La fuerte apuesta gnóstica creó las condiciones de una reacción tanto del lado de la educación pagana en forma de la platonismo medio como del lado del cristianismo. La crítica del paganismo a la gnosis explica el neoplatonismo, imposible de explicar sin este fenómeno. De la misma manera, la reacción crítica cristiana explica el decurso del mismo en el futuro. El cristianismo siente una inclinación permanente hacia el gnosticismo, pero no puede de ninguna manera aceptarlo porque es inasumible al chocar con sus dogmas más troncales. Por eso, existe una compleja relación de amor-odio entre gnosis y cristianismo. El cristianismo en buena medida arrastra buena parte del gnosticismo, que había surgido en múltiples comunidades diferentes. Su centro más activo fue Alejandría, donde la relación entre cristianos eclesiásticos y cristianos gnósticos fue muy fuerte. La proscripción del cristianismo por Diocleciano hizo que la frontera entre ambos se hiciera muy nítida, pero hasta entonces las fronteras eran más bien difusas.
Los cristianos llevan a cabo la primera escuela oficial, a la manera de las escuelas paganas, el Didaskalion que se crea en alejandría en la primera mitad del siglo II (140-150). Se ensañaba desde los párvulos, hasta los mayores en las seis disciplinas encíclicas, calco de las disciplinas paganas. Ell contexto de la paideia pagana era evidente, mis bien la educación era netamente cristiana. Es necesario subrayar el hecho de que el cristianismo haya copiado los sistemas de la educación pagana. En fechas tan tempranas, en Alejandría había dedicado ya el cristianismo que adopta a los modos educativos paganos o no había futuro. Panteno, filósofo estoico convertido al cristianismo, fue su primer director. En sus primeros años experimenta el debate con el gnosticismo con el resultado de una absorción de su lenguaje y de algunos de sus modos. Clemente de Alejandría (150-217) nos da testimonio de ese momento en el que la ambigüedad del cristianismo hacia la gnosis podía hacer inclinar la balanza hacia cualquier lado. El gnosticismo de Alejandría era comedido y razonable, por lo que no había tensiones excesivas entre ambos sistemas.
Clemente de Alejandría nació posiblemente en Atenas, y era un ecléctico. Parece el responsable de la elección de Panteno como director del Didascalion. Posteriormente sucedió a Panteno. Clemente es un pensador al que se le ha privado de la santidad (Benedicto XIV, Papa de 1740 a 1758), santidad que se le había otorgado por ser el instrumento de la educación del imperio alternativa a la pagana. El motivo probablemente fue la constancia de su aceptación del gnosticismo cuando los estudios del siglo XVIII demostraron dicha aceptación documentalmente fundada. Clemente es autor de tres obras, y se conservan las tres. El Protréptico, el Pedagogon y el Strómata. En ellas presenta el sistema educativo cristiano siguiendo las bases paganas,pero sustituyendo los mensajes paganos por sus correspondientes contenidos cristianos. Detrás de las disciplinas encíclicas,Celemnte presenta una tríada de ciencias que forman el centro de la paideia cristiana. La primer de ellas es la filosofía, con la idea de que en la filosofía griega está el deposito del λόγος divino. Esto choca completamente con las tristes actitudes de hosquedad luterana de siglos muy posteriores, para la cual todo contacto con el paganismo era una abominación. La cultura clásica era aqu recibida con gozo y alegría, mediante una selección que convertía a esos elementos seleccionados en una forma de Antiguo Testamento. Habría así dos tanto hijos Testamentos. El heredado de la Torá judía, y el corpus filosófico de la sabiduría griega que se define como λόγος.
La selección que hace el Didascalion de las fuentes griegas es nítida: se rechaza el epicureismo. No se puede ser popular y epicúreo, y el cristianismo tenía vocación popular. Los escépticos (y la Segunda Sofística era incluída por Clemente entre ellos) tampoco son aceptados. El neopitagorismo y el platonismo medio son recibidos con una apertura de brazos, y esta actitud será ya constante hasta la reforma luterana.
El camino que propone Clemente tiene tres niveles: λόγος, πιστις υ γνώσεις.
1. Λογος. El valor de la filosofía es λόγος, porque la fe no es irracional como en Terturliano, por eso la filosofía está al servicio de la fe (Philosophie ancilla theologiae, dirá Tomas siglos después). Quien ha aprendido la filosofía está en condiciones de ingresar en el mundo de la pistis, que es el mundo de la fe.
2. Πιστις. Probada la razonabilidad del contenido cristiano por la filosofía, la fe nos prueba cómo esa razonabilidad coincide con la voluntad de Dios. La filosofía se queda en el umbral de que lo que ella, por sí misma no puede saber porque necesita de la revelación, y una vez sabido por la revelación los contenidos pueden ser razonados por la filosofía. Se trata de un círculo, pero virtuoso, no vicioso. Es una conciliación entre la fe y la razón; san Ireneo ya lo había presentado, pero Clemente es el primero que lo íntegra en la educación.
3. Γνώμη. Llegado a este nivel, se ha llegado a lo que se puede esperar del hombre religioso. Sin embargo existe un nivel adicional al que sólo pueden llegar los que son capaces de dar el paso desde la Pistis hasta la gnosis. Estos son los que son capaces de seguir la transmisión evangélica. Esto es muy importante, porque los evangelios canónicos precisamente destacan el camino de la fe y se quedan ahí; es evidente que Clemente se refiere a otros evangelios en un momento en el que el canon aún no se ha fijado.
Sin duda Clemente está halando de ciertos textos gnósticos que consideró adecuados para la educación. Φοτισμός, Iluminación y κατάλεψις, comprensión son los dos términos utilizados por Clemente para definir la acción de esta tercera etapa. Se trata del acto de comprender, hacerse cargo de forma intuitiva de la realidad de Dios. Para ello es necesaria una doble preparación: una purificación moral (relacionada con ritos mistėricos! abluciones, dietas, etc) y una purificación de seis pasos de difícil interpretación a gravés del paso por ciertos misterios. Los misterios de Clemente son equivalentes a los sacramentos. Hay un bautismo en el sentido de iniciación, que recibe el nombre de lytron, limpieza. Es una especie de segundo bautismo, o bautismo gnóstico, que tiene todos los elementos de un sacramento pero pensado para los elegidos, no para el común de los fieles. El siguiente es el de los pequeños misterios. Este paso nos lleva a la Epópteria, el acceso a los Grandes Misterios.
La solución de Clemente tenía muchos elementos en su contra. Uno de ellos es la declaraciones de persecución total de Diocleciano. Después de esta persecución no queda nadie con ganas de seguir este camino cristiano por el camino de la gnosis. Además hay una segunda razón que a orígenes verá con toda claridad: si la iglesia adopta para sus clases dirigentes un elitismo y un secretismo gnóstico, entonces no se podría resolver el problema del mal, pues no hay la ruptura que ofrecen los gnósticos o se puede ofrecer una educación suficientemente solvente. Se formaría un dualismo entre los fieles que interfieran la travbazón en un mismo cuerpo eclesial, que es la idea irrenunciable por la Iglesia. Por ello, el gesto de Clemente no podía tener continuidad, y se vería castigado muchísimos siglos después con la retirada de un título de santidad que le fue otorgado por ser el artífice de la educación cristiana en su origen.
Desde el lado pagano los esfuerzos por combatir dialécticamente el gnosticismo serían llevados a cabo sobre todo por Plotino, cuyas ideas a sí vez serían gérmen de vivificación filosófica en la dialéctica entre cristianos y paganos dialéctica en la que saldría vencedor un cristianismo con elementos neoplatónicos de lo timo engarzados en su más íntimo núcleo doctrinal, como veremos.