Se encuentra en la zona limítrofe de las provincias de Mendoza, San Juan y San Luis, aproximadamente a unos 80 km al NE de la Ciudad de Mendoza. Estas Lagunas representan históricamente uno de los humedales – amplia variedad de hábitats interiores, costeros y marinos que comparten ciertas características. Generalmente se los identifica como áreas que se inundan temporariamente, donde la napa freática aflora en la superficie o en suelos de baja permeabilidad cubiertos con agua poco profundas- más extensos de la Región del Gran Cuyo. El sistema formaba parte de un complejo lacustre muy importante alimentado por los ríos Mendoza y San Juan, que incluía a las lagunas la Balsita, Grande, del Toro, Guanacache, del Rosario, el Porvenir, entre otras. Estos complejos palustres descargaban sus aguas en el Desaguadero y mantenían en este río un gran caudal permanente (Canevari 1998). En este sentido dicho complejo se puede dividir en tres sectores:
Comprende la zona de confluencia de los ríos Mendoza y San Juan y los espejos de agua producto de su derrame.
Sector inundado pr el Río San Juan, aguas abajo del paraje El Balseadero (San Miguel, Lavalle) hasta la localidad de San Miguel.
Desde San Miguel hacia el sur hasta el sistema de lagunas El Quebrachito.(Blanc et al. 1998)
Se trata de una planicie llamada "Gran Llanura de la travesía" con una pendiente suave hacia el Norte, hacia el Noreste y hacia el Este; es decir, que tiene una forma cónica. Geológicamente es una depresión profunda, rellenada con potentes espesores de sedimentos del Terciario y del Cuaternario (Abraham y Prieto 1981)
Las características principales de este sistema de lagunas son:
Sistema exorreico de lagunas y bañados encadenado que representan el final de dos cuencas y de dos grandes oasis: Oasis Mendoza y el Oasis San Juan.
El humedal depende de un régimen niveo-glaciárico con ciclos de grandes inundaciones y largas temporadas de sequías.
Sus aguas bañan suelos ecotonales, con una predominancia del ecosistema de monte.
Cubetas fisonómicamente irregulares debido a los continuos cambios de los causes de los ríos tributarios.
El humedal alberga una importante comunidad humana (más de 2000 habitantes) con una cultura criolla tradicional muy arraigada a sus antepasados iberoaborigen.
Las lagunas de Guanacache, insertas en el corazón del monte cuyano se encuentran formadas por una rica variedad de hábitats bien definidos, que van desde extensos espejo de agua (dulce y salobre), hasta sectores bien representativos de monte tipo chaqueño en los que se desarrollan parches de bosque de Algarrobos (Prosopis flexuosa), y extensos arbustales representados fundamentalmente por jarilla (Larrea sp.)
La variedad de ambientes presentes en el área, provee hábitat de una interesante diversidad para aves acuáticas, representantes tanto de la región del Monte Chaqueño (Tuyangos, Chajaes), como de la región Pampeana (Cuervillos, Flamencos).
En San Luis, El complejo lagunar de Guanacache, comprende una extensa área deprimida cuya altura sobre el nivel del mar oscila entre los 550 y 490 m. y está integrado por numerosas lagunas temporarias de escasa profundidad, con límites sumamente irregulares que varían anualmente.
Estas lagunas se encuentran separadas por albardones y se hallan débilmente interconectadas a través de canales de descarga de sobrantes hídricos, en épocas de abundancia de caudales.
El colector hídrico de este complejo lagunar es el río Desaguadero (limite oeste del
Parque Nacional Sierra de las Quijadas) que es un curso de agua permanente, de caudal irregular dada su particular morfología hídrica. Sus aguas son ligeramente salobres e incluso se observan costras de salitre en el lecho seco del mismo, las márgenes son por lo general, bien definidas y presentan barrancas de hasta 6m de altura (Manuffo 1993).
En sistema se pueden distinguir diversos ambientes dentro de la planicie de inundación, evidentemente en función de la perioricidad de las grandes crecidas, el proceso edafológico consecuente y los posibles cambios de cauce de este complejo hídrico. Se observan: grandes peladales salobres; terrenos resecos cubiertos de los restos de totoras (typha) crecidas en los períodos favorables, y extensos peladales con matas aisladas de vidriera (Allenrolfea vaginata)
En los bordes altos de estos ambientes se hallan albardones frecuentemente dominados por chañarales (Geoffroea decorticans).
Bordeando el ambiente lacunar se ubica una franja con renovales de tamariscos (Tamarix gallica), los que seguramente no adquirirán porte arbóreo por las periódicas inundaciones. Esta es una de las especies vegetales exóticas más notables dentro del paisaje regional, asilvestrada en Cuyo desde hace unas décadas.
Su historia
Las lagunas de Guanacache eran muy extensas y dieron vida a una floreciente comunidad de pescadores. Su gran extensión a principios del Holoceno abarcaba una superficie de 7200 km2 (Gambier 1979-1981).
Los documentos históricos muestran que el sector lagunero vivió etapas de ocupación humana de cierto esplendor.
En un comienzo fue dominio huarpe, cultura que fue afectada por la ocupación y dominación inca. Se afirma que habitaron en la zona desde por lo menos el año 300 d.c. hasta mediados del siglo XVI. Estos indígenas vivían en las costas de las lagunas, ríos y arroyos.
Se dedicaban a la pesca y la recolección, la agricultura que practicaba dependían de pulsos de crecidas de origen fluvial, que regaban grandes extensiones de campo o "cienagas". Cuando bajaba el agua, los suelos se aprovechaban para cultivar maíz y zapallos. La pesca era importante y se utilizaban para ese fin balsas de totora.
Mientras que en 1789 las lagunas son descriptas como un solo lago, ya en 1860 el proceso de desecación se manifiesta con relativa rapidez. Alrededor de 1939-40 las lagunas se secan definitivamente aunque todavía en 1945 los pobladores surtían de pescado fresco a la ciudad de San Juan. Es a principios del Siglo XX donde comienza el proceso de decadencia. Las causas del deterioro fueron muy diversas:
Grandes períodos de sequías.
Se realizaron en la zona una serie de canalizaciones con el objeto de desviar el río para la construcción de caminos, rutas, y para evitar el embanque de puentes carreteros. Se generó entonces el aumento de la velocidad del agua y con ella la consecuente erosión retrocedente.
Creciente utilización del agua en los oasis por aumento de áreas de cultivo río arriba.
Situación tectónica: El sustrato de está gran depresión actualmente esta sufriendo movimientos difereciaes de ascenso y descenso.
Estas "pampas" (término usado por lugareños) a lo largo de varios años de sequía han ido sufriendo un importante cambio en la estructura de sus suelos debido a la alta cantidad de depósitos salinos-arenosos arrastrados por los vientos y depositado año a año en los antiguos fondos lacunares (Blanc et.al. 1998)
En la cuenca de los ríos Mendoza y San Juan, existen lagunas secas por el aprovechamiento de dichos ríos a la salida de las cordilleras y desde la década de 1940, el flujo es cada vez más esporádico restringiéndose a los años de crecidas excepcionales (Blanc et. al. 1998)
Actualmente el río San Juan trae una cuota variable de agua en forma continua, y por el río Mendoza suele llegar agua cuando disminuye la actividad de riego en las zonas agrícolas, pero cuando llega a la zona de lagunas el agua no encuentra contención y se descarga por el río Desaguadero perdiéndose finalmente por la evaporación e infiltración.
En las lagunas de San Luis ya no se produce el desbordamiento del Río Desaguadero y por ende las lagunas se han secado. Dichos ambientes se encuentran hoy en un proceso de revegetación. Se encuentran grandes extensiones de jumerales, entre las especies más importantes y los chañarales están en un crecimiento progresivo.
En los que se refiere a su valor biológico, beneficios y amenazas, debe aceptarse que el sistema ha perdido toda significancia por el desecamiento sufrido. No obstante, deben ser tenidos en cuenta por su valor como documento y ejemplo del impacto de apropiación humana de los procesos hidrológicos sobre los humedales del oeste argentino.
En la actualidad las provincias de San Juan y Mendoza, en forma conjunta, están llevando a cabo un programa de rehabilitación y manejo del humedal, para la recuperación de al menos una parte del sistema con la participación activa de entidades intermedias y la comunidad local.
El objetivo es que el sitio fuera presentado a la convención Ramsar, para comenzar con un manejo racional.
En ese momento el sector de las Lagunas de Guanacache de San Luis no fue incluido dentro de la propuesta para declarar a las mismas como sitio Ramsar.