В своей книге Чарлз Дарвин затрагивает различные аспекты происхождения видов.
В одной из глав, а именно в главе под названием взаимное сродство организмов, Ч.Дарвин касается проблем трудностей классификации организмов, рассматривает морфологию (сходство в организации) живых существ, описывает единство на эмбриональных этапах развития, касается важности рудиментарных органов.
В связи с тем, что накапливалось много описательных исследовательских данных, возросла потребность в умении упорядочить эти данные. Так появлялись попытки классификации организмов. Одной из наиболее значимых классификаций была классификация Линнея, создание иерархичной системы. Дарвин выдвигает идею того, что общность происхождения, единственная известная причина близкого сходства организмов, раскрываемая при помощи классификации. Благодаря развитию науки и современных технологий, данная идея имеет подтверждение на основании молекулярно-генетических и биохимических доказательств.
Сложность классификации состоит в том, что у организмов нет специальных органов или образований, по которым их можно было бы отнести в определенные группы. Так Чарлз Дарвин указывает на то, что морфологические признаки, которые не имеют функционального значения, играют огромную роль в классификации. В свою очередь эти признаки постоянны у близкородственных организмов, так как естественный отбор их не затрагивает. Также важно при классификации обращать внимание на комплекс признаков, так как классификация, основанная на одном, пусть и жизненно важном признаке, не будет верна.
Сложность классификации также проявляется во внешнем сходстве не близкородственных организмов. Схождения признаков у неродственных организмов в результате нахождения в одинаковых экологических условиях и приспособленных к выполнению одинаковых функций называется конвергенция. Этот процесс способствует образованию аналогичных органов. В качестве примера можно рассмотреть образование органов дыхания у разных классов: жабры рыб — образования, связанные с внутренним скелетом, жабры ракообразных происходят из наружных покровов, лёгкие позвоночных — выросты пищеварительной трубки, трахеи насекомых — система трубочек, развившихся из наружных покровов. У растений в пример можно привести усики винограда, образующиеся из побегов и гороха, являющиеся видоизмененными листьями.
В то же время существует ситуация, когда различные структуры имеют общее происхождения. В этом противоположном процессе происходит образование гомологичных органов. Вавилов Н.И. открыл закон гомологичных рядов, согласно которому наследственная изменчивость близких по происхождению родов и видов осуществляется сходным путем.
Далее Дарвин рассматривает проблему в определении вида. Он указывает на то, что важной частью является вымирание видов, благодаря которому образуются пробелы (промежутки) между классами. Таким образом, можно объяснить обособленность классов друг от друга.
Дарвин затрагивает эмбриологическое развитие в качестве доказательства общности происхождения. И действительно на ранних стадиях зародыша у всех позвоночных животных наблюдается значительное сходство. Об этом сходстве свидетельствует закладка жаберных дуг, одинаковая форма тела, наличие хвоста, зачатков конечностей. Кроме того, на стадиях эмбриогенеза проявляются аналогии во внутреннем строение зародыша: сначала закладывается хорда, кровеносная система с одним кругом кровообращения (как у рыб), одинаковое строение почек. По мере развития сходство между зародышами уменьшается. В подтверждение можно привести пример морфогенов, которые являются схожими у разных групп животных. Процесс морфогенеза контролирует организованное пространственное распределение клеток во время эмбрионального развития организма.
Рудиментарные органы – это недоразвитые органы, утратившие свои биологические функции. Дарвин указывает на то, что они являются хорошим признаком классификации, так как естественный отбор на них не оказывает влияние. В качестве примера можно привести псевдогены – это нефункциональные аналоги структурных генов, утратившие способность кодировать белок и не экспрессирующиеся в клетке.
Благодаря современным данным мы можем быть уверены, что теория эволюции верна. С помощью молекулярно-генетических и биохимических методов была расшифрована структура ДНК и ее анализ дает подтверждения теории эволюции. Сегодня мы знаем, что именно мутации в последовательности ДНК дает нам такое количество разнообразных родственных видов. Анализ структуры ДНК способен наиболее точно установить родственные виды, а, зная количество накопленных различий, можно определить время расхождения двух видов, то есть время, когда жил их последний общий предок. Именно такими методами пользуется современная наука.