Вплоть до сегодняшнего дня, главные тезисы работы, и вся работа Дарвина в целом о макроэволюции, является рабочей и общепризнанной (по крайней мере, большинством ученых) теорией эволюции и происхождения видов. Главной идеей которой является линнеевское происхождение множества видов путем естественного отбора, на основе изменчивости и наследственности в результате конкуренции, построение таксономической иерархии от вида и выше. Макроэволюция может быть реконструирована только в масштабе геологического времени по ископаемым остаткам организмов.
В том числе и для палеонтологии эта работа негласно является основополагающей в плане тезисов и все представления об эволюции воспринимаются именно так, как писал Дарвин. Палеонтологи описывают виды организмов зачастую весьма похожих, но выделяют при этом все новые и новые, порой, пожалуй, они заблуждаются и путаются в видовых различиях, в таком случае иногда приходится возвращаться назад и собирать все описанные подвиды все-таки в один вид, поняв, что нет особых оснований для их выделения. Не смотря на это пути выделения видов и их последовательности, филогении, построены на теории эволюции. Та же искусственная систематика, разработанная из-за недостаточности данных все равно, мне кажется, опирается на те же принципы.
В разделе «О неполноте геологической летописи» Дарвин поднимает вопрос о том, почему же мы находим так мало останков организмов, имея, следуя его теории, такое огромное множество «переходных» форм и видов, которые непременно должны были образоваться. На то есть несколько причин, во-первых, неполнота геологической летописи обусловлена тем, что по большей части организмы сохраняются в прижизненном положении достаточно редко, ведь для этого нужны специфические условия захоронения, скорость осадконакопления, умеренная волноприбойная деятельность, если эти организмы захороняются в прибрежной зоне. Да и вообще большинство организмов, исследуемых палеонтологами не зря являются морскими организмами, потому как именно в море представлены подходящие тафономические условия, а если и не являются ими, то захоронены все равно в морских осадках, по сути других таких видов захоронения не существует. Есть исключения в виде янтаря, но с достаточно скудным конечно сохранившимся разнообразием организмов из-за своей специфики, хотя бы масштабной. Наверное, самым известным примером доказательства Дарвиновской эволюции является археоптерикс, который, как и динозавры, захоронился в осадках, как он туда попал это уже другой вопрос, но, к сожалению, интуитивно понятно, что меньшинство континентальных видов были захоронены таким образом. Дарвин также пишет об огромной работе выветривания, действии атмосферы, денудации, которая за длительное время при своей вроде незначительной работе, дает огромные результаты в палеонтологическом смысле. При захоронении организмов также влияет на их сохранность и сама форма организма, его состав, присутствие скелета, который являлся как каркасом организма, так и в какой-то мере защитной локомоторной функцией. Например, такие организмы как конодонты, вымершие в триасе, которые вероятно являлись мягкотелыми морскими организмами, похожими на что-то среднее между миногами и угрями, не сохраняются в породе, только при очень и очень удачном стечении обстоятельств. Таким образом, в мире экземпляров отпечатков мягкого тела конодонтов настолько мало, что их можно пересчитать по пальцам одной руки. В породе от них остается только ротовой аппарат, точнее разрозненные зубные элементы, размерами 1-2мм. (из-за этого кстати часть материала страдает во время обработки породы, или просто пропускается в силу человеческого фактора), которые имеют состав близкий к апатиту, потому и не разлагаются при захоронении в породе. Их эволюция рассматривается в искусственно созданной систематике, по морфологическим различиям зубных элементов, предполагая, что организм, таким образом, эволюционировал. Сложно на самом деле представить такой простой мягкотелый организм с таким сложным ротовым аппаратом, но с весьма простым внутренним строением, до сих пор этот вопрос вызывает дискуссии. Тем не менее, конодонты в палеонтологии являются чуть ли ни одной из руководящих форм для зональной региональной и глобальной стратиграфии, благодаря высоким темпам эволюции, повсеместному распространению, многочисленным остаткам преимущественно в карбонатных породах и хорошей сохранности.
Также не стоит забывать об упомянутых Дарвином «перерывах в осадконакоплении», что в каждом регионе мы имеем разную последовательность пород во времени, где-то какие-то части будут полными, где-то этих частей летописи не будет вообще, зато будут другие. Еще одним способом захоронения, скорей исключительным будет являться некое внезапное катастрофическое событие, из совсем фантастических, например, обвал берега под весом группы животных и их дальнейшее прекрасное захоронение в спокойных условиях в море. Или сезонная особенность, например на Кузбассе нами были найдены в слое хвосты трилобитов, пигидии, и их отпечатки, честно говоря, возник вопрос почему только хвосты и где остальная часть, решением послужил вполне логичный ответ о линьке, массовой, видимо сезонной. Возвращаясь к выветриванию, Дарвин ссылается на м-ра Кроулла, который подсчитал, что при непрерывном сносе материала в течении шести! миллионов лет мы получим толщу в 1000 футов, опять же здесь возвращаясь к вопросу об очень долгом формировании осадков и о невозможность постичь умственно человеком весь этот объем времени и данных. При этом если отвлечься от наших знаний о методологическом отборе человеком, который за несколько поколений, может вывести новую породу, Дарвин говорит о том, что происхождение и эволюция видов самих по себе, их изменение, протекает очень долгое время, проходя через несколько формаций, при том что близкородственные виды не могут долгое время существовать на одной территории. Здесь под формацией понимается закономерное сочетание пород, с общими условиями образования. Все равно большинство видов описывается как эндемики. Таким образом, в силу того, что проходит значительное количество времени и многие условия за это время могут поменяться (условия захоронения или жизни организма), то мы можем находить примерно схожие формы одного и того же организма, например, внизу и вверху формации, имея между ними некий перерыв, в которых, по определенным причинам организм не захоронялся, но по-видимому существовал. Но из этого, к сожалению, для нас следует, что мы не видим этих переходных форм, и не можем заполнить чем-то эти пробелы. В зональной стратиграфии в таких случаях искусственно дотягивают границы, имея некий пробел, и таких пробелов достаточно много, они создают невозможность коррелировать отложения в глобальном плане. Зная все эти масштабы и примерную историю Земли, Дарвин и говорит нам о том, что наши палеонтологические коллекции достаточно скудны, по сравнению с тем разнообразием видов, которое на самом деле было, и если бы они все сохранились и в континентальных и в морских осадках было бы наверное куда интересней, но с другой стороны, что бы мы с ними делали, если в целом, даже имея некоторое небольшое количество видов и экземпляров, мы не всегда можем проследить филогенетическую последовательность, да, порой как раз из-за нехватки материала, а порой из-за сложности интерпретации. Понадобилась бы добрая куча времени чтобы все эти организмы описать и привести к единому филогенетическому древу, если исходить из того, что все организмы так или иначе имели общего предка, причем одного, что звучит вроде само по себе невероятно, где-то в докембрии, начиная с простейших клеток, цианобактерий, бактериальных матов, примерно 3,8 млрд лет назад. Этот вопрос по настоящее время является открытым, в отличии от более простого построения эволюции и филогенетических линий после взрыва разнообразия организмов в кембрии, в результате оксигенизации атмосферы самими же организмами, только более ранними, на что потребовалось очень много времени. Возникновение прокариотов, архей, эубактерий также до настоящего времени не решен. Есть и предположения о возникновении жизни на Земле превносом организмов из космоса, конкретно с Марса, поскольку современные данные показывают что 3,8 млрд лет назад Марс был в поясе зоны обитания, то есть на нем вполне возможно могла существовать жизнь, в то же время на Земле закончилась бомбардировка метеоритами, при этом эмпирически доказано, что возможность попадания метеорита с Марса на Землю достаточна высока, а доказательство того, что практически сразу в это время на Земле появилась жизнь наталкивает на мысль о том, что она как раз таки была привнесена из вне. Естественно эта концепция существует это на уровне гипотезы, потому как доказательства не такие уж железные.
Конечно, кроме того, возникает несколько вопросов по интерпретации происхождения и описания совсем древних организмов, да и по тем организмам, которые известны еще с раннего кембрия. Например брахиоподы (плеченогие), которые как раз таки известны с раннего кембрия, в большинстве своем вымерли, но при этом сохранилось до нашего времени четырьмя отрядами и достаточно благополучно себе живут в морских условиях, лично наблюдал их и в кембрийских отложениях и в настоящей среде обитания и пробовал на вкус. Меня больше интересует, конечно, как они сумели выжить. Получается они те немногие организмы, которые выжили после триасового вымирания, достойно уважения. Сам же Дарвин пишет о лингулах (Lingula) и наутилусах, говоря, что они мало чем отличаются от нынешних видов, и согласно теории, нельзя предположить что эти древние виды были прародителями всех относящихся к этим группам видам, которые появлялись впоследствии, так как они не являются получается промежуточными между ними по своим признакам [Дарвин, «О внезапном появлении групп родственных видов в самых нижних из известных нам слоев, содержащих ископаемые»]. Здесь также говорится о том, что выходит чтобы те самые брахиоподы появились на свет, нужна была еще куча времени до кембрия, чтобы всё это привести в порядок, тогда как современники Дарвина, считали что только примерно 200млн лет нам отведено на то, чтобы описать летопись Земли, соответственно с кембрия 60 млн лет до наших дней и докембрия 140млн лет в целом. И уже тогда Дарвин говорит о том, что этого крайне мало для развития таких форм организмов, и это удивительно, а главное что его сомнения подтверждены сейчас изотопными геохронологическими данными, что только с кембрия по ныне прошло примерно 540 млн лет, а до кембрия первые организмы появились еще несколько аж миллиардов лет назад, вряд ли конечно Дарвин мыслил в таких масштабах, но он был прав в том, что не правы его современники-геологи, а в частности Томпсон. Ещё один вопрос по поводу исследования древних организмов, исследователи находят следы жизни и останки слизевиков и организмов, близких мицелиальным организмам ныне переведенных в отряд протистов, ранее считавшимися грибами. В настоящее время оомицеты являются организмами, специализирующимися на паразитизме у рыб, но возникает вопрос логичный, какие рыбы в докембрии? Да даже вышеупомянутые слизевики, миксомицеты, живут на суше, в то время как нет никаких доказательств жизни на суши в докембрии, только в воде. Толи это ошибка интерпретации исследователей, толи это некий параллелизм, разнесенный во времени на добрый миллиард лет или таки эволюция, не ясно. Так или иначе, это показывает, что до сих пор не все понятно о древнейшем происхождении видов и эволюции, и само зарождение жизни является открытым вопросом.
Основная мысль главы Дарвина «о неполноте геологической летописи» актуальна и сейчас, и когда он говорит о скудности разнообразия в наших музеях, даже в этом он прав, спустя полтора века после публикации работы. Что говорить о геологической летописи и о её полноте, в плане ископаемых остатков, в то время когда мы и нынешнюю-то флору и фауну далеко не до конца изучили и расклассифицировали, до дна океана вроде только-только добрались. Будем надеяться, что будут найдены и изучены новые разрезы, а они будут, хотя бы искусственно созданные и те, которые еще не исследованы, чтобы был шанс закрыть хотя бы часть тех пробелов в геологической летописи Земли.