במעבר מן השלב הווגטטיבי לשלב הרפרודוקטיבי חל שינוי בניצן שיוצר את הפרח. כבר בשנת 1930, הוכיח החוקר הארמני צ'אילאכיאן (Chailakhyan), שהגירוי המשרה את השינוי אינו נקלט בניצן הפריחה, אלא במקום אחר בצמח. צ'אילאכיאן עבד עם צמחי חרצית שדרוש להם גירוי של יום קצר לפריחה. בקבוצה אחת הוא החשיך את העלה של חרצית ובקבוצה אחרת החשיך את הניצן עצמו, ומצא שהחרצית פרחה רק כאשר העלה הוחשך. הגירוי של האור נקלט בעלה ועבר אל הניצן בעזרת אות כלשהו. צ'אילאכיאן חשב שהאות הזה הוא הורמון מיוחד המשרה פריחה ולכן קרא לו בשם פלוריגן. במשך השנים, הובאו כל מיני הוכחות עקיפות, שתמכו בתיאוריה על קיומו של ההורמון הזה. נעשו גם ניסויים רבים כדי למצות את ההורמון ולזהות אותו, אבל עד היום הפלוריגן טרם בודד וקיומו הוא בגדר השערה בלבד.
תיאוריית הפלוריגן קיבלה תמיכה בניסויי הרכבה שונים. בניסויים האלה לקחו עלים של צמחים שקיבלו גירוי לפריחה או ענפים פורחים והרכיבו אותם על צמחים מאותו המין, שלא קיבלו גירוי לפריחה, והצמחים המורכבים החלו לפרוח. בניסויים אחרים הראו החוקרים, שבעלים נוצר גורם כלשהו המועבר בשיפה אל ניצני הפריחה. כאשר נתנו לצמח גירוי לפריחה, והעלים הוסרו מיד לאחר מתן הגירוי, לא התרחשה פריחה. אבל, אם השאירו את העלים לאחר קליטת הגירוי, למשך שעות ספורות הצמחים פרחו. גם כאשר עשו חיגור לענף, והרחיקו את רקמת השיפה, לא הייתה פריחה. החוקרים הסיקו שהפלוריגן נע בשיפה, שבה מובלים רוב החומרים האורגניים בצמח. לעומת המחקרים הרבים שהצליחו להוכיח שגורם הפריחה עובר על ידי ההרכבה, ידועים מקרים רבים שההרכבה נקלטה אבל גורם הפריחה לא עבר. לפי תיאוריה אחרת, כל ניצן מסוגל ליצור פרח, אלא שבתנאים מסוימים אין הניצן פורח משום שגורם מעכב מונע בעדו מלעשות זאת. אם יש תנאים המגרים את הפריחה ומסירים את העיכוב, מתאפשרת יצירת הפרח. ההוכחה להימצאות גורם מעכב ניתנה בעבודה שנעשתה עם ניצנית, צמח יום קצר. כאשר לקחו תמצית של עלים מצמח הניצנית, שגדל בתנאי יום ארוך, והזריקו אותה לצמח ששהה בתנאי יום קצר, גרמו לעיכוב ניכר של הפריחה. לעומת זאת, כאשר הזריקו מיצוי של עלים מצמח שגדל בתנאי יום קצר, לא הייתה כל השפעה מעכבת על הפריחה.
גם העובדה שג'יברלין מזרז פריחה בצמחים מסוימים ומעכב אותה בצמחים אחרים אינה תומכת בתיאוריה שיש רק הורמון אחד המזרז את הפריחה. על סמך הידע שהצטבר במשך השנים הציע צ'אילאכיאן השערה אחרת, לפיה יש הורמונים שונים שמבקרים את הפריחה. היום, מקובל לחשוב שבצמחים שונים התפתחו מערכות בקרה שונות לתהליך הפריחה, והמאזן בין הורמוני הצמיחה השונים, או בין חלק מהם, הוא כנראה המווסת את הפריחה.