השימושים החקלאיים בציטוקינינים הם עדיין מועטים, מאחר שהציטוקינין הוא מרכיב של חומצות גרעין והוא מעודד חלוקת תאים, כלומר: הוא עלול להיות קרצינוגני (מעורר סרטן). אמנם עדיין לא נקבע באופן חד-משמעי שציטוקינין מסוכן לבריאות, אך שלטונות הבריאות בארצות שונות לא אישרו להשתמש בציטוקינינים בתוצרת המיועדת לאכילה. בעיה אחרת של הציטוקינין היא חוסר הניידות שלו בצמח. קשה להחדיר את החומר למערכות ההובלה ולכן ההשפעה שלו היא מקומית בלבד ואינה עוברת לחלקי צמח אחרים.
ההשפעה המזרזת של ציטוקינין על חלוקת תאים מנוצלת לריבוי צמחים בתרבית רקמה. הציטוקינין מעודד התפתחות נצרים מרקמת קאלוס וממקטעי צמח אחרים שגדלים בתרבית. שימוש מבוקר בציטוקינין (המעודד התפתחות נצרים) ובאוקסין (המעודד התפתחות שורשים) מאפשר ייצורם של צמחונים שלמים בתרבית. לריבוי בתרבית רקמה יש חשיבות רבה בחקלאות ובתעשייה המבוססת על צמחים. בתרבית רקמה אפשר לרבות מאות מיני צמחים, ביניהם גידולים חשובים כמו: תפוח אדמה, עגבנייה וקנה סוכר.
זירוז חלוקת תאים על ידי ציטוקינין מנוצל גם לסיעוף עצי פרי. הסיעוף של עצי פרי מאפשר הגדלת היבול. יש זנים, כמו: תפוחים מזן דלישס, שבאופן טבעי אינם מסתעפים הסתעפות סבירה. בזנים כאלה צריך להשרות את ההסתעפות. הציטוקינינים גורמים לסיעוף על ידי עידוד חלוקת תאים בניצנים הצדדיים ועל ידי ביטול ההשפעה המעכבת (השלטון הקדקודי) של האוקסין ושל החומצה האבציסית על התפתחות הניצנים הצדדיים. להגברת הסיעוף בעצי פרי ניסו להשתמש בחומרים רבים, ותוצאות טובות התקבלו על ידי שימוש ב-BA. מידה סבירה של הסתעפויות ניתן להשיג על ידי קיצור גזעי העצים וענפי העצים בהיותם צעירים. ואולם, שיטה זו נוגדת את המגמה הקיימת בחקלאות המודרנית - גידול עצים בעלי שטח ענפים ועלים גדול ככל האפשר. כאשר נותנים לעצים צעירים טיפול בציטוקינין, גורמים לסיעוף בגיל מוקדם, ועל ידי כך מתפתחים ענפים שעתידים לשאת פרי כבר בגיל צעיר. בציטוקינינים משתמשים לעידוד צמיחת ניצנים צדדיים, גם כשרוצים לעודד יצירת ייחורים בצמחי אם.
גם את תהליכי החנטה, הדילול וההתפתחות של פירות ניתן לווסת בעזרת ציטוקינינים. הציטוקינינים מעודדים חנטת פירות על ידי עידוד חלוקת תאים ועל ידי משיכת מוטמעים אל החנטים; דילול הפירות נעשה, ככל הנראה, על ידי עידוד שחרור אתילן. האתילן מזרז את התפתחות רקמת הניתוק ונשירת הפירות. דילול תפוחים בעזרת ציטוקינינים, כאמצעי להגדלת הפירות, הוא שיטה חדשה שטרם נכנסה לשימוש רב; הציטוקינינים משפיעים על גודל הפרי גם על ידי הגברת החלוקה של התאים בפירות המתפתחים, כמו בענבים ובקיווי. כמו כן ידוע שהציטוקינינים הופכים את הפירות למבלעים, אשר מסוגלים למשוך מוטמעים אל עבר הפירות. יש לציין, שבמטע מרססים את הציטוקינינים על כל העץ, וקשה להסביר מדוע יש להם השפעה רק על הפירות, כלומר: מדוע גדל כוח המשיכה של המוטמעים אל הפירות בלבד. אחד ההסברים לתופעה זו היא, שייתכן שחדירת הציטוקינינים לפירות מהירה יותר מאשר לשאר האיברים.
לטיפול בציטוקינינים יש השפעה גם על צורת הפרי. החקלאים משתמשים בהשפעה זו כדי לעצב פירות לפי דרישות השוק. ידוע למשל, לדוגמה, שזני תפוח מאורכים, מזן דלישס, מקבלים תמורה גדולה יותר מאשר הזנים הפחוסים. אם מטפלים בעצים מן הזן הפחוס בציטוקינין, יכולים לתקן את ה"פגם". הציטוקינין גורם לחלוקת התאים ולהתארכותם, ועל ידי כך משפיע על היחס בין אורך הפרי לרוחבו.
לעתים קורה, שעצים במטע סובלים מעקות שגורמות להקטנת נפח השורשים. במצבים כאלה, פוחתת כמות הציטוקינינים שנוצרת בשורשים ויכולת ההסתעפות של העצים נפגעת בשל כך. הנוף של עצים כאלה מידלדל והמטע עלול להתנוון. במטעי תפוח ואפרסק אפשר לשפר את מצבם של העצים על ידי מתן תמיסות BA או קינטין לגזעים. תוספת חיצונית של ציטוקינינים תשפיע על גודל הענפים ועל צפיפותם וגם על גודל הפרי.
ההשפעה המעכבת של ציטוקינין על הזדקנות עלים ועל נשירתם, מנוצלת בהשרשת ייחורים של עצי פרי. בהשרשת ייחורי אבוקדו או אפרסק, יש חשיבות רבה למוטמעים הנוצרים בעלים. נשירת העלים עלולה לגרום מחסור של מוטמעים ולמנוע את השתרשות הייחורים. למניעת הנשירה של העלים, החקלאים נוקטים כמה אמצעים ואחד מהם הוא השימוש בציטוקינינים. טיפול בציטוקינינים מפחית את ההרס ההדרגתי של הכלורופיל שמתרחש בעלים, ועל יד כך מעכב את הזדקנותם ואת נשירתם. גם בפרחי קטיף, כמו: חרציות ועדעד, דוחים את ההצהבה ואת ההזדקנות של העלים בעזרת טיפול בציטוקינינים.