Переулок назывался Банным в 1840—1900-х годах. Название произошло от торговых бань Сивковой, располагавшихся тогда на углу с набережной Фонтанки. 

Первоначально переулок не доходил до Загородного проспекта. В 1897 г. был продлён до Загородного проспекта. 

В советское время, после размещения в 76-м доме по набережной Фонтанки исполкома Фрунзенского района, дорогу называли Фрунзенским проездом. 

28 октября 2015 г. Топонимическая комиссия поддержала предложение вернуть Банному переулку утраченное название. В конце января 2017 г. название утверждено правительством Петербурга. 

25 мая 2025 г.