הציטוקינינים נתגלו בשנות ה-50 של המאה ה-20, בשעה שחוקרים אמריקאיים בראשותו של המדען סקוג (F. Skoog), בדקו את הדרישות התזונתיות של קבוצות תאים שנלקחו מגבעול של טבק וגודלו בתרבית רקמה. המצע לתרביות הרקמה, שבו התחילו לעבוד החוקרים, הכיל סוכרים, חומצות אמיניות, מינרלים ואוקסין. במצע כזה, התאים התארכו אך לא התחלקו. חלק מן התאים שלא התחלקו היו רב-גרעיניים, כלומר: חלה בהם חלוקת גרעינים אבל לא הייתה חלוקת תאים. היה ברור, שיש חומר או חומרים בלתי ידועים, הדרושים להמשך חלוקת התאים.
כאשר הוסיפו למצע הגידול תמציות שונות של צמחים, למשל, תמצית של "חלב" אגוז הקוקוס, הייתה התפתחות יפה של תאים. גם כשהוסיפו תמצית של שמרים למצע הגידול היו חלוקות נמרצות של תאים. בשיטות שונות, הצליחו החוקרים להוכיח שהחומר הפעיל בתמציות האלה הוא פורין. החוקר קרלוס מילר (Miller) ידע שחומצות גרעין מכילות פורין, ולכן הוא חיפש על מדפי המעבדה חומר בעל תווית של חומצות גרעין. הוא מצא DNA שהופק מתאי זרע של דגי הרינג וכאשר הוסיף את החומר למצע הגידול התברר שחלוקת תאי הטבק נעשתה בקצב מזורז. כשניסו להגיע לתוצאה דומה עם DNA טרי, שהופק ממקורות שונים, נכשלו כל הניסיונות במשך תקופה ארוכה. בהמשך המחקר התגלה לחוקרים שה-DNA מתאי הזרע של הדגים התפרק במהלך אחסונו על מדפי המעבדה, והחומר הפעיל איננו ה-DNA עצמו אלא אחד מתוצרי הפירוק שלו. החוקרים הצליחו לבודד את החומר ולזהותו כחומר שהשפעתו על חלוקת התאים הייתה חזקה במיוחד. הם קראו לחומר "קינטין". התברר שהקינטין דומה במבנהו לאדנין (שהוא אחד מאבני הבניין של DNA). לאחר גילויו של הקינטין, התברר כי ניתן לסנתז אותו בקלות יחסית, ולכן קבוצות רבות של חוקרים יכלו להמשיך ולחקור את השפעותיו. בין השאר נמצא, כי החומר מסוגל לזרז צמיחת עלים ולעכב את ההזדקנות שלהם.
בשלב הבא ביקשו החוקרים לבדוק אם הקינטין, או חומר הדומה לו, מצוי בצמח ומשפיע על התפתחותו. כדי לבדוק זאת היה צריך לבודד את החומר מרקמות צמחיות. הנחת החוקרים הייתה, שלחומרים הטבעיים יש מבנה כימי דומה למבנה של הקינטין. כיוון שהיה מדובר בחומר מזרז חלוקת תאים, חיפשו חומרים כאלה ברקמה שיש בה חלוקת תאים רבה. בשנת 1964 דיווח החוקר האוסטרלי לתאם (Letham) כי מזרעים מתפתחים של תירס הוא בודד חומר המשרה חלוקה בתאים של טבק בתרבית רקמה. התברר כי החומר לא היה קינטין, אך הוא היה דומה לו במבנהו הכימי. לחומר הזה ניתן השם זיאטין (מהמילה Zea, שהיא הכינוי המדעי של התירס). הזיאטין, כמו הקינטין, הוא נגזרת של אדנין, והתברר כי הוא נפוץ מאוד בעולם הצמחים. מלבד הזיאטין, התגלו בצמחים רבים עוד חומרים טבעיים, וההשפעות של כולם על רקמות צמחיות היו דומות להשפעת הקינטין. לכל החומרים האלה קראו החוקרים ציטוקינינים, בגלל התכונה האופיינית שלהם - להשרות חלוקת תאים (ציטוקינזה=תהליך חלוקת התא). כל הציטוקינינים הטבעיים הם נגזרות של אדנין.