תהליך יצירת צמחונים בתרבית רקמה מורכב מכמה שלבים: (א) הכנסה וביסוס המקטע הצמחי; (ב) ריבוי נצרים; (ג) השרשה; (ד) הקשחה.
התבססות המקטע הצמחי
בשלב הראשון, המקטעים עוברים תקופת התבססות והסתגלות לסביבה החדשה. שלב זה נמשך ימים אחדים, עד להתפתחות האיברים החדשים. לפני שמסירים את המקטע, הוא מהווה חלק מצמח שלם, כאשר הארגון בין חלקי הצמח הוא ברור, ויש לו צירי זרימת חומרים וקוטביות של צמיחה. בידוד המקטע מן הצמח השלם משבש את יחסי הכיוון הקובעים את הארגון בצמח. (מווסתי צמיחה במצע משבשים את המאזן הטבעי של ההורמונים במקטע הצמחי.) יתרה מזאת, ריכוז מווסתי הצמיחה במצע, גבוה בהרבה מן הריכוז המצוי באופן טבעי בצמח, והחומרים מגיעים לתאי המקטע בדיפוזיה, מכל הכיוונים, בכמויות שוות. למקטעים אין מנגנונים שמווסתים את הכמויות הדרושות של ההורמונים. הארגון מחדש של המקטע נקבע, במידה רבה, על ידי גודלו של המקטע. לאחר שנוצרים יחסי מתאם בין חלקי המקטע ונוצרת כיווניות חדשה, נוצרות מריסטמות אדוונטיביות, והן תחילתן של האיברים החדשים.
ריבוי נצרים
קצב התפתחות הנצרים הוא הגורם החשוב ביותר בריבוי מהיר של תרבית רקמה. להרכב המצע, לתנאי הגידול ולמקור המקטע הצמחי, יש חשיבות רבה בהשגת מטרה זו. בריבוי מוצלח, ניתן להגיע אפילו למיליון צמחים ממקטע צמחי אחד, במשך שנה. כדי לקבל ריבוי מהיר של נצרים, מפרידים את שלב ייצור הנצרים משלב ההשרשה. שותלים את המקטע על מצע עשיר בציטוקינין שהוא עני באוקסין או חסר אוקסין לגמרי. הציטוקינין במצע מעודד צמיחת נצרים רבים ומעכב יצירת שורשים. הנצרים מתפתחים על ידי עידוד התפתחות ניצנים צדדיים. אם יש במצע אוקסין בריכוז גבוה, הוא מעכב את התפתחות הנצרים ומעודד התפתחות של רקמת קאלוס. את הנצרים שצמחו במשך כ4- שבועות מפרידים ומעבירים למצע חדש. כל העברה כזו מעודדת את התפתחות הניצנים הצדדיים, ויש ריבוי נוסף של נצרים.
השרשה
לאחר כמה העברות, כשנוצרים כמה מאות נצרים, מעבירים אותם למצע השרשה. המטרה של השלב הזה היא להשריש את הנצרים וליצור צמחונים שלמים. באופן כללי, ניתן להעביר למצע ההשרשה נצרים באורך 10 מ"מ. מצע ההשרשה מועשר בריכוז גבוה של אוקסין והוא מעודד התפתחות שורשים אדוונטיביים בבסיס הנצרים. לאחר 4-3 שבועות, מתקבלים צמחונים בעלי גבעול ומערכת שורשים.
אם מטרת הגידול הוא ניקוי מנגיפים, מוסיפים למצע אוקסין ומעט ציטוקינין, זאת בכדי שיתפתח צמחון אחד בלבד מכל מקטע שנשתל. האוקסין מעודד יצירת שורשים והציטוקינין מעודד צמיחת הגבעול. במשך 6-4 שבועות מתפתח המקטע לצמחון בעל שורשים וגבעול, וניתן להעבירו מכלי הגידול לעציץ.
הקשחה
צמחונים הגדלים בתנאי תרבית רקמה צריכים לעבור תקופת אקלום או הקשחה. ההקשחה חיונית להצלחת המעבר מגידול הטרוטרופי במעבדה לגידול אוטוטרופי בשדה. במשך תהליך ההקשחה מורידים באופן הדרגתי את מידת ההצללה ואת מידת הלחות, עד שמגיעים לתנאי הגידול הרגילים.