Hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền có được khấu trừ thuế không?

Hóa đơn từ máy tính tiền (HĐMCT) là loại hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền có kết nối chuyển dữ liệu với cơ quan thuế, được sử dụng rộng rãi tại các cơ sở kinh doanh bán lẻ như siêu thị, nhà hàng, quán cà phê, cửa hàng tiện lợi.

Từ ngày 01/6/2025, theo Nghị định 70/2025/NĐ-CP và Thông tư 32/2025/TT-BTC, HĐMCT trở thành công cụ bắt buộc đối với hộ kinh doanh và doanh nghiệp có doanh thu ≥1 tỷ đồng/năm, đồng thời được chấp nhận để khấu trừ thuế GTGT nếu đáp ứng đầy đủ điều kiện.

Hộ kinh doanh sử dụng hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền có kết nối với Cơ quan Thuế được khấu trừ thuế khi nào?

>> Tham khảo: Những nội dung bắt buộc trên hóa đơn điện tử theo quy định 2025.

1. Khái Niệm Và Phạm Vi Áp Dụng

Hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền là hóa đơn được tạo tự động bởi phần mềm bán hàng kết nối trực tiếp với MTT tại quầy thu ngân.

Theo Điều 11 Nghị định 123/2020/NĐ-CP, MTT phải đáp ứng các tiêu chuẩn kỹ thuật: kết nối chuyển dữ liệu điện tử với cơ quan thuế, lưu trữ dữ liệu giao dịch ít nhất 10 năm, và đảm bảo tính toàn vẹn, chính xác.

Loại hóa đơn này chủ yếu áp dụng cho doanh nghiệp kinh doanh bán lẻ hàng hóa, dịch vụ trực tiếp đến người tiêu dùng cuối cùng, như siêu thị, cửa hàng tiện lợi, nhà hàng, quán cà phê.

Khác với hóa đơn điện tử thông thường (do phần mềm kế toán khởi tạo), hóa đơn điện tử từ MTT có mã của cơ quan thuế (CQT) được cấp tự động qua hệ thống kết nối.

Điều này giúp giảm thiểu gian lận, tăng tính minh bạch. Phạm vi khấu trừ thuế tập trung vào thuế giá trị gia tăng (GTGT) đầu vào, vì đây là khoản chi phí được khấu trừ khi tính thuế GTGT đầu ra.

>> Tham khảo: Hóa đơn điện tử; Báo giá hóa đơn điện tử.

2. Điều Kiện Khấu Trừ Thuế GTGT Đầu Vào

Để khấu trừ thuế GTGT từ hóa đơn điện tử khởi tạo từ MTT, doanh nghiệp phải tuân thủ các điều kiện tại Điều 15 Nghị định 123/2020/NĐ-CP và Điều 10 Thông tư 78/2021/TT-BTC:

• Hóa đơn hợp pháp: Hóa đơn điện tử phải có đầy đủ nội dung bắt buộc (tên hàng hóa/dịch vụ, số lượng, đơn giá, thành tiền, thuế suất GTGT, tổng tiền thanh toán). Đối với MTT, hóa đơn thường là dạng hóa đơn bán lẻ, không bắt buộc ghi tên, địa chỉ người mua nếu tổng giá trị dưới 200.000 đồng (theo Khoản 5 Điều 10 Thông tư 78).

• Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt: Với hóa đơn từ 20 triệu đồng trở lên, phải có chứng từ thanh toán qua ngân hàng (ủy nhiệm chi, chuyển khoản). Riêng hóa đơn điện tử từ MTT, nếu là giao dịch bán lẻ nhỏ lẻ, có thể thanh toán tiền mặt mà vẫn được khấu trừ nếu đáp ứng các điều kiện khác (Khoản 3 Điều 15 Nghị định 123).

• Liên quan đến hoạt động sản xuất kinh doanh: Chi phí phải phục vụ trực tiếp cho hoạt động chịu thuế GTGT. Ví dụ, siêu thị mua hàng hóa nhập kho từ nhà cung cấp qua hóa đơn điện tử MTT thì được khấu trừ thuế đầu vào.

• Kê khai đúng kỳ: Doanh nghiệp kê khai khấu trừ trong kỳ tính thuế phát sinh hóa đơn, hoặc điều chỉnh bổ sung nếu phát hiện sai sót trong vòng 12 tháng (theo Luật Quản lý thuế 2019).

Đặc biệt, HĐĐT từ MTT phải được cơ quan thuế xác nhận mã hóa đơn hợp lệ qua hệ thống tra cứu (tại website của Tổng cục Thuế). Nếu hóa đơn không kết nối dữ liệu hoặc bị hủy, sẽ không được khấu trừ.

>> Tham khảo: Cách xử lý sai sót trên hóa đơn điện tử.

3. Thủ Tục Thực Hiện Khấu Trừ

Quy trình khấu trừ được thực hiện qua tờ khai thuế GTGT (mẫu 01/GTGT):

• Bước 1: Doanh nghiệp nhận hóa đơn điện tử từ MTT của nhà cung cấp. Hệ thống MTT tự động gửi dữ liệu về CQT trong vòng 1 ngày làm việc.

• Bước 2: Kiểm tra tính hợp lệ trên cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế (dichvucong.gdt.gov.vn). Nhập mã số thuế người bán, số hóa đơn để xác thực.

• Bước 3: Hạch toán kế toán: Ghi nhận vào tài khoản chi phí (TK 133 – Thuế GTGT được khấu trừ).

• Bước 4: Kê khai trên phần mềm HTKK hoặc iHTKK, điền chỉ tiêu [23] (thuế GTGT đầu vào được khấu trừ) trong tờ khai 01/GTGT.

• Bước 5: Nộp tờ khai trước ngày 20 của tháng sau (đối với kê khai tháng) hoặc ngày cuối quý (kê khai quý).

Nếu hóa đơn bị sai sót, doanh nghiệp lập biên bản điều chỉnh (mẫu 04/ĐC-HĐĐT) và gửi CQT qua hệ thống. Thời hạn điều chỉnh không quá 5 năm kể từ ngày lập hóa đơn.

>> Tham khảo: Tra cứu hóa đơn; Tra cứu hóa đơn điện tử.

4. Các Lưu Ý Quan Trọng Và Rủi Ro

Thứ nhất, về thuế suất: Hóa đơn điện tử từ MTT áp dụng thuế suất 0%, 5%, 10% tùy hàng hóa/dịch vụ. Doanh nghiệp phải phân loại chính xác để tránh truy thu.

Thứ hai, đối với doanh nghiệp nhỏ: Hộ kinh doanh cá thể sử dụng MTT theo phương pháp trực tiếp không được khấu trừ thuế đầu vào, chỉ tính thuế trên doanh thu (Thông tư 40/2021/TT-BTC).

Thứ ba, rủi ro kỹ thuật: MTT phải đăng ký với CQT trước khi sử dụng (mẫu 01/ĐK-MTT). Nếu mất kết nối mạng, doanh nghiệp phải xuất hóa đơn giấy tạm thời và chuyển đổi sang điện tử trong 24 giờ.

Thứ tư, kiểm tra chéo: CQT sử dụng dữ liệu lớn (big data) từ hệ thống MTT để đối chiếu. Bất kỳ chênh lệch nào giữa dữ liệu MTT và tờ khai sẽ dẫn đến thanh tra.

>> Tham khảo: Xuất hóa đơn thay thế trong trường hợp nào?

Ví dụ thực tiễn: Một chuỗi siêu thị A sử dụng MTT kết nối với phần mềm SAP. Tháng 6/2024, siêu thị nhận 500 hóa đơn đầu vào từ nhà cung cấp thực phẩm, tổng thuế GTGT 1,2 tỷ đồng. Sau khi xác thực mã hóa đơn, siêu thị khấu trừ đầy đủ, giảm nghĩa vụ thuế phải nộp từ 3 tỷ xuống 1,8 tỷ đồng. Ngược lại, nếu MTT không kết nối, toàn bộ thuế đầu vào bị loại.

Việc khấu trừ thuế với hóa đơn điện tử từ MTT mang lại lợi ích lớn: giảm thủ tục hành chính, tăng tốc độ luân chuyển vốn, hạn chế hóa đơn giả. Theo báo cáo của Tổng cục Thuế năm 2023, hơn 70% doanh nghiệp bán lẻ đã chuyển sang MTT, giúp thu ngân sách tăng 15% nhờ minh bạch.

Tuy nhiên, thách thức vẫn tồn tại: chi phí đầu tư MTT (khoảng 50-100 triệu đồng/hệ thống), đào tạo nhân viên, và rủi ro bảo mật dữ liệu. Doanh nghiệp cần hợp tác với nhà cung cấp phần mềm uy tín như Thái Sơn , FPT, Misa để đảm bảo tuân thủ.

>> Tham khảo: Thời điểm lập hóa đơn điện tử; Biên bản điều chỉnh hóa đơn.

Kết Luận

Mọi thắc mắc hay muốn được tư vấn muốn được tư vấn về phần mềm hóa đơn điện tử E-invoice hoàn toàn miễn phí, Quý doanh nghiệp vui lòng liên hệ:

CÔNG TY PHÁT TRIỂN CÔNG NGHỆ THÁI SƠN

• Địa chỉ: Số 15 Đặng Thùy Trâm – Cầu Giấy – Hà Nội

• Tổng đài HTKH: 1900 4767 – 1900 4768

• Tel : 024.37545222

• Fax: 024.37545223

• Website: https://einvoice.vn/