秋雨降りしきる新宿。ある夫婦が銃殺された。第一線から退いていた警視庁公安部・天羽聖治はかつての上司から特命を受け、事件の調査に乗り出す。天羽は関係者の証言を集め、事件の核心に迫る。やがて、3年前に新潟で発生した狙撃事件が背後に浮かび上がる。明かされる事件の深層とは？
※タイトルを「Here's That Rainy Day」より「深層捜査」に変更しました。