При прочтении второй главы «происхождения видов» нетрудно заметить, что Чарльз Дарвин уделяет значительное внимание определению терминов «вид» и «разновидность». Он признаёт условность этого разделения и критикует современные ему взгляды на систематику. Среди натуралистов того времени существовали значительные разногласия касательно того, что нужно относить к разновидностям, а что можно обозначить как «хороший» вид. При определении систематического положения конкретного организма обыкновенно руководствовались его морфологическими признаками в соответствии с типологической концепцией вида. Варьирование признаков приводило к неопределённости статуса изучаемого организма. В наши дни к решению проблем систематики активно привлекаются методы цитологии, генетики и молекулярной биологии. Благодаря им становится возможным различение видов-двойников, решение вопросов о сомнительных видах, а также выяснение истинного систематического положения таксона в соответствии с предполагаемым филогенетическим древом.
Позднее Дарвин для удобства определил вид как более обособленную разновидность. Он пишет: «Разновидности, которые в некоторой степени более различаются между собой и в некоторой степени постоянны, я рассматриваю как ступени к более резко выраженным и постоянным разновидностям, а эти последние – как ступени к подвидам, а затем к видам».
Частично разъяснив таким образом свою позицию относительно таксономии, Дарвин начинает подробно описывать сам феномен вариативности живых организмов в условиях дикой природы.
Изменчивости, наряду с естественным отбором, Дарвин предписывает ведущую роль в эволюции. Он упоминает об «уродствах» – внешних проявлениях мутаций (разумеется, неизвестных в то время), как правило, довольно ярко выраженных. Дарвин высказывает мысль, что мутации способны закрепляться и служить источником возникновению новых, весьма специализированных органов: «Так, свиньи иногда рождались с чем-то вроде хобота, и если бы в природе какой-нибудь вид того же рода нормально обладал хоботом, можно было бы заключить, что этот хобот возник первоначально как уродство». В дальнейших главах Дарвин указывает, что если эта случайная (и ни на что изначально не направленная) вариация повысила приспособленность данного организма и унаследовавших это изменение потомков к данным условиям, то она впоследствии «подхватывается» естественным отбором с образованием если не нового вида, то, как минимум, новой разновидности.
При этом Дарвин обозначает значительный размах изменчивости в пределах даже одного вида. Корреляцию же изменчивости с величиной таксона он формулирует в следующих постулатах: «Широко распространенные, наиболее расселенные и обычные виды наиболее варьируют»; «Виды более крупных родов в каждой стране варьируют чаще, чем виды меньших родов». Подкрепляет он их следующим примером: «растения, обладающие широкой областью распространения, обычно образуют разновидности; этого можно было ожидать, так как они подвергаются действию разнообразных физических условий и вступают в конкуренцию с различными группами органических существ». В соответствии с этими соображениями нетрудно понять, что, более крупные роды вследствие своего более широкого расселения будут варьировать сильнее, чем более мелкие. Также Дарвин пишет, что «разновидности обычно имеют очень ограниченные ареалы», видимо, указывая таким образом на то, что разновидности возникли в ходе воздействия условий данной области и потому являются более адаптированными к ним, чем «средний» представитель вида.