Su origen se debe a la necesidad de las autoridades de Ferrocarriles Andino de unir las localidades de Villa Mercedes (San Luis) con Villa Dolores (Córdoba), el que fue autorizado por Ley Nº 2186 en 1887.
El tramo Villa Mercedes - La Toma se abrió al servicio en diciembre de 1890 e incluía la Estación “Juan Llerena” que se denomino San José, “Estación El Morro o “El Morro Nuevo” por estar situada aproximadamente a 15 Km. al oeste de la antigua población de San José del Morro. Parte de los terrenos donde se levanto la Estación, fueron donados por Doña Clara Bertola. (Según el archivo del Ferrocarril Pacifico). Ya habiéndose instalado en el lugar, varias familias, estas solicitaron la creación de un destacamento policial y una escuela. Debido a esta solicitud, en el año 1905 el Señor Sotero Careaga ofreció donar las tierras necesarias para la formación del pueblo. Durante la Gobernación de benigno Rodríguez Jurado, se dispuso la formación de un centro urbano de las tierras antes mencionadas, por Ley Nº 309 del 26 de octubre de 1906. Por esta Ley se exonera de impuestos territoriales a los terrenos cedidos y poniendo como condición que la población tendrá derecho al agua para el consumo de la que ellos disponen para el resto de la propiedad. En nombre de la nueva población, por solicitud del Sr. Sotero Careaga, debía ser el de Presidente Quintana, pero continúa llamándose “Estación El Morro” hasta 1931, cuando las autoridades del ferrocarril Pacifico decidieron dar a la nueva localidad el nombre de Juan Llerena. (Según datos, se habría optado por este nombre por confrontaciones políticas ente la caída de Hipólito Irigoyen).
La escuela Nacional N° 136, hoy Escuela Provincial Alejandro del Carmen Bazan, se la bautizo con ese nombre debido a que fue el primer maestro en la zona, aunque dicen pobladores del lugar que ese merito se lo merece la Señora Juana Moreno de Uria.
Los terrenos para la edificación de la iglesia fueron donados por el primer comisario Señor Florencio Diez. Para recaudar fondos para la construcción, se formo una comisión que llevo a cabo múltiples actividades. El 12 de octubre de 1941 fue inaugurada la iglesia en presencia del Monseñor Pedro D. Tibiletti.