בסוף הפרשה ישנו תיאור של חטא מרים ואהרון:
נאמר על הכהנים "והתקדשתם… כי קדוש אני" (קדושים), מה אני בקדושתי אף כהנים לעולם בקדושתן.
ויחר אף ה' בם וילך. מה תרצה לומר "וילך"? מלמד שנסתלק מאהרון ודבק במרים מפני שלא היה אהרון עסקן בדברים אבל מרים שהיתה עוסקת בדברים מיד נענשה יותר.
אף כי יש יחש לאיזה מזג גופני עם כל הסתרה שכלית רוחנית… ושבשביל כך בא העונש הגופני כדי למרק כל ענין של מקצת סיג, שהיה עד כה חוצץ לשעה את האורה הגדולה של הופעתה של הכרה קדושה זו מלהיות מופעת בנשמותיהם הקדושות של קדושי עליון אלה, אהרן ומרים. אבל לפי ענינו של קדוש ה' אהרן, לא היה ראוי גם בתור רמז על הענין הגופני לבא, כי אם מצד שלילתו, כלומר שפנה מצרעתו… והשלילה הזאת, היא מתאחדת עם שלילתו של החסרון הגופני של מרים ג"כ, שבאה ע"י פיוסו של אהרן ותפילתו של משה "אל נא רפא נא לה".
הרב קוק מסביר שאין כאן שאלה של שוויון בעונש מצד הקנס שבו, אלא צריך לבחון אותו מצד התיקון שבו. דרך התיקון המתאימה למרים היתה צרעת ולאהרון היתה שלילת הצרעת (ומתוך כך שהיה צריך לבקש רחמים על מרים).