Thủ tục hoàn thuế xuất nhập khẩu

Hoàn thuế xuất nhập khẩu, chủ yếu là hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) đầu vào cho hàng hóa xuất khẩu, là quyền lợi lớn nhất giúp doanh nghiệp giảm chi phí và tăng sức cạnh tranh quốc tế.

Năm 2025, với chuyển đổi số hải quan mạnh mẽ theo Nghị định 144/2024/NĐ-CP và Nghị định 73/2025/NĐ-CP, thủ tục hoàn thuế được rút ngắn đáng kể: từ 40 ngày xuống còn 5-10 ngày đối với hồ sơ đủ điều kiện.

>> Tham khảo: Thuế thu nhập cá nhân là gì?

Theo Tổng cục Hải quan, năm 2024 hoàn hơn 150.000 tỷ đồng thuế GTGT xuất khẩu, dự kiến 2025 tăng 20% nhờ xuất khẩu phục hồi. Tuy nhiên, sai sót hồ sơ vẫn chiếm 25% trường hợp bị từ chối. Bài viết này hướng dẫn chi tiết thủ tục hoàn thuế xuất nhập khẩu năm 2025, từ điều kiện đến quy trình nộp và lưu ý thực tiễn.

1. Cơ Sở Pháp Lý Và Các Loại Hoàn Thuế Xuất Nhập Khẩu

Thủ tục hoàn thuế được quy định tại:

Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 2016 (sửa đổi 2024).
Luật Thuế GTGT 2008 (sửa đổi 2024).
Nghị định 134/2016/NĐ-CP (sửa đổi bởi Nghị định 18/2021/NĐ-CP, 144/2024/NĐ-CP).
Thông tư 38/2015/TT-BTC (sửa đổi bổ sung).

Các loại hoàn thuế phổ biến:

Hoàn thuế GTGT đầu vào: Cho nguyên liệu, vật tư, dịch vụ dùng sản xuất hàng xuất khẩu.
Hoàn thuế nhập khẩu: Hàng tạm nhập tái xuất, gia công xuất khẩu, sản xuất xuất khẩu.
Hoàn thuế xuất khẩu: Hàng xuất khẩu sau đó nhập lại (hàng trưng bày, tạm xuất tái nhập).

Từ 01/01/2025, bổ sung hoàn thuế nhanh cho dự án đầu tư xanh và công nghệ cao (Nghị định 73/2025/NĐ-CP).

>> Tham khảo: Hóa đơn điện tử; Báo giá hóa đơn điện tử.

2. Điều Kiện Được Hoàn Thuế

Doanh nghiệp phải đáp ứng đồng thời các điều kiện (Điều 13 Nghị định 134/2016/NĐ-CP sửa đổi):

Số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết ≥300 triệu đồng (dưới mức này chuyển kỳ sau).
Hàng hóa, dịch vụ dùng trực tiếp cho sản xuất xuất khẩu (có hợp đồng xuất khẩu, tờ khai hải quan).
Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt cho hóa đơn ≥20 triệu đồng.
Doanh nghiệp ưu tiên AEO (Authorized Economic Operator): Hoàn trước kiểm tra sau.
Hồ sơ đầy đủ, chính xác (hóa đơn GTGT hợp lệ, chứng từ ngân hàng).

Từ 2025, ưu tiên hoàn trước cho doanh nghiệp có chứng nhận carbon thấp (theo Nghị quyết 174/2024/QH15).

>> Tham khảo: Hộ kinh doanh chuyển sang kê khai thuế từ 2026: Những văn bản quan trọng cần biết.

3. Hồ Sơ Hoàn Thuế Xuất Nhập Khẩu

Hồ sơ nộp điện tử 100% qua Cổng thông tin Hải quan (customs.gov.vn) hoặc eTax:

Tờ khai hoàn thuế (Mẫu 02/HTXT).
Bảng kê hóa đơn, chứng từ (Mẫu 01-1/HT hoặc 01-2/HT).
Hợp đồng xuất khẩu, tờ khai hải quan xuất khẩu.
Chứng từ thanh toán ngân hàng (sao kê, ủy nhiệm chi).
Bảng kê chi tiết nguyên liệu đầu vào dùng cho xuất khẩu.
Báo cáo quyết toán thuế TNDN (nếu hoàn lớn >1 tỷ).
Giấy ủy quyền (nếu ủy quyền nộp).

Hồ sơ bổ sung: Chứng nhận xuất xứ (C/O) nếu hưởng ưu đãi FTA.

>> Tham khảo: Tra cứu hóa đơn; Tra cứu hóa đơn điện tử.

4. Quy Trình Hoàn Thuế Chi Tiết

Bước 1: Chuẩn bị hồ sơ điện tử (sử dụng phần mềm như MISA AMIS Customs hoặc Fast Customs để tự động hóa).

Bước 2: Nộp hồ sơ qua Cổng thông tin điện tử Hải quan trước ngày 20 tháng sau quý phát sinh (ví dụ: quý IV/2025 → hạn 20/01/2026).

Bước 3: Cơ quan hải quan tiếp nhận → Phân loại rủi ro:

Hồ sơ thấp rủi ro/AEO: Hoàn trước kiểm tra sau (5-6 ngày).
Hồ sơ trung bình: Hoàn trong 40 ngày.
Hồ sơ cao rủi ro: Kiểm tra tại chỗ trong 60 ngày.

Bước 4: Kiểm tra hồ sơ (tự động bằng AI từ 2025 → giảm 70% thời gian).

Bước 5: Ban hành Quyết định hoàn thuế → Chuyển tiền về tài khoản doanh nghiệp qua Kho bạc Nhà nước.

Bước 6: Doanh nghiệp nhận tiền → Đối chiếu sổ sách và lưu hồ sơ 10 năm.

Ví dụ: Doanh nghiệp xuất khẩu thủy sản quý IV/2025 có 800 triệu thuế GTGT đầu vào → Nộp hồ sơ 15/01/2026 → Hoàn tiền trong 10 ngày nếu đủ điều kiện.

>> Tham khảo: Thời hạn nộp thuế được quy định như thế nào?

5. Lưu Ý Quan Trọng Và Sai Sót Phổ Biến

Sai sót phổ biến: Thiếu chứng từ thanh toán ngân hàng, hóa đơn đầu vào sai mã số thuế, không khớp tờ khai hải quan → Từ chối hoàn.
Phạt vi phạm: Sai hồ sơ cố ý: Phạt 20-50% số thuế hoàn sai; chậm nộp hồ sơ bổ sung: 0,03%/ngày.
Tối ưu thủ tục: Sử dụng phần mềm hải quan (Fast Customs, VNACCS) → Tự động kiểm tra lỗi trước nộp.
Hoàn thuế nhanh: Đăng ký AEO để hưởng hoàn trước kiểm tra sau.
Xu hướng 2025: Hoàn thuế qua ví điện tử cho doanh nghiệp nhỏ; tích hợp blockchain xác thực chứng từ (thí điểm tại Hải quan TP.HCM).

Hoàn thuế giúp doanh nghiệp xuất khẩu giảm chi phí 5-10%, tăng dòng tiền. Năm 2024 hoàn 150.000 tỷ đồng góp phần đưa xuất khẩu đạt 370 tỷ USD. Năm 2025 dự kiến hoàn 180.000 tỷ, hỗ trợ phục hồi sau biến động toàn cầu.

>> Tham khảo: Hướng dẫn hộ kinh doanh đăng ký mã số thuế.

Kết Luận

Ngoài ra, nếu quý doanh nghiệp đang tìm kiếm giải pháp phần mềm hóa đơn điện tử đáp ứng đầy đủ quy định, xin vui lòng liên hệ E-invoice để nhận được tư vấn:

CÔNG TY PHÁT TRIỂN CÔNG NGHỆ THÁI SƠN

Địa chỉ: Số 15, phố Đặng Thùy Trâm, phường Nghĩa Đô, Thành phố Hà Nội
Tổng đài HTKH: 1900 4767 – 1900 4768
Tel : 024.37545222
Fax: 024.37545223
Website: https://einvoice.vn/