האוקסין נע בצמח בשתי דרכים: בתנועה קוטבית (פולרית), מתא פרנכימה אחד לתא פרנכימה אחר, ובתנועה בצינורות השיפה. עיקר ההובלה נעשה בתנועה הקוטבית, כאשר התנועה בנצר היא בסיפטלית, מהקדקוד האמירי אל השורשים, והתנועה בשורש היא אקרופטלית, מהשורש לכיוון הקדקוד. בתנועה הקוטבית, המעבר דרך דופנות התאים וקרומי התאים נעשה בקצב איטי (כ1- ס"מ לשעה). עם זאת, הקצב הזה מהיר יותר מאשר הקצב במעבר דיפוזי רגיל, והוא צורך השקעת אנרגיה מטבולית.
את התנועה הקוטבית של אוקסין מסבירים היום בעזרת "התיאוריה הכמיאוסמוטית של הובלת אוקסין". לפי התיאוריה הזו, הובלת האוקסין מתאפשרת הודות למפל ה-pH הנוצר בתאי הצמח. משאבות פרוטונים, הממוקמות על פני קרום התא, שואבות יוני מימן מן הציטופלסמה, בתהליך שדורש השקעת אנרגיה, ומרחיקות אותם אל מחוץ לתא. פעולת המשאבות גורמת ל-pH של הציטופלסמה להיות נייטרלי (7), לעומת ה-pH שמחוץ לתא, באזור הדופן, שהוא חומצי (5).
מולקולות האוקסין בסביבה חומצית הן חסרות מטען חשמלי, וכשהן מצויות בסביבה נייטרלית הן נטענות מטען חשמלי והופכות ליונים. כאשר מולקולות האוקסין עוברות דרך דופן התאים, הן מאבדות את המטען החשמלי שלהן מאחר שסביבת הדופן היא חומצית. מעבר המולקולות חסרות המטען, דרך הקרום הליפידי של התא, נעשה בדיפוזיה ספונטנית.
מולקולות האוקסין שעברו לציטופלסמה הופכות ליונים, מכיוון ש-pH הציטופלסמה הוא נייטרלי. המטען החשמלי של יוני האוקסין אינו מאפשר להם מעבר ספונטני דרך הקרום הליפידי. לכן, יציאת יוני האוקסין דרך קרומי התא מחייבת סיוע של חלבונים נשאים, תוך השקעת אנרגיה מטבולית. חלבונים נשאים, ייחודיים להעברת יוני אוקסין, מצויים בקרומי התאים. לפי התיאוריה הכמיאוסמוטית, הריכוז של החלבונים הנשאים בצד אחד של התא גבוה יותר מאשר בצדי התא האחרים. הריכוז הגבוה יותר בצד אחד מאפשר יציאה מוגברת של אוקסין מצד זה של התא. כאשר ריכוז הנשאים גבוה בצד הבסיסי של התא, התנועה היא בסיפטלית, ואילו כאשר ריכוז הנשאים גבוה בצד הקדקודי של התא, התנועה היא אקרופטלית. התנועה הקוטבית של האוקסין היא, אם כן, תוצאה של מעבר חד-כיווני של מולקולות האוקסין בין התאים.