Первоначальное наименование Николаевский переулок известно с 1900 года, происходит от фамилии землевладельца. 

Фамилию Николаев носил и человек, убивший в 1934 году 1-го секретаря Ленинградских обкома и горкома ВКП(б) С. М. Кирова, и потому все восемь Николаевских улиц и переулков в Ленинграде было решено переименовать «как созвучные с именем врага народа», что и было выполнено 22 февраля 1939 г.

Переулок стал Молодёжным в память о том, что поблизости, в стоявшем на месте современного Дворца культуры имени М. Горького здании школы, в августе 1917 года состоялась учредительная конференция Петроградского социалистического союза рабочей молодёжи. Там же первое время располагались исполнительный комитет этого союза и редакция молодёжного журнала «Юный пролетарий».

 8 января 2025 г.