉舉里選之法行，則人人皆務修飾，居家有善行，居鄉有令名，則居官必有善政，其於化民成俗，豈不端有可望者哉！《易》：「窮則變，變則通。」孟子曰：「以其時考之，則可矣。」
鄉舉里選之法乃兩漢之選仕制度，由此可見整菴崇古之傾向。然而，早於東漢，鄉舉里選已有「舉秀才，不知書，察孝廉，父別居」之弊，地方郡太守又多舉豪強之子弟為官，形成門第，造成社會上階級之不平等。此不平等歷經三百多年才被唐以科舉制消弭，歷宋、元至明，此本是中國歷史趨向平等之一進步，整菴今卻以科舉之弊求復以察舉取士，不知察舉之弊實不下於科舉，此在選仕制度上之建議未免有偏。
其八，他主張超遷、久任之法相為流通。他說：
久任自是良法。陸宣公明於治體，乃不甚以為然，蓋欲以救德宗之偏，庶廣登延之路，以濟一時之用，且於惇大之化或有小補焉爾，議法者未可執為定論。正德間，愚嘗建白此事，而并及超遷之說，大意以為，超遷之法與久任之法相為流通，超於前自可責其後之久，超於後固無負其前之淹。此蓋區區素見，因他策忤用事者，疏竟寢。
另外，對於均田、府兵等前朝制度，整菴亦不加以反對，而認為它們是有明一代可能的治道。關於均田制，他說：
井田勢不可復，限田勢未易行。天下之田，雖未能盡均，然亦當求所以處之之術。不然，養民之職，無時而舉矣。今自兩淮南北，西極漢沔，大率土曠人稀、地有遺利，而江浙之民，特為蕃庻，往往無田可耕，於此有以處之，其所濟亦不少矣。「以佚道使民，雖勞不怨。」學道愛人之君子，豈無念及於此者乎？然漢之晁錯得行其策於塞下，宋之陳靖不得行其說於京西，此則係乎上之人明與斷何如爾。
若要於全國施行均田制，此固不可能（明中葉之土地兼併嚴重，政府難把田地收歸國有，再計口授田），但於「土曠人稀、地有遺利」之「兩淮南北，西極漢沔」施行均田制，均田制未嘗不可令當地無田可耕之人民有田可耕，為人民帶來福利，換言之，在這些地區，均田制未嘗不可行也（這些地區之土地擁有權不歸豪強，政府因而較易把這些地區之土地收歸國有，再計口授田，阻力較少，故均田較易行也）。至於府兵制，他說：
唐府兵之法，最為近古，范文正公嘗議欲興復，而為眾說所持。道之廢興，信乎其有命也。愚於此頗嘗究心，竊以此法之行，灼然有利而無害，揆之人情事勢，亦無不可行之理。顧其脈絡之相聯屬者非一處，條目之相管攝者非一端，變通之宜，要當臨時裁酌，非一言所能盡也。然須推廣其制，通行於天下，使郡邑無處無備，緩急斯有所恃以無虞。其老弱無用坐食之兵，皆歸之農，自然國用日舒，民力日裕，此灼然之利，非簸弄筆舌之空談也。
整菴認為府兵之制寓兵於農，有利而無害，值得把之推廣於天下。
最後，整菴對有明之時弊之看法及治道之建議尚見於以下一些文字，現在且隨文略加分析。整菴曰：
天下，大器也，必以天下為度者，始能運之，才不足恃也。雖有過人之才，而未聞君子之道，其器固易盈也。弗盈則大，以大運大，不其裕乎！
案：此條可見整菴主張以賢德之士為從政者。
又曰：
人才之見於世，或以道學，或以詞章，或以政事。大約有此三等，其間又各有淺深高下之異，然皆所謂才也。但以余所見聞，道學之名，世多不喜，而凡為此學者，名實亦未必皆副，又或未能免於驕吝，此嫌謗之所自生也。夫學以求道，自是吾人分內事，以此忌人固不可，以之驕人亦惡乎可哉！且形跡一分，勢將無所不至。程、蘇之在元祐，其事亦可鑒矣。是故，為士者當務修其實，求士者必兼取其長，如此，則小大之才，各以時成，兩不相嫌而交致其用，天下之治，庶乎其有攸賴矣。
案：整菴批評當時之為道學者名實不副，時有驕吝之色，故令道學為世所不喜（此為明一代又一學術風氣上之弊端）。整菴建議為道學者當明學道學乃是自己分上事，切勿持道學以自驕自傲；又有意為士之人當積極踐履成德，求士者則採各為士者之長而用之，如是，天下即可致治（此為整菴對治道之建議）。
又曰：
議禮最難。蓋天下之事，有常有變，所遇雖異，而其理皆有不容易者。要在虛心無我，庶幾得之。或稍有偏徇，則更無可言者矣。
案：《明史．儒林傳》曾有記載曰：「大禮議起，欽順請慎大禮以全聖孝，不報。」，此條當可見整菴何以要持這樣的立場。
又曰：
喪禮之廢，莫甚於近世，更不忍言。其所以異於平人者，僅衰麻之在身爾，況復有墨其衰，以營營家計者乎！
案：整菴另一不滿當時之流弊處，在其不滿喪禮之不被重視及廢除。
又曰：
世道升降，繫於人，不繫於天。誠使吾人顧惜廉恥之心，勝於營求富貴之念，三代之盛，未有不可復者。
案：當人人皆以求德為人生之目標，拋棄營求富貴之念頭，世道即可上升，天下即可致治。
又曰：
嘗聞京師有講攘搶之謠。士風之陋一至於此，非國家之福也，此當有任其責者。
案：此條記明中葉士風之流弊。
又曰：
有志於道者，必透得富貴、功名兩關，然後可得而入。不然，則身在此道在彼，重藩密障以間乎其中，其相去日益遠矣。夫為其事必有其功，有其實其名自附。聖賢非無功名，但其所為，皆理之當然而不容已者，非有所為而為之也。至於富貴，不以其道得之且不處，矧從而求之乎！茍此心日逐逐於利名，而亟談道德以為觀聽之美，殆難免乎謝上蔡鸚鵡之譏矣。
案：明中葉不少士子之心為富貴、功名所困，雖亟談道德，但只是為了應試為官，未嘗切實踐履以為己。整菴遂建議聖賢處事不刻意求富貴、功名，也不刻意避之，聖賢只為理之當然而不容已者，以作矯正及挽救。
總括而言，整菴不只對理氣心性加以窮研，其也十分關注當時有明一代之弊政及風氣之衰頹。後來清人斥理學家只知心性，不知國家大事，試觀整菴上述話語，此豈盡是事實？
整菴論史學
整菴對歷代之史事及研讀史籍也有頗為精闢之見解。本文且鈔錄其相關文字數條於下，隨文論述，以見整菴對歷史之見解。
有關整菴對歷代史事之看法，首先，他指出漢高祖未能得真儒以治國。他說：
漢高非不用儒，顧真儒亦自難得爾。當時如陸賈、叔孫通輩，帝皆嘗納其論說，聽其施為，然其規模力量概可見矣。以漢高之明達，有賢於二子者，詎肯輕棄之乎？魯兩生不從叔孫之招，楊子雲以大臣許之，未知何所見而云然也。夫謂「禮樂，積德百年而後可興」，其言未為無理。然百年之內，必當有所從事，況乎禮樂之為用，為天下國家不可一日無者！兩生果大賢歟，於其本末先後之序，固宜有定見矣。即有定見，盍出而一陳之？使其言果可行而帝不從，去就固在我也。且惡知其不能用？遂視一叔孫生以為行止，不亦坐失事幾之會哉！以愚觀之，兩生於道未必有聞，蓋偏守一節以為高者爾，不出則為兩生，出則為四皓，恐未足以當大臣之選也。
整菴指陸賈、叔孫通，乃至魯兩生皆不是有聞於道之真儒，確具識見。
其次，他指韓信及英布之合圍項羽乃是項羽敗亡之因；其又稱讚李泌、郭子儀要求先取范陽以覆安史之巢穴，高駢請分兵守郴、循、梧、昭、桂、永數州之險，自將由大庾度嶺擊黃巢為真識形勢。他說：
楚漢之爭天下，高帝身拒項羽於榮陽、成臯間，令韓信北渡河，取魏，取趙，取燕。取齊，河北、山東之地既舉，羽在漢圍中矣。然其南猶有九江王黥布，圍未合也。及隋何以布歸漢，則其圍四合矣，羽復安所逃乎？此漢取天下之大勢也。凡用兵制勝，以識形勢為先。然有天下之形勢，有一方之形勢，有戰陣間之形勢，得之則成，失之則敗。成敗之為利害，有不可勝計者矣。今之儒者，鮮或談兵。要之，錢穀甲兵皆吾人分內事，何可以不講也？且如唐安祿山既犯東京，眷留不去。李泌、郭子儀皆請先取范陽以覆其巢穴，此真識形勢者也。肅宗急於收復，不從其策。河北之地，由此失之，終唐之世而不能復。黃巢橫行入廣，高駢請分兵守郴、循、梧、昭、桂、永數州之險，自將由大庾度嶺擊之，此真識形勢者也。使從其言，巢直置中兔爾。而當國者曾莫之省，巢果覆出為惡，遂致滔天。然則，形勢之所繫豈小哉！
其三，在論唐及北宋時，整菴說唐之禍亂源於李林甫之心術不正，北宋之禍亂源於王安石之學術不正。其曰：
唐之禍亂本於李林甫，宋之禍亂本於王介甫。林甫之禍唐，本於心術不端；介甫之禍宋，本於學術不正。
李林甫為保相位，一方面和武惠妃連合，一方面又慫恿玄宗以胡人為節度使（以杜絕邊將入相之路）。胡人為節度使，終促成後來之安史之亂，令唐由盛轉衰。唐之中衰，多少出於林甫之私心所致，整菴說「林甫之禍唐，本於心術不端」，確是的評。至於王介甫，他曾施行新法以救宋弊，惜終釀成新舊黨爭，令北宋政治日壞。他又著有《大人論》，曰：
孟子曰：「充實而有光輝之謂大，大而化之之謂聖，聖而不可知之之謂神。」此三者，皆聖人之名，而所以稱之之不同者，所指異也。由其道而言謂之神，由其德而言謂之聖，由其事業而言謂之大人。古之聖人，其道未嘗不入於神，而其所稱止乎聖人者，以其道存乎虛無寂寞不可見之間。苟存乎人，則所謂德也。是以人之道雖神，而不得以神自名，名乎其德而已。夫神雖至矣，不聖則不顯，聖雖顯矣，不大則不形，故曰，此三者聖人之名，而所以稱之之不同者，所指異也。《易》曰：「蓍之德圓而神，卦之德方以智。」夫《易》之為書，聖人之道於是乎盡矣，而稱卦以智不稱以神者，以其存乎爻也。存乎爻，則道之用見於器，而剛柔有所定之矣。剛柔有所定之，則非其所謂化也。且《易》之道，於《乾》為至，而《乾》之盛，莫盛於二、五，而二、五之辭皆稱「利見大人」，言二爻之相求也。夫二爻之道，豈不至於神矣乎？而止稱大人者，則所謂見於器而剛柔有所定爾。蓋剛柔有所定，則聖人之事業也；稱其事業以大人，則其道之為神，德之為聖，可知也。孔子曰：「顯諸仁，藏諸用，鼓萬物而不與聖人同憂，盛德大業，至矣哉。」此言神之所為也。神之所為，雖至而無所見於天下。仁而後著，用而後功，聖人以此洗心，退藏於密，及其仁濟萬物而不窮，用通萬世而不倦也，則所謂聖矣。故神之所為，當在於盛德大業。德則所謂聖，業則所謂大也。世蓋有自為之道而未嘗知此者，以為德業之卑，不足以為道，道之至，在於神耳，於是棄德業而不為。夫為君子者，皆棄德業而不為，則萬物何以得其生乎？故孔子稱神而卒之以德業之至，以明其不可棄。蓋神之用在乎德業之間，則德業之至可知矣。故曰神非聖則不顯，聖非大則不形。此天地之大，古人之全體也。
其重事功如此，加上重法輕人事之做事作風，整菴說「介甫之禍宋，本於學術不正」，此評亦合理（儒學本只重心術之正而輕事功，介甫卻說心術及事業當兼重，介甫之學在醇儒眼光中因而為「心術不正」之學）。
其四，在論西漢武帝無法徹底施行及落實儒學上，整菴贊同汲黯之所說：「內多欲而外施仁義，奈何欲效唐虞之治乎！」。他說：
漢武帝表章六經，而黃老之說遂熄，吾道有可行之兆矣。然終帝之世，未見其能有行，豈其力之不足哉？所不足者，《關雎》、《麟趾》之化爾。善乎，汲黯之言曰：「內多欲而外施仁義，奈何欲致唐虞之治乎！」黯之學術不可知，然觀乎此言，非惟切中武帝之病，且深達為治之本。
早在南宋時，朱子已和陳同甫辯王霸，謂「漢唐專以人欲行，其間有與天理暗合者，是以亦能長久。」，陳傅良述朱子之立場時亦曰：「功有適成，何必有德？事有偶濟，何必有理？此晦庵之說也。」。整菴同意汲黯所說，某程度上可見他宗守朱子之說。又汲黯為武帝時之大臣，其已說武帝「內多欲而外施仁義」，朱子、整菴之以西漢不如三代，評價未嘗不合史實。
其五，他認為孔父、仇牧、荀息皆是為利、為家計謀之不忠之臣，而郭子儀、徐達則有大賢之資。他說：
孔父、仇牧、荀息之死，《春秋》皆書曰「及其大夫」。說者皆稱孔父「義形于色」，仇牧「不畏強禦」，荀息「不食其言」，故為聖人所與。余意不然。仇牧事跡弗詳，姑勿論。若孔父徇其君，以數戰殃民，民心離矣。荀息徇其君，以廢嫡立庶，諸大夫之心貳矣。督與里克，因是乃敢肆其逆謀。即此論之，二人之罪，自不容掩。縱其大罪而取其小節，豈所以為訓乎？原二人之心所以曲徇其君之欲者，凡以為利其身家計耳。安知貽禍其君若是之烈，而其身卒亦不免，則所謂身家之利果安在哉？竊詳經意，蓋所以深著二人不忠之罪，為萬世人臣懷利以事其君者之大戒耳。「義形于色」之說，《左傳》無之。《傳》引《白圭》之詩以斷荀息之事，司馬溫公獨看得好，以謂「荀息之言，玷於獻公未沒之前，而不可救於已沒之后。左氏之志，所以貶荀息，而非所以為褒也。」以此觀之，是二人者，必非聖人所與。仇牧之死，亦可例推。
一般說史者或以為孔父「義形于色」，仇牧「不畏強禦」，荀息「不食其言」，但整菴認為不然。他指孔父以數戰殃民，令民心叛離；荀息助君廢嫡立庶，亦令諸大夫之心貳。尤有甚者，孔父等人皆是「曲徇其君之欲」以「利其身家計」，為「萬世人臣懷利以事其君者之大戒」，其焉能為聖人所與？他又說：
唐郭中令子儀，我朝魏國公達，皆有大賢之資，誠加之學問，與伊、呂殆相伯仲矣。
整菴認為郭子儀及徐達若能加以學問，必可成為近似伊尹、呂尚之人物。
至於整菴對研讀史籍之見解，首先，他批評史遷記劉邦之母「夢與神遇」。他說：
《漢高帝紀》云：「母媼嘗息大澤之陂，夢與神遇。是時雷電晦冥，父太公往視，則見交龍於上。」夫人夢中所遇，從未聞在他人有見之者。史遷所記，殊費分疏。若太公所見者誠然，則媼決非夢。媼誠夢，則太公之所見者妄矣。
此批評若以邏輯用語表述，本不難明。我們可設Ｐ＝母媼夢與神遇，Ｑ＝此夢為他人所見，而Ｐ和Ｑ不可同時成立（即Ｐ和Ｑ不能同時為真），則Ｐ、Ｑ是 or 的關係。若Ｐ為真，Ｑ即為假；Ｑ為真，Ｐ即為假。整菴上述之批評，實只是在說明此理而已。唯整菴以近乎現代邏輯學之眼光看《史記》，此不免又為中國學術中重史、哲兼容之一例證。
其次，他主張讀《春秋》時，凡三傳（即公羊、穀梁及左氏傳）之說有和《春秋》經文不合者，一是皆以經文為正，以經改訂三傳。他說：
「以傳考經之事跡，以經別傳之真偽」。程子此言，學春秋者斷不容易。傳之所以有偽，蓋傳聞之誤耳。愛憎之言，何所不至？一或不審，而遂書之于冊，流傳既久，孰從而正之？此史家之通患也。聖經筆削，必無所苟。故凡三傳之說有與經文不合者，但當一以經文為正，則辭不費而理自明。
其三，他批評《戰國策》一書並沒有任何談仁說義的說話。其曰：
一部《戰國策》，無一句仁義之談。孟子與齊、梁之君如何說得相著？事勢至此，要是無下手處，在聖人則不可知耳。
總括而言，整菴之學問實不只局限於理學（即現代學術中所謂哲學者），其對歷朝史事及史籍之研讀也有精闢的見解。此種學術上之廣博與宏通，毫無疑問，和整菴宗於朱子之治學規模有密切關係。整菴承繼朱子之地方，於此可見一斑。
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