Переулок возник во 2-й половине XVIII века. Окончательная застройка Дерптского переулка завершилась в 1904 году постройкой углового дома с Курляндской улицей. 

Первоначальное название Апраксин переулок известно с 1798 года, дано по имени землевладельца. В 1836–1846 гг. существовал также вариант 2-й Апраксин переулок для отличия от другого Апраксина переулка, располагающегося в центральной части города. 

Современное название Дерптский переулок дано 14 июля 1859 г. по городу Дерпт (ныне эст. Tartu – Тарту, Эстония), в ряду улиц Нарвской полицейской части, переименованных по городам прибалтийских губерний России. С 18 марта 1909 года по 1930-е годы существовало также название Юрьевский переулок, связанное с неудачной попыткой в 1893 году вернуть городу Дерпту его русское наименование Юрьев.

8 мая 2025 г.