Kê khai thuế với hóa đơn điện tử không chỉ giúp doanh nghiệp, hộ kinh doanh và cá nhân tuân thủ pháp luật mà còn giảm thiểu sai sót, tiết kiệm thời gian và chi phí so với hóa đơn giấy.
Tuy nhiên, để kê khai thuế chính xác, cần hiểu rõ quy trình, công cụ hỗ trợ và các lưu ý liên quan.
Bài viết này sẽ hướng dẫn chi tiết các bước kê khai thuế với hóa đơn điện tử, giúp người nộp thuế thực hiện đúng quy định và tối ưu hóa hiệu quả.
>> Tham khảo: Hướng dẫn các bước kiểm tra hóa đơn điện tử đơn giản nhất.
Kê khai thuế với hóa đơn điện tử là một phần bắt buộc trong quá trình nộp thuế giá trị gia tăng (GTGT), thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) hoặc thuế thu nhập cá nhân (TNCN).
Việc sử dụng hóa đơn điện tử mang lại các lợi ích sau:
Tính minh bạch: Hóa đơn điện tử được truyền trực tiếp đến hệ thống của Cục Thuế, giúp cơ quan thuế dễ dàng kiểm tra và đối chiếu.
Giảm sai sót: Dữ liệu số hóa giúp giảm thiểu lỗi nhập liệu so với hóa đơn giấy.
Tiết kiệm thời gian: Quy trình kê khai điện tử nhanh chóng, không cần nộp hóa đơn giấy.
Hỗ trợ khấu trừ thuế: Hóa đơn điện tử hợp lệ là cơ sở để khấu trừ thuế GTGT đầu vào hoặc tính chi phí hợp lý khi kê khai thuế TNDN.
Dưới đây là hướng dẫn chi tiết các bước kê khai thuế với hóa đơn điện tử, phù hợp với doanh nghiệp, hộ kinh doanh và cá nhân kinh doanh:
Bước 1: Thu thập và kiểm tra hóa đơn điện tử
Trước khi kê khai thuế, cần đảm bảo tất cả hóa đơn điện tử đầu vào và đầu ra được thu thập và kiểm tra cẩn thận:
Thu thập hóa đơn:
Lấy hóa đơn điện tử từ người bán (thường dưới dạng file XML hoặc PDF có chữ ký số).
Đối với hóa đơn điện tử đầu ra, đảm bảo đã lập và truyền dữ liệu đến Tổng cục Thuế thông qua phần mềm hóa đơn điện tử.
Kiểm tra tính hợp lệ:
Xác minh các thông tin cơ bản: tên, mã số thuế, địa chỉ của người bán và người mua; số hóa đơn, ngày lập hóa đơn; nội dung giao dịch; thuế suất GTGT; chữ ký số.
Tra cứu hóa đơn điện tử trên Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế (etax.gov.vn) bằng cách nhập mã số thuế, số hóa đơn và mã của cơ quan thuế (nếu có).
Đảm bảo chữ ký số trên hóa đơn điện tử hợp lệ và chưa hết hạn, sử dụng phần mềm của các nhà cung cấp như Thaison-CA hoặc Viettel-CA để kiểm tra.
Lưu ý: Theo Nghị định 70/2025/NĐ-CP, nếu phát hiện sai sót, người bán phải lập hóa đơn điều chỉnh hoặc thay thế, kèm biên bản thỏa thuận (nếu bên mua là tổ chức/doanh nghiệp).
>> Tham khảo: Bộ Tài Chính đề xuất bãi bỏ thanh tra thuế, tăng cường kiểm tra hóa đơn điện tử.
Bước 2: Phân loại hóa đơn điện tử
Phân loại hóa đơn điện tử theo mục đích sử dụng để phục vụ kê khai thuế:
Hóa đơn đầu vào:
Bao gồm hóa đơn điện tử mua hàng hóa/dịch vụ, được sử dụng để khấu trừ thuế GTGT đầu vào hoặc tính chi phí hợp lý khi kê khai thuế TNDN.
Đảm bảo hóa đơn hợp lệ, hợp pháp và phù hợp với giao dịch thực tế.
Hóa đơn đầu ra:
Hóa đơn điện tử do doanh nghiệp/hộ kinh doanh phát hành khi bán hàng hóa/dịch vụ, dùng để kê khai thuế GTGT đầu ra.
Đảm bảo hóa đơn đã được ký số và truyền dữ liệu đến Tổng cục Thuế.
Hóa đơn đặc thù:
Đối với các giao dịch xuyên biên giới (nhà cung cấp nước ngoài), cần kiểm tra xem hóa đơn GTGT điện tử có tuân thủ quy định tại Nghị định 70/2025/NĐ-CP hay không.
>> Tham khảo: Báo giá hóa đơn điện tử; Hóa đơn VAT.
Bước 3: Nhập dữ liệu hóa đơn vào phần mềm kế toán
Sử dụng phần mềm kế toán:
Nhập dữ liệu hóa đơn điện tử vào các phần mềm kế toán như Thái Sơn Einvoice , Fast, hoặc phần mềm hóa đơn điện tử tích hợp (iHOADON, Thái Sơn Einvoice).
Đối với file XML, phần mềm sẽ tự động đọc và nhập thông tin, giảm thiểu lỗi thủ công.
Phân loại theo kỳ kê khai:
Gộp các hóa đơn điện tử theo kỳ kê khai thuế (hàng tháng hoặc hàng quý, tùy theo quy mô doanh nghiệp).
Đảm bảo tách biệt hóa đơn điện tử đầu vào và đầu ra để tính toán thuế GTGT phải nộp (đầu ra trừ đầu vào).
Bước 4: Lập tờ khai thuế
Truy cập hệ thống kê khai thuế:
Đăng nhập vào Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế (etax.gov.vn) bằng chữ ký số của doanh nghiệp/hộ kinh doanh.
Lập tờ khai thuế GTGT:
Sử dụng mẫu tờ khai thuế GTGT (mẫu 01/GTGT cho doanh nghiệp áp dụng phương pháp khấu trừ, hoặc mẫu 03/GTGT, 04/GTGT cho phương pháp trực tiếp).
Nhập dữ liệu từ hóa đơn điện tử đầu vào và đầu ra vào các phụ lục tương ứng (phụ lục 01–1/GTGT, 01–2/GTGT).
>> Tham khảo: Thống kê tình hình triển khai hóa đơn điện tử.
Kiểm tra số liệu:
Đối chiếu số liệu trên tờ khai với dữ liệu hóa đơn điện tử để đảm bảo không có sai lệch.
Nếu có hóa đơn điện tử điều chỉnh/thay thế, cập nhật số liệu theo biên bản thỏa thuận và hóa đơn mới.
Bước 5: Nộp tờ khai và nộp thuế
Nộp tờ khai thuế:
Gửi tờ khai thuế GTGT qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế trước thời hạn quy định (ngày 20 của tháng tiếp theo đối với kê khai hàng tháng, hoặc ngày 30 của tháng đầu tiên của quý tiếp theo đối với kê khai hàng quý).
Sử dụng chữ ký số để ký và gửi tờ khai.
Nộp thuế:
Nếu có số thuế GTGT phải nộp, thực hiện nộp qua ngân hàng hoặc cổng thanh toán của Tổng cục Thuế.
Đảm bảo nộp đúng hạn để tránh bị phạt chậm nộp (0,03% mỗi ngày theo Luật Quản lý thuế).
>> Tham khảo: Tra cứu hóa đơn; Tra cứu hóa đơn điện tử.
Bước 6: Lưu trữ hóa đơn và tờ khai
Lưu trữ HĐĐT:
Lưu trữ file hóa đơn điện tử (XML hoặc PDF) trong thời gian tối thiểu 10 năm, theo quy định của Luật Kế toán và Nghị định 123/2020/NĐ-CP.
Sử dụng hệ thống lưu trữ của phần mềm kế toán hoặc dịch vụ đám mây của nhà cung cấp hóa đơn điện tử.
Lưu trữ tờ khai thuế:
Lưu trữ bản điện tử của tờ khai thuế và các phụ lục để phục vụ kiểm tra của cơ quan thuế.
Đảm bảo tính hợp lệ của hóa đơn điện tử:
Chỉ sử dụng hóa đơn điện tử hợp lệ, hợp pháp để kê khai thuế. Hóa đơn giả hoặc không được cơ quan thuế chấp nhận sẽ bị từ chối khấu trừ.
>> Tham khảo: Thủ tục phát hành hóa đơn điện tử.
Kiểm tra dữ liệu trước khi nộp:
Đối chiếu kỹ lưỡng dữ liệu hóa đơn điện tử với tờ khai để tránh sai sót, đặc biệt với các hóa đơn điều chỉnh/thay thế.
Tuân thủ thời hạn:
Nộp tờ khai và thuế đúng hạn để tránh bị phạt (theo Luật Quản lý thuế, phạt chậm nộp có thể lên đến 20% số thuế chậm nộp).
Hỗ trợ từ nhà cung cấp dịch vụ:
Các nhà cung cấp như Thái Sơn Einvoice, hoặc MISA có thể hỗ trợ tích hợp dữ liệu hóa đơn điện tử vào tờ khai thuế, giảm thiểu công việc thủ công.
Theo dõi quy định mới:
Các văn bản như Công văn 1591/CT-CS (5/6/2025) hoặc Thông tư 32/2025/TT-BTC có thể cập nhật quy trình kê khai. Hãy theo dõi thông tin từ Cổng thông tin của Tổng cục Thuế.
Ngoài ra, nếu quý doanh nghiệp đang tìm kiếm giải pháp phần mềm hóa đơn điện tử đáp ứng đầy đủ quy định, xin vui lòng liên hệ E-invoice để nhận được tư vấn:
CÔNG TY PHÁT TRIỂN CÔNG NGHỆ THÁI SƠN
Địa chỉ: Số 15 Đặng Thùy Trâm — Cầu Giấy — Hà Nội
Tổng đài HTKH: 1900 4767–1900 4768
Tel : 024.37545222
Fax: 024.37545223
Website: https://einvoice.vn/