Bogø Kirke blev bygget i denne periode, formentlig omkring år 1200.

På linje med mange andre danske småøer er Bogø anført i kong Valdemar 2.s jordebog fra 1231 som en del af krongodset.

I 1326 rykkede Bogø i nogle sommerdage ind i de landspolitiske begivenheders centrum. Der kan kun gisnes om, hvorfor netop Bogø blev valgt som mødested for nogle af tidens vigtigste politiske aktører, men de havde formentlig allerede været i området i et stykke tid. Kong Christoffer 2. var blevet afsat og erstattet af barnekongen Valdemar 3. Eriksen, 1315-1364, konge af Danmark 1326-30. Valdemars formynder var grev Gerhard 3. af Holsten, i Holsten kaldt 'den Store', i Danmark 'den kullede greve' på grund af sin skaldethed. Med formynderskabet var grev Gerhard blevet rigsforstander i Danmark.

Han tog straks fat på at rydde op i det kaos, som Christoffer 2. havde efterladt sig, men naturligvis med aftaler, der - ser det ud til - tilgodeså ham selv og berøvede Christoffer 2. hans nordtyske allierede. Endnu i juni 1326, hvor Christoffer stadig var konge, blev det kundgjort i Grønsundbrevet, at kongen havde pantsat landet Møn og borgen Stegeborg til fyrsterne Henrik 2. af Mecklenburg og Johan 2. af Werle til gengæld for deres militære støtte. Dette pant og de to nordtyske fyrsters videre deltagelse i danske anliggender kom til forhandling på Bogø allerede en måned senere, i juli 1326.

Det fremgår ikke utvetydigt af de på Bogø indgåede aftaler, om barnekongen Valdemar 3. var til stede. Nok så vigtigt var det, at forhandlingerne fra "dansk" side blev ført af grev Gerhard af Holsten, marsken Ludvig Albertsen, Peder Stygge og "vore andre trofaste og kære Råder", mens den "tyske" modpart i den vigtigste af Bogøaftalerne var fyrst Henrik 2. af Mecklenburg. Formålet var at få Henrik til at træde ud af den danske magtkamp. Bogøaftalen af 20. juli 1326 er gengivet i sektionen Materialer på dette websted i såvel den plattyske original som en moderne dansk oversættelse. Foruden de allerede nævnte var udsendinge fra Stralsund til stede på Bogø under forhandlingerne.

De store tilføjelser i gotisk stil til Bogø Kirke antages at være sket i de første årtier af 1500-tallet.

Fra omkring 1231 til 1769 var Bogø krongods. Det betød, at Bogø indgik i kronens fæstegodssystem (på tysk Grundherrschaft), hvor fæstebønderne dyrkede jorden på spredte fæstegårde uden en hovedgård i nærheden. Fæsteafgiften eller jordlejen til kronen kunne erlægges enten til en fjerntliggende hovedgård, til det len, man hørte under, eller til en amtstue. Afgiften kunne betales enten i penge, naturalier eller en blanding af begge dele. Bogø kom således aldrig til at indgå i det andet store system, hovedgårdsdriften (på tysk Gutsherrschaft), som var kendetegnet ved, at fæstegårdene lå samlet i nærheden af godset, således, at bønderne kunne betale for deres fæste ved at arbejde på hovedgårdens marker.

Risikoen for at komme under hovedgårdsdrift blev definitivt afværget i 1769, da Bogøs bønder købte øen af kongen for 18.456 rigsdaler og blev selvejere. Købet blev finansieret ved at fælde Bogø Vesterskov, der var på 148 tdr. land. Træet indbragte ved salget 17.000 rigsdaler og blev anvendt til skibsbygning i København.

På Møn, hvor man også oprindelig primært havde haft et fæstegodssystem, forløb udviklingen til dels anderledes, idet over halvdelen af fæstegårdene ved krongodssalget i 1769 blev købt af godsejere og dermed kom under hovedgårdsdrift. Under halvdelen af de mønske bønder blev selvejere i 1769.

Vornedskab

Vornedskabet blev indført i det sjællandske lovområde omkring 1495, dvs. på Sjælland, Møn og Lolland-Falster. Det betød, at indbyggerne ikke uden godsejerens tilladelse måtte forlade det gods, hvor de var født. Formålet var at sikre tilstrækkelig arbejdskraft til besættelse af fæstegårdene. Vornedskabet blev afskaffet igen på Møn og Bogø i 1696 og i den øvrige del af det sjællandske lovområde i 1702.