Чудесное спасение Императора Александра III с семьёй 17 октября 1888 г. при крушении поезда в Борках под Харьковом вызвало в стране строительство множества храмов, посвящённых этому событию. Решили отметить знаменательное чудо таможенники, биржевые артельщики и портовые чиновники, жившие на Гутуевом острове и в устье Невы, куда после открытия Морского канала перенесли торговый порт.

Строилась церковь на деньги фабриканта И. А. Воронина так же в память и о спасении цесаревича Николая Александровича, будущего императора Николая II, от покушения на его жизнь в японском городе Отсу 29 апреля (11 мая) 1891 г., вот почему в этот день и был освящён главный придел церкви. День 29 апреля (11 мая по новому стилю) ежегодно отмечался в церкви торжественным богослужением, а с 1912 года — крестным ходом по приходу.

В 1991 г. возвращена верующим. В 2000 г. началась масштабная реставрация церкви. Восстановлены фасады, устроен переход между колокольней и барабаном храма, по сохранившимся историческим образцам частично восстановлена ограда. Воссозданы конструкции купола. При золочении применена уникальная методика. Реставраторы используют три драгоценных металла: жёлтое золото, белое золото и платину. Жёлтым 4‑граммовым сусальным золотом покрыли верхний пояс купола и многослойный нижний пояс. Центральную часть гладкого купола, выложенную "в шашку", покрыли белым 4‑граммовым сусальным золотом и 4‑граммовой сусальной платиной в шахматном порядке. Белое золото также украсило узкую полоску над карнизом. Сочетание поверхностей создаёт неповторимый декоративный эффект, задуманный ещё архитектором храма Василием Косяковым. 

16 апреля 2017 г.