Ультимоцен – время перемен для метаморфавесов. Примитивные группы яйцекладущих ворубей переживают возрождение и возвращают себе ниши, утраченные в конце термоцена, подталкивая метаморфов к более аберрантным формам. Теперь они выживают, извлекая выгоду из форм, недостижимых для других птиц, которые ограничены яйцами с твёрдой скорлупой.
Большинство существующих метаморфавесов в значительной степени отклонились от первоначальной формы с плотоядной личинкой и летающим имаго, хотя некоторые из подобных ещё сохраняются, в основном как маленькие, похожие на жуков существа с червеобразным потомством, выживающие в качестве паразитов живых животных или на тушах мёртвых и созревающие в недолго живущую взрослую особь, которая спаривается, откладывает яйца и умирает. Остальные заняли ниши, ещё сильнее отличающиеся от птиц до них. Плацентарные птицы, переживавшие короткий расцвет в раннем пангеацене, вторично потеряли личиночную стадию и внешнее яйцо, развив истинное живорождение и четвероногую походку. До ультимоцена дожили только две группы, но они очень разнообразны – нелетающие и космополитичные орнияны, древесные бескрылые птицы, похожие на приматов и опоссумов, и грозопевчие, гигантские лесные вьюркозели.
Неплацентарные метаморфы включают несколько других расходящихся линий. Архангелы, четвероногие летающие птицы и дальние родственники плацентарных, откладывают яйца с мягкой скорлупой, но также потеряли личиночную стадию. Они добились успеха в нишах полуводных водоплавающих птиц в дополнение к первоначальным грейзерам. Другие метаморфы, однако, вместо потери личиночной стадии извлекают выгоду из очень хорошо адаптирующихся личиночных форм и сохраняют ювенильные черты во взрослой жизни, обычно через частичную метаморфозу, когда развиваются только некоторые взрослые черты, а зрелость достигается в ювенильном состоянии. Одна группа таких аберрантных птиц известна как акваморфы, к настоящему времени широко распространённые по всему миру птиц, среди них давно развились плавающие, похожие на головастиков личиночные формы, живущие и питающиеся в воде. Хотя базальные виды сохраняют способность превращаться в недолго живущую взрослую форму, большинство из них полностью утратили какие-либо связи с воздухом. Вместо полного метаморфоза у них развивается лишь немного птичьих черт: детали черепа, становящиеся ластами передние конечности и репродуктивные органы. Они сохраняют жабры, образованные из слухового прохода, и созревают в этом водном состоянии.
Орниморфы являются отдельной ветвью в таксоне акваморфов. Предковое их состояние – модифицированная вариация исходного жизненного цикла акваморфов. Маленькие яйца, похожие на икру, откладываются в воду, как это делают лягушки, из яиц вылупляются водные личинки, которые растут и питаются от нескольких недель до нескольких месяцев прежде чем превратиться в наземную форму. Они отличаются от предков тем, что вместо того, чтобы зарыться в грязь и обернуться слизистым коконом, как насекомые, они проходят метаморфозы постепенно, активными и подвижными. Со временем у личинки развиваются ноги, и она становится наземной. Личинки не развивают жабр и сохраняют примитивное кожное дыхание самых ранних метаморфов, чтобы их уши развивались нормально при перемещении на сушу. Постепенно их кожа утолщается, и вместе с конечностями развиваются лёгкие, так что вскоре они становятся полностью наземными и внешне напоминают первых тетрапод. Не имея перьев и возможности регулировать температуру тела, они сначала охотятся на земле, в итоге развивая более длинные ноги и перемещаясь в леса. Здесь они постепенно созревают в течение ещё более длительного периода, пока, в конце концов, не заберутся в полог и не оперятся, став летающими птицами. Теперь они будут отличаться от обычных птиц только четвероногой походкой, поскольку их крылья приспособлены выдерживать их вес, и летают они далеко. В отличие от мимолётных летающих форм тритонов-птиц, орниморфы имеют сравнительно долгую взрослую жизнь, обычно длящуюся дольше их ювенильной стадии. Они размножаются и мечут «икру» в пресноводных водоёмах, и цикл продолжается.
К ультимоцену орниморфы дали начало новой группе, скуавам, которые тоже демонстрируют неотению, извлекая выгоду из приспособляемости наземных этапов жизни и отказываясь от летающей взрослой формы. В отличие от большинства орниморфов, скуавы заканчивают развитие на четвероногой и похожей на ящерицу форме, которая также рожает живых детёнышей, а не откладывает яйца. Некоторые просто «высиживают» яйца внутренне, выпуская головастиков в воду и таким образом защищая их от хищников, пока они находятся в яйце, но более успешные пошли дальше, питая детёнышей через плаценту, пока их ноги и лёгкие не будут развиты, и освобождая их от зависимости от воды. Они стали третьей группой живородящих птиц через серию событий, аналогичных их плацентарным родственникам. Их кожа толстая, способна удерживать воду и защищена мелкими чешуйками, как у рептилий. На их передних лапах также есть похожие на когти выступы, а для равновесия они сохраняют длинный хвост, придавая им вид ящериц, но их рот явно птичий, с клювом для захвата добычи, а у некоторых форм сохраняется оперение. Обладая медленным метаболизмом, скуавы требуют меньше пищи, чем птицы других групп сопоставимого размера, и минимально конкурируют с большинством других птиц, вместо этого ровняясь с трибтилиями, рептильными предками триббетер, у которых до этого времени было мало других конкурентов. В дополнение к конкуренции за пространство и источники пищи, некоторые представители каждой группы приспосабливаются охотиться на других, поскольку экосистема готовится к очередному изменению.
Второй группой орниморфов, проявляющих неотению, являются авимандры. Эти животные созревают на более ранней стадии, чем скуавы, до того как они станут наземными. Хотя у некоторых развивается одно лёгкое для заглатывания атмосферного воздуха, чтобы дышать и выживать в застойных водоёмах, более производные представители дышат исключительно через кожу. Чтобы увеличить площадь поверхности и, следовательно, эффективность процесса, на их коже образуются многочисленные реснички, похожие на волосы и функционирующие как жабры, пассивно поглощающие кислород из толщи воды. Это позволяет им проводить всю жизнь под водой.