Fue uno de los fundadores de la Villa de Luján. En 1827 fue Miembro de la Sala de Representantes. En 1844 era Juez de Paz y miembro de la Comisión Arbitral. En 1848 era miembro del Tribunal de Enjuiciamiento de los revolucionarios de ese año. En 1850 presidió la comisión encargada de la edificación de la Iglesia en Luján, en cumplimiento de una promesa realizada a la Virgen.
Cuenta la tradición que el Coronel Loyola, se encontró en una ocasión en duro trance frente a los Colorados, grupo de montoneros provenientes de La Rioja y que irrumpían con gran frecuencia en la parte norte de nuestra provincia. En esa circunstancia se escondió en el tronco de un grueso árbol y le prometió a la Virgen que si se salvaba le haría erigir una Iglesia. Y así lo hizo. La construcción se realizó sobre un terreno donado por él y por Evaristo Ochoa, comenzó en 1850. En la puerta de la misma, hizo grabar sobre el dintel de fuerte algarrobo: Construida por el Tte. Coronel Juan Francisco Loyola, 1850. Fue inaugurada al culto en 1870 y se trasladó a ella la imagen milagrosa de la Fundadora, Nuestra Señora de Luján.
A partir de ese entonces la Villa cambió su nombre por el actual. En 1858 era miembro y Presidente de la Comisión encargada de construir la escuela en la localidad de Luján. En 1859 figuró entre los Comandantes que apoyaron a la Legislatura en contra del Gobernador Calderón. En 1862 luchó contra los Montoneros en La Rioja a las órdenes del Coronel Rivas. En 1863 era Comandante Militar del Dpto. Ayacucho; fue herido por FructuosoOntiveros en el encuentro que tuvieron en Luján. En un segundo combate lo enfrentó acompañado por el Comandante Bustamente derrotándolo y dándole muerte. En San Ignacio, después de la derrota del general Saá, persiguió a la indiada que lo acompañaba.