מווסתי הצמיחה הראשונים, שנעשה בהם שימוש חקלאי, היו האוקסינים. לאחר שזיהו את ה-IAA וגילו את השפעתו על הצמח, החלו לייצר אותו באופן מסחרי ולהשתמש בו. ואולם, מהר מאוד התברר ש-IAA אינו יעיל בשימושים החקלאיים מאחר שהוא מתפרק בקלות על ידי אנזימים ומיקרואורגניזמים. רק לאחר שהצליחו לייצר אוקסינים סינתטיים, שהיו עמידים יותר מהאוקסין הטבעי (IAA), התרחב מאוד השימוש באוקסינים בחקלאות.
השימוש הראשון שנעשה באוקסין היה לעידוד ההתפתחות של שורשים אדוונטיביים בייחורים. האוקסינים מעודדים התפתחות שורשים על ידי עידוד התפתחות תחיליות של שורשים מתאים מריסטמטיים ברקמות פנימיות של ענפים (שיפה וקמביום). הם מעודדים התפתחות שורשים גם בקאלוס בתרבית רקמה. בשיטת ריבוי זו ניתן להשרות יצירת איברים וצמחונים שלמים מקאלוס, על ידי הוספת אוקסין וציטוקינין למצע הגידול. השימוש באוקסין בתרבית רקמה מאפשר ריבוי מהיר של צמחים נקיים מווירוסים.
האוקסין מאפשר גם התפתחות של פירות שונים. בדרך כלל, אם הפרח אינו מואבק ואין הפריה, לא מתפתח פרי. במינים אחדים של צמחים, כמו: עגבנייה, מלפפון וחציל, תוספת אוקסין על איברים נקביים של הצמח מעודדת התפתחות של פירות פרתנוקרפיים, ללא זרעים. האוקסינים מעודדים גם גדילה של פירות מסויימים. הוספה של אוקסינים לפירות הדר, בשלבים מוקדמים של התפתחותם, מגדילה את נפחם ומגדילה את התמורה שהחקלאי יכול לקבל עבור הפרי.
הניתוק והנשירה של עלים או של איברים אחרים בצמח מתרחשים כאשר רמת האוקסין פוחתת באותם איברים. האוקסין מונע נשירה של איברים מהצמח על ידי עיכוב ההתפתחות של שכבת הניתוק בבסיס האיברים שנושרים. את הנשירה ניתן למנוע על ידי תוספת אוקסין לצמח.
מבחינה חקלאית, יש חשיבות רבה לוויסות תהליך הנשירה של עלים, של פרחים ושל פירות. האוקסינים מונעים נשירה של פירות הדר, של תפוחים ושל אגסים לפני הקטיף, ועל ידי כך נשארת כמות גדולה יותר של פרי לשיווק. עם זאת, אוקסין שניתן בריכוז גבוה לחנטים פוגע בעוברים וגורם לנשירה של הפירות הצעירים. טיפול כזה יכול להיות יעיל כאשר מעוניינים לדלל פירות ולאפשר תנאי גידול טובים יותר לפרי שנותר על העץ.
באוקסינים סינתטיים, כמו 2,4-D, משתמשים בצורה אינטנסיבית כקוטלי עשבים. בשטחים חקלאיים, 2,4-D בריכוזים גבוהים משמש כקוטל עשבים כללי ואילו בריכוזים נמוכים יותר - כקוטל עשבים בררני. החומר הזה יכול לשמש כקוטל בררני, מפני שלמשפחות צמחים מסוימות יש רגישות שונה לריכוזים שונים של החומר. כך לדוגמה, צמחים ממשפחת הדגניים אינם נפגעים מאותם ריכוזים שקוטלים עשבי בר ממשפחות של רחבי עלים.
בשנים האחרונות, יש מודעות רבה לשארתיות של חומרים כימיים בפירות, בירקות וגם בקרקע. האוקסינים הסינתטיים מתפרקים באיטיות ונוטים להצטבר ברקמות הצמח, לכן הם אסורים לשימוש אפילו אם עדיין לא הוכח שהם מסוכנים לבריאות. המשך השימוש באוקסינים בחקלאות תלוי אם כן לא רק ביעילות האוקסינים, אלא גם במידת הסיכון שיש מהם לאדם ולבעלי חיים.