יש צמחים שהפרחים שלהם נפתחים בבוקר ונסגרים בלילה; גם עלים רבים מזדקפים בזריחה ושבים ומתקפלים בלילה. כבר בשנת 1729 בדק המדען הצרפתי ז'אן-ז'אק דה-מאריאן אם התנועות המחזוריות של העלים מושפעות מגורם חיצוני. הוא ביקש לבדוק אם התנועות הן תוצאה של שינויי האור והחושך או שגורם פנימי בצמח, המודד את הזמן, מפקח על התנועות. מריאן העביר צמחים לחושך והבחין שהתנועות המחזוריות של הזדקפות העלים ממשיכות גם בחושך. המסקנה שלו הייתה שהתנועות מבוקרות על ידי גורם פנימי.
רק 200 שנים מאוחר יותר הראו חוקרים שהעלים ששהו בחושך חזרו להזדקף במחזוריות קבועה, והם הזדקפו באותה שעה של היממה. משך המחזור בין הזדקפות להזדקפות היה כ24- שעות. מחזור יממתי של 24 שעות בקירוב נקרא מחזור צירקדי (circadian rhythms), על פי המילים הלטיניות שמשמעותן circa=בקירוב; dies=יום. הכושר למדוד זמן, כלומר, לקיים פעילות ביולוגית מחזורית ללא כל גירוי חיצוני, קיים באורגניזמים שונים: באצות חד-תאיות, במינים רבים של בעלי חיים וכן בבני האדם. תופעות ביולוגיות עצמאיות, המתנהלות במחזוריות צירקדית, נפוצות מאוד בצמחים. תופעות כאלה הן התגובה הפוטופריודית שבאה לידי ביטוי בפריחה, בשינויים בעמדת העלים של צמחים שונים, ובפתיחת פיוניות בצמחים בשרניים. ממחקרים שנעשו לאחרונה התברר, שגם תהליכים, כמו: פוטוסינתזה, יצירת אוקסין וחלוקות תאים, יש להם מחזוריות יממתית.
האם המחזור היממתי הוא פנימי, תוצאה של גורמים פנימיים של האורגניזם, או אולי הוא חיצוני ומושפע מגורמים סביבתיים חיצוניים? רוב החוקרים חושבים שהריתמוס הוא פנימי ונוטים לכן לחשוב שקיים בצמח "שעון ביולוגי". כלומר, יש בצמח שעון פנימי שמודד זמן והוא אינו מושפע מגורמים אחרים. היכן ממוקם השעון הביולוגי וכיצד הוא עובד?
במשך שנים רבות מנסים החוקרים ללמוד את מנגנון מדידת הזמן של הצמח. המנגנון נחקר רבות בהקשר עם הפוטופריודיות והפריחה. תופעת הפוטופריודיות מלמדת שיש לצמחים אפשרות למדוד את משך תקופת החושך או האור. מדידת הזמן הזו היא מדויקת ביותר, ויש צמחים המסוגלים לחוש אפילו בהבדל של 15 דקות, באורך היום. היו חוקרים שטענו שמדידת הזמן דומה בעיקרון לשעון חול, והזמן נמדד על ידי היעלמות או הצטברות של חומר מסוים. בצמח, החומר הזה יכול להיות הפיטוכרום (Pfr) שמתפרק מעצמו בשעות החושך ל-Pr. ממצאי המחקרים לא אישרו את התיאוריה הזאת, ולכן הוצעו הסברים אחרים. החוקרBunning טען, שבצמחים קיים מנגנון של שעון ביולוגי המחולק לשני חלקים שווים: האחד מופעל על ידי אור, והאחר מופעל על ידי חושך ומועכב על ידי אור. צמחי יום קצר יפרחו אם הם יימצאו באור בתקופה הרגישה לאור, ואם יימצאו בחושך בתקופה הרגישה לחושך. אם יינתן אור בתקופה הרגישה לחושך לא תהיה פריחה. כלומר, הצמחים מגיבים לאור אם הוא מופיע בזמן הנכון מבחינת המחזוריות. מדידת הזמן, לפיכך, היא בהתאם למנגנון פיסיולוגי פנימי, ויש חשיבות לא רק למשך הזמן שבו נמצא הפיטוכרום בצורת Pfr, אלא בעיקר לתקופת הזמן במחזור שבו הוא נמצא.