המטבוליזם של האוקסין בצמח כולל תהליכי ייצור ופירוק וכן תהליכים של ביטול פעילות. התהליכים האלה מסייעים לווסת את רמות האוקסין בצמח ועל ידי כך משפיעים על תהליכים פיסיולוגיים שונים הרגישים לאוקסין.
האוקסין מיוצר ברקמות צמחיות בהן מתרחשת חלוקת תאים נמרצת, בייחוד בנצר. מריסטמות של קדקוד הנצר, עלים צעירים ופירות מתפתחים, כל אלה הם אתרי הייצור העיקריים של האוקסין. ייצור אוקסין ברמות נמוכות עשוי גם להתבצע בעלים בוגרים ובקצות שורשים. יש ארבעה מסלולים ביוכימים לייצור אוקסין בצמח. חומר המוצא בכל המסלולים הוא החומצה האמינית טריפטופן.
פירוק האוקסין עשוי להתבצע בשתי דרכים: (א) פירוק אנזימטי - האוקסין מתחמצן ומתפרק בתהליך מזורז על ידי האנזים IAAoxidase; (ב) חמצון בעזרת אור - בשעת הארה, הפיגמנטים בצמח (ככל הנראה פלבין) בולעים אור ומשפעלים תהליכי חמצון ופירוק של אוקסין.
לעתים, נוצרים בצמח תצמידים של אוקסין וסוכרים שונים, או של אוקסין וחומצות אמיניות שונות. האוקסין הקשור בתצמידים אינו פעיל. חלק מהתצמידים משמשים, כנראה, כמאגרי אוקסין והם מנוצלים לפי צורכי הצמח. בגרגרי תירס, למשל, התצמידים מתפרקים ומספקים אוקסין לגרגר ולנבט. חלק מהתצמידים אינם ניתנים לפירוק ולכן הם מאפשרים סילוק של עודפי אוקסין, שעלולים לגרום נזקים לצמח.