הציטוקינינים התגלו כאשר חיפשו חומרים מעודדי חלוקת תאים. לאחר גילויים התברר שיש להם השפעות גם על תהליכי התפתחות אחרים בצמח, כמו: דחיית ההזדקנות של איברים מנותקים, משיכת מוטמעים, התרחבות פסיגים ויצירת צמחונים בתרבית רקמה. רוב ההשפעות של הציטוקינינים בצמח אינן קשורות דווקא לפעילותם כמעודדי חלוקת תאים, ואין אפשרות לציין תכונה ייחודית של השפעתם.
בזירוז חלוקת התאים, הציטוקינין גורם לקיצור משך הזמן שבין שכפול ה-DNA לבין חלוקת הגרעין. הדבר נובע, כנראה, מזירוז הייצור של חלבונים הדרושים למיטוזה. הציטוקינין מעודד חלוקת תאים ברקמות מריסטמטיות של איברים מתפתחים, כמו: נצרים ופירות. עידוד חלוקת תאים בפירות מאפשר לפירות לגדול. בהשפעת הציטוקינין, הפרי הופך להיות מבלע בעל עוצמת משיכה למוטמעים, וכתוצאה מכך הפרי מתפתח וגדל.
הציטוקינין מעודד התפתחות ניצנים צדדיים בצמח, ועל ידי כך הוא משפיע על צורת הצמח. בפעולה זו מחליש הציטוקינין את השלטון הקדקודי המושרה על ידי הניצן האמירי. החוקרים משערים שהאוקסין שנוצר בניצן האמירי הוא הגורם לעיכוב הגידול של הניצנים הצדדיים. עיכוב זה נגרם, כנראה, על ידי הטיית הזרימה של הציטוקינינים אל עבר הקדקוד הגדל. תוספת של ציטוקינין אקסוגני לניצנים צדדיים גורמת להחלשת השלטון הקדקודי, על ידי עידוד חלוקת תאים בניצנים הרדומים.
לציטוקינין יש השפעה מעכבת על תהליך ההזדקנות של עלים. הזדקנות העלים באה לידי ביטוי בהצהבה, כתוצאה מפירוק הכלורופיל וירידה בתכולת החלבונים וה-RNA. כאשר מנתקים עלים מגבעול ומניחים אותם על מים, העלים מזדקנים מהר יותר מעלים אחרים שנשארים מחוברים לצמח. בעלים מנותקים של צמחים דו-פסיגיים רבים מתפתחים במצב כזה שורשים אדוונטיביים. בעלים כאלה, לא תהיה הזדקנות מואצת. על סמך הממצאים האלה הסיקו החוקרים שהחומר שמונע את הזדקנות העלים מגיע, כנראה, מן השורשים. ההשערה היא שהחומר שמובל בעצה, מן השורשים, ואחראי לעיכוב ההזדקנות של העלים הוא ציטוקינין. שתי עובדות מחזקות את ההשערה הזאת: (א) טיפול בציטוקינינים שונים יכול להחליף את השפעת השורשים בעיכוב ההזדקנות; (ב) הריכוז של הציטוקינין בעלים עולה כאשר נוצרים השורשים האדוונטיביים. בצמחי חמנית, ריכוז הציטוקינין בנוזל העצה עולה באופן משמעותי בזמן הצמיחה והוא יורד כשנפסקת הצמיחה ומתחילה הפריחה. ירידה בכמות הציטוקינין שזורמת מן השורש לנצר גורמת לזירוז ההזדקנות בצמח.
אחת הדרכים שבאמצעותן הציטוקינין מעכב את הזדקנות העלים היא הזרמת מוטמעים אל העלים. אם מורחים עלים בציטוקינין, גורמים לזירוז יצירת חלבונים בעלים ומונעים את הזדקנותם. בצמחי שעועית, למשל, אם מורחים את העלה הראשוני בציטוקינין, לא רק שמעכבים את הזדקנותו אלא אף גורמים להקדמת ההזדקנות של העלה שמעליו. ההנחה היא, שתופעה זו מתרחשת משום שהציטוקינין הופך את העלה המטופל ממקור למבלע. העלה המטופל "מושך" מוטמעים מהמקורות הסמוכים לו, למשל, מן העלה שמעליו, ועל ידי כך גורם להזדקנותם.
אם מורחים ציטוקינין על אזור מוגבל של עלה מזדקן, מונעים את ההזדקנות של אותו אזור בלבד. תופעה זו נובעת ממוגבלות התנועה של הציטוקינין בשיפה. "איים" ירוקים כאלה מופיעים, לעתים, בעלים המותקפים על ידי פתוגנים. הפתוגן מעודד יצירת ציטוקינין באזור המותקף ועל ידי כך הופך את האזור למבלע.
במשך השנים ועל סמך ניסויים, התגלו עוד השפעות של הציטוקינינים על הצמחים. נמצא שהציטוקינינים יכולים לגרום להגדלת השטח של עלים ופסיגים על ידי זירוז התארכות התאים. חוקרים שבדקו מהו המנגנון של הציטוקינין שמשפיע על התארכות התאים, מצאו שהציטוקינין מגביר את הפלסטיות של דופנות התאים. הדופנות נעשות רפויות, ובגלל לחץ הטורגור הן נמתחות. לחוקרים עדיין לא ברור כיצד גורם הציטוקינין לשינוי בדופנות התאים. טיפול בציטוקינינים יכול להחליף את השפעת האור בתהליכים התפתחותיים שונים, כגון: נביטה של זרעים מסוימים, ייצור פיגמנטים והתפתחות כלורופלסטים. כך למשל, כדי להנביט זרעי חסה דרושה הארה. אבל אם נותנים לזרעים טיפול בציטוקינין יכולים להחליף את הצורך באור ולקבל נביטה.